BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007J21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 192,025,358 - 192,120,261
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcnk2, LOC100042424, LOC100039307, Cenpf, Ptpn14, LOC100042438, Smyd2, Prox1
Downstream geneLOC100039394, EG666975, Rps6kc1, Angel2, Vash2, LOC100039445, LOC666987, 9630055N22Rik, 1700022P22Rik, Tatdn3, Nsl1, 9130211I03Rik, 4933417M04Rik, Atf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007J21.bB6Ng01-007J21.g
ACCDH844131DH844132
length1,1421,098
definitionDH844131|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007J21, 5' end.DH844132|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(192,119,103 - 192,120,261)(192,025,358 - 192,026,482)
sequence
gaattcagctgagctgaacctggtgcgaggacctccaacagcatctgccc
atgacagtttaggaaggcagcacatggccttgaggtaaggagggcgaaat
gtaagaatgaaaagaattgcatggattagtaacgaactccagcaatcaaa
gaaaaggcttaaaatatgccaagtatctctccagacctgccaggctttat
aagtcatcatgtgattctcctcacagaccttcaaggtaaaggttaatatt
cccattttccagtaaggaaactaaggctcacaaagttgagcagctttttc
agacatgcaccatagggactcacatggaaagctaggggctcataagacca
agcctggcccgtgtatcagcacatgctttcccaccatgtagggctgatgc
cttctgggagtcacacgggcatacagcatcacagaagacaggggggtcag
gaacactcaaagtgtaattggatcccaggccacagtctatgtctggagta
ctcaaggctcttcccagcctcctctgagacccttgttactcgagtcatgt
caggggataccatgggtagaaagaagagaagggaattgaagtaaaaagtc
tcgacacaaacatggggaaagtgtttaactttggcaactaagaagtaaaa
gaaacacttgaagataacaaggatttcatctctgctgtgtgttctccttc
gagtaggtgaccaagctggtccagggcttgtaactactgttccattcctc
tagccccctggccaccattgcggaatgagagctgtggttgtcttcactgt
tgcttgatggatagtccctggccctagagatagcatcgttgatgcaaggt
cttgttttctttaacaggaagagcaggctggaaagagagatgcacacagc
cttccacaaaaccctgctgtcatcagcagagctgggcagtcatggaagat
acaagactgctggccaaagaacagaagaaaactaactgacccacgtgggc
cttgaacctctgacctcattagcatgttctcccacctcgctaacgaacag
ccaattatgacactgaactcaagacggagtcactcttcacctggtcctag
aaagtccagcgcgggtttaagagtgtggctgaggtgagatag
gaattcattatggtttgatagaatgttgaatccttgctatgcagaggagt
tcaaactagcttctttgattcattaagaactattgaagacgctgaaaagt
cagagtctgcccccgctgagctccagttctccctagcacttctgcccttg
tgcagtttagaacaacttgtgacagtcatggaccaagaggttgagttcag
acagcgctgtgtgataatcgagaggcagcagcagcatctgtttccccccc
gggagtccagctttggagagcagaagacagtttaccccagtgtgcttctc
ctctgcactgttaaaggaaggtgttcgaggtcttttatgccaaaggagat
ttcaggtcaggagtgttgacagaaggattggtggcactcaacaattccca
ggccttatcatttttggcactgtttatgtccattcgatggtggcactcgg
aggggctgggagagcgggctcctgatgacatagagataccttgacatttc
aggaccaaaggtcaatgcctggaaaggtgcaggagaggtaggatccctgg
gtcccaggtcaaccctgtgccctcttaaatgttgtctcctgtagcagaaa
agcacactgtaagggtgttttaagtggtcaaccacagcctgatttttctt
gtcaggatatttctagcagggctaacttctgagccagtacatcaattgcc
ctctgtggactcaacaactttaacttcatggctggtgagacaggacctgt
cctttccttacaccaatgaatcctgcatacctacatttgatttgccagtg
tggagtccttccattttgaatactactttacttatctgagaaagctcttt
ttgctggaaatctgcacacttagactttagtatatataattcttccctct
gttcatgcagacccatttcccatttaaagtacttagctattttaagattt
atttatttttgatatatttatattcattttatgtgatgagtatttgtaag
cagatgctgatgtgtaccacatggtgtttagaccaatgagcagagagagc
ataagctccttggaactgaattacagaggattcgagcaccactgggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_192119103_192120261
seq2: B6Ng01-007J21.b_44_1185 (reverse)

