BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001B19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 189,877,540 - 190,028,005
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEsrrg
Upstream geneSpata17, Gpatch2, 9330162B11Rik
Downstream geneUsh2a, Kctd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001B19.bB6Ng01-001B19.g
ACCDH839524DH839525
length1,1441,081
definitionDH839524|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001B19, 5' end.DH839525|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001B19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(189,877,540 - 189,878,673)(190,026,927 - 190,028,005)
sequence
gaattctttcctcctaaatgtgagatcttgagttttatcctgagcacagt
cagtcaataggtcaatcaattgaccaatcaatcacactaatcaatcaatc
aatcaatcaatcaatcaattggaaacagatacattttggagcatagggag
ggttgttctccttccttggtagagcctagagtcacagaaaagtcttctga
tttattacttaataaacctaaatagcttcttaggacttaaaggttatcag
tcactttcttgtgaactgaattaatccattttcagtcattatgatgggat
acctaaagttctggtcactggtgttcacttagacattctaaaggcaacat
ttggtgagggattctggtgaagaatttggagcttacatccgggtacattt
gtttgcttggtactagagattaaatctgggcccttggatactcatggttt
tccatggagtccaccctcattctctaagattgttattagtagatatgata
ttgaaacttagttttagttatggttaaaaacaggagtttggaaccttagc
cactttaattgtacaaagtgaaggtgtcaactgtgttcatgtggccaagt
acaagatcattagagttttagctgtgaccctggcactctccctcgacaca
actcccttttcttcctgcccccagccctgggcagctgcactcacagaacc
ataacataatggatagccagcaggaccatgcaatattattgatttggtgc
taaggaaggaatgcagggcctttgcagatggcaggcaagtgttctaccct
tgactaaatccgaagccacagtgtttatctttttctgtggctgacacttc
gtctaaaatccttcaacgtccatccatggtatgttgtcgtgtattcagaa
catcctttttgaaaactaaataacaatgcattgtgtatatgagacttaaa
aaaaacaaaacaaaacaaaacttccattcatcttctgatggaacatttag
atgtatccacctttctggctacttaagtaatgagttatgcagttggtatg
caaatggcatgttctgattctgaaggctgagacaagaggatgcaattgtt
cgaatgcctacctggcttgcatagcttcctctccaggtcaccct
gaattctgacccccagagatgagagcacaaatgtatttttaaaacgaagg
tatgagttatgtctgcactgaacacacagagtttttcctgtcactgttcc
tgagacaacactatacatatgtcaactctttatctgaatttatctggcac
cacttataagtactctagagataagttactaaaacaaacaggtaagggtt
atataaaatcatgccattttacatacaaattgatactctgcaggctttgt
aactatccttaagaaaaaaaaaaaagaactagaattgattcttcacaaat
accaaggggtgactattataattatcaaggggcagcaacataaagtacag
gcgtcaaattctgaagcaatttaacacgatcagcttaggtttcttggggt
gagataggaattacccagttttttgtactgaaccctctgaaacatagtgc
atggttgtttgtgggatataagcaatgtgtcaggagtggaggtgagacat
ccaactttctgtctcacagtggcgacaagtactcatcagctgaacatggc
acctgcatggacatgcagggagattcctcaagagaagttttctaaaagag
gtggctacagaaaggttttccaaaaacaaacaagtaagcatacccttttg
accagcaactaaagctatctctagaacatcatagaaatggcaccattttt
tttttaaattgcctaagagcccagtaaggcctttagagtgaaagggattt
tgttagtgacatctatgctcactgtgcatcttcatgaagatgctaacata
ttgatcctgaaggctcagcacacagtctccaaactaaacatcccctaccc
caaaaccttatgaccttaccttcatactggtttcaactgggtttatgtct
cttactgatgctgggatattgttaactcacctcttttacttagagttaag
aaactacctatgactcgaaaccatgttctctgaagtgaggaaatacagac
tcacagagtacaaaaaaaaaattccttagattaaaagaaaatcaaaaata
tatgctaatataaacataatatgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_189877540_189878673
seq2: B6Ng01-001B19.b_45_1188

seq1  GAATTCTTTCCTCCTAAATGTGAGATCTTGAGTTTTATCCTGAGCACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTCCTAAATGTGAGATCTTGAGTTTTATCCTGAGCACAGT  50

seq1  CAGTCAATAGGTCAATCAATTGACCAATCAATCACACTAATCAATCAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAATAGGTCAATCAATTGACCAATCAATCACACTAATCAATCAATC  100

seq1  AATCAATCAATCAATCAATTGGAAACAGATACATTTTGGAGCATAGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATCAATCAATCAATTGGAAACAGATACATTTTGGAGCATAGGGAG  150

