BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003E03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 40,873,340 - 41,028,292
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem182, Ppia-ps1_352.1
Upstream geneMap4k4, Il1r2, Il1r1, Il1rl2, Il1rl1, Il18r1, Il18rap, Slc9a4, Slc9a2, Mfsd9
Downstream geneLOC100041441
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003E03.bB6Ng01-003E03.g
ACCDH841028DH841029
length4961,095
definitionDH841028|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003E03, 5' end.DH841029|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003E03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,027,791 - 41,028,292)(40,873,340 - 40,874,446)
sequence
atgtgcatgtcacggtttgatcaagaaatacatgttcccaggaaggaaag
tgaatcccttggactaaggtgtagtctgtgtctctggaactcatgttttc
cgttcattgcacttatttctctagtcccaaatgttacaatccccacgtag
tgagcaggtgctattaaactgaagtatctacaaaactgtaaaatgctgga
ccttataaattattattcttaaaaaaaatcctgtaaatttgtttgaagaa
tgcaggtgaccatatagatatcagcacagtaaaacctgacagctttaagt
gtaaagtattgctgggtcataatacattgaattatgtatgaccagagtaa
atacaattactctagctatcaactcttggtctttaggttgcattcgcaaa
gatctctgcttgttaatctaccagctgtattttaggcacccagttctgtg
aggaaatcttccctatattttactgcttggtggtggggtggggtgg
gaattctttggattgggaagtgattgctttctgaaaatacgaccgcgcca
tcatgctcagcagtgtggcctggatttctttagagaggacaggttcttat
ctccctgtccgcaaaaacgcctgctgctcaaaagtggaatcccttcccca
gaggaacagcagagcaaggcttctcatcttggcatcctttcatgatgggc
tggccgatcttgtgctgtggagaagatctggtgcattgctagatggtcta
caagaagcctagctttcacccagtatcccattagtgacccttcacttgtg
actattaaaaattgtctctagatattgacaggtatcctgggcagtggaag
tggggttggcacatacacacaaaatgtcctctaacaagaccactggggac
tttcagacatccatcctaaacactatcgctccaaaccatatactttttag
aatcatatttgttcctcaatattgtgggactagaaccattggttccagga
cctatcacacaaacaccaatatcatggtggctcaagtcctttataaaatt
gtgtcttatttttattatgcaaagacactctgtacatcattccatgtcct
ttagatgacttctcagtgaataattttgttttaagatttatttatttatg
tatatgagtgcactgtacctgtgttcagatacactggaagagagcatcag
attccattacatatgtgagccaccatgtggttgctgggaattgaactcag
ggcctctggaagagcagtcagtgctcttaaccactgagccatccctccat
tccttatgttacaggtctaccagtaataactatgccctgtcatttggaaa
gtatgattagaagtgtgttatgtctacactgggcatttgtaattgtgttc
ctagtcacaggagcccacctaggcctcttgtctgtaatataattgctttg
gctccaagtttggggcctttgctctgaagacagtatcaaagtatcaactg
ggacattttaaaaaaattaccaagtgctgcagatacctgacttaccctag
tctgaatgtttcagataagtcaaaattcttggcctctagactatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_41027791_41028292
seq2: B6Ng01-003E03.b_47_548 (reverse)

seq1  CCACCCCACCCCACCACCAAGCAGTAAAATATAGGGAAGATTTCCTCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCACCCCACCACCAAGCAGTAAAATATAGGGAAGATTTCCTCACA  50

seq1  GAACTGGGTGCCTAAAATACAGCTGGTAGATTAACAAGCAGAGATCTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGGTGCCTAAAATACAGCTGGTAGATTAACAAGCAGAGATCTTTG  100

seq1  CGAATGCAACCTAAAGACCAAGAGTTGATAGCTAGAGTAATTGTATTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGCAACCTAAAGACCAAGAGTTGATAGCTAGAGTAATTGTATTTAC  150

seq1  TCTGGTCATACATAATTCAATGTATTATGACCCAGCAATACTTTACACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCATACATAATTCAATGTATTATGACCCAGCAATACTTTACACTT  200

seq1  AAAGCTGTCAGGTTTTACTGTGCTGATATCTATATGGTCACCTGCATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGTCAGGTTTTACTGTGCTGATATCTATATGGTCACCTGCATTCT  250

seq1  TCAAACAAATTTACAGGATTTTTTTTAAGAATAATAATTTATAAGGTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAAATTTACAGGATTTTTTTTAAGAATAATAATTTATAAGGTCCA  300

seq1  GCATTTTACAGTTTTGTAGATACTTCAGTTTAATAGCACCTGCTCACTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTACAGTTTTGTAGATACTTCAGTTTAATAGCACCTGCTCACTAC  350

seq1  GTGGGGATTGTAACATTTGGGACTAGAGAAATAAGTGCAATGAACGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGATTGTAACATTTGGGACTAGAGAAATAAGTGCAATGAACGGAAA  400

seq1  ACATGAGTTCCAGAGACACAGACTACACCTTAGTCCAAGGGATTCACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGTTCCAGAGACACAGACTACACCTTAGTCCAAGGGATTCACTTT  450

