BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004B11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 166,347,777 - 166,451,680
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNme7, Atp1b1, LOC100040065
Upstream geneLOC665237, Gm207, LOC100039626, Kifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik, Sele, Sell, Selp, F5, Slc19a2, 4930455F23Rik, Blzf1
Downstream geneDpt, Xcl1, 1700029M03Rik, Tbx19, Sft2d2, Tiprl, Gpr161, Iqwd1, Brp44, Sacy, Ppia-ps1-1625
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004B11.bB6Ng01-004B11.g
ACCDH841596DH841597
length1,182948
definitionDH841596|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004B11, 5' end.DH841597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004B11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(166,450,474 - 166,451,680)(166,347,777 - 166,348,731)
sequence
gaattctttatttactttgtgatttaatctttaagcaacttggtgaggta
gaatttcttaatcctatttttttcaaagaaggaaactgggactcgggtgg
tttttcttgaatgtcacaaacctagaaagttctctccctaaagaaagagg
aaaaaggagctgtgtcagatcaggctcttgtgacagattagcctgggagg
cccataatcatgataaagttatttcccagtttgcgggccagcaagtctga
gatcaaggctctggctctttttggtgtctggcagcagcctagctcatagg
tggtcatcttaccatgtctgaatagtagatgcgatgaggaaatctctgag
ctctctttactcaggaacttatcgacctacaagaactccactctcaagaa
ctgatcatctcccaaaggcctagttccaaataccatcaggatatgggtta
aatttcaacatatgactggaaaggggagcattagcactttgtctattgtc
tatttatatttcaattcctccataactatgtatttacctaacacatgcaa
gcagaataagttctatctaaatatttataatacccagtactagtctggga
ctctcataaaagtcataaatacaaataacctataatttatatgcattcta
actcaagaactatatccgattccccatatctcctgggagaaatatggcat
gaaagtactattttagggagctggaaaggccatagagtagctaagagagc
atacagatcttgcagaggagctaggttcagttcctagcacccacattaaa
aggctcacaaccacagataactctagccccaggggatcaaacaccctgtt
ctgggcctctacaggcaactgtaggcacatgctataaacccatacactca
gacacacaaaaaaataaaataaattctgaaccaacatttaacatattatg
atatttgtgacacagtgtttatagcatcttttgaaaacaacataaaagcc
ttcagcatgactagcaatcatgcaatacaatgatacaagttatagatgca
taaaactttaaaggtagagcagcaacatagaacagtatccaaatatatac
cctgtattgattgtatcttaattcaaacggaaaatcttataggcaagcag
ttcaaagaagagttccagtctgtcaggtacaa
gaattctcatgtcactgtcttctggatccagatgtgggcagctgttttgc
caccacctcggccacaactgccaaccaaactggctctcagaaccacagtc
tggtaacaaagctgtcagcattgtcagattccactacaaatattcagtat
ctctccaacatacttgtcagcggcctaggcctgcagaggaaatgaatcgt
gttagtggactctgcaaggaagtctgggaaatgtagtttatagctttcca
actaccaaataaaattacactgttaagtcagtcatttagtgtctgccaca
ggagtacagcctaggttctggcatatagcaaatgcccaataaataaatat
tgttgatgagggggggagttctatggttgatttattatcaccaaagtacc
gatagcacttaatgtctatgtatgatttgcttattaacctaaggaagttg
acttgattctatttctaggggctttctatagaatataagtaaatctaatt
atcaccttttttgggaactctgttatttacaacccccccatcaacatgat
aatatgaaatgaaacaagtttctatgtattttaaatttttattataggct
tatgtgcacacatgtacatgtgcacacacacacacacacatgaacacaca
catgcatgtacatacctaacatgcatatggagatcaaagagcattttgaa
ggagttgattctcctcttccacatattgttcccagacatcaatctcacga
tgtcgggcctcgtggcagcaccctttaccctgccccgcatctgtgctgct
ttgtctacactcattttaagatgggtaacagatgtgccaggaaggagggc
aaaggccgagctcctgtttctctgccggcttccacgtgtctcgtgaccta
gaacatcctagatggactttgtttttgcttcaggaagagtcaatttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_166450474_166451680
seq2: B6Ng01-004B11.b_48_1229 (reverse)

seq1  TTGTCACCTGACAGACT-GAACTTCCTTTCCTCTTAGAAACTGCCTGCCC  49
      |||| |||||||||||| ||||      || |||| | |||||| |||| 
seq2  TTGT-ACCTGACAGACTGGAAC------TCTTCTTTG-AACTGCTTGCCT  42

seq1  ATAAAGATTTTTCTGTTTGATATAAGATTACAATCACATACAGGGTATAT  99
      || |||| ||||| ||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  AT-AAGA-TTTTCCGTTTGAATTAAGA-TACAATCA-ATACAGGGTATAT  88

