BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006D15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,050,461 - 177,218,622
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs7
Upstream geneOlfr244, Olfr424, Olfr423-ps1, Olfr421, Olfr422-ps1, Olfr420, Spna1, Olfr419, 1810030J14Rik, Olfr417, GA_x5J8B7W3B3M-312879-313274, GA_x5J8B7W3B3M-318013-318414, Olfr415, Olfr414, Olfr220, Fmn2, Grem2
Downstream geneFh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64, Exo1, Gm104, Pld5, B020018G12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006D15.bB6Ng01-006D15.g
ACCDH843147DH843148
length1,2401,059
definitionDH843147|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006D15, 5' end.DH843148|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,217,394 - 177,218,622)(177,050,461 - 177,051,535)
sequence
gaattctaggaattggaaatttcaaaatcaatatataaaataagtaaacc
agaagtgttgcccagaggaaaaaagtcagactccacatcaacagaaaccc
atttcaatcgttggcaaagtacgccacctaagataaattatcaaattgtc
gagtgcaggcagccatgtatcactgaatagcagaaaccacatcttaggcc
atttcactgtgtgagacaccggagggtatagccttccctgcacctcagct
acatacagctagtgcctgctgctgctcggcccaggacacaaaaatgtatg
aggttaaataaagatcgttgtgtacatagcaaaaaaaatgtaattttaag
acaggggaagaaaggtatgagatgtttgaggcacataatgccaaatgact
ttgaagtaagcatttatttatctagtataggacatacactttttaaaaat
tattttttgaggttataatataactacatcatttcatttgtttttttcct
ccctctaagctccctcatatttcactttaatgataaataaatagtatagt
gaacatagaaccagttaccattaactgaggttatcaaatactccctgggg
tagaactgtgttacatactttatggagttggaagctcgcttattttgttc
acaccagtgtcaacacaaacatgagttgggcacacaaatgcactatgctg
ccttcccatgtccttgtgggcaatctgatgtaataatggctatgtcatta
gctggtcacaggagagcatggtcatgcatgcagtcggtcgttaaccagta
tgtccttatgtgactcatggcaatatttgttagtatgcacaccaggaatg
gccttcttcacgggcttattgacattttgtcctctctaaaggccactgct
ttgccttcaggttataatgccttcctactatttgccttttaaaatgaaat
tcagctgggtgtgcggtgcttatctataatccaagggctcagagatggag
agcagatcaaaacttccacagcacttctaagccaccacagccagatctcc
cgttaacaccaatagtggtctcagggcttatttgcatcaagaaaaggggt
ccttattctagcatagcccaaagaatccaaggccctgcatcttggtatac
caataatggtgcttccagcccccatgtataacaatgaacacatcagatat
gatgaatcagactagaataggaattaacctcctccctaga
gaattcaaacgacaacaaattcaaagtaaaacttgacaagtgcatgggtg
tctggtgtctgatttgaaatacatacatatgaaaataggtctctggattc
tttctattttggtttggctcagaagatagttgaaaggaaatctttaaggt
atctataagtcattttccatgatttctttctcttgctgtgcacctgtaat
ttattctagcaatgcctatataagtactctctactggtctgtctttatta
aaagaaatcaataaaagagaaagatatcttttcaaaataaaaatgaggtt
agacatgcaaatacacataacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacaaagaggtagtttctacagaggccagaaacc
agaagagggtgttagatgcccagatgatggaactgtaggtagctgtgagt
cacccaacacaattaactgaacccaagtcctgtgggaaagagtagtatag
gcacataagcccaaagccatttctgtattcccttgtttgtttctttagag
accagcatgttatgtattctaggcagaccttggactcagtcctcctgcct
aaacctcctgagttctagcattgcatgcttgttgtcccatgcacagtagc
tatgtggggacttacaaccatggttaaatatcttccacaaagttttttgg
cattaagaacattcagtatttgttacattgaggcacatagtttgacagag
agaagagctaaattcatagactcaaagtggtatcattagaagtatgaatt
gacaggtgaggtagctcagagtgtaaaggtctttaccactgagcttgata
tatgagtttaatcccaggagtccacagaaagagaaagtactcccacaact
tgttcttgacttctacacatgccccatccctcatatataaaataaatagc
aatgtaaaaaaagatagaaatatgactgatttaaacgtgatgacactcta
ctttcaaagacacatagcataataactctagaagaaaataaggcaggtga
taaattata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177217394_177218622
seq2: B6Ng01-006D15.b_46_1285 (reverse)

