BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008C13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 65,217,689 - 65,371,053
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIdh1, Pip5k3, Pthr2
Upstream geneLOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik, Ccnyl1, Fzd5, 9430067K14Rik, LOC667245, LOC100043141, 4921521F21Rik, LOC667276, Cryge, Crygd, Crygc, Crygb, LOC654356, Cryga, D630023F18Rik
Downstream geneLOC100042716, EG628894, LOC100043165, LOC383520, EG667775, Crygf, LOC667781, EG667786, Mtap2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008C13.bB6Ng01-008C13.g
ACCDH844512DH844513
length1,0101,116
definitionDH844512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008C13, 5' end.DH844513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,217,689 - 65,218,697)(65,369,922 - 65,371,053)
sequence
gaattcttcaaccctcttctcatcgggggtgatggtagcacacttgacgc
ccacgttgtatttctttatagcctctgcagcatctttggtgacctggtca
ttggtggcatcacgattctctatgcctaaatcatagcttggagaaggaga
gatgtcagggcaaccgtggagacaaactgacaggctgcaacctgcacgca
gagcttgctggaccaaagtgaagatcacaaaacatctacgtatgtcaagt
tctagcatcaaacaaaacatgggtgcttagcctgcaaaaacaaggtgaag
ctacactaggaggctgcagcctgcctccctcaggtgggaagagctgctta
tcaggaaactaagcagaagccaatgcagtctgctaaatggcctcctggtt
ttccccatttgaaggcagcaacagatcagagcaaccctttggcctggctt
ctgtccacacaactagcaaacaaattaaagccaagtccaaccttattgtc
ccatcataagttttatactctgtaagtaatgaggcggtaaggtgaaagga
ttaaagggctggtttgtatttctggtactcaagtggtgggaaggttagct
cttgccgatccgtgccaaaagagctgagaactcttttgttagagccagtt
agtcatagggtgaaccttcccctacatcttggtaagtctctttgttctcg
aaccaagcctgtagtttattggataagcaatggaatccaccaaccatctt
gtatacacagtatttagcacagctcccatggtccagactattcacagagg
aatgaatggatgctggctgtcaacagagcatagaaaatcatgggaaagct
taagtacattaatggtttactaaaaagtaatacaagttggggaggtgctg
gtgcacatcttttctttaatctcagcattggaaggcagaaggcagggggt
aaatctcttgggtgtgaggccagcctgagttccagagcaagttcagggca
gcagggctac
gaattcagtctcattcaagtcttcagaacacatgaacaaagtagaaaaaa
aaagaaagaaagacagatcaccatcaaagactgaaaactgcttcagcagt
ggtagcaagaggatctagaacaaaaatgagatagtatgtacaaacactac
cagatgcactttaagcaaggattatagatccaaaaatatatattaagatt
gtaactgaaaaagtcatctccaagccaacaaaaattcagagcacaataag
cacattccaatgtaaataaataccaaataaatgagagacaaaaatacacg
aggaagagggaaaattaacataaaattaagatcaaactaaaatcctgtgt
gacaatagcttacaatttggaaacaataaaagtgtcccagtatactgatg
ttatatggaaagaagaaattaggataacttttaaactttctaaattaaat
atacaccttttaattctagagtagccactaaaggaattaagtgtcctaat
aattagctatagaggttggggcaggatagaatatacagctgcagagatgg
ctcacaatcatctgtaactcctgtcccaggtggtctcatgccatctcctg
aactccacagcaccaggcgcatgtgcgatgcacatacatacaggtaaaat
attcatacaaatgaaataaaagtattttaaagaaatgagcagcagtgttt
caatcaatttcaaagattagagagaaggaatggaagggacctgggagtct
aaataaagtggtagaattcaattccaatgttgcacattagcactcacaat
tactataactggaataaatttatttgtttaatagacaaagattatcagaa
taagtaggaaaaattcatgtgtgatctgtttgcataaaatgtttctagct
gagcaaaccttttaatctaagcacttgagtggcagaggcaggtacatctc
tgtgagtttgagtcagcttgatctcacagtgagttctgatatatagacaa
ttctgtctcaaacaaacaaaaaagacatcctaaatatataaatgatgaaa
attaataacctatgggaatattagtactttgtttaagatagtattacaat
tttcagataaaaagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_65217689_65218697
seq2: B6Ng01-008C13.b_45_1054

seq1  GAATTCTTCAACCCTCTTCTCATCGGGGGTGATGGTAGCACACTTGACGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAACCCTCTTCTCATCGGGGGTGATGGTAGCACACTTGACGC  50

seq1  CCACGTTGTATTTCTTTATAGCCTCTGCAGCATCTTTGGTGACCTGGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTTGTATTTCTTTATAGCCTCTGCAGCATCTTTGGTGACCTGGTCA  100

seq1  TTGGTGGCATCACGATTCTCTATGCCTAAATCATAGCTTGGAGAAGGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGCATCACGATTCTCTATGCCTAAATCATAGCTTGGAGAAGGAGA  150

seq1  GATGTCAGGGCAACCGTGGAGACAAACTGACAGGCTGCAACCTGCACGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAGGGCAACCGTGGAGACAAACTGACAGGCTGCAACCTGCACGCA  200

seq1  GAGCTTGCTGGACCAAAGTGAAGATCACAAAACATCTACGTATGTCAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGCTGGACCAAAGTGAAGATCACAAAACATCTACGTATGTCAAGT  250

seq1  TCTAGCATCAAACAAAACATGGGTGCTTAGCCTGCAAAAACAAGGTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCATCAAACAAAACATGGGTGCTTAGCCTGCAAAAACAAGGTGAAG  300

seq1  CTACACTAGGAGGCTGCAGCCTGCCTCCCTCAGGTGGGAAGAGCTGCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACTAGGAGGCTGCAGCCTGCCTCCCTCAGGTGGGAAGAGCTGCTTA  350

seq1  TCAGGAAACTAAGCAGAAGCCAATGCAGTCTGCTAAATGGCCTCCTGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAACTAAGCAGAAGCCAATGCAGTCTGCTAAATGGCCTCCTGGTT  400

seq1  TTCCCCATTTGAAGGCAGCAACAGATCAGAGCAACCCTTTGGCCTGGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCATTTGAAGGCAGCAACAGATCAGAGCAACCCTTTGGCCTGGCTT  450

seq1  CTGTCCACACAACTAGCAAACAAATTAAAGCCAAGTCCAACCTTATTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCACACAACTAGCAAACAAATTAAAGCCAAGTCCAACCTTATTGTC  500

seq1  CCATCATAAGTTTTATACTCTGTAAGTAATGAGGCGGTAAGGTGAAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATAAGTTTTATACTCTGTAAGTAATGAGGCGGTAAGGTGAAAGGA  550

seq1  TTAAAGGGCTGGTTTGTATTTCTGGTACTCAAGTGGTGGGAAGGTTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGGCTGGTTTGTATTTCTGGTACTCAAGTGGTGGGAAGGTTAGCT  600

seq1  CTTGCCGATCCGTGCCAAAAGAGCTGAGAACTCTTTTGTTAGAGCCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCGATCCGTGCCAAAAGAGCTGAGAACTCTTTTGTTAGAGCCAGTT  650

seq1  AGTCATAGGGTGAACCTTCCCCTACATCTTGGTAAGTCTCTTTGTTCTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATAGGGTGAACCTTCCCCTACATCTTGGTAAGTCTCTTTGTTCTCG  700

seq1  AACCAAGCCTGTAGTTTATTGGATAAGCAATGGAATCCACCAACCATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGCCTGTAGTTTATTGGATAAGCAATGGAATCCACCAACCATCTT  750

seq1  GTATACACAGTATTTAGCACAGCTCCCATGGTCCAGACTATTCACAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACACAGTATTTAGCACAGCTCCCATGGTCCAGACTATTCACAGAGG  800

seq1  AATGAATGGATGCTGGCTGTCCACAGAGCATAGAAAATCATGGGAAAGCT  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGGATGCTGGCTGTCAACAGAGCATAGAAAATCATGGGAAAGCT  850

seq1  TAAGTACA-TAATGGTTTACT-AAAAGTAATACAAGTT-GGGAGGTGCTG  897
      |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAAGTACATTAATGGTTTACTAAAAAGTAATACAAGTTGGGGAGGTGCTG  900

seq1  GTGCACACCTTTTCTTTAATCTCAGCACTTGGAAGGCAG-AGGCAGGGGG  946
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGCACATCTTTTCTTTAATCTCAGCA-TTGGAAGGCAGAAGGCAGGGGG  949

seq1  AAAATCTCTTGAGTGTGAGGCCAGCCTGAGTTACAGAGCAAGTTCCAGGG  996
       |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TAAATCTCTTGGGTGTGAGGCCAGCCTGAGTTCCAGAGCAAGTT-CAGGG  998

seq1  CAGCCAGGGCTAC  1009
      ||| |||||||||
seq2  CAG-CAGGGCTAC  1010

seq1: chr1_65369922_65371053
seq2: B6Ng01-008C13.g_71_1186 (reverse)

seq1  AACTTTTTATCTTGAAAATTTGTAATACTATCTTTTAAAC-AAGTACTTA  49
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||| |
seq2  AACTTTTTATC-TGAAAA-TTGTAATACTATC--TTAAACAAAGTACTAA  46

seq1  TATTTCCCATTAGTTTATTAAATTTTTCATACATTTATATATTTTAGGAA  99
      || |||||| ||| |||||||  ||||||| |||||||||| |||||| |
seq2  TA-TTCCCA-TAGGTTATTAA--TTTTCAT-CATTTATATA-TTTAGG-A  89

seq1  TGTCTTTTTTGTTTTGTTTTGAGACAGGATTTGTCTATATAGTCAGGAAC  149
      ||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||| ||| ||||
seq2  TGTCTTTTTTGTTT--GTTTGAGACA-GAATTGTCTATATA-TCA-GAAC  134

seq1  TCACTGTGTAGATCAAGCTGACCTCAAACTCACAGAGATGTACCTGCCTC  199
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTG-AGATCAAGCTGA-CTCAAACTCACAGAGATGTACCTGCCTC  182

seq1  TGCCACTCAAGTGCTTAGATT-AAAGGTGTGCTCAGCTAGGAACATTTTA  248
      ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TGCCACTCAAGTGCTTAGATTAAAAGGTTTGCTCAGCTAGAAACATTTTA  232

seq1  TGCAAACAGTTCACACATGAATTTTTCCTTACTTATTCTGATAATCTTTG  298
      ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACAGATCACACATGAATTTTTCC-TACTTATTCTGATAATCTTTG  281

seq1  TCTATTAAACAAAT-AATTTATTCCAGTTATAGTAATTGTGAGTGCTAAT  347
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAAACAAATAAATTTATTCCAGTTATAGTAATTGTGAGTGCTAAT  331

seq1  GTGCAACATTGGAATTGAATTCTACCACTTTATTTAGACTCCCAGGTCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACATTGGAATTGAATTCTACCACTTTATTTAGACTCCCAGGTCCC  381

seq1  TTCCATTCCTTCTCTCTAATCTTTGGAATTGATTGAAACACTGCTGCTCA  447
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTCCTTCTCTCTAATCTTTGAAATTGATTGAAACACTGCTGCTCA  431

seq1  TTTCTTTAAAATACTTTTATTTCATTTGTATGAATATTTTACCTGTATGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAAAATACTTTTATTTCATTTGTATGAATATTTTACCTGTATGT  481

seq1  ATGTGCATCGCACATGCGCCTGGTGCTGTGGAGTTCAGGAGATGGCATGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATCGCACATGCGCCTGGTGCTGTGGAGTTCAGGAGATGGCATGA  531

seq1  GACCACCTGGGACAGGAGTTACAGATGATTGTGAGCCATCTCTGCAGCTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACCTGGGACAGGAGTTACAGATGATTGTGAGCCATCTCTGCAGCTG  581

seq1  TATATTCTATCCTGCCCCAACCTCTATAGCTAATTATTAGGACACTTAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCTATCCTGCCCCAACCTCTATAGCTAATTATTAGGACACTTAAT  631

seq1  TCCTTTAGTGGCTACTCTAGAATTAAAAGGTGTATATTTAATTTAGAAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAGTGGCTACTCTAGAATTAAAAGGTGTATATTTAATTTAGAAAG  681

seq1  TTTAAAAGTTATCCTAATTTCTTCTTTCCATATAACATCAGTATACTGGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGTTATCCTAATTTCTTCTTTCCATATAACATCAGTATACTGGG  731

seq1  ACACTTTTATTGTTTCCAAATTGTAAGCTATTGTCACACAGGATTTTAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTTATTGTTTCCAAATTGTAAGCTATTGTCACACAGGATTTTAGT  781

seq1  TTGATCTTAATTTTATGTTAATTTTCCCTCTTCCTCGTGTATTTTTGTCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTAATTTTATGTTAATTTTCCCTCTTCCTCGTGTATTTTTGTCT  831

seq1  CTCATTTATTTGGTATTTATTTACATTGGAATGTGCTTATTGTGCTCTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTATTTGGTATTTATTTACATTGGAATGTGCTTATTGTGCTCTGA  881

seq1  ATTTTTGTTGGCTTGGAGATGACTTTTTCAGTTACAATCTTAATATATAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTTGGCTTGGAGATGACTTTTTCAGTTACAATCTTAATATATAT  931

seq1  TTTTGGATCTATAATCCTTGCTTAAAGTGCATCTGGTAGTGTTTGTACAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGATCTATAATCCTTGCTTAAAGTGCATCTGGTAGTGTTTGTACAT  981

seq1  ACTATCTCATTTTTGTTCTAGATCCTCTTGCTACCACTGCTGAAGCAGTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTCATTTTTGTTCTAGATCCTCTTGCTACCACTGCTGAAGCAGTT  1031

seq1  TTCAGTCTTTGATGGTGATCTGTCTTTCTTTCTTTTTTTTTCTACTTTGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCTTTGATGGTGATCTGTCTTTCTTTCTTTTTTTTTCTACTTTGT  1081

seq1  TCATGTGTTCTGAAGACTTGAATGAGACTGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGTTCTGAAGACTTGAATGAGACTGAATTC  1116