BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006H04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 170,753,136 - 170,920,577
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLmx1a, LOC100039879, Pbx1
Downstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006H04.bB6Ng01-006H04.g
ACCDH843303DH843304
length1,1311,135
definitionDH843303|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006H04, 5' end.DH843304|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,753,136 - 170,754,277)(170,919,428 - 170,920,577)
sequence
gaattctagtactggggttttaggctattattatgaaagaaatcaagaaa
ggaaacaaacatttagtgcgttgaaagaggcatttggctcagatcatgga
gagcttccagtccattgtttactgtgacttcaccaagaattgcagacaaa
tgaactaggtacacgtaagcctggttccgtcctctgtggttacatttcac
cctttgagtttagctcctgtgggcaaattaagtttgggtccaggtctcct
gccccccacccccatgcacacttttgctgttactgtatggtattaggagc
tggaatcccaagatggttctcagttgaacattttatctaatcttggacca
ctctttcactaaacaacacgtcccctcttaagtgtcctcatctttgttgg
ccagtggccagattggttcttatcttaatgaaattggagtcatgctggtt
gctttctgtcagctgtgcctggaaaaactggacgcgcattatgtctcatt
gcccactgctccactctctttgctgaacttggccatagttctacccattt
agaaagagctggtaaaaatctcctctccatttgaatactgtcagctgtaa
ttcccaagtgagcaattatgaaataggcaggtaaaggctgggatggatat
gtgagttttccaacctagaagaggacacctcccactttagagatctgctc
tgtggtggttaagagcatctgctgctcttccagaggttccacgtttgggt
cccagcacctctgtcaaatggattgaaattatgtataactttagctctgg
gaagccaacactacattctggcttccacaggtacctacacacatgtgtac
ctccccctgtatgcttaaataaaatgataataatgaaaggaacatcttta
agattggctaggtgagtcctttctttccttcattgggaggaagtgaagag
cacaacgttaaatgttcttggatgttttttttctttttagagataaataa
ctgaattgtccctgtattaaatgatgaagggtcattggatcttaattaat
gtagaaattaagaaaggctgtagagtacttacggaaaggagtgatctttt
tcaaatacctctggtcttggcgaatcgaagt
gaattctctctgaaaaacacactttgctcttatctttatcttctaacatt
taccgtatatctctctatcctcccttccatatccatcactacattccttt
acttattcaacaaatacttattaagcccatagtacatgctgagcacattc
catgcctcggtaagacccagagcaggagcaaagttacctatgccttggag
agcttatactgtcctgaaggaggaagatgtagtatgccaaatagaagtaa
atcccagagcaagatgaagtaaaaaggcaggtgaatacaaggttctggaa
ggacttcctgttcataggctatttaattcataggtacggattactctgaa
ggagagagtcccgggaatgtttatggaggctggtctggctacagcatacc
atgagaagaacaatgggcatgtgcttggggaagtgagaaaggagctgtga
tggggatgcatatcccactgtacacatgatagctttaaaaggagaagctg
catgacccagggaatacaattaaagatgtttggctctaaagtcgagaaca
cactgcaggacaccaaaacagagggccaacttggaggttattagagtaac
ccagggaagacaacaacagaacctcaaaggtcacagtgggaaagaactaa
tctacagacacttccatatgcgcgcatatatttaagatttagattctttt
tttccattttttattaggtatttagctcatttacatttccaatgctatac
caaaagtcccccatatccacccacccccactcccctgcccacccactccc
cctttttggccctggtgttcccctgtactggggcatataaagtttgcaag
tccaatgggcctctctttccagtgatggccgactaggccatcttttgata
tatatgcagctagagtcagagctccggggtactggttagttcataatgtg
ttccacctatagggttgcagatccctttagctctgggtacttctctagct
cctcaatgggagccctatgatccatcatagctgactgtgagcatccacct
tctgtgtgctagcccggcataggtctcacaagaacagcctattctaggtc
ttccataaatcttgcttaagtatgcaatggttcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_170753136_170754277
seq2: B6Ng01-006H04.b_48_1178

seq1  GAATTCTAGTACTGGGGTTTTAGGCTATTATTATGAAAGAAATCAAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTACTGGGGTTTTAGGCTATTATTATGAAAGAAATCAAGAAA  50

seq1  GGAAACAAACATTTAGTGCGTTGAAAGAGGCATTTGGCTCAGATCATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAAACATTTAGTGCGTTGAAAGAGGCATTTGGCTCAGATCATGGA  100

seq1  GAGCTTCCAGTCCATTGTTTACTGTGACTTCACCAAGAATTGCAGACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCCAGTCCATTGTTTACTGTGACTTCACCAAGAATTGCAGACAAA  150

