BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007H01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 156,581,800 - 156,694,929
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRgs16, Rnasel, LOC100043347, Rgsl1, 5830403L16Rik, EG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul, LOC100043359, Cacna1e
Downstream geneLOC671336, Ier5, Mr1, Stx6, EG667867, BC034090, Xpr1, EG433367, Acbd6, Lhx4, Qscn6, Cep350
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007H01.bB6Ng01-007H01.g
ACCDH844007DH844008
length7281,079
definitionDH844007|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007H01, 5' end.DH844008|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007H01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,694,205 - 156,694,929)(156,581,800 - 156,582,898)
sequence
gaattcattagtaaattaagaattatgaggttaaataattgtgagagaca
agatcaaatagagacgaagactatatttcctagctctgtcaaagaaatct
taaggtctcctacctaggcagtctttctagaaatattgaattcctcatta
ttatttctgaagttaaacaagaataaatttgaataattaatgcattgggt
tctcccttcaccgcctcctctaccacttgttagcatctatattatcttaa
ggtgctaagaggaaagaaatagcagagaagtgcagcacagtttgtagatg
gcagctaaattgctctcttggcttgtgggtggaggtggtgattttgattg
aagagtagagagcccttgactgactgtaagctcttgggagactatgccac
tgtctctctgatctgtctcaagacaggactctgacaaaccctatcaggca
aagcatcctttctgattgggtgtgagtgggtctcagagctgactgaagga
taagaacaaatgggttcatatctggcaagactaatgtgatctgctcaggc
ccgaggaagcagaaacaggaattgtgttcaggtgtaatgcctatctctga
ggctccagggctggcatcactgtaccagatttttgaacaatactgcttat
gttttttggccactgttttgctgtgcatggtgaggatcattaccagctac
atatatagggattagtaggtaaatcaat
gaattccaggacagccagggctacacagaaaccctgtctggaaaaacaaa
caaacaaacaaagacattccaatccctagatataaaaatcaagcaaacaa
caacaaaaatcacacacaaacatgaacatgcacacacacacacacacctc
accctagattcagctctgattcgatctgccactcaggtgtacagacatgc
aagtaattcttttatgccgttgagagcattcagacaggcttagttcagca
cttgtaaatgtgaagaacgacaagcttcttaagatagtcaaaggactaag
taagaaggaagcctgggagtgtggttgagtgggagagcacttggctagca
tgtgggagacccttgattcagtccctagtactgcaaaaaagttaattaat
taattaattaattaattaaacagggaactgtggaaaaataatttccaatc
aaacaagaatttctcaaatatttattctgttctaagacccttggcaagtc
aattcctggaacatacacatagacacactcacaatgccatactctaagat
actttgttgtttcttaacacaaccactttgtccttagtcacattattcga
aatgtgtacatagtcaataattaaaacaataatcccaaatttccacatat
gctattttcttttattccccaacaaaacacaacttcatatggcaaattca
gagctattaaaaaaaatcagaaaaaaataagcacccgtcaaaagaaacaa
aagttaatgtgtgaactatcagagtgaacactgggtgttacagcacaagc
ctgtaatctcagcacttagaaggctggggcagaaatattttaagttcaag
gccaactatggctgcatagtgagactgcatctttacaaaacaatcagagg
ccaatgagacagttagcagtagggcactctcaggcctgtgatgcaggtga
gttgatactgaagatccacctggtaaaaatgaggactgactcctgaagta
tctctggctctacacacaccagaccactcacacctgactcataccacaca
cacatggccaccactccatgtgtgtacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_156694205_156694929
seq2: B6Ng01-007H01.b_34_761 (reverse)

seq1  ATTGACTTACCTACTAATCCCTATATATGTAGCTGGTAATGATCCTCACC  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTTACCTACTAATCCCTATATATGTAGCTGGTAATGATCCTCACC  50

seq1  ATGCACAGC-AAACAGTGGCC-AAAAACATAAGCAGTATTGTTC-AAAAT  97
      ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGCACAGCAAAACAGTGGCCAAAAAACATAAGCAGTATTGTTCAAAAAT  100

