BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007D18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 11,829,343 - 11,943,271
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA830018L16Rik
Upstream geneC030045D06Rik
Downstream geneLOC665262, LOC100039709, LOC621353, LOC100039733, Sulf1, Slco5a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007D18.bB6Ng01-007D18.g
ACCDH843868DH843869
length1,0321,178
definitionDH843868|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007D18, 5' end.DH843869|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,829,343 - 11,830,356)(11,942,084 - 11,943,271)
sequence
gaattctcttaccagggagtcccacactatcattatggtcagggtccatg
aacaggaggtgacatgaacaggaggtgatggcattactgagaactcagct
tttcagccccatgggtaattatttatgtctcatttcctggcaaacagcta
attctgagtcccttgatgtgttgcacaaacactaattttctgtgtttgtt
ttgatgtaaaaagggctgcaaacactgacttagtttgcttggtattttgt
tcatggacgcaagtctttagaggaaacactatatataaattatagacagt
gtctgagtgcttcatgcaggctaagttctttaaaaggtcaaagcctctgg
tactttaaaattcttgatctgttccagaaaaagtccatttgacttgtttg
ctaagcattaaatccacttaccaggattaaacagtcttttatcatatata
aatgaaaataaacataaaatctcttaaacttatgttattgtgtctataag
tacaaaatgaagggtctctctctctctctctctctcctggaactcactct
gtttaccaggctggcctcgaaatcagaaatcagcctgcctctgcctccca
agtgctgggattaaaggcgtgcaccaccactgcctgcctaataagtaaat
aggcaacctcaggatataggatgttgggggccccaccggagtgcaccaga
gacctgggaagtgagagactctcaggattcacagggagggacatttgatg
aaatgcccaacagaacttatatagcccatctccggaaggaagacagggca
tcaagtaagtgatggggttgacattccagtcatacctctgacccataatt
gttcctgtctgaaagaattacagggatggaaatggagaggagcctgagga
aaaaatgtccagtgacagtccaaagtggattcagtcaaaggaggtccaag
gcctgacactattactgagctatggaacgcacacaaaaggatctatcatg
actgctcttcgaagacccaaaaagtagctgaa
gaattcaatgcaatgcacagagcttctgattcaacattctgaagaaccgc
tgtagaccttgacatctggagttaatttacttagtgtctttggattataa
tctgtaagatccaaacatacatgtgcactgtagacatgagtttgtttaca
ctgtagcttagaatttgttagtaaaagataataaaaagtaaatctcccta
accaagtgctcggctggcttagaatcaaaacatataaagatttcccttca
gttgttccaaagtatctttctaacaggtgtgtatttaagaacaaaaataa
gcaaacaaaaaagccatttgaactgaaatcccgttttaaagcaatgcaat
tagaaatgtgtacccactgcaaagatcctgagatttttttggaaaattcc
tttcataatgggtttgtcccaagagaaattaaataatttataactttacc
taggcattatttataaaacgctcaatcaaaaaccgggagttcctgctggg
gagatgaacttggtcccttgcacatttgtacgttcactggatataaaata
taaactctgagcaagatgctcagttcaaacaaacttttgccattcgtttc
ctttcactgagaaagtagatgctggtgatagaactgtgaatcaccagctg
ttgtacaaaccacatacatggaatgcaagtagacaagatgccagagcttc
aggaactccaacttgctcgcattatagcacctggttattagaagccactc
ttgaaaatatttgcttgtccatgctttgagtccaactacaaagcagctaa
cattccattttttagatggttcttattaccacatagtcatattcaatgct
gattttatcccaagcaatttgccattgttaaggctcacctctttgaacag
aattgctgagaataaatgtttttggtcttagtctgattacagaattaaga
aatggcctctttaggatgacactcagtaaatccacaagcaaacatgtatc
ctagattacaattgcagtgtagctatgtacaacgtgcataataatattaa
tgctgccttttaaatgtaaatttccttattaaggcaagcctggagaagca
caaagctccccattcaataatagcaatggtcataccgagtccaccttctc
atctctggtggaagcctgtaagttttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_11829343_11830356
seq2: B6Ng01-007D18.b_42_1046

seq1  GAATTCTCTTACCAGGGAGTCCCACACTATCATTATGGTCAGGGTCCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTACCAGGGAGTCCCACACTATCATTATGGTCAGGGTCCATG  50

seq1  AACAGGAGGTGACATGAACAGGAGGTGATGGCATTACTGAGAACTCAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAGGTGACATGAACAGGAGGTGATGGCATTACTGAGAACTCAGCT  100

seq1  TTTCAGCCCCATGGGTAATTATTTATGTCTCATTTCCTGGCAAACAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCCCCATGGGTAATTATTTATGTCTCATTTCCTGGCAAACAGCTA  150