seq1  CTATCTCACCTCAGCCACACACTCTTAAAACACGGCCGC-CTGGGCTTTT  49
      |||||||||||||||  ||||||||||||      |||| |||| |||| 
seq2  CTATCTCACCTCAGC--CACACTCTTAAA-----CCCGCGCTGGACTTT-  42

seq1  CTTGGGCCCAGGTGAAGAGGTGACTTCCGTCTTTGAG-TCAGTGCTCATA  98
        | || ||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||| |||||
seq2  -CTAGGACCAGGTGAAGA-GTGAC-TCCGTC-TTGAGTTCAGTG-TCATA  87

seq1  ATTGGGCTGTCTGTTAGCCGAGGTGGGGAGAAAACAATGCTAATGAGGTC  148
      ||| ||||||  ||||| |||||| |||||||    ||||||||||||||
seq2  ATT-GGCTGTTCGTTAG-CGAGGT-GGGAGAA---CATGCTAATGAGGTC  131

seq1  AGGGGTTCAAGGCCCACGTGGGTCAGTTAGTTTTCTTCTGTTCTTTGGCC  198
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTCAAGGCCCACGTGGGTCAGTTAGTTTTCTTCTGTTCTTTGGCC  181

seq1  AGCAGTC-TGTATCCTCCATGACTGCCCAGCTCTGCTGATGACAGCAGGG  247
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCTTGTATCTTCCATGACTGCCCAGCTCTGCTGATGACAGCAGGG  231

seq1  TTTTGTGGAAGGCTGTGTGCATCTCTCCTTCCAGCCCTGCTCTTCCTGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  TTTTGTGGAAGGCTGTGTGCATCTCTCTTTCCAG-CCTGCTCTTCCTGTT  280

seq1  AAAGAAAACAAGACCTTGCATCAACGATGCTATCTCTAGGGCCAGGGACT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAACAAGACCTTGCATCAACGATGCTATCTCTAGGGCCAGGGACT  330

seq1  ATCCATCAAGCAACAGTGAAGACAACCACAGCTCTCATTCCGCAATGGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCAAGCAACAGTGAAGACAACCACAGCTCTCATTCCGCAATGGTG  380

seq1  GCCAGGGGGCTAGAGGAATGGAACAGTAGTTACAAGCCCTGGACCAGCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGGGCTAGAGGAATGGAACAGTAGTTACAAGCCCTGGACCAGCTT  430

seq1  GGTCACCTACTCGAAGGAGAACACACAGCAGAGATGAAATCCTTGTTATC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACCTACTCGAAGGAGAACACACAGCAGAGATGAAATCCTTGTTATC  480

seq1  TTCAAGTGTTTCTTTTACTTCTTAGTTGCCAAAGTTAAACACTTTCCCCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTGTTTCTTTTACTTCTTAGTTGCCAAAGTTAAACACTTTCCCCA  530

seq1  TGTTTGTGTCGAGACTTTTTACTTCAATTCCCTTCTCTTCTTTCTACCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTGTCGAGACTTTTTACTTCAATTCCCTTCTCTTCTTTCTACCCA  580

seq1  TGGTATCCCCTGACATGACTCGAGTAACAAGGGTCTCAGAGGAGGCTGGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCCCCTGACATGACTCGAGTAACAAGGGTCTCAGAGGAGGCTGGG  630