seq1  CCTTCCTGGGAACATGTATTTCTTGATCAAACCGTGACATGCACATGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGGGAACATGTATTTCTTGATCAAACCGTGACATGCACATGAAT  500

seq1  TC  502
      ||
seq2  TC  502

seq1: chr1_40873340_40874446
seq2: B6Ng01-003E03.g_68_1162

seq1  GAATTCTTTGGATTGGGAAGTGATTGCTTTCTGAAAATACGACCGCGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGATTGGGAAGTGATTGCTTTCTGAAAATACGACCGCGCCA  50

seq1  TCATGCTCAGCAGTGTGGCCTGGATTTCTTTAGAGAGGACAGGTTCTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTCAGCAGTGTGGCCTGGATTTCTTTAGAGAGGACAGGTTCTTAT  100

seq1  CTCCCTGTCCGCAAAAACGCCTGCTGCTCAAAAGTGGAATCCCTTCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGTCCGCAAAAACGCCTGCTGCTCAAAAGTGGAATCCCTTCCCCA  150

seq1  GAGGAACAGCAGAGCAAGGCTTCTCATCTTGGCATCCTTTCATGATGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACAGCAGAGCAAGGCTTCTCATCTTGGCATCCTTTCATGATGGGC  200

seq1  TGGCCGATCTTGTGCTGTGGAGAAGATCTGGTGCATTGCTAGATGGTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCGATCTTGTGCTGTGGAGAAGATCTGGTGCATTGCTAGATGGTCTA  250

seq1  CAAGAAGCCTAGCTTTCACCCAGTATCCCATTAGTGACCCTTCACTTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGCCTAGCTTTCACCCAGTATCCCATTAGTGACCCTTCACTTGTG  300

seq1  ACTATTAAAAATTGTCTCTAGATATTGACAGGTATCCTGGGCAGTGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAAAAATTGTCTCTAGATATTGACAGGTATCCTGGGCAGTGGAAG  350

seq1  TGGGGTTGGCACATACACACAAAATGTCCTCTAACAAGACCACTGGGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTGGCACATACACACAAAATGTCCTCTAACAAGACCACTGGGGAC  400

seq1  TTTCAGACATCCATCCTAAACACTATCGCTCCAAACCATATACTTTTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGACATCCATCCTAAACACTATCGCTCCAAACCATATACTTTTTAG  450

seq1  AATCATATTTGTTCCTCAATATTGTGGGACTAGAACCATTGGTTCCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATATTTGTTCCTCAATATTGTGGGACTAGAACCATTGGTTCCAGGA  500

seq1  CCTATCACACAAACACCAATATCATGGTGGCTCAAGTCCTTTATAAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCACACAAACACCAATATCATGGTGGCTCAAGTCCTTTATAAAATT  550

seq1  GTGTCTTATTTTTATTATGCAAAGACACTCTGTACATCATTCCATGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTATTTTTATTATGCAAAGACACTCTGTACATCATTCCATGTCCT  600

seq1  TTAGATGACTTCTCAGTGAATAATTTTGTTTTAAGATTTATTTATTTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGACTTCTCAGTGAATAATTTTGTTTTAAGATTTATTTATTTATG  650

seq1  TATATGAGTGCACTGTACCTGTGTTCAGATACACTGGAAGAGAGCATCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAGTGCACTGTACCTGTGTTCAGATACACTGGAAGAGAGCATCAG  700

seq1  ATTCCATTACATATGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATTACATATGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAG  750

seq1  GGCCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCCCTCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCCCTCCAT  800

seq1  TCCTTATGTTACAGGTCTACCAGTAATAACTATGCCCTGTCATTTGGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATGTTACAGGTCTACCAGTAATAACTATGCCCTGTCATTTGGAAA  850

seq1  GTATGATTAGAAGTGTGTTATGTCTACACTGGGCATTTGTAATTGTGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATTAGAAGTGTGTTATGTCTACACTGGGCATTTGTAATTGTGTTC  900

seq1  CTAGTCACAGGGAGCCCACCTAGGCCTCTTGTCTGTAAATATAATTGCTT  950
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTAGTCACA-GGAGCCCACCTAGGCCTCTTGTCTGT-AATATAATTGCTT  948

seq1  TGGCTCCAAGTTTGGGGCCTTTGCTCTGAAGACAGTATCAAAGTATCAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCAAGTTTGGGGCCTTTGCTCTGAAGACAGTATCAAAGTATCAAC  998

seq1  TGGGACAATTTTTAAAAAAAATTACCAAGTGCCTGCAGTATACCTGACTT  1050
      |||||||   ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |
seq2  TGGGACA---TTTTAAAAAAATTACCAAGTG-CTGCAG-ATACCTGAC-T  1042

seq1  TACACTAGTCTGAATGTTTCAGGATAAGTCTAGAATTCTTGCCCTCATAG  1100
      ||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| |||| |||
seq2  TACCCTAGTCTGAATGTTTCA-GATAAGTC-AAAATTCTTGGCCTC-TAG  1089

seq1  AACTATC  1107
       ||||||
seq2  -ACTATC  1095