BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002E16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 195,293,467 - 195,350,110
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcnh1, Hhat, A730013G03Rik, Sertad4, LOC100039677, Syt14, AA408296, Irf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g
Downstream geneLOC667208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002E16.bB6Ng01-002E16.g
ACCDH840360DH840361
length1,1361,132
definitionDH840360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002E16, 5' end.DH840361|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002E16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(195,348,982 - 195,350,110)(195,293,467 - 195,294,613)
sequence
gaattcagtcagaagacataatttgagcagaagtttattcaacaaagcta
aacaaagcaaatactccagagaacttggagcggggtgtttcaagatgagg
agcagttagggagattctgcactgtgaattttaaagaggctttgtaacta
tctatgaaggaggtggcttatttatgggtccttttcctatcctaaatcat
gatggaccaggtatcccttttagagtattttttcacatgatcctccacaa
aatcccaccaaaggagtgtgtcatacatgccttcatgccttagcttctta
catggtagtaacagactacagcttcaaggatgtctgattacaaagggaag
ttctgaaggccagaagacacatctacaggggttctcagtcactctgtgtc
agaagatacagctacagtggttctcggttgccttgtgtctaccccatacc
agcttggtatcacttccacatattccagttcaccttaaagttttgcatca
tcatggagaaagtaagaattggcaaaggcaaagaaacacatggtaacaga
gacggccagatttaagacgaaaatacagcaccttgacagtccaagccagc
tccataccctagcattcaaatgagaatggagttgctgcaggggtgtaaga
acagggcccagtggggttactatcaagtctttggcatgttcattctgttc
tacacacgctgtctccaacacttaccaacattccctcctcagagcaacct
gaacaatcccattgctcctgtacctggctccctccagcaaaccagaaatt
caccaaaacacaagaaatggaataaaagcggtatggtccacactttccag
cctcagctatccaagcctacatgcttgagtcaaaggcacaatgggcccct
aggtcttaatggtcacctggtccctatatcatggaacgaaatcacctggg
gtggccttttaaaatgtaaattctgagacagtaggtctcagaatggggtc
ttgatatgatggcacctaacaagtcgttgtgccttgctgctggagaagac
catgcttttgatcagccagagtgtaccaactttcacatggtagatgggct
aattaagaaagcttcattcactcttagtgctttcaa
gaattcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaagtaag
taagtaagtaaatggcattgcttttttttaattaggtattttcctcattt
acatttccaatgctatcccaaaagtcccccataccctccccaccactccc
ctacccacccactcccactttttggccctggcattcccctgtactggggc
atataaagtttgcaagtccaatgggcctctctttccagtgatggctgact
atgccatcttttgatacatatgcagctagagtcaagagctcaggggtact
ggttagttcataatgttgttccacctatagggttgcagatccctttagct
ccttgggtactttctctagctcttccattgggggccctgtgatccatcca
atagctgactgtgagcatccacttctgtgtttgctaggccccggcatagt
ctcacaagagagagctctatctgggtcctttcagcaaaatcttgctagtg
tgtgcaatggtgtcagcgtttggaagctgattatgggatggatccccgga
tatggcagactctagatggtccatcctttcatcacagctctaaactttgt
ctctgtaactccttccatgggtgtttttgttcccaattctaagaaggggc
aaagtgtccacactttggtctttgttctttcttgagtttcatgaggcatt
gctttttaagtgccaaggaacatcctgtctatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatctatcaggatgaatataagttaaatgttgctg
ctgcagacatcaggagtttttcagggtgggcaaactgctgccaggactcc
tggagagcatgattcagctgaaggtaaaaggtcagagcaggcttagaaca
ggagatgggtcagagtgaggatggaggatcaaatctagataggttatggt
ggacaggcaggcagctgagtagtttgaatcacagtaggagtctaaggaag
ttgtctctcaccccaccaggtgtcaatgggagttggatggggccatgcat
cagagtgctagggtgtcatcattcggggtcagtctgatagtaaccctata
ctccgctgtgaggtgtaaccgatcctgaatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_195348982_195350110
seq2: B6Ng01-002E16.b_45_1180 (reverse)

seq1  TTGAAAGCACTAAGAGTGAATGAAGCTTTC-TATATAGCCCATCCTACCA  49
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||
seq2  TTGAAAGCACTAAGAGTGAATGAAGCTTTCTTAATTAGCCCAT-CTACCA  49

seq1  TGTG-AAGTGTGTACACTCTTGCTGATC-AGAGCATGGTCTTCTCCAGCA  97
      |||| ||||  ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAGTTGGTACACTCTGGCTGATCAAAAGCATGGTCTTCTCCAGCA  99

seq1  GC-AGGCACCACGGCCTTGTTAGGTGCCATCATATC-AGACCCCATTCTG  145
      || |||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCAAGGCACAAC-GACTTGTTAGGTGCCATCATATCAAGACCCCATTCTG  148

seq1  AGACCTACTGTCTCAGAATCTACATTTTAAAAGGCCA-CCCAGGTGATTT  194
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGACCTACTGTCTCAGAATTTACATTTTAAAAGGCCACCCCAGGTGATTT  198

seq1  CTTCACATGATATAGGGACCAGGTGACCA-TAAGACCTAGGGG-CCATTG  242
      | |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CGTTCCATGATATAGGGACCAGGTGACCATTAAGACCTAGGGGCCCATTG  248

seq1  TGCCTTTGACTCAAGCATGTAGGCTTGGATAGCTGAGGCTGG-AAGTGTG  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCCTTTGACTCAAGCATGTAGGCTTGGATAGCTGAGGCTGGAAAGTGTG  298

seq1  GACCATACCGCTTTTATTCCATTTCTTGTGTTTTGGTGAATTTCTGGTTT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATACCGCTTTTATTCCATTTCTTGTGTTTTGGTGAATTTCTGGTTT  348

seq1  GCTGGAGGGAGCCAGGTACAGGAGCAATGGGATTGTTCAGGTTGCTCTGA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGGGAGCCAGGTACAGGAGCAATGGGATTGTTCAGGTTGCTCTGA  398

seq1  GGAGGGAATGTTGGTAAGTGTTGGAGACAGCGTGTGTAGAACAGAATGAA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAATGTTGGTAAGTGTTGGAGACAGCGTGTGTAGAACAGAATGAA  448

seq1  CATGCCAAAGACTTGATAGTAACCCCACTGGGCCCTGTTCTTACACCCCT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAAAGACTTGATAGTAACCCCACTGGGCCCTGTTCTTACACCCCT  498

seq1  GCAGCAACTCCATTCTCATTTGAATGCTAGGGTATGGAGCTGGCTTGGAC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAACTCCATTCTCATTTGAATGCTAGGGTATGGAGCTGGCTTGGAC  548

seq1  TGTCAAGGTGCTGTATTTTCGTCTTAAATCTGGCCGTCTCTGTTACCATG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGGTGCTGTATTTTCGTCTTAAATCTGGCCGTCTCTGTTACCATG  598

seq1  TGTTTCTTTGCCTTTGCCAATTCTTACTTTCTCCATGATGATGCAAAACT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTTGCCTTTGCCAATTCTTACTTTCTCCATGATGATGCAAAACT  648

seq1  TTAAGGTGAACTGGAATATGTGGAAGTGATACCAAGCTGGTATGGGGTAG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTGAACTGGAATATGTGGAAGTGATACCAAGCTGGTATGGGGTAG  698

seq1  ACACAAGGCAACCGAGAACCACTGTAGCTGTATCTTCTGACACAGAGTGA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGGCAACCGAGAACCACTGTAGCTGTATCTTCTGACACAGAGTGA  748

seq1  CTGAGAACCCCTGTAGATGTGTCTTCTGGCCTTCAGAACTTCCCTTTGTA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAACCCCTGTAGATGTGTCTTCTGGCCTTCAGAACTTCCCTTTGTA  798

seq1  ATCAGACATCCTTGAAGCTGTAGTCTGTTACTACCATGTAAGAAGCTAAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGACATCCTTGAAGCTGTAGTCTGTTACTACCATGTAAGAAGCTAAG  848

seq1  GCATGAAGGCATGTATGACACACTCCTTTGGTGGGATTTTGTGGAGGATC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAGGCATGTATGACACACTCCTTTGGTGGGATTTTGTGGAGGATC  898

seq1  ATGTGAAAAAATACTCTAAAAGGGATACCTGGTCCATCATGATTTAGGAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAAAAATACTCTAAAAGGGATACCTGGTCCATCATGATTTAGGAT  948

seq1  AGGAAAAGGACCCATAAATAAGCCACCTCCTTCATAGATAGTTACAAAGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAGGACCCATAAATAAGCCACCTCCTTCATAGATAGTTACAAAGC  998

seq1  CTCTTTAAAATTCACAGTGCAGAATCTCCCTAACTGCTCCTCATCTTGAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAAAATTCACAGTGCAGAATCTCCCTAACTGCTCCTCATCTTGAA  1048

