BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007M24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 98,811,631 - 98,986,003
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlco6b1, LOC670708, LOC623430, Slco6c1
Upstream geneGm1833, Slco4c1, EG329217
Downstream geneEG634331, EG634346, D1Ertd622e, Hisppd1, Zh2c2, Pam, LOC100041823
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007M24.bB6Ng01-007M24.g
ACCDH844272DH844273
length1,080901
definitionDH844272|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007M24, 5' end.DH844273|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007M24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,984,930 - 98,986,003)(98,811,631 - 98,812,523)
sequence
gaattcttatcagatcaacaaaaaccataaggaagtgtaattgaatagca
caaacaaacatacacagttaacacctaaattatatggataaatacacagg
tttgtgtttattggcatgtagatattcatgtgtgttcaggttcacctgga
aatatgtacgcctacatatgctacccaggtgacttcaggtgtgcttcctc
gggagcaatccacctttattttcttttttgaaacacgccagcctggaact
tgatgtgaaggctaaaccagcttgctaataggcctcaggagcatccccta
tccccatctctcagcactgatattatgagtgtgtacctccctgtctagaa
tcttataaacatgagtcataggggaagagttcagatccttgagaaaagca
agcattttaccaactgaggcatatctccagccccaaactgcacatttaca
tttgaaaccatagaaatacagagcaaatattatcttgtgtatatctgtat
gaacaaatgtagaagctgacaaaggtcatcaaatatttccaattaagtca
tctatggcagtcaatgctactgctgcatgacaaaacatagtggcataaca
caaaactgttttaattatcagtgtaaaatttaaatgaggtttaaccttta
gtgggatgactaaagtgctcacagtctgaaggacaaaatgatttagaggc
ttcattgttctcatatttagctatattaatggttaggtttcagaatactc
aggtgtagcctgatgacagttgtaaaggtcctcccattctcggcgacttt
ctacaagagcctaccaaacattaagtatccttctgatgaatcttagagtt
atgaggaatttttcattgtgaaacttgcattctctcatattgaggtgcta
atatatatatataaaaatacaaccctgagaaaatttttgaccaaaatttg
aaataaattacccataaaccctcttagcccaaagccctttctaggataca
taattctagctactcagccataggcattgagagggacttgcatgccggtt
ttaaggaaccatggtttgtgagcactgggt
gaattctctgtttatctctgtgccccattttaaaattgggttacttggcc
ttttggagtctagcttcttgagttctttgtatattttggatattagtctc
tatcagatacaggatgagtgaagtacttttcctaatcaataggctgctgc
tttgtagtatcatcagtgtcttttgacatatagaaacttttcagttaaat
gaggtatcatttgccaattgttgatcttagagcctgagccctttgttttc
tgatcaggaaaccgtctcctgcaacaattcaaggcaatttcccatttttg
cttctgttagatttagtggatccagttttgtgttgaagtccttgatccac
ttggacttaagtggccatggctcagacttgagtgtcattgctcatgcggg
cagcgggtctcactaagtggtcctacttatccagagaaacaatatgcaag
tgtcgtggggtcctgacagcttcaaaaatattctcaaagaagtaaggaag
accagtccaaaattggctagaaagttgggccacactagttgagctttgga
aatgggcctctaaagtagacaacagagaactagagcagttagtaatatga
agcagcagcaggaaatgttgtagaaagtgtgcaaagccagaaaaaagaga
aaacactgggtcctgcaggatcatccaaatcacagggcaaaagctggtca
acagagtcactcttaactgcaatatttatgggatatcaggattgaagctt
taagttctatatctgccatgccgaatttcagtcttcctttgtgctaaggt
atgcttttgttcccttttgacatctcctttagaccttagtctaaatgttt
atcctgtgcttgtcacaatttcatactttctatttgtagaatgtaatttt
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_98984930_98986003
seq2: B6Ng01-007M24.b_46_1125 (reverse)

seq1  AACCAGTG-TCACAAA-CATGGTTACATTAAAAACCTGCATGCAAGTCCT  48
      | |||||| ||||||| ||||||| |  | |||||| |||||||||||| 
seq2  ACCCAGTGCTCACAAACCATGGTTCC--TTAAAACCGGCATGCAAGTCCC  48

seq1  CTTCAATGCCTATGGCTGAGTAGCTTAGAATTATGTATCCTTAGAAGGGC  98
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || 
seq2  TCTCAATGCCTATGGCTGAGTAGC-TAGAATTATGTATCC-TAGAAAGGG  96