seq1  TGAACTAGGTACACGTAAGCCTGGTTCCGTCCTCTGTGGTTACATTTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTAGGTACACGTAAGCCTGGTTCCGTCCTCTGTGGTTACATTTCAC  200

seq1  CCTTTGAGTTTAGCTCCTGTGGGCAAATTAAGTTTGGGTCCAGGTCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGAGTTTAGCTCCTGTGGGCAAATTAAGTTTGGGTCCAGGTCTCCT  250

seq1  GCCCCCCACCCCCATGCACACTTTTGCTGTTACTGTATGGTATTAGGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCACCCCCATGCACACTTTTGCTGTTACTGTATGGTATTAGGAGC  300

seq1  TGGAATCCCAAGATGGTTCTCAGTTGAACATTTTATCTAATCTTGGACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATCCCAAGATGGTTCTCAGTTGAACATTTTATCTAATCTTGGACCA  350

seq1  CTCTTTCACTAAACAACACGTCCCCTCTTAAGTGTCCTCATCTTTGTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCACTAAACAACACGTCCCCTCTTAAGTGTCCTCATCTTTGTTGG  400

seq1  CCAGTGGCCAGATTGGTTCTTATCTTAATGAAATTGGAGTCATGCTGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGCCAGATTGGTTCTTATCTTAATGAAATTGGAGTCATGCTGGTT  450

seq1  GCTTTCTGTCAGCTGTGCCTGGAAAAACTGGACGCGCATTATGTCTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGTCAGCTGTGCCTGGAAAAACTGGACGCGCATTATGTCTCATT  500

seq1  GCCCACTGCTCCACTCTCTTTGCTGAACTTGGCCATAGTTCTACCCATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTGCTCCACTCTCTTTGCTGAACTTGGCCATAGTTCTACCCATTT  550

seq1  AGAAAGAGCTGGTAAAAATCTCCTCTCCATTTGAATACTGTCAGCTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGCTGGTAAAAATCTCCTCTCCATTTGAATACTGTCAGCTGTAA  600

seq1  TTCCCAAGTGAGCAATTATGAAATAGGCAGGTAAAGGCTGGGATGGATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAGTGAGCAATTATGAAATAGGCAGGTAAAGGCTGGGATGGATAT  650

seq1  GTGAGTTTTCCAACCTAGAAGAGGACACCTCCCACTTTAGAGATCTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTTCCAACCTAGAAGAGGACACCTCCCACTTTAGAGATCTGCTC  700

seq1  TGTGGTGGTTAAGAGCATCTGCTGCTCTTCCAGAGGTTCCACGTTTGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGGTTAAGAGCATCTGCTGCTCTTCCAGAGGTTCCACGTTTGGGT  750

seq1  CCCAGCACCTCTGTCAAATGGATTGAAATTATGTATAACTTTAGCTCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACCTCTGTCAAATGGATTGAAATTATGTATAACTTTAGCTCTGG  800

seq1  GAAGCCAACACTACATTCTGGCTTCCACAGGTACCTACACACATGTGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAACACTACATTCTGGCTTCCACAGGTACCTACACACATGTGTAC  850

seq1  CTCCCCCTGTATGCTTAAATAAAAATGATAATAATGAAAGGAACATCTTT  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTGTATGCTTAAAT-AAAATGATAATAATGAAAGGAACATCTTT  899

seq1  AAGATTGGCTAGGGTGAGTCCTTTCTTTCCTTCATTGGGAGGAAGTGAAG  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGGCTA-GGTGAGTCCTTTCTTTCCTTCATTGGGAGGAAGTGAAG  948

seq1  AGCACAAGGTTAAAATGTTCTTGGATGTTTTTTTTCTTTTTAGAGATAAA  1000
      ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAACGTT-AAATGTTCTTGGATGTTTTTTTTCTTTTTAGAGATAAA  997

seq1  TAACTGAAATGT-CCTGTAATTAAATGATGAAGGGTCAATGGGATCATAA  1049
      |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||| | |
seq2  TAACTGAATTGTCCCTGT-ATTAAATGATGAAGGGTC-ATTGGATC-TTA  1044

seq1  ATAAATGTAAGAAATACAGAAAGGCTG-AGAGTAC-TACGGAAAAGGGAG  1097
      || ||||| ||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||  ||||
seq2  ATTAATGT-AGAAATTAAGAAAGGCTGTAGAGTACTTACGGAAA--GGAG  1091