seq1  ACACCCCGCTCCAAGTTCTCTGGAGTATTTGCTTTGTTTAGCTTTGTTGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCGCTCCAAGTTCTCTGGAGTATTTGCTTTGTTTAGCTTTGTTGA  1098

seq1  ATAAACTTCTGCTCAAATTATGTCTTCTGACTGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTTCTGCTCAAATTATGTCTTCTGACTGAATTC  1136

seq1: chr1_195293467_195294613
seq2: B6Ng01-002E16.g_69_1200

seq1  GAATTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGTAAG  50

seq1  TAAGTAAGTAAATGGCATTGCTTTTTTTTAATTAGGTATTTTCCTCATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAGTAAATGGCATTGCTTTTTTTTAATTAGGTATTTTCCTCATTT  100

seq1  ACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCACCACTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCACCACTCCC  150

seq1  CTACCCACCCACTCCCACTTTTTGGCCCTGGCATTCCCCTGTACTGGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCACCCACTCCCACTTTTTGGCCCTGGCATTCCCCTGTACTGGGGC  200

seq1  ATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCTGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCTGACT  250

seq1  ATGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCAGGGGTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCAGGGGTACT  300

seq1  GGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCT  350

seq1  CCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCTTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCATCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCTTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCATCCA  400

seq1  ATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGT  450

seq1  CTCACAAGAGAGAGCTCTATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAGAGAGAGCTCTATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTG  500

seq1  TGTGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGGATGGATCCCCGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGGATGGATCCCCGGA  550

seq1  TATGGCAGACTCTAGATGGTCCATCCTTTCATCACAGCTCTAAACTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCAGACTCTAGATGGTCCATCCTTTCATCACAGCTCTAAACTTTGT  600

seq1  CTCTGTAACTCCTTCCATGGGTG-TTTTGTTCCCAATTCTAAGAAGGGGC  649
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAACTCCTTCCATGGGTGTTTTTGTTCCCAATTCTAAGAAGGGGC  650

seq1  AAAGTGTCCACACTTTGGTCTTTGTTC-TTCTTGAGTTTCATGAGGCATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTCCACACTTTGGTCTTTGTTCTTTCTTGAGTTTCATGAGGCATT  700

seq1  GC-TTTTAAGTGCCAAGGAACATCCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCT  747
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTAAGTGCCAAGGAACATCCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCT  750

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCAGGATGAATATAAGTTAAATGTTGCTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCAGGATGAATATAAGTTAAATGTTGCTG  800

seq1  CTGCAGACATCAGGAG-TTTTCAGGGTGGGCAAACTGCTGCCAGGACTCC  846
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGACATCAGGAGTTTTTCAGGGTGGGCAAACTGCTGCCAGGACTCC  850

seq1  TGGAGAGCATGATTCAGCTGAAAGGTAAAAGGTCAGAGCAGGCTTAGAAC  896
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGCATGATTCAGCTG-AAGGTAAAAGGTCAGAGCAGGCTTAGAAC  899

seq1  AGGAGATGGGTCAGGAGTGAGGAATGGAGGATCAGATCTAGATAGGTTAA  946
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  AGGAGATGGGTCA-GAGTGAGG-ATGGAGGATCAAATCTAGATAGGTT-A  946

seq1  TGGTGGACAGGCAGGCAGCTGAGTAGTTTGAATCAACAGTAGGAGTCTAA  996
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGGTGGACAGGCAGGCAGCTGAGTAGTTTGAATC-ACAGTAGGAGTCTAA  995

seq1  GGAAAGTTGGTCTCTCACACACACCAGGTGTCAAATGGTAGGTTGGTATG  1046
      || ||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| | ||||| |||
seq2  GG-AAGTT-GTCTCTCAC-CCCACCAGGTGTC-AATGGGA-GTTGG-ATG  1039

seq1  GGGCCATGCCATCAGAGTGCTAGGTGTTCATCATTTCAGGGGTCCAGGTC  1096
      |||||||| |||||||||||||||   ||||||||   ||||||   |||
seq2  GGGCCATG-CATCAGAGTGCTAGGGTGTCATCATT--CGGGGTC--AGTC  1084

seq1  TGAGAGTTAAACCCTTTACTCAGCTGGTGAGTTTTATACGATCCTGAATC  1146
      ||| |||  |||||| ||||| ||| ||||| | ||  ||||||||||||
seq2  TGATAGT--AACCCTATACTCCGCT-GTGAGGTGTAACCGATCCTGAATC  1131

seq1  T  1147
      |
seq2  T  1132