seq1  GGTTGTTCTCCTTCCTTGGTAGAGCCTAGAGTCACAGAAAAGTCTTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTCTCCTTCCTTGGTAGAGCCTAGAGTCACAGAAAAGTCTTCTGA  200

seq1  TTTATTACTTAATAAACCTAAATAGCTTCTTAGGACTTAAAGGTTATCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTACTTAATAAACCTAAATAGCTTCTTAGGACTTAAAGGTTATCAG  250

seq1  TCACTTTCTTGTGAACTGAATTAATCCATTTTCAGTCATTATGATGGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTCTTGTGAACTGAATTAATCCATTTTCAGTCATTATGATGGGAT  300

seq1  ACCTAAAGTTCTGGTCACTGGTGTTCACTTAGACATTCTAAAGGCAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAGTTCTGGTCACTGGTGTTCACTTAGACATTCTAAAGGCAACAT  350

seq1  TTGGTGAGGGATTCTGGTGAAGAATTTGGAGCTTACATCCGGGTACATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAGGGATTCTGGTGAAGAATTTGGAGCTTACATCCGGGTACATTT  400

seq1  GTTTGCTTGGTACTAGAGATTAAATCTGGGCCCTTGGATACTCATGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTGGTACTAGAGATTAAATCTGGGCCCTTGGATACTCATGGTTT  450

seq1  TCCATGGAGTCCACCCTCATTCTCTAAGATTGTTATTAGTAGATATGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGAGTCCACCCTCATTCTCTAAGATTGTTATTAGTAGATATGATA  500

seq1  TTGAAACTTAGTTTTAGTTATGGTTAAAAACAGGAGTTTGGAACCTTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACTTAGTTTTAGTTATGGTTAAAAACAGGAGTTTGGAACCTTAGC  550

seq1  CACTTTAATTGTACAAAGTGAAGGTGTCAACTGTGTTCATGTGGCCAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTAATTGTACAAAGTGAAGGTGTCAACTGTGTTCATGTGGCCAAGT  600

seq1  ACAAGATCATTAGAGTTTTAGCTGTGACCCTGGCACTCTCCCTCGACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATCATTAGAGTTTTAGCTGTGACCCTGGCACTCTCCCTCGACACA  650

seq1  ACTCCCTTTTCTTCCTGCCCCCAGCCCTGGGCAGCTGCACTCACAGAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTTTTCTTCCTGCCCCCAGCCCTGGGCAGCTGCACTCACAGAACC  700

seq1  ATAACATAATGGATAGCCAGCAGGACCATGCAATATTATTGATTTGGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATAATGGATAGCCAGCAGGACCATGCAATATTATTGATTTGGTGC  750

seq1  TAAGGAAGGAATGCAGGGCC-TTGCAGATGGCAGGCAAGTGTTCTACCCT  799
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAGGAATGCAGGGCCTTTGCAGATGGCAGGCAAGTGTTCTACCCT  800

seq1  TGACTAAATCCGAAGCCACAGTGTTTATCTTTTTCTGTGGCTGACACTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAAATCCGAAGCCACAGTGTTTATCTTTTTCTGTGGCTGACACTTC  850

seq1  GTCTAAAATCC-TCAACGTCCATCCATGGTATGTTGTCGTGTATTCCAGA  898
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTCTAAAATCCTTCAACGTCCATCCATGGTATGTTGTCGTGTATT-CAGA  899

seq1  ACATCC-TTTTGAAAACTAAATAACAATGCATTGTGTATATGAGACTT-A  946
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACATCCTTTTTGAAAACTAAATAACAATGCATTGTGTATATGAGACTTAA  949

seq1  AAAAAACAAAACAAAACAAAAC-TCCATTCATCTCCTGATGG-ACATTTA  994
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| 
seq2  AAAAAACAAAACAAAACAAAACTTCCATTCATCTTCTGATGGAACATTT-  998

seq1  AGATGTATCCACC-TTCTGGCTACTTAAGTAATGAG-TATGCAGTTGGGT  1042
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  AGATGTATCCACCTTTCTGGCTACTTAAGTAATGAGTTATGCAGTT-GGT  1047

seq1  ATGCAAATGGCATGTTCTGA-TCTGAAGGCTGAGACAAGAGGATGCAAAT  1091
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGCAAATGGCATGTTCTGATTCTGAAGGCTGAGACAAGAGGATGCAATT  1097

seq1  GTTCG-ATGCCTACCTGGC-TGCATAGCTT-CTC-CCAGGTCACCCT  1134
      ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  GTTCGAATGCCTACCTGGCTTGCATAGCTTCCTCTCCAGGTCACCCT  1144

seq1: chr1_190026927_190028005
seq2: B6Ng01-001B19.g_67_1147 (reverse)

seq1  CACACACACATA-TATGTTTATA-TAGCATATATTTGTGATTTTCTTTTA  48
      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACACACACATATTATGTTTATATTAGCATATATTTTTGATTTTCTTTTA  50