seq1  ATTCTGAGTCCCTTGATGTGTTGCACAAACACTAATTTTCTGTGTTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAGTCCCTTGATGTGTTGCACAAACACTAATTTTCTGTGTTTGTT  200

seq1  TTGATGTAAAAAGGGCTGCAAACACTGACTTAGTTTGCTTGGTATTTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTAAAAAGGGCTGCAAACACTGACTTAGTTTGCTTGGTATTTTGT  250

seq1  TCATGGACGCAAGTCTTTAGAGGAAACACTATATATAAATTATAGACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGACGCAAGTCTTTAGAGGAAACACTATATATAAATTATAGACAGT  300

seq1  GTCTGAGTGCTTCATGCAGGCTAAGTTCTTTAAAAGGTCAAAGCCTCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGTGCTTCATGCAGGCTAAGTTCTTTAAAAGGTCAAAGCCTCTGG  350

seq1  TACTTTAAAATTCTTGATCTGTTCCAGAAAAAGTCCATTTGACTTGTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAAAATTCTTGATCTGTTCCAGAAAAAGTCCATTTGACTTGTTTG  400

seq1  CTAAGCATTAAATCCACTTACCAGGATTAAACAGTCTTTTATCATATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCATTAAATCCACTTACCAGGATTAAACAGTCTTTTATCATATATA  450

seq1  AATGAAAATAAACATAAAATCTCTTAAACTTATGTTATTGTGTCTATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAATAAACATAAAATCTCTTAAACTTATGTTATTGTGTCTATAAG  500

seq1  TACAAAATGAAGGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTGGAACTCACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAATGAAGGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTGGAACTCACTCT  550

seq1  GTTTACCAGGCTGGCCTCGAAATCAGAAATCAGCCTGCCTCTGCCTCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCAGGCTGGCCTCGAAATCAGAAATCAGCCTGCCTCTGCCTCCCA  600

seq1  AGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACTGCCTGCCTAATAAGTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACTGCCTGCCTAATAAGTAAAT  650

seq1  AGGCAACCTCAGGATATAGGATGTTGGGGGCCCCACCGGAGTGCACCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACCTCAGGATATAGGATGTTGGGGGCCCCACCGGAGTGCACCAGA  700

seq1  GACCTGGGAAGTGAGAGACTCTCAGGATTCACAGGGAGGGACATTTGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGGAAGTGAGAGACTCTCAGGATTCACAGGGAGGGACATTTGATG  750

seq1  AAATGCCCAACAGAACTTATATAGCCCATCTCCGGAAGGAAGACAGGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCCAACAGAACTTATATAGCCCATCTCCGGAAGGAAGACAGGGCA  800

seq1  TCAAGTAAGTGATGGGGTTGACATTCCAGTCATACCTCTGACCCATAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAAGTGATGGGGTTGACATTCCAGTCATACCTCTGACCCATAATT  850

seq1  GTTCCTGTCTGAAAGAATTACAGGGATGGAAATGGAGAGGAGCCTGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTCCTGTCTGAAAGAATTACAGGGATGGAAATGGAGAGGAGCCTGAGG-  899

seq1  AAAAAAGGTCCAGTGACAGGTCCAAAGTGGGATTCAGGTCAAAGGGAGGT  950
      |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||
seq2  AAAAAATGTCCAGTGACA-GTCCAAAGT-GGATTCA-GTCAAA-GGAGGT  945

seq1  CCCAAGGCCTGACACTATTACTGAGGCTATGGAACGCACACAAAAAGGAA  1000
       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |
seq2  -CCAAGGCCTGACACTATTACTGA-GCTATGGAACGCACACAAAA--GGA  991

seq1  TCTATCATGACTGC  1014
      ||||||||||||||
seq2  TCTATCATGACTGC  1005

seq1: chr1_11942084_11943271
seq2: B6Ng01-007D18.g_64_1241 (reverse)

seq1  TAAAAACTTAACAAGCCTCCACCAG-GATGAGAAGTGTGACTCAGTATGA  49
      ||||||||| ||| || |||||||| |||||||||   ||||| ||||| 
seq2  TAAAAACTT-ACAGGCTTCCACCAGAGATGAGAAGGTGGACTCGGTATG-  48

seq1  ACCATTGACTAAATAAATG-ATAGGGAGCTTTGGTGC-TCTCCA-GCTTG  96
      ||||||| ||  || | || || ||||||||| |||| |||||| |||||
seq2  ACCATTG-CT--ATTATTGAATGGGGAGCTTT-GTGCTTCTCCAGGCTTG  94

seq1  -CTTAATAAGGAAAATTTACATTTAAAAAGCAGCAATAATATTATTATGC  145
       |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  CCTTAATAAGG-AAATTTACATTTAAAAGGCAGCATTAATATTATTATGC  143