seq1  TCTAGGGGAGGATGGTTAATTCTCTAATCTTATTTTTATTTTAATCACTA  50
      |||| ||||||| ||||||||| ||| || || | | |  || |||| ||
seq2  TCTA-GGGAGGA-GGTTAATTC-CTATTC-TAGTCTGA--TTCATCA-TA  43

seq1  T-TGATGTTGTCATTGTTAT-CAT-GGTGCTGGAGGGACCA-TATTGTTA  96
      | ||||||  |||||||||| ||| || |||||| | |||| ||||| ||
seq2  TCTGATGTGTTCATTGTTATACATGGGGGCTGGAAGCACCATTATTGGTA  93

seq1  T--CAAGATGCAGGGCCTTGGA-TCTTT-GGCTATGCTAG-ATAA-GACC  140
      |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||
seq2  TACCAAGATGCAGGGCCTTGGATTCTTTGGGCTATGCTAGAATAAGGACC  143

seq1  CC-TTTCTTGATGCAA--TAGCCCT-AGACCACTATT-GTGTT-ACGTGA  184
      || |||||||||||||   |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||
seq2  CCTTTTCTTGATGCAAATAAGCCCTGAGACCACTATTGGTGTTAACGGGA  193

seq1  GATCTTGCTGT-GTGGCTTAG-AGTGCTGT-GAAGTTTTGATCTGCTCTC  231
      ||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGCTGTGGTGGCTTAGAAGTGCTGTGGAAGTTTTGATCTGCTCTC  243

seq1  CATCTCCTGAGCCCTTGGATTATAGATAAGCACCGCACACCCAGCTGAAT  281
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCT-CTGAGCCCTTGGATTATAGATAAGCACCGCACACCCAGCTGAAT  292

seq1  TTCATTTTAAAAGGCAAATAGTAGGAAGGCATTATAACCTGAAGGCAAAG  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTAAAAGGCAAATAGTAGGAAGGCATTATAACCTGAAGGCAAAG  342

seq1  CAGTGGCCCTTAGAGAGGACAAAATGTCAATAAGCCCCTGAAGAAGGCCA  381
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGTGGCCTTTAGAGAGGACAAAATGTCAATAAGCCCGTGAAGAAGGCCA  392

seq1  TTCCTGGTGTGCATACTAACAAATATTGCCATGAGTCACATAAGGACATA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTGTGCATACTAACAAATATTGCCATGAGTCACATAAGGACATA  442

seq1  CTGGTTAACGACCGACTGCATGCATGACCATGCTCTCCTGTGACCAGCTA  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTAACGACCGACTGCATGCATGACCATGCTCTCCTGTGACCAGCTA  492

seq1  ATGACATAGCCATTATTACATCAGATTGCCCACAAGGACATGGGAAGGCA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATAGCCATTATTACATCAGATTGCCCACAAGGACATGGGAAGGCA  542

seq1  GCATAGTGCATTTGTGTGCCCAACTCATGTTTGTGTTGACACTGGTGTGA  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTGCATTTGTGTGCCCAACTCATGTTTGTGTTGACACTGGTGTGA  592

seq1  ACAAAATAAGCGAGCTTCCAACTCCATAAAGTATGTAACACAGTTCTACC  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATAAGCGAGCTTCCAACTCCATAAAGTATGTAACACAGTTCTACC  642