seq1  ATCTAAGGAA-TTTTTTTTTGTACTCTGTGAGTCTGTATTTCCTTCACTT  97
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCTAAGGAATTTTTTTTTTGTACTCTGTGAGTCTGTATTTCC-TCACTT  99

seq1  CAGAGAACATGGTTTCGAGTCATAGGTAGTTTCTTAACTCTAAAGTAAAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGAGAACATGGTTTCGAGTCATAGGTAGTTTCTTAACTCT-AAGTAAAA  148

seq1  GAGGTGAGTTAAACAATAT-CCAGCATCAGTAAGAGACATAAA-CCAGTT  195
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAGGTGAGTT-AACAATATCCCAGCATCAGTAAGAGACATAAACCCAGTT  197

seq1  GAAACCAGTTATGAAGGTAAGGTCATAAGGTTTTGGGGTAGGGGATGTTT  245
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAG-TATGAAGGTAAGGTCATAAGGTTTTGGGGTAGGGGATGTTT  246

seq1  AGTTTGGAGACTGTGTGCTGAGCCTTCAGGATCAATATGTTAGCATCTTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGAGACTGTGTGCTGAGCCTTCAGGATCAATATGTTAGCATCTTC  296

seq1  ATGAAGATGCACAGTGAGCATAGATGTCACTAACAAAATCCCTTTCACTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGATGCACAGTGAGCATAGATGTCACTAACAAAATCCCTTTCACTC  346

seq1  TAAAGGCCTTACTGGGCTCTTAGGCAATTT-AAAAAAAAATGGTGCCATT  394
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCCTTACTGGGCTCTTAGGCAATTTAAAAAAAAAATGGTGCCATT  396

seq1  TCTATGATGTTCTAGAGATAGCTTTAGTTGCTGGTCAAAAGGGTATGCTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGATGTTCTAGAGATAGCTTTAGTTGCTGGTCAAAAGGGTATGCTT  446

seq1  ACTTGTTTGTTTTTGGAAAACCTTTCTGTAGCCACCTCTTTTAGAAAACT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTTGTTTTTGGAAAACCTTTCTGTAGCCACCTCTTTTAGAAAACT  496

seq1  TCTCTTGAGGAATCTCCCTGCATGTCCATGCAGGTGCCATGTTCAGCTGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGAGGAATCTCCCTGCATGTCCATGCAGGTGCCATGTTCAGCTGA  546

seq1  TGAGTACTTGTCGCCACTGTGAGACAGAAAGTTGGATGTCTCACCTCCAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACTTGTCGCCACTGTGAGACAGAAAGTTGGATGTCTCACCTCCAC  596

seq1  TCCTGACACATTGCTTATATCCCACAAACAACCATGCACTATGTTTCAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACACATTGCTTATATCCCACAAACAACCATGCACTATGTTTCAGA  646

seq1  GGGTTCAGTACAAAAAACTGGGTAATTCCTATCTCACCCCAAGAAACCTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCAGTACAAAAAACTGGGTAATTCCTATCTCACCCCAAGAAACCTA  696

seq1  AGCTGATCGTGTTAAATTGCTTCAGAATTTGACGCCTGTACTTTATGTTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATCGTGTTAAATTGCTTCAGAATTTGACGCCTGTACTTTATGTTG  746

seq1  CTGCCCCTTGATAATTATAATAGTCACCCCTTGGTATTTGTGAAGAATCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTTGATAATTATAATAGTCACCCCTTGGTATTTGTGAAGAATCA  796

seq1  ATTCTAGTTCTTTTTTTTTTTTCTTAAGGATAGTTACAAAGCCTGCAGAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGTTCTTTTTTTTTTTTCTTAAGGATAGTTACAAAGCCTGCAGAG  846

seq1  TATCAATTTGTATGTAAAATGGCATGATTTTATATAACCCTTACCTGTTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATTTGTATGTAAAATGGCATGATTTTATATAACCCTTACCTGTTT  896

seq1  GTTTTAGTAACTTATCTCTAGAGTACTTATAAGTGGTGCCAGATAAATTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGTAACTTATCTCTAGAGTACTTATAAGTGGTGCCAGATAAATTC  946

seq1  AGATAAAGAGTTGACATATGTATAGTGTTGTCTCAGGAACAGTGACAGGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAGAGTTGACATATGTATAGTGTTGTCTCAGGAACAGTGACAGGA  996

seq1  AAAACTCTGTGTGTTCAGTGCAGACATAACTCATACCTTCGTTTTAAAAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCTGTGTGTTCAGTGCAGACATAACTCATACCTTCGTTTTAAAAA  1046

seq1  TACATTTGTGCTCTCATCTCTGGGGGTCAGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTGTGCTCTCATCTCTGGGGGTCAGAATTC  1081