seq1  CTGGTACAGTGATGCCAGCCCTGGAGCCTCAGAGATAGGCATTACACCTG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACAGTGATGCCAGCCCTGGAGCCTCAGAGATAGGCATTACACCTG  150

seq1  AACACAATTCCTGTTTCTGCTTCCTCGGGCCTGAGCAGATCACATTAGTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAATTCCTGTTTCTGCTTCCTCGGGCCTGAGCAGATCACATTAGTC  200

seq1  TTGCCAGATATGAACCCATTTGTTCTTCTCCTTCAGTCAGCTCTGAGACC  247
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGATATGAACCCATTTGTTCTTATCCTTCAGTCAGCTCTGAGACC  250

seq1  CACTCACACCCAATCAGAAAGGATGCTTTGCCTGATAGGGTTTGTCAGAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACACCCAATCAGAAAGGATGCTTTGCCTGATAGGGTTTGTCAGAG  300

seq1  TCCTGTCTTGAGACAGATCAGAGAGACAGTGGCATAGTCTCCCAAGAGCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCTTGAGACAGATCAGAGAGACAGTGGCATAGTCTCCCAAGAGCT  350

seq1  TACAGTCAGTCAAGGGCTCTCTACTCTTCAATCAAAATCACCACCTCCAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCAGTCAAGGGCTCTCTACTCTTCAATCAAAATCACCACCTCCAC  400

seq1  CCACAAGCCAAGAGAGCAATTTAGCTGCCATCTACAAACTGTGCTGCACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGCCAAGAGAGCAATTTAGCTGCCATCTACAAACTGTGCTGCACT  450

seq1  TCTCTGCTATTTCTTTCCTCTTAGCACCTTAAGATAATATAGATGCTAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTATTTCTTTCCTCTTAGCACCTTAAGATAATATAGATGCTAAC  500

seq1  AAGTGGTAGAGGAGGCGGTGAAGGGAGAACCCAATGCATTAATTATTCAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTAGAGGAGGCGGTGAAGGGAGAACCCAATGCATTAATTATTCAA  550

seq1  ATTTATTCTTGTTTAACTTCAGAAATAATAATGAGGAATTCAATATTTCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTCTTGTTTAACTTCAGAAATAATAATGAGGAATTCAATATTTCT  600

seq1  AGAAAGACTGCCTAGGTAGGAGACCTTAAGATTTCTTTGACAGAGCTAGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACTGCCTAGGTAGGAGACCTTAAGATTTCTTTGACAGAGCTAGG  650

seq1  AAATATAGTCTTCGTCTCTATTTGATCTTGTCTCTCACAATTATTTAACC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAGTCTTCGTCTCTATTTGATCTTGTCTCTCACAATTATTTAACC  700

seq1  TCATAATTCTTAATTTACTAATGAATTC  725
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATTCTTAATTTACTAATGAATTC  728

seq1: chr1_156581800_156582898
seq2: B6Ng01-007H01.g_65_1143

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAAACCCTGTCTGGAAAAACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAAACCCTGTCTGGAAAAACAAA  50

seq1  CAAACAAACAAAGACATTCCAATCCCTAGATATAAAAATCAAGCAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAAAGACATTCCAATCCCTAGATATAAAAATCAAGCAAACAA  100

seq1  CAACAAAAATCACACACAAACATGAACATGCACACACACACACACACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAAATCACACACAAACATGAACATGCACACACACACACACACCTC  150

seq1  ACCCTAGATTCAGCTCTGATTCGATCTGCCACTCAGGTGTACAGACATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAGATTCAGCTCTGATTCGATCTGCCACTCAGGTGTACAGACATGC  200

seq1  AAGTAATTCTTTTATGCCGTTGAGAGCATTCAGACAGGCTTAGTTCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTCTTTTATGCCGTTGAGAGCATTCAGACAGGCTTAGTTCAGCA  250

