BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008K16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 43,198,209 - 43,336,023
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFhl2, EG666642, EG666644
Upstream geneLOC666582, 2610017I09Rik, Pou3f3, Mrps9, Gpr45, LOC100041588, Tgfbrap1, AI597479
Downstream geneLOC100041644, Nck2, 1500015O10Rik, Uxs1, LOC666676, LOC100042303, EG666690, Tpp2, A530098C11Rik, EG666713, 1700029F09Rik, Kdelc1, Bivm, Ercc5, 4832428D23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008K16.bB6Ng01-008K16.g
ACCDH844849DH844850
length1,042632
definitionDH844849|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008K16, 5' end.DH844850|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008K16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,334,962 - 43,336,023)(43,198,209 - 43,198,840)
sequence
gaattccctccattctgaaagtaatatctgtagctgttctgtaaaaagaa
agaaagaaagaaagaaagaaaacaaacaaaacaaaactaaacaaaacaaa
aactgcccctctagtgcctctctccctctctccttccttctatgtataga
tgttttgtctgtgtctgtgtatcttgttcatgaagtgcctgcagaggaca
gaagaggacctcggatcccctggaattggagttataagtgattatttgct
gtcctatggatgctaagaactaattccaggtctaatcttctggaagagca
gctagtcctcttgagtgctgagtcaccactcaagccctgctttgtttttt
gagacagtctctctgggatctggggctcaagggttaggttcagctgtcag
gctctgcttccctggaactgagattataaaattcaaccatgtctgacgtt
tttccctaggtagtagagatgcagcaaccactttaccaactgacatatct
ccccagtccctttccatgttttcttttgaaggttttatgttcctgaatta
tgtcacaaagcatgctttttaatcaaacaatgcctgaggtgtttgataag
gttcttttttttttttttatctaaaccatggatcactgactctcttatct
taccaactgatctctcacatcaatgaactaattggatcttctattactgt
tctttccttagcaatttttagaatatgcggatagatagagataaacttgc
tggcattttgatttaagttggaattgattcaaattaagtggaactgatat
tttaatattgattctttcagctcacacacatagcatattcataagcttta
gaggaaaacagggcttggccatcattcctccaaagatagggcagagacag
gatgttaaggcttcagtctgcctagcaaagtgagcctgtctgtgacgtct
gtgaggactaggtagggggaaagtgtgccacagaacagtcaaggtcaatg
acttcacctagtacttgaagctctgaggaagttcaatgaggt
gaattccacttctcttaatgatacacctcactcctctcccaccccccacc
ttttgaggggtaggggttgagacaggccttggatgtcctggaacttgctc
tgtagaccaaactctgcctgcttctgcctaccaagtgctgggatcaaagg
cgtgcgacatcctctcccagtcacacccctgcatctgagatcgattaaca
tatcctgtgttcagggcccagcactgaagtatcaacaccagtgtctgtct
ctggacaactgagagtcccaccccacagtccatcgctgacctggctcagt
gccacatgcgaatgataaaggcatgcgttctgacctggcatgatggtttt
cttgcattcctggcacttggacgagtattcattggaatagcagtcggtgc
acagcagctgttcctccttggcagcaaagggcttgtccaccagcgagctt
ccacaccgggagcaatggaagcagccttcatgccagtgccgatccttgta
ggacaagtcctagagaggcagacacacaaatcgtcagaggcgggacagga
gaggtgacactactgtctgactcagagcacaggggccttggtgcactaca
ttgctggagtgggtgggtaagagagggagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_43334962_43336023
seq2: B6Ng01-008K16.b_46_1087 (reverse)

seq1  ACCTCATCTAGAACTCTCCTCAGAGCTTTCAAGTACCTAGGTGATGTCAT  50
      ||||||  | ||||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||||
seq2  ACCTCA--TTGAACT-TCCTCAGAGC-TTCAAGTA-CTAGGTGAAGTCAT  45

seq1  CTGACCTCTGACCTGTTCCCTGTGGCACCACCTTTCCCCCCTACCCTAGT  100
       |||||| ||| |||||  |||||||| |||  || ||||||| ||||||
seq2  -TGACCT-TGA-CTGTT--CTGTGGCA-CAC--TTTCCCCCTA-CCTAGT  86

seq1  CCCTCACAAGACGTCACAAGACCAGGCTCCACTTTGCTAGGCAGACTGAA  150
       |||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  -CCTCAC-AGACGTCAC-AGA-CAGGCT-CACTTTGCTAGGCAGACTGAA  131

seq1  GCCTTAACATCCTTGTCTCTGCCCTATCTTTGGAGGAATGATGGCCAAGC  200
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAACATCC-TGTCTCTGCCCTATCTTTGGAGGAATGATGGCCAAGC  180

seq1  CCTGTTTTCCTCTAAAGCTTATGAATATGCTATGTGTGTGAGCTGAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTTCCTCTAAAGCTTATGAATATGCTATGTGTGTGAGCTGAAAGA  230

seq1  ATCAATATTAAAATATCAGTTCCACTTAATTTGAATCAATTCCAACTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATATTAAAATATCAGTTCCACTTAATTTGAATCAATTCCAACTTAA  280

seq1  ATCAAAATGCCAGCAAGTTTATCTCTATCTATCCGCATATTCTAAAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATGCCAGCAAGTTTATCTCTATCTATCCGCATATTCTAAAAATT  330

seq1  GCTAAGGAAAGAACAGTAATAGAAGATCCAATTAGTTCATTGATGTGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGGAAAGAACAGTAATAGAAGATCCAATTAGTTCATTGATGTGAGA  380

seq1  GATCAGTTGGTAAGATAAGAGAGTCAGTGATCCATGGTTTAGATAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTTGGTAAGATAAGAGAGTCAGTGATCCATGGTTTAGATAAAAAA  430

seq1  AAAAAAAAGAACCTTATCAAACACCTCAGGCATTGTTTGATTAAAAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGAACCTTATCAAACACCTCAGGCATTGTTTGATTAAAAAGCA  480

seq1  TGCTTTGTGACATAATTCAGGAACATAAAACCTTCAAAAGAAAACATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTGACATAATTCAGGAACATAAAACCTTCAAAAGAAAACATGGA  530

seq1  AAGGGACTGGGGAGATATGTCAGTTGGTAAAGTGGTTGCTGCATCTCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACTGGGGAGATATGTCAGTTGGTAAAGTGGTTGCTGCATCTCTAC  580

seq1  TACCTAGGGAAAAACGTCAGACATGGTTGAATTTTATAATCTCAGTTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGGGAAAAACGTCAGACATGGTTGAATTTTATAATCTCAGTTCCA  630

seq1  GGGAAGCAGAGCCTGACAGCTGAACCTAACCCTTGAGCCCCAGATCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCAGAGCCTGACAGCTGAACCTAACCCTTGAGCCCCAGATCCCAG  680

seq1  AGAGACTGTCTCAAAAAACAAAGCAGGGCTTGAGTGGTGACTCAGCACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGTCTCAAAAAACAAAGCAGