BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003C08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 60,940,033 - 61,072,139
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos
Upstream geneAls2cr13, LOC100042496, Ica1l, Wdr12, Carf, Nbeal1, Cyp20a1, Abi2, Raph1, LOC100043027, LOC100042533, Eif4a-ps4, Cd28, LOC667555
Downstream geneLOC433313, LOC100042566, Pard3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003C08.bB6Ng01-003C08.g
ACCDH840949DH840950
length1,1941,107
definitionDH840949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003C08, 5' end.DH840950|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003C08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,070,912 - 61,072,139)(60,940,033 - 60,941,148)
sequence
gaattcctaggctaagagataaagcattcgttttagacttgattacttat
ggcactgacacaaaaatatttgacaacatgtttttctctcattgatgcca
cctgactcccgaaacattggaaggaataatactaataacacttttgctgc
aaatgttccataatcggcatcagaaaatatcagagcatgtccctcaggca
gaactaaatacactgaactcactgaggtaggggacagtctaagtctaggc
ggggtgaccttgaggcagatcttataaagcagaaaactggatggaatttt
ggatagtttatgtccaatgacttgatctgaagagcacaatgaggcaagga
tgcacacactgggcctgatgagaggcaagcggtaaaagccaagcggtgga
gctggtttgtcaaggtgactatctgtgaaggagactcaggaggcagttta
ggattcaacacaattattggaaaatgacattgaggggacatctatggata
gacagggaggaagctggcttgcggaatgtgaaatctccgtttttgagagc
tgtgtatttgaatgacacatcagatatgttccatattggctcacatcagt
agacatgaggtgctcttagaaaagagggacttggagccaacccccaggag
aatgacaaataaaggcttgcttctaacggcattccagcagcttactgtga
agcggggtctggacagaatgggcctgtgtctcatcaaccaggatttaccc
gccccaagtaaacagcttcttactgttgattagcctcagctttgtttagg
agaaaattatgacattttatttggtctcattattgttgaagggataggta
ggtttcatatactaataataaatgttgcttttcctcacccctgagcttat
ctgaatctcataggaaaaggtgtcttcctgtatgtattttcattttccat
ctcagatatctcacccatctctgccattcagcactatatgtgttttctcc
tttttttgtcatatcatataccctctcacacatagtcttctctacccaga
attcttcatctaaataaagtcaacagtaaactacacaaactattgattca
tctaagcccttaatcctctttttagacgtttacaataatacaggtccttt
ctctcaccaacttcgattcacttgcatcaggcaattatggcatg
gaattcattttgagcctactctgggtctaaaaaaccagggcaacagtaac
aataagtatattttaagatagtccaatgatggctatcctcaaactgggaa
gagggaacagggaatgctcaccccaggagcctggatacctcagcagtcct
gacctggtggtgagtgatggcctggaggagacttggggagacaccagttt
tcagtcaaagttggaaggctgaagaagctggattctgatgttagtgaatg
atggtgctatcagaatagacgaacttgaaagacccaaaagcaaacaagtt
agcagcaaaacctccctctgatctccttaatcagggctaccacaggaggg
tgttgctaacattcaaggtgggccttttcgtttcacacagtgtaaccaag
agagttcttctcagttatgctcaggagttaatttaaaaaatacatttcct
cctagatgtgctcagaggtttacaatttttatacacacacacacacacac
acacacacacacacacctacctacctcaaatgtaagtgtgtgtgtatcta
tagaggtctgctatcctcaaacatataggtttgctatatgactctagatt
ctatgacgttgacacccaatattagccatcacatgggacttccataagcc
ctagaaccccaagcctgactgggaagacgaggtcattcaaaggctgtcag
tgatggggcaaattcttcccagcaaaacactgaagatagggcccaaggca
gcctgagatcagcaggcaaggagggagagcaaaacactgagacaaacagc
tgaagaacttccacgcatgatctttcaccttgtggacttctgtgctcatc
agaggtaaggcataactgaacacatatatatccaggcatctgggaaatca
gagttaggtgaaaatttatcagagattaaattatatcaacttggggccat
tgaagtgttcagtgagtaaagtgcttgctgttaagcctgacaacctggag
gttgaactccaggcctcacatgttgaaggagaaaactgactcccacaagt
tgtcctctgacactatagcatacatcaaacggcatgcaccaaacacaaca
cacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_61070912_61072139
seq2: B6Ng01-003C08.b_45_1238 (reverse)

seq1  CATGCCATAATGTGCCTGGATGCAAAGGTGGATTTGGAAGAGTTGGTGAG  50
      ||||||||||| ||||| |||||||  ||| |  | ||  ||||||||||
seq2  CATGCCATAAT-TGCCT-GATGCAA--GTGAA--TCGA--AGTTGGTGAG  42

seq1  AGAAGTGAACTGGTATTTAATGGTAAACGTCTATAAAGAGATTTAAGGGC  100
      ||||  || || |||||  || ||||||||||| ||||||  ||||||||
seq2  AGAAAGGACCT-GTATT--ATTGTAAACGTCTAAAAAGAGGATTAAGGGC  89

seq1  CTAGATGAATCAAATAGTTTTGGTGTAGGTTTTACTGTTGACTTTAATTT  150
       |||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||||||| ||||
seq2  TTAGATGAATC-AATAGTTT--GTGTAG--TTTACTGTTGACTTT-ATTT  133

seq1  AGATTGAAGAAATTCTTGGGTAGAGAAGAACTATTGGTTGTGAGAGGGTT  200
      ||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||    |||||||||| |
seq2  AGA-TGAAG-AATTC-TGGGTAGAGAAG-ACTAT---GTGTGAGAGGG-T  175

seq1  ATATGATATGTACAAAAAAAAAGGGAGAAAACACATATAGTGCCTGAATG  250
      |||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATATGATATG-ACAAAAAAA---GGAGAAAACACATATAGTG-CTGAATG  220

seq1  GCAGAGATGGGTGAGGATATCTGAGATGGAAAAATGAAAATAACATACAG  300
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  GCAGAGATGGGTGA-GATATCTGAGATGG-AAAATGAAAAT-ACATACAG  267

seq1  GAAGAACACCTTTTCCTATGAGATTCAGATAAGCTCAGGGGTGAGGAAAA  350
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAG-ACACCTTTTCCTATGAGATTCAGATAAGCTCAGGGGTGAGGAAAA  316

seq1  GCAACATTTATTATTAGTATATGAAACCTACCTATCCCTTCAACAATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATTTATTATTAGTATATGAAACCTACCTATCCCTTCAACAATAAT  366

seq1  GAGACCAAATAAAATGTCATAATTTTCTCCTAAACAAAGCTGAGGCTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAAATAAAATGTCATAATTTTCTCCTAAACAAAGCTGAGGCTAAT  416

seq1  CAACAGTAAGAAGCTGTTTACTTGGGGCGGGTAAATCCTGGTTGATGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTAAGAAGCTGTTTACTTGGGGCGGGTAAATCCTGGTTGATGAGA  466

seq1  CACAGGCCCATTCTGTCCAGACCCCGCTTCACAGTAAGCTGCTGGAATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCCCATTCTGTCCAGACCCCGCTTCACAGTAAGCTGCTGGAATGC  516

seq1  CGTTAGAAGCAAGCCTTTATTTGTCATTCTCCTGGGGGTTGGCTCCAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAGAAGCAAGCCTTTATTTGTCATTCTCCTGGGGGTTGGCTCCAAGT  566

seq1  CCCTCTTTTCTAAGAGCACCTCATGTCTACTGATGTGAGCCAATATGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTTTCTAAGAGCACCTCATGTCTACTGATGTGAGCCAATATGGAA  616

seq1  CATATCTGATGTGTCATTCAAATACACAGCTCTCAAAAACGGAGATTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTGATGTGTCATTCAAATACACAGCTCTCAAAAACGGAGATTTCA  666

seq1  CATTCCGCAAGCCAGCTTCCTCCCTGTCTATCCATAGATGTCCCCTCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCGCAAGCCAGCTTCCTCCCTGTCTATCCATAGATGTCCCCTCAAT  716

seq1  GTCATTTTCCAATAATTGTGTTGAATCCTAAACTGCCTCCTGAGTCTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTTCCAATAATTGTGTTGAATCCTAAACTGCCTCCTGAGTCTCCT  766

seq1  TCACAGATAGTCACCTTGACAAACCAGCTCCACCGCTTGGCTTTTACCGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATAGTCACCTTGACAAACCAGCTCCACCGCTTGGCTTTTACCGC  816

seq1  TTGCCTCTCATCAGGCCCAGTGTGTGCATCCTTGCCTCATTGTGCTCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCTCATCAGGCCCAGTGTGTGCATCCTTGCCTCATTGTGCTCTTC  866

seq1  AGATCAAGTCATTGGACATAAACTATCCAAAATTCCATCCAGTTTTCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGTCATTGGACATAAACTATCCAAAATTCCATCCAGTTTTCTGC  916

seq1  TTTATAAGATCTGCCTCAAGGTCACCCCGCCTAGACTTAGACTGTCCCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGATCTGCCTCAAGGTCACCCCGCCTAGACTTAGACTGTCCCCT  966

seq1  ACCTCAGTGAGTTCAGTGTATTTAGTTCTGCCTGAGGGACATGCTCTGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGTGAGTTCAGTGTATTTAGTTCTGCCTGAGGGACATGCTCTGAT  1016

seq1  ATTTTCTGATGCCGATTATGGAACATTTGCAGCAAAAGTGTTATTAGTAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTGATGCCGATTATGGAACATTTGCAGCAAAAGTGTTATTAGTAT  1066

seq1  TATTCCTTCCAATGTTTCGGGAGTCAGGTGGCATCAATGAGAGAAAAACA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTTCCAATGTTTCGGGAGTCAGGTGGCATCAATGAGAGAAAAACA  1116

seq1  TGTTGTCAAATATTTTTGTGTCAGTGCCATAAGTAATCAAGTCTAAAACG  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCAAATATTTTTGTGTCAGTGCCATAAGTAATCAAGTCTAAAACG  1166

seq1  AATGCTTTATCTCTTAGCCTAGGAATTC  1228
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTTATCTCTTAGCCTAGGAATTC  1194

seq1: chr1_60940033_60941148
seq2: B6Ng01-003C08.g_68_1174

seq1  GAATTCATTTTGAGCCTACTCTGGGTCTAAAAAACCAGGGCAACAGTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTGAGCCTACTCTGGGTCTAAAAAACCAGGGCAACAGTAAC  50

seq1  AATAAGTATATTTTAAGATAGTCCAATGATGGCTATCCTCAAACTGGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTATATTTTAAGATAGTCCAATGATGGCTATCCTCAAACTGGGAA  100

seq1  GAGGGAACAGGGAATGCTCACCCCAGGAGCCTGGATACCTCAGCAGTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAACAGGGAATGCTCACCCCAGGAGCCTGGATACCTCAGCAGTCCT  150

seq1  GACCTGGTGGTGAGTGATGGCCTGGAGGAGACTTGGGGAGACACCAGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGTGGTGAGTGATGGCCTGGAGGAGACTTGGGGAGACACCAGTTT  200

seq1  TCAGTCAAAGTTGGAAGGCTGAAGAAGCTGGATTCTGATGTTAGTGAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAAAGTTGGAAGGCTGAAGAAGCTGGATTCTGATGTTAGTGAATG  250