seq1  AAGAGCCTTGAGTACTCCAGACATAGACTGTGGCCTGGGATCCAATTACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCTTGAGTACTCCAGACATAGACTGTGGCCTGGGATCCAATTACA  680

seq1  CTTTGAGTGTTCCTGACCCCCCTGTCTTCTGTGATGCTGTATGCCCGTGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGTGTTCCTGACCCCCCTGTCTTCTGTGATGCTGTATGCCCGTGT  730

seq1  GACTCCCAGAAGGCATCAGCCCTACATGGTGGGAAAGCATGTGCTGATAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCAGAAGGCATCAGCCCTACATGGTGGGAAAGCATGTGCTGATAC  780

seq1  ACGGGCCAGGCTTGGTCTTATGAGCCCCTAGCTTTCCATGTGAGTCCCTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCCAGGCTTGGTCTTATGAGCCCCTAGCTTTCCATGTGAGTCCCTA  830

seq1  TGGTGCATGTCTGAAAAAGCTGCTCAACTTTGTGAGCCTTAGTTTCCTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCATGTCTGAAAAAGCTGCTCAACTTTGTGAGCCTTAGTTTCCTTA  880

seq1  CTGGAAAATGGGAATATTAACCTTTACCTTGAAGGTCTGTGAGGAGAATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAATGGGAATATTAACCTTTACCTTGAAGGTCTGTGAGGAGAATC  930

seq1  ACATGATGACTTATAAAGCCTGGCAGGTCTGGAGAGATACTTGGCATATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATGACTTATAAAGCCTGGCAGGTCTGGAGAGATACTTGGCATATT  980

seq1  TTAAGCCTTTTCTTTGATTGCTGGAGTTCGTTACTAATCCATGCAATTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCCTTTTCTTTGATTGCTGGAGTTCGTTACTAATCCATGCAATTCT  1030

seq1  TTTCATTCTTACATTTCGCCCTCCTTACCTCAAGGCCATGTGCTGCCTTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCTTACATTTCGCCCTCCTTACCTCAAGGCCATGTGCTGCCTTC  1080

seq1  CTAAACTGTCATGGGCAGATGCTGTTGGAGGTCCTCGCACCAGGTTCAGC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTGTCATGGGCAGATGCTGTTGGAGGTCCTCGCACCAGGTTCAGC  1130

seq1  TCAGCTGAATTC  1159
      ||||||||||||
seq2  TCAGCTGAATTC  1142

seq1: chr1_192025358_192026482
seq2: B6Ng01-007J21.g_65_1162

seq1  GAATTCATTATGGTTTGATAGAATGTTGAATCCTTGCTATGCAGAGGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATGGTTTGATAGAATGTTGAATCCTTGCTATGCAGAGGAGT  50

seq1  TCAAACTAGCTTCTTTGATTCATTAAGAACTATTGAAGACGCTGAAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTAGCTTCTTTGATTCATTAAGAACTATTGAAGACGCTGAAAAGT  100

seq1  CAGAGTCTGCCCCCGCTGAGCTCCAGTTCTCCCTAGCACTTCTGCCCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCTGCCCCCGCTGAGCTCCAGTTCTCCCTAGCACTTCTGCCCTTG  150

seq1  TGCAGTTTAGAACAACTTGTGACAGTCATGGACCAAGAGGTTGAGTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTTAGAACAACTTGTGACAGTCATGGACCAAGAGGTTGAGTTCAG  200

seq1  ACAGCGCTGTGTGATAATCGAGAGGCAGCAGCAGCATCTGTTTCCCCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGCTGTGTGATAATCGAGAGGCAGCAGCAGCATCTGTTTCCCCCCC  250

seq1  GGGAGTCCAGCTTTGGAGAGCAGAAGACAGTTTACCCCAGTGTGCTTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCCAGCTTTGGAGAGCAGAAGACAGTTTACCCCAGTGTGCTTCTC  300