seq1  TTGATCTTCTTACAAATACCTCTGGGTCTTGGCAGAATCAGAAGT  1142
       ||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||
seq2  -TGATCTT-TTTCAAATACCTCT-GGTCTTGGC-GAATC-GAAGT  1131

seq1: chr1_170919428_170920577
seq2: B6Ng01-006H04.g_67_1201 (reverse)

seq1  CTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGAAAGGACCCAGATAT  50
      |||| ||||||||||||   ||||||| ||||| |||  |||| ||| ||
seq2  CTGA-ACCATTGCATACTTAAGCAAGA-TTTATGGAA--GACCTAGA-AT  45

seq1  A-GCTGTCTCTTGTGAGA-CTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAA-GTG  97
      | ||||| |||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||| |||
seq2  AGGCTGT-TCTTGTGAGACCTATGCCGGG--CTAGC--ACACAGAAGGTG  90

seq1  GATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCATAGGGCTCCCAATGGAGGAG  147
      ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  GATGCTCACAGTCAGCTA--TGATGGATCATAGGGCTCCC-ATTGAGGAG  137

seq1  CTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGA  197
      |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAG-AAGTACCCA--GAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGA  184

seq1  ACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCAT  247
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AC-ACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTC-TGACTCTAGCTGCAT  232

seq1  ATATATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  282

seq1  GGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAA  332

seq1  AGGGGGAGTGGGTGGGCAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAGTGGGTGGGCAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTT  382

seq1  TTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGG  432

seq1  AAAAAAAGAATCTAAATCTTAAATATATGCGCGCATATGGAAGTGTCTGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGAATCTAAATCTTAAATATATGCGCGCATATGGAAGTGTCTGT  482

seq1  AGATTAGTTCTTTCCCACTGTGACCTTTGAGGTTCTGTTGTTGTCTTCCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGTTCTTTCCCACTGTGACCTTTGAGGTTCTGTTGTTGTCTTCCC  532

seq1  TGGGTTACTCTAATAACCTCCAAGTTGGCCCTCTGTTTTGGTGTCCTGCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTACTCTAATAACCTCCAAGTTGGCCCTCTGTTTTGGTGTCCTGCA  582

seq1  GTGTGTTCTCGACTTTAGAGCCAAACATCTTTAATTGTATTCCCTGGGTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTCTCGACTTTAGAGCCAAACATCTTTAATTGTATTCCCTGGGTC  632

seq1  ATGCAGCTTCTCCTTTTAAAGCTATCATGTGTACAGTGGGATATGCATCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGCTTCTCCTTTTAAAGCTATCATGTGTACAGTGGGATATGCATCC  682

seq1  CCATCACAGCTCCTTTCTCACTTCCCCAAGCACATGCCCATTGTTCTTCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACAGCTCCTTTCTCACTTCCCCAAGCACATGCCCATTGTTCTTCT  732

seq1  CATGGTATGCTGTAGCCAGACCAGCCTCCATAAACATTCCCGGGACTCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTATGCTGTAGCCAGACCAGCCTCCATAAACATTCCCGGGACTCTC  782

seq1  TCCTTCAGAGTAATCCGTACCTATGAATTAAATAGCCTATGAACAGGAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAGAGTAATCCGTACCTATGAATTAAATAGCCTATGAACAGGAAG  832

seq1  TCCTTCCAGAACCTTGTATTCACCTGCCTTTTTACTTCATCTTGCTCTGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCAGAACCTTGTATTCACCTGCCTTTTTACTTCATCTTGCTCTGG  882

seq1  GATTTACTTCTATTTGGCATACTACATCTTCCTCCTTCAGGACAGTATAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACTTCTATTTGGCATACTACATCTTCCTCCTTCAGGACAGTATAA  932

seq1  GCTCTCCAAGGCATAGGTAACTTTGCTCCTGCTCTGGGTCTTACCGAGGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCAAGGCATAGGTAACTTTGCTCCTGCTCTGGGTCTTACCGAGGC  982

seq1  ATGGAATGTGCTCAGCATGTACTATGGGCTTAATAAGTATTTGTTGAATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGTGCTCAGCATGTACTATGGGCTTAATAAGTATTTGTTGAATA  1032

seq1  AGTAAAGGAATGTAGTGATGGATATGGAAGGGAGGATAGAGAGATATACG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGGAATGTAGTGATGGATATGGAAGGGAGGATAGAGAGATATACG  1082

seq1  GTAAATGTTAGAAGATAAAGATAAGAGCAAAGTGTGTTTTTCAGAGAGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGTTAGAAGATAAAGATAAGAGCAAAGTGTGTTTTTCAGAGAGAA  1132

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1135