seq1  ATGGTGCTATCAGAATAGACGAACTTGAAAGACCCAAAAGCAAACAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGCTATCAGAATAGACGAACTTGAAAGACCCAAAAGCAAACAAGTT  300

seq1  AGCAGCAAAACCTCCCTCTGATCTCCTTAATCAGGGCTACCACAGGAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAAAACCTCCCTCTGATCTCCTTAATCAGGGCTACCACAGGAGGG  350

seq1  TGTTGCTAACATTCAAGGTGGGCCTTTTCGTTTCACACAGTGTAACCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTAACATTCAAGGTGGGCCTTTTCGTTTCACACAGTGTAACCAAG  400

seq1  AGAGTTCTTCTCAGTTATGCTCAGGAGTTAATTTAAAAAATACATTTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCTTCTCAGTTATGCTCAGGAGTTAATTTAAAAAATACATTTCCT  450

seq1  CCTAGATGTGCTCAGAGGTTTACAATTTTTATACACACACACACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATGTGCTCAGAGGTTTACAATTTTTATACACACACACACACACAC  500

seq1  ACACACACACACACACCTACCTACCTCAAATGTAAGTGTGTGTGTATCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACCTACCTACCTCAAATGTAAGTGTGTGTGTATCTA  550

seq1  TAGAGGTCTGCTATCCTCAAACATATAGGTTTGCTATATGACTCTAGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTCTGCTATCCTCAAACATATAGGTTTGCTATATGACTCTAGATT  600

seq1  CTATGACGTTGACACCCAATATTAGCCATCACATGGGACTTCCATAAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACGTTGACACCCAATATTAGCCATCACATGGGACTTCCATAAGCC  650

seq1  CTAGAACCCCAAGCCTGACTGGGAAGACGAGGTCATTCAAAGGCTGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACCCCAAGCCTGACTGGGAAGACGAGGTCATTCAAAGGCTGTCAG  700

seq1  TGATGGGGCAAATTCTTCCCAGCAAAACACTGAAGATAGGGCCCAAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGGCAAATTCTTCCCAGCAAAACACTGAAGATAGGGCCCAAGGCA  750

seq1  GCCTGAGATCAGCAGGCAAGGAGGGAGAGCAAAACACTGAGACAAACAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGATCAGCAGGCAAGGAGGGAGAGCAAAACACTGAGACAAACAGC  800

seq1  TGAAGAACTTCCACGCATGATCTTTCACCTTGTGGACTTCTGTGCTCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAACTTCCACGCATGATCTTTCACCTTGTGGACTTCTGTGCTCATC  850

seq1  AGAGGTAAGGCATAACTGAACACATATATATCCAGGCATCTGGGAAATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAAGGCATAACTGAACACATATATATCCAGGCATCTGGGAAATCA  900

seq1  GAGTTAGGTGAAAATTTATCAGAGATTAAAATTATATCAACTTGGGGCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGGTGAAAATTTATCAGAGATT-AAATTATATCAACTTGGGGCCA  949

seq1  TTGAGGTGGTTCAGTGAGTAAAGGTGCTTGCTGTTAAGCCTGACAACCTG  1000
      |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGT-GTTCAGTGAGTAAA-GTGCTTGCTGTTAAGCCTGACAACCTG  997

seq1  GAGGTTGAACTCCAGGCCTCACATGGTTGAAGGAGAAAACTGACTCCCAC  1050
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGAACTCCAGGCCTCACAT-GTTGAAGGAGAAAACTGACTCCCAC  1046

seq1  AAGTTGTCCTCTGACCACTATAGGCATACATCCATACAGCCATGCACCAC  1100
      |||||||||||||| ||||||| |||||||| || || | ||||||||| 
seq2  AAGTTGTCCTCTGA-CACTATA-GCATACAT-CAAAC-GGCATGCACCAA  1092

seq1  ACACACACACACACAC  1116
      ||||| ||||||||||
seq2  ACACA-ACACACACAC  1107