seq1  CCAGGGAGTATTTGATAACCTCAGTTAATGGTAACTGGTTCTATGTTCAC  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAGTATTTGATAACCTCAGTTAATGGTAACTGGTTCTATGTTCAC  692

seq1  TATACTATTTATTTATCATTAAAGTGAAATATGAGGGAGCTTAGAGGGAG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTATTTATTTATCATTAAAGTGAAATATGAGGGAGCTTAGAGGGAG  742

seq1  GAAAAAAACAAATGAAATGATGTAGTTATATTATAACCTCAAAAAATAAT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAACAAATGAAATGATGTAGTTATATTATAACCTCAAAAAATAAT  792

seq1  TTTTAAAAAGTGTATGTCCTATACTAGATAAATAAATGCTTACTTCAAAG  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAGTGTATGTCCTATACTAGATAAATAAATGCTTACTTCAAAG  842

seq1  TCATTTGGCATTATGTGCCTCAAACATCTCATACCTTTCTTCCCCTGTCT  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGGCATTATGTGCCTCAAACATCTCATACCTTTCTTCCCCTGTCT  892

seq1  TAAAATTACATTTTTTTTGCTATGTACACAACGATCTTTATTTAACCTCA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTACATTTTTTTTGCTATGTACACAACGATCTTTATTTAACCTCA  942

seq1  TACATTTTTGTGTCCTGGGCCGAGCAGCAGCAGGCACTAGCTGTATGTAG  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTTTGTGTCCTGGGCCGAGCAGCAGCAGGCACTAGCTGTATGTAG  992

seq1  CTGAGGTGCAGGGAAGGCTATACCCTCCGGTGTCTCACACAGTGAAATGG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTGCAGGGAAGGCTATACCCTCCGGTGTCTCACACAGTGAAATGG  1042

seq1  CCTAAGATGTGGTTTCTGCTATTCAGTGATACATGGCTGCCTGCACTCGA  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGATGTGGTTTCTGCTATTCAGTGATACATGGCTGCCTGCACTCGA  1092

seq1  CAATTTGATAATTTATCTTAGGTGGCGTACTTTGCCAACGATTGAAATGG  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGATAATTTATCTTAGGTGGCGTACTTTGCCAACGATTGAAATGG  1142

seq1  GTTTCTGTTGATGTGGAGTCTGACTTTTTTCCTCTGGGCAACACTTCTGG  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTTGATGTGGAGTCTGACTTTTTTCCTCTGGGCAACACTTCTGG  1192

seq1  TTTACTTATTTTATATATTGATTTTGAAATTTCCAATTCCTAGAATTC  1229
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTATTTTATATATTGATTTTGAAATTTCCAATTCCTAGAATTC  1240

seq1: chr1_177050461_177051535
seq2: B6Ng01-006D15.g_63_1121

seq1  GAATTCAAACGACAACAAATTCAAAGTAAAACTTGACAAGTGCATGGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACGACAACAAATTCAAAGTAAAACTTGACAAGTGCATGGGTG  50

seq1  TCTGGTGTCTGATTTGAAATACATACATATGAAAATAGGTCTCTGGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGTCTGATTTGAAATACATACATATGAAAATAGGTCTCTGGATTC  100

seq1  TTTCTATTTTGGTTTGGCTCAGAAGATAGTTGAAAGGAAATCTTTAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTTTGGTTTGGCTCAGAAGATAGTTGAAAGGAAATCTTTAAGGT  150

seq1  ATCTATAAGTCATTTTCCATGATTTCTTTCTCTTGCTGTGCACCTGTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAAGTCATTTTCCATGATTTCTTTCTCTTGCTGTGCACCTGTAAT  200