seq1  CTTGTAAATGTGAAGAACGACAAGCTTCTTAAGATAGTCAAAGGACTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAATGTGAAGAACGACAAGCTTCTTAAGATAGTCAAAGGACTAAG  300

seq1  TAAGAAGGAAGCCTGGGAGTGTGGTTGAGTGGGAGAGCACTTGGCTAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGGAAGCCTGGGAGTGTGGTTGAGTGGGAGAGCACTTGGCTAGCA  350

seq1  TGTGGGAGACCCTTGATTCAGTCCCTAGTACTGCAAAAAAGTTAATTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAGACCCTTGATTCAGTCCCTAGTACTGCAAAAAAGTTAATTAAT  400

seq1  TAATTAATTAATTAATTAAACAGGGAACTGTGGAAAAATAATTTCCAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAATTAATTAATTAAACAGGGAACTGTGGAAAAATAATTTCCAATC  450

seq1  AAACAAGAATTTCTCAAATATTTATTCTGTTCTAAGACCCTTGGCAAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGAATTTCTCAAATATTTATTCTGTTCTAAGACCCTTGGCAAGTC  500

seq1  AATTCCTGGAACATACACATAGACACACTCACAATGCCATACTCTAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTGGAACATACACATAGACACACTCACAATGCCATACTCTAAGAT  550

seq1  ACTTTGTTGTTTCTTAACACAACCACTTTGTCCTTAGTCACATTATTCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTTGTTTCTTAACACAACCACTTTGTCCTTAGTCACATTATTCGA  600

seq1  AATGTGTACATAGTCAATAATTAAAACAATAATCCCAAATTTCCACATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTACATAGTCAATAATTAAAACAATAATCCCAAATTTCCACATAT  650

seq1  GCTATTTTCTTTTATTCCCCAACAAAACACAACTTCATATGGCAAATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTCTTTTATTCCCCAACAAAACACAACTTCATATGGCAAATTCA  700

seq1  GAGCTATTAAAAAAAATCAGAAAAAAATAAGCACCCGTC-AAAGAAACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGCTATTAAAAAAAATCAGAAAAAAATAAGCACCCGTCAAAAGAAACAA  750

seq1  AAGTTAATGTGTGAACTATCAGAGTGAACACTGGGTGTTACAGCACAAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATGTGTGAACTATCAGAGTGAACACTGGGTGTTACAGCACAAGC  800

seq1  CTGTAATCTCAGCACTTAGAAGGCTGGGGCAGAAATATTTCAAGTTCAAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGTAATCTCAGCACTTAGAAGGCTGGGGCAGAAATATTTTAAGTTCAAG  850

seq1  GCCAACTATGGCTGCATAGTGAGACTGCATCTTTACAAAACAATCAAGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  GCCAACTATGGCTGCATAGTGAGACTGCATCTTTACAAAACAATCAGAGG  900

seq1  CCAATGAGACAGTTTAGCAGGTAGGGGCACCTCCAAGCCTGGTGATGCAG  949
      |||||||||||| |||||| ||| ||||||   || |||| |||||||||
seq2  CCAATGAGACAG-TTAGCA-GTA-GGGCACTCTCAGGCCT-GTGATGCAG  946

seq1  GTGAGTTTGATACCTGAGATCCACGTGGTAAAAATAGAGAACTGACTCCT  999
      ||||| |||||||   |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||
seq2  GTGAG-TTGATACTGAAGATCCACCTGGTAAAAAT-GAGGACTGACTCCT  994

seq1  GAAAGTTATCCTCTGGCCTCTACACACACACACAGACACACTCACACACT  1049
      |||   ||| |||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| ||
seq2  GAA--GTAT-CTCTGG-CTCTACACACAC---CAGAC-CACTCACAC-CT  1035

seq1  GACTCAGACACACACACACACATGGGCACACACTCACATGTGTGTGACTA  1099
      |||||| ||   ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||
seq2  GACTCATAC---CACACACACATGGCCAC-CACTC-CATGTGTGT-ACTA  1079