BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007M09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 131,307,654 - 131,437,027
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThsd7b
Upstream geneDars, LOC620659, Cxcr4, LOC100042732
Downstream geneLOC100042745, LOC100042740, Daf2, Cd55
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007M09.bB6Ng01-007M09.g
ACCDH844242DH844243
length1,1161,079
definitionDH844242|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007M09, 5' end.DH844243|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007M09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,307,654 - 131,308,781)(131,435,939 - 131,437,027)
sequence
gaattcttctcgtatacacaatcaatagggaaccctgcaaacccctgcct
ttatgagctctataaactcctacccacacacatttctctcccttgttcat
agctattttgttttgcgatctgctgaaagtgacctgggctatttatatga
tgtgcttagcaaagggtacacaactacagacaaagatttctactcttccc
agaagtaagcgatagccagtaggtcagaagaaaaggaaaagggctccatg
atcctcctgcaccattccataattgtcaataagaatggttttgtgaggga
ataaagcagataactacagttgtgagttaataactgagatggttgtatgg
agtctaaaactgacattctatggcccattgtcccgtcttcaggctcttac
atacttctgtgctttctgctataatgttctgttccatgagctctagaggg
ggtgatctaaataacttgcttagggcttaacatacatccattgcttgttc
tctgcatctagggatatctacaaagtctctgcattcaccactactgactg
taacaagaggcttagagaagagaattattgccgagtgcttcatttgttga
agggtaaaagcataagaatttagaaggcagtgtgtggctctgctagctta
actagtcatcagcaataagctctccacatgggcctacttctttctcagtc
ctggattgttagctaggctcacagttccaggcatgagtcatacctctgtc
tgcctgtggaaaaggcttgaaatcccaccagagggcagttgaacaggccc
acaatggtcaagccacagttacatggatgcatatactatgattttcactt
tgtttctttgtgctcccttttctggattaagcaaatagataattcatgtg
tcaatgcacctgtgtatgcatatttgcaaatgaagatcagaaacaacctt
ccacttttgcctgtagcagtgtatcactggactgaaaccttcaccagtag
ctaggctgctagctaggacgcttctggagatcacatctaccttgtctctg
tctcatctcatcgtcactgagatgagaaagcatgcaccactgtgcctggc
tggtttcatgttttag
gaattctgatcaaatgtgttcttcctcctgagcccaaatccaaccaattg
gtcaaggattgggtgctcaatagtgtggaatgtgatgcagttttaaccat
aatcattatcttagctaatatgtactcacagcttccatgtgccagacatg
ctattgtgttttaatggcattgtttcctttatgtttcttatgtgaagaca
gacatggttgaatgtaaaaagtgccctataggcactttaggagcatttgt
tcttggtatctgagaactgtttggaaaagttgtgggaaatttagaagatg
gagtctgactggagaaagcagcccactgacatgtgctgacattgtatagc
ttggcttcactctctgcttgctgactgtggatgcacaatgaccagcatct
tttgcctctgatgccatgccttcacatccatgatagactgtatcccttga
ctgtaatctaaagcacactcctcctctcttaacatgagtcttgtctgtta
tttcatcaccaaaacaaggaagataactgagagaatagaacaagttgtag
gtggtgaggtaacccaatcacaaaaaaagtcccatgatatgcactcactg
ataagtggatattagcccagaaacttagaatacccaagatacaatttcca
aaacacaagaaaatcaagaaggaagaccaacgcttggatacttcattcct
ccctagaatagagaataaaatatccatggaaggagttgcagagacaaagt
ttggagctaagacaaaaggatggaccatccagagactgccccacccgggg
tccatctcataatcagccccaaatgcagacactattgcatatgccagaaa
gattttgctgaaaggacccagatatagttgtctcctgtgaggctttgcca
gtgcctgacaaatacagaagtggatgctcacagtcatctattgaatggaa
cccagggtccccagtggaggagcttactcctcttcttagcatagtgctag
acatcatttgtggaggtcgagatactctaacagtcgttgctgcatacacc
atcaggtgagatcaattaaatcaccgcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_131307654_131308781
seq2: B6Ng01-007M09.b_43_1158

seq1  GAATTCTTCTCGTATACACAATCAATAGGGAACCCTGCAAACCCCTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCGTATACACAATCAATAGGGAACCCTGCAAACCCCTGCCT  50

seq1  TTATGAGCTCTATAAACTCCTACCCACACACATTTCTCTCCCTTGTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGCTCTATAAACTCCTACCCACACACATTTCTCTCCCTTGTTCAT  100

seq1  AGCTATTTTGTTTTGCGATCTGCTGAAAGTGACCTGGGCTATTTATATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTTGTTTTGCGATCTGCTGAAAGTGACCTGGGCTATTTATATGA  150

seq1  TGTGCTTAGCAAAGGGTACACAACTACAGACAAAGATTTCTACTCTTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTAGCAAAGGGTACACAACTACAGACAAAGATTTCTACTCTTCCC  200

seq1  AGAAGTAAGCGATAGCCAGTAGGTCAGAAGAAAAGGAAAAGGGCTCCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAAGCGATAGCCAGTAGGTCAGAAGAAAAGGAAAAGGGCTCCATG  250

seq1  ATCCTCCTGCACCATTCCATAATTGTCAATAAGAATGGTTTTGTGAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCTGCACCATTCCATAATTGTCAATAAGAATGGTTTTGTGAGGGA  300

seq1  ATAAAGCAGATAACTACAGTTGTGAGTTAATAACTGAGATGGTTGTATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCAGATAACTACAGTTGTGAGTTAATAACTGAGATGGTTGTATGG  350

seq1  AGTCTAAAACTGACATTCTATGGCCCATTGTCCCGTCTTCAGGCTCTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAAACTGACATTCTATGGCCCATTGTCCCGTCTTCAGGCTCTTAC  400

seq1  ATACTTCTGTGCTTTCTGCTATAATGTTCTGTTCCATGAGCTCTAGAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCTGTGCTTTCTGCTATAATGTTCTGTTCCATGAGCTCTAGAGGG  450

seq1  GGTGATCTAAATAACTTGCTTAGGGCTTAACATACATCCATTGCTTGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCTAAATAACTTGCTTAGGGCTTAACATACATCCATTGCTTGTTC  500

seq1  TCTGCATCTAGGGATATCTACAAAGTCTCTGCATTCACCACTACTGACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTAGGGATATCTACAAAGTCTCTGCATTCACCACTACTGACTG  550

seq1  TAACAAGAGGCTTAGAGAAGAGAATTATTGCCGAGTGCTTCATTTGTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGAGGCTTAGAGAAGAGAATTATTGCCGAGTGCTTCATTTGTTGA  600

seq1  AGGGTAAAAGCATAAGAATTTAGAAGGCAGTGTGTGGCTCTGCTAGCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAAAAGCATAAGAATTTAGAAGGCAGTGTGTGGCTCTGCTAGCTTA  650

seq1  ACTAGTCATCAGCAATAAGCTCTCCACATGGGCCTACTTCTTTCTCAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTCATCAGCAATAAGCTCTCCACATGGGCCTACTTCTTTCTCAGTC  700

seq1  CTGGATTGTTAGCTAGGCTCACAGTTCCAGGCATGAGTCATACCTCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTGTTAGCTAGGCTCACAGTTCCAGGCATGAGTCATACCTCTGTC  750

seq1  TGCCTGTGGAAAAGGCTTGAAATCCCACCAGAGGGCAGTTGAACAGGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGGAAAAGGCTTGAAATCCCACCAGAGGGCAGTTGAACAGGCCC  800

seq1  ACAATGGTCAAGCCACAGTTACATGGATGCATATACTATGATTTTCACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGTCAAGCCACAGTTACATGGATGCATATACTATGATTTTCACTT  850

seq1  TGTTTCTTTGTGCTCCCTTTTCTGGATTAAGCAAATAGATAATTCATGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTTGTGCTCCCTTTTCTGGATTAAGCAAATAGATAATTCATGTG  900

seq1  TCAATGCACCTGTGTATGCATATTTGCAAATGAAGATCAAGAAACAACCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAATGCACCTGTGTATGCATATTTGCAAATGAAGATC-AGAAACAACCT  949

seq1  TCCACTTTTGCCTGTAGCAGGGTGTATCACTGGACTGAAACCTTCACCAA  1000
      |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCACTTTTGCCTGTAGCA--GTGTATCACTGGACTGAAACCTTCACCA-  996

seq1  GGTAGGCTAGGCTGGCTAGCTAGGACGCTTCTGGAGATTCACAATCTACC  1050
       ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  -GTA-GCTAGGCT-GCTAGCTAGGACGCTTCTGGAGA-TCAC-ATCTACC  1041

seq1  -TGTCTCTGTCTTCCATCTCATCGTCACTGAGATGAG-AAGCATGCACCA  1098
       |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGTCTCTGTCT--CATCTCATCGTCACTGAGATGAGAAAGCATGCACCA  1089

seq1  CTGTGCCTGGCTGGTTTTCATTGGTTTTAG  1128
      |||||||||||||| ||||||  |||||||
seq2  CTGTGCCTGGCTGG-TTTCAT--GTTTTAG  1116

seq1: chr1_131435939_131437027
seq2: B6Ng01-007M09.g_66_1144 (reverse)

seq1  GTGCGGTGATATTATTTTGATCTACACTTGATGGTGTATGCAGCAACGAC  50
      |||||||||| | |  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGGTGATTTAA--TTGATCT-CACCTGATGGTGTATGCAGCAACGAC  47

seq1  TGGTATAGAGTATCCTTCTGACCTCCACATATGATTGTCTAGCACTTATG  100
      ||   |||||||||  || |||||||||| |||| |||||||||| ||||
seq2  TG--TTAGAGTATC--TC-GACCTCCACAAATGA-TGTCTAGCAC-TATG  90

seq1  CTAGGAAGA-GAGTAAGCTCCTCCACTGGGGGCCCTGGGTTCCATTCAAT  149
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAGAGGAGTAAGCTCCTCCACTGGGGACCCTGGGTTCCATTCAAT  140

seq1  AGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGTCAGGCACTGGCAAAGCCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGTCAGGCACTGGCAAAGCCT  190

seq1  CACAGGAGACAACTATATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTTCTGGCATA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAGACAACTATATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTTCTGGCATA  240

seq1  TGCAATAGTGTCTGCATTTGGTGGCTGATTATGAGATGGACCCCGGGTGG  299
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATAGTGTCTGCATTTGG-GGCTGATTATGAGATGGACCCCGGGTGG  289

seq1  GGCAGTCTCTGGATGGTCCATCCTTTTGTCTTAGCTCCAAACTTTGTCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCTCTGGATGGTCCATCCTTTTGTCTTAGCTCCAAACTTTGTCTC  339

seq1  TGCAACTCCTTCCATGGATATTTTATTCTCTATTCTAGGGAGGAATGAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTCCTTCCATGGATATTTTATTCTCTATTCTAGGGAGGAATGAAG  389

seq1  TATCCAAGCGTTGGTCTTCCTTCTTGATTTTCTTGTGTTTTGGAAATTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAGCGTTGGTCTTCCTTCTTGATTTTCTTGTGTTTTGGAAATTGT  439

seq1  ATCTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGC  489

seq1  ATATCATGGGACTTTTTTTGTGATTGGGTTACCTCACCACCTACAACTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATGGGACTTTTTTTGTGATTGGGTTACCTCACCACCTACAACTTG  539

seq1  TTCTATTCTCTCAGTTATCTTCCTTGTTTTGGTGATGAAATAACAGACAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCTCTCAGTTATCTTCCTTGTTTTGGTGATGAAATAACAGACAA  589

seq1  GACTCATGTTAAGAGAGGAGGAGTGTGCTTTAGATTACAGTCAAGGGATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATGTTAAGAGAGGAGGAGTGTGCTTTAGATTACAGTCAAGGGATA  639

seq1  CAGTCTATCATGGATGTGAAGGCATGGCATCAGAGGCAAAAGATGCTGGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTATCATGGATGTGAAGGCATGGCATCAGAGGCAAAAGATGCTGGT  689

seq1  CATTGTGCATCCACAGTCAGCAAGCAGAGAGTGAAGCCAAGCTATACAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGCATCCACAGTCAGCAAGCAGAGAGTGAAGCCAAGCTATACAAT  739

seq1  GTCAGCACATGTCAGTGGGCTGCTTTCTCCAGTCAGACTCCATCTTCTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCACATGTCAGTGGGCTGCTTTCTCCAGTCAGACTCCATCTTCTAA  789

seq1  ATTTCCCACAACTTTTCCAAACAGTTCTCAGATACCAAGAACAAATGCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCACAACTTTTCCAAACAGTTCTCAGATACCAAGAACAAATGCTC  839

seq1  CTAAAGTGCCTATAGGGCACTTTTTACATTCAACCATGTCTGTCTTCACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTGCCTATAGGGCACTTTTTACATTCAACCATGTCTGTCTTCACA  889

seq1  TAAGAAACATAAAGGAAACAATGCCATTAAAACACAATAGCATGTCTGGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAACATAAAGGAAACAATGCCATTAAAACACAATAGCATGTCTGGC  939

seq1  ACATGGAAGCTGTGAGTACATATTAGCTAAGATAATGATTATGGTTAAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAAGCTGTGAGTACATATTAGCTAAGATAATGATTATGGTTAAAA  989

seq1  CTGCATCACATTCCACACTATTGAGCACCCAATCCTTGACCAATTGGTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCACATTCCACACTATTGAGCACCCAATCCTTGACCAATTGGTTG  1039

seq1  GATTTGGGCTCAGGAGGAAGAACACATTTGATCAGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGGCTCAGGAGGAAGAACACATTTGATCAGAATTC  1079