seq1  ACGTTGTACATAGCTACACTGCAATTGTAATCTAGGATACATGGTTTTGC  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  ACGTTGTACATAGCTACACTGCAATTGTAATCTAGGATACATG--TTTGC  191

seq1  TTGTGGATTTTACTGAGTTGTCATTCTAAAGGAGGCCATTTCTTAATTCT  245
      ||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| 
seq2  TTGTGGA-TTTACTGAG-TGTCATCCTAAA-GAGGCCATTTCTTAATTC-  237

seq1  TGTAATCAGACCTAAGACCAAAAACATTTATTCTCAGCAATTCTGTTCAA  295
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCAGA-CTAAGACCAAAAACATTTATTCTCAGCAATTCTGTTCAA  286

seq1  AGAGGTGAGCCTTAACAATGGCAAATTGCTTGGGATAAAATCAGCATTGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGAGCCTTAACAATGGCAAATTGCTTGGGATAAAATCAGCATTGA  336

seq1  ATATGACTATGTGGTAATAAGAACCATCTAAAAAATGGAATGTTAGCCTG  395
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATATGACTATGTGGTAATAAGAACCATCTAAAAAATGGAATGTTAG-CTG  385

seq1  CTTTGTAGTTGGACTCAAAGCATGGACAAGCAAATATTTTCAAGAGTGGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAGTTGGACTCAAAGCATGGACAAGCAAATATTTTCAAGAGTGGC  435

seq1  TTCTAATAACCAGGTGCTATAATGCGAGCAAGTTGGAGTTCCTGAAGCTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATAACCAGGTGCTATAATGCGAGCAAGTTGGAGTTCCTGAAGCTC  485

seq1  TGGCATCTTGTCTACTTGCATTCCATGTATGTGGTTTGTACAACAGCTGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCTTGTCTACTTGCATTCCATGTATGTGGTTTGTACAACAGCTGG  535

seq1  TGATTCACAGTTCTATCACCAGCATCTACTTTCTCAGTGAAAGGAAACGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCACAGTTCTATCACCAGCATCTACTTTCTCAGTGAAAGGAAACGA  585

seq1  ATGGCAAAAGTTTGTTTGAACTGAGCATCTTGCTCAGAGTTTATATTTTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAAAAGTTTGTTTGAACTGAGCATCTTGCTCAGAGTTTATATTTTA  635

seq1  TATCCAGTGAACGTACAAATGTGCAAGGGACCAAGTTCATCTCCCCAGCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAGTGAACGTACAAATGTGCAAGGGACCAAGTTCATCTCCCCAGCA  685

seq1  GGAACTCCCGGTTTTTGATTGAGCGTTTTATAAATAATGCCTAGGTAAAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCCCGGTTTTTGATTGAGCGTTTTATAAATAATGCCTAGGTAAAG  735

seq1  TTATAAATTATTTAATTTCTCTTGGGACAAACCCATTATGAAAGGAATTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATTATTTAATTTCTCTTGGGACAAACCCATTATGAAAGGAATTT  785

seq1  TCCAAAAAAATCTCAGGATCTTTGCAGTGGGTACACATTTCTAATTGCAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAAAATCTCAGGATCTTTGCAGTGGGTACACATTTCTAATTGCAT  835

seq1  TGCTTTAAAACGGGATTTCAGTTCAAATGGCTTTTTTGTTTGCTTATTTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAAACGGGATTTCAGTTCAAATGGCTTTTTTGTTTGCTTATTTT  885

seq1  TGTTCTTAAATACACACCTGTTAGAAAGATACTTTGGAACAACTGAAGGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTAAATACACACCTGTTAGAAAGATACTTTGGAACAACTGAAGGG  935

seq1  AAATCTTTATATGTTTTGATTCTAAGCCAGCCGAGCACTTGGTTAGGGAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTATATGTTTTGATTCTAAGCCAGCCGAGCACTTGGTTAGGGAG  985

seq1  ATTTACTTTTTATTATCTTTTACTAACAAATTCTAAGCTACAGTGTAAAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTTTTATTATCTTTTACTAACAAATTCTAAGCTACAGTGTAAAC  1035

seq1  AAACTCATGTCTACAGTGCACATGTATGTTTGGATCTTACAGATTATAAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCATGTCTACAGTGCACATGTATGTTTGGATCTTACAGATTATAAT  1085

seq1  CCAAAGACACTAAGTAAATTAACTCCAGATGTCAAGGTCTACAGCGGTTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGACACTAAGTAAATTAACTCCAGATGTCAAGGTCTACAGCGGTTC  1135

seq1  TTCAGAATGTTGAATCAGAAGCTCTGTGCATTGCATTGAATTC  1188
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAATGTTGAATCAGAAGCTCTGTGCATTGCATTGAATTC  1178