seq1  TTATTCTAGCAATGCCTATATAAGTACTCTCTACTGGTCTGTCTTTATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTAGCAATGCCTATATAAGTACTCTCTACTGGTCTGTCTTTATTA  250

seq1  AAAGAAATCAATAAAAGAGAAAGATATCTTTTCAAAATAAAAATGAGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATCAATAAAAGAGAAAGATATCTTTTCAAAATAAAAATGAGGTT  300

seq1  AGACATGCAAATACACATAACACACACACACACACACACACACACACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGCAAATACACATAACACACACACACACACACACACACACACACA  350

seq1  CACACACACACACACACACAAAGAGGTAGTTTCTACAGAGGCCAGAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACAAAGAGGTAGTTTCTACAGAGGCCAGAAACC  400

seq1  AGAAGAGGGTGTTAGATGCCCAGATGATGGAACTGTAGGTAGCTGTGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGGTGTTAGATGCCCAGATGATGGAACTGTAGGTAGCTGTGAGT  450

seq1  CACCCAACACAATTAACTGAACCCAAGTCCTGTGGGAAAGAGTAGTATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAACACAATTAACTGAACCCAAGTCCTGTGGGAAAGAGTAGTATAG  500

seq1  GCACATAAGCCCAAAGCCATTTCTGTATTCCCTTGTTTGTTTCTTTAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATAAGCCCAAAGCCATTTCTGTATTCCCTTGTTTGTTTCTTTAGAG  550

seq1  ACCAGCATGTTATGTATTCTAGGCAGACCTTGGACTCAGTCCTCCTGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCATGTTATGTATTCTAGGCAGACCTTGGACTCAGTCCTCCTGCCT  600

seq1  AAACCTCCTGAGTTCTAGCATTGCATGCTTGTTGTCCCATGCACAGTAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCCTGAGTTCTAGCATTGCATGCTTGTTGTCCCATGCACAGTAGC  650

seq1  TATGTGGGGACTTACAACCATGGTTAAATATCTTCCACAAAGTTTTTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGGGACTTACAACCATGGTTAAATATCTTCCACAAAGTTTTTTGG  700

seq1  CATTAAGAACATTCAGTATTTGTTACATTGAGGCACATAGTTTGACAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGAACATTCAGTATTTGTTACATTGAGGCACATAGTTTGACAGAG  750

seq1  AGAAGAGCTAAATTCATAGACTCAAAGTGGTATCATTAGAAGTATGAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGCTAAATTCATAGACTCAAAGTGGTATCATTAGAAGTATGAATT  800

seq1  GACAGGTGAGGTAGCTCAGAGTGTAAAGGTCTTTACCACTGAGCTTGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTGAGGTAGCTCAGAGTGTAAAGGTCTTTACCACTGAGCTTGATA  850

seq1  TATGAGTTTAATCCCAGGAGTCCACAGAAAGAGAAAGTACTCCCACAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTTTAATCCCAGGAGTCCACAGAAAGAGAAAGTACTCCCACAACT  900

seq1  TGTTCTTTGACTTCTACACATGCCCCATCCCTCATATATAAAAATAAATA  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TGTTC-TTGACTTCTACACATGCCCCATCCCTCATATAT-AAAATAAAT-  947

seq1  AGCAAATGTAAAAAAAAGATAGGAAATATGAACTGATTTAAACGTGATGA  1000
      ||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGC-AATGT-AAAAAAAGATA-GAAATATG-ACTGATTTAAACGTGATGA  993

seq1  CACTCTAACTTTCAAAAGACACATTAGGCATTAATAAACTCTAAGAAGAA  1050
      |||||| |||||| ||||||||||   ||| |||| |||||| |||||||
seq2  CACTCT-ACTTTC-AAAGACACAT--AGCA-TAAT-AACTCT-AGAAGAA  1036

seq1  AATAAAGGCAAGTGATAACATTATA  1075
      ||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  AAT-AAGGCAGGTGATAA-ATTATA  1059