seq1  CTCTGCACTGTTAAAGGAAGGTGTTCGAGGTCTTTTATGCCAAAGGAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCACTGTTAAAGGAAGGTGTTCGAGGTCTTTTATGCCAAAGGAGAT  350

seq1  TTCAGGTCAGGAGTGTTGACAGAAGGATTGGTGGCACTCAACAATTCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTCAGGAGTGTTGACAGAAGGATTGGTGGCACTCAACAATTCCCA  400

seq1  GGCCTTATCATTTTTGGCACTGTTTATGTCCATTCGATGGTGGCACTCGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTATCATTTTTGGCACTGTTTATGTCCATTCGATGGTGGCACTCGG  450

seq1  AGGGGCTGGGAGAGCGGGCTCCTGATGACATAGAGATACCTTGACATTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTGGGAGAGCGGGCTCCTGATGACATAGAGATACCTTGACATTTC  500

seq1  AGGACCAAAGGTCAATGCCTGGAAAGGTGCAGGAGAGGTAGGATCCCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAAAGGTCAATGCCTGGAAAGGTGCAGGAGAGGTAGGATCCCTGG  550

seq1  GTCCCAGGTCAACCCTGTGCCCTCTTAAATGTTGTCTCCTGTAGCAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGGTCAACCCTGTGCCCTCTTAAATGTTGTCTCCTGTAGCAGAAA  600

seq1  AGCACACTGTAAGGGTGTTTTAAGTGGTCAACCACAGCCTGATTTTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACTGTAAGGGTGTTTTAAGTGGTCAACCACAGCCTGATTTTTCTT  650

seq1  GTCAGGATATTTCTAGCAGGGCTAACTTCTGAGCCAGTACATCAATTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGATATTTCTAGCAGGGCTAACTTCTGAGCCAGTACATCAATTGCC  700

seq1  CTCTGTGGACTCAACAACTTTAACTTCATGGCTGGTGAGACAGGACCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGACTCAACAACTTTAACTTCATGGCTGGTGAGACAGGACCTGT  750

seq1  CCTTTCCTTACACCAATGAATCCTGCATACCTACATTTGATTTGCCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTACACCAATGAATCCTGCATACCTACATTTGATTTGCCAGTG  800

seq1  TGGAGTCCTTCCATTTTGAATACTACTTTACTTATCTGAGAAAGCTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCTTCCATTTTGAATACTACTTTACTTATCTGAGAAAGCTCTTT  850

seq1  TTGCTGGAAATCTGCAACACTTAGACTTTAGTTATATATAATTCTTCCCT  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGAAATCTGC-ACACTTAGACTTTAG-TATATATAATTCTTCCCT  898

seq1  CTGTTCATGCAGACCCATTTCCCATTTAAAGTACTTAGCTTATTTTAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGTTCATGCAGACCCATTTCCCATTTAAAGTACTTAGC-TATTTTAAGA  947

seq1  TTTATTTTTATTTTTTGATATATTTAATATTTTCAATTTTATGTGTATGA  1000
      |||||||    |||||||||||||| |||||    |||||||||| ||||
seq2  TTTATTT---ATTTTTGATATATTT-ATATT---CATTTTATGTG-ATGA  989

seq1  GTATTTTGTAAGCAAGTATGCTTGTATGTGTACCACATGGGTGTTTAGAA  1050
      ||| ||||||||||   |||||   ||||||||||||| |||||||||| 
seq2  GTA-TTTGTAAGCA--GATGCT--GATGTGTACCACAT-GGTGTTTAGAC  1033

seq1  CACATAGAGGCCAGAAGAGAGCATAAGCTCCCTTGGAACTGGAGTTACAG  1100
      || || |||  ||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||||
seq2  CA-AT-GAG--CAG-AGAGAGCATAAGCT-CCTTGGAACT-GAATTACAG  1076

seq1  AGGATTTTGAGGCACCACGTGGGTG  1125
      |||| || || ||||||| ||||||
seq2  AGGA-TTCGA-GCACCAC-TGGGTG  1098