seq1  TTTTGGGCTAAGA-GGTTTATGGGTAATTTATTTCAAATTTTGGTCAAAA  147
       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGCTAAGAGGGTTTATGGGTAATTTATTTCAAATTTTGGTCAAAA  146

seq1  ATTTTCTTCAGGTTGTATATTTATATATATATA-TAGCACCTCAATATGA  196
      |||||||   |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTCAGGGTTGTATTTTTATATATATATATTAGCACCTCAATATGA  196

seq1  GAGAATGC-AGTTTCACAATGAAAAATT-CTCAT-ACTCTAAGATTCATC  243
      |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  GAGAATGCAAGTTTCACAATGAAAAATTCCTCATAACTCTAAGATTCATC  246

seq1  AGAAGGATACTTAATGTTTGGTAGGCTCTTGTAG-AAGTCGCCGAGAATG  292
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGAAGGATACTTAATGTTTGGTAGGCTCTTGTAGAAAGTCGCCGAGAATG  296

seq1  GGAGGACC-TTACAACTGTCATCAGGCTACACCTGAGTATTCTGAAACCT  341
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACCTTTACAACTGTCATCAGGCTACACCTGAGTATTCTGAAACCT  346

seq1  AACCATTAATATAGCT-AATATGAGAACAATGAAGCCTCTAAATCATTTT  390
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTAATATAGCTAAATATGAGAACAATGAAGCCTCTAAATCATTTT  396

seq1  GTCCTTCAGACTGTGAGCACTTTAGTCATCCCACTAAAGGTTAAACCTCA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCAGACTGTGAGCACTTTAGTCATCCCACTAAAGGTTAAACCTCA  446

seq1  TTTAAATTTTACACTGATAATTAAAACAGTTTTGTGTTATGCCACTATGT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTTTACACTGATAATTAAAACAGTTTTGTGTTATGCCACTATGT  496

seq1  TTTGTCATGCAGCAGTAGCATTGACTGCCATAGATGACTTAATTGGAAAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATGCAGCAGTAGCATTGACTGCCATAGATGACTTAATTGGAAAT  546

seq1  ATTTGATGACCTTTGTCAGCTTCTACATTTGTTCATACAGATATACACAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATGACCTTTGTCAGCTTCTACATTTGTTCATACAGATATACACAA  596

seq1  GATAATATTTGCTCTGTATTTCTATGGTTTCAAATGTAAATGTGCAGTTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATATTTGCTCTGTATTTCTATGGTTTCAAATGTAAATGTGCAGTTT  646

seq1  GGGGCTGGAGATATGCCTCAGTTGGTAAAATGCTTGCTTTTCTCAAGGAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGGAGATATGCCTCAGTTGGTAAAATGCTTGCTTTTCTCAAGGAT  696

seq1  CTGAACTCTTCCCCTATGACTCATGTTTATAAGATTCTAGACAGGGAGGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTCTTCCCCTATGACTCATGTTTATAAGATTCTAGACAGGGAGGT  746

seq1  ACACACTCATAATATCAGTGCTGAGAGATGGGGATAGGGGATGCTCCTGA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTCATAATATCAGTGCTGAGAGATGGGGATAGGGGATGCTCCTGA  796

seq1  GGCCTATTAGCAAGCTGGTTTAGCCTTCACATCAAGTTCCAGGCTGGCGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATTAGCAAGCTGGTTTAGCCTTCACATCAAGTTCCAGGCTGGCGT  846

seq1  GTTTCAAAAAAGAAAATAAAGGTGGATTGCTCCCGAGGAAGCACACCTGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAAAAAGAAAATAAAGGTGGATTGCTCCCGAGGAAGCACACCTGA  896

seq1  AGTCACCTGGGTAGCATATGTAGGCGTACATATTTCCAGGTGAACCTGAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCTGGGTAGCATATGTAGGCGTACATATTTCCAGGTGAACCTGAA  946

seq1  CACACATGAATATCTACATGCCAATAAACACAAACCTGTGTATTTATCCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGAATATCTACATGCCAATAAACACAAACCTGTGTATTTATCCA  996

seq1  TATAATTTAGGTGTTAACTGTGTATGTTTGTTTGTGCTATTCAATTACAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTAGGTGTTAACTGTGTATGTTTGTTTGTGCTATTCAATTACAC  1046

seq1  TTCCTTATGGTTTTTGTTGATCTGATAAGAATTC  1074
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATGGTTTTTGTTGATCTGATAAGAATTC  1080

seq1: chr1_98811631_98812523
seq2: B6Ng01-007M24.g_70_965

seq1  GAATTCTCTGTTTATCTCTGTGCCCCATTTTAAAATTGGGTTACTTGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTTATCTCTGTGCCCCATTTTAAAATTGGGTTACTTGGCC  50

seq1  TTTTGGAGTCTAGCTTCTTGAGTTCTTTGTATATTTTGGATATTAGTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGTCTAGCTTCTTGAGTTCTTTGTATATTTTGGATATTAGTCTC  100

seq1  TATCAGATACAGGATGAGTGAAGTACTTTTCCTAATCAATAGGCTGCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGATACAGGATGAGTGAAGTACTTTTCCTAATCAATAGGCTGCTGC  150

seq1  TTTGTAGTATCATCAGTGTCTTTTGACATATAGAAACTTTTCAGTTAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGTATCATCAGTGTCTTTTGACATATAGAAACTTTTCAGTTAAAT  200

seq1  GAGGTATCATTTGCCAATTGTTGATCTTAGAGCCTGAGCCCTTTGTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATCATTTGCCAATTGTTGATCTTAGAGCCTGAGCCCTTTGTTTTC  250

seq1  TGATCAGGAAACCGTCTCCTGCAACAATTCAAGGCAATTTCCCATTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGGAAACCGTCTCCTGCAACAATTCAAGGCAATTTCCCATTTTTG  300

seq1  CTTCTGTTAGATTTAGTGGATCCAGTTTTGTGTTGAAGTCCTTGATCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTTAGATTTAGTGGATCCAGTTTTGTGTTGAAGTCCTTGATCCAC  350

seq1  TTGGACTTAAGTGGCCATGGCTCAGACTTGAGTGTCATTGCTCATGCGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACTTAAGTGGCCATGGCTCAGACTTGAGTGTCATTGCTCATGCGGG  400

seq1  CAGCGGGTCTCACTAAGTGGTCCTACTTATCCAGAGAAACAATATGCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGGGTCTCACTAAGTGGTCCTACTTATCCAGAGAAACAATATGCAAG  450

seq1  TGTCGTGGGGTCCTGACAGCTTCAAAAATATTCTCAAAGAAGTAAGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGTGGGGTCCTGACAGCTTCAAAAATATTCTCAAAGAAGTAAGGAAG  500

seq1  ACCAGTCCAAAATTGGCTAGAAAGTTGGGCCACACTAGTTGAGCTTTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTCCAAAATTGGCTAGAAAGTTGGGCCACACTAGTTGAGCTTTGGA  550

seq1  AATGGGCCTCTAAAGTAGACAACAGAGAACTAGAGCAGTTAGTAATATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCCTCTAAAGTAGACAACAGAGAACTAGAGCAGTTAGTAATATGA  600

seq1  AGCAGCAGCAGGAAATGTTGTAGAAAGTGTGCAAAGCCAGAAAAAAGAG-  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCAGCAGCAGGAAATGTTGTAGAAAGTGTGCAAAGCCAGAAAAAAGAGA  650

seq1  AAACACTGGGTCCTGCAGGATCATCCAAATCACAGGGCAAAAGCTGGTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGGGTCCTGCAGGATCATCCAAATCACAGGGCAAAAGCTGGTCA  700

seq1  ACAGAGTCACTCTTAACTGCAATATTTATGGGATATCAGGATTGAAGCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCACTCTTAACTGCAATATTTATGGGATATCAGGATTGAAGCTT  750

seq1  TAAAGTTCTATATCTGCCATGCCGAATTTCAGTCTTCC-TTGTGCTAAGG  798
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  T-AAGTTCTATATCTGCCATGCCGAATTTCAGTCTTCCTTTGTGCTAAGG  799

seq1  TATGCTTTTG-TACCTTTTGACATCTCCCTTTAGACCTTAGTCTAAATGT  847
      |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTTTGTTCCCTTTTGACATCT-CCTTTAGACCTTAGTCTAAATGT  848

seq1  TTATCCTGTGCTTGTCACAATTTCATAC-TTCTATTTGTAG-ATGTAA  893
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TTATCCTGTGCTTGTCACAATTTCATACTTTCTATTTGTAGAATGTAA  896