seq1  ATTTTGGATACTGTTTCCTTATGTTGCTGCCTCTTACCTTTAAAGGTTTT  149
      | |||||||||||||    |||||||||| ||| |||||||||| |||||
seq2  A-TTTGGATACTGTT---CTATGTTGCTG-CTC-TACCTTTAAA-GTTTT  131

seq1  ATTGCATCTTATAACTTGTATCATTTGTATTGCATGATTTGCTTAGTTCC  199
      | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  |
seq2  A-TGCATC-TATAACTTGTATCA-TTGTATTGCATGA-TTGC-TAGT--C  174

seq1  ATGCTGAAAGGCTTTTATGTTGTTATCAAAAGATGCTATAAACACTGTTG  249
      |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGCTG-AAGGCTTTTATGTTGTTTTCAAAAGATGCTATAAACACTG-TG  222

seq1  TCACAAATATCATAATATGTTAAATGTTGGTTCAG-ATTTATTTTATTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCACAAATATCATAATATGTTAAATGTTGGTTCAGAATTTATTTTATTTT  272

seq1  TTTGTGTGTCTGAGTGTATGGGTTTATAGCATGTGCCTACAGTTGCCTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGTCTGAGTGTATGGGTTTATAGCATGTGCCTACAGTTGCCTGT  322

seq1  AGAGG-CCAGAACAGGGTGTTTGATCCCCTGGGGCTAGAGTTATCTGTGG  397
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCCAGAACAGGGTGTTTGATCCCCTGGGGCTAGAGTTATCTGTGG  372

seq1  TTGTGAGCCTTTTAATGTGGGTGCTAGGAACTGAACCTAGCTCCTCTGCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGCCTTTTAATGTGGGTGCTAGGAACTGAACCTAGCTCCTCTGCA  422

seq1  AGATCTGTATGCTCTCTTAGCTACTCTATGGCCTTTCCAGCTCCCTAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGTATGCTCTCTTAGCTACTCTATGGCCTTTCCAGCTCCCTAAAA  472

seq1  TAGTACTTTCATGCCATATTTCTCCCAGGAGATATGGGGAATCGGATATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACTTTCATGCCATATTTCTCCCAGGAGATATGGGGAATCGGATATA  522

seq1  GTTCTTGAGTTAGAATGCATATAAATTATAGGTTATTTGTATTTATGACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGAGTTAGAATGCATATAAATTATAGGTTATTTGTATTTATGACT  572

seq1  TTTATGAGAGTCCCAGACTAGTACTGGGTATTATAAATATTTAGATAGAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAGAGTCCCAGACTAGTACTGGGTATTATAAATATTTAGATAGAA  622

seq1  CTTATTCTGCTTGCATGTGTTAGGTAAATACATAGTTATGGAGGAATTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCTGCTTGCATGTGTTAGGTAAATACATAGTTATGGAGGAATTGA  672

seq1  AATATAAATAGACAATAGACAAAGTGCTAATGCTCCCCTTTCCAGTCATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAATAGACAATAGACAAAGTGCTAATGCTCCCCTTTCCAGTCATA  722

seq1  TGTTGAAATTTAACCCATATCCTGATGGTATTTGGAACTAGGCCTTTGGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAAATTTAACCCATATCCTGATGGTATTTGGAACTAGGCCTTTGGG  772

seq1  AGATGATCAGTTCTTGAGAGTGGAGTTCTTGTAGGTCGATAAGTTCCTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATCAGTTCTTGAGAGTGGAGTTCTTGTAGGTCGATAAGTTCCTGA  822

seq1  GTAAAGAGAGCTCAGAGATTTCCTCATCGCATCTACTATTCAGACATGGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAGAGCTCAGAGATTTCCTCATCGCATCTACTATTCAGACATGGT  872

seq1  AAGATGACCACCTATGAGCTAGGCTGCTGCCAGACACCAAAAAGAGCCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGACCACCTATGAGCTAGGCTGCTGCCAGACACCAAAAAGAGCCAG  922

seq1  AGCCTTGATCTCAGACTTGCTGGCCCGCAAACTGGGAAATAACTTTATCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGATCTCAGACTTGCTGGCCCGCAAACTGGGAAATAACTTTATCA  972

seq1  TGATTATGGGCCTCCCAGGCTAATCTGTCACAAGAGCCTGATCTGACACA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATGGGCCTCCCAGGCTAATCTGTCACAAGAGCCTGATCTGACACA  1022

seq1  GCTCCTTTTTCCTCTTTCTTTAGGGAGAGAACTTTCTAGGTTTGTGACAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTTTTCCTCTTTCTTTAGGGAGAGAACTTTCTAGGTTTGTGACAT  1072

seq1  TCAAGAAAAACCACCCGAGTCCCAGTTTCCTTCTTTGAAAAAAATAGGAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAAAACCACCCGAGTCCCAGTTTCCTTCTTTGAAAAAAATAGGAT  1122

seq1  TAAGAAATTCTACCTCACCAAGTTGCTTAAAGATTAAATCACAAAGTAAA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAATTCTACCTCACCAAGTTGCTTAAAGATTAAATCACAAAGTAAA  1172

seq1  TAAAGAATTC  1207
      ||||||||||
seq2  TAAAGAATTC  1182

seq1: chr1_166347777_166348731
seq2: B6Ng01-004B11.g_70_1017

seq1  GAATTCTCATGTCACTGTCTTCTGGATCCAGATGTGGGCAGCTGTTTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGTCACTGTCTTCTGGATCCAGATGTGGGCAGCTGTTTTGC  50

seq1  CACCACCTCGGCCACAACTGCCAACCAAACTGGCTCTCAGAACCACAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCTCGGCCACAACTGCCAACCAAACTGGCTCTCAGAACCACAGTC  100

seq1  TGGTAACAAAGCTGTCAGCATTGTCAGATTCCACTACAAATATTCAGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACAAAGCTGTCAGCATTGTCAGATTCCACTACAAATATTCAGTAT  150

seq1  CTCTCCAACATACTTGTCAGCGGCCTAGGCCTGCAGAGGAAATGAATCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAACATACTTGTCAGCGGCCTAGGCCTGCAGAGGAAATGAATCGT  200

seq1  GTTAGTGGACTCTGCAAGGAAGTCTGGGAAATGTAGTTTATAGCTTTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGGACTCTGCAAGGAAGTCTGGGAAATGTAGTTTATAGCTTTCCA  250

seq1  ACTACCAAATAAAATTACACTGTTAAGTCAGTCATTTAGTGTCTGCCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCAAATAAAATTACACTGTTAAGTCAGTCATTTAGTGTCTGCCACA  300

seq1  GGAGTACAGCCTAGGTTCTGGCATATAGCAAATGCCCAATAAATAAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTACAGCCTAGGTTCTGGCATATAGCAAATGCCCAATAAATAAATAT  350

seq1  TGTTGATGAGGGGGGGAGTTCTATGGTTGATTTATTATCACCAAAGTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATGAGGGGGGGAGTTCTATGGTTGATTTATTATCACCAAAGTACC  400

seq1  GATAGCACTTAATGTCTATGTATGATTTGCTTATTAACCTAAGGAAGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCACTTAATGTCTATGTATGATTTGCTTATTAACCTAAGGAAGTTG  450

seq1  ACTTGATTCTATTTCTAGGGGCTTTCTATAGAATATAAGTAAATCTAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATTCTATTTCTAGGGGCTTTCTATAGAATATAAGTAAATCTAATT  500

seq1  ATCACCTTTTTTGGGAACTCTGTTATTTACAACCCCCCCATCAACATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTTTTTTGGGAACTCTGTTATTTACAACCCCCCCATCAACATGAT  550

seq1  AATATGAAATGAAACAAGTTTCTATGTATTTTAAATTTTTATTATAGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAATGAAACAAGTTTCTATGTATTTTAAATTTTTATTATAGGCT  600

seq1  TATGTGCACACATGTACATGTGCACACACACACACACACATGAACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCACACATGTACATGTGCACACACACACACACACATGAACACACA  650

seq1  CATGCATGTACATACCTAACATGCATATGGAGATCAAAGAGCATTTTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGTACATACCTAACATGCATATGGAGATCAAAGAGCATTTTGAA  700

seq1  GGAGTTGATTCTCCTCTTCCACATATTGTTCCCAGACATCAAACTCACGA  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGAGTTGATTCTCCTCTTCCACATATTGTTCCCAGACATCAATCTCACGA  750

seq1  TGTCGGGCCTCGTGGCAGCACCC-TTACCCTGGCCCCGCATCTGTGCTGC  799
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTCGGGCCTCGTGGCAGCACCCTTTACCCT-GCCCCGCATCTGTGCTGC  799

seq1  TTTGTCTACACTCATTTTAAGATGGGTAACAGAAGTGCCAGGAAGGAGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTACACTCATTTTAAGATGGGTAACAGATGTGCCAGGAAGGAGGG  849

seq1  CAAAGGCCGAGCTCCCTGCTTTCTCGTGCCGGCTTTCCACGTGTCTCGTG  899
      ||||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCCGAGCT-CCTG-TTTCTC-TGCCGGC-TTCCACGTGTCTCGTG  895

seq1  ACCCTAG-ACATCCTTAGATGGAACTTTGTTTTTGCTCAAGGAAAGAGTC  948
      | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||
seq2  A-CCTAGAACATCC-TAGATGG-ACTTTGTTTTTGCTTCAGG-AAGAGTC  941

seq1  AATTTAA  955
      |||||||
seq2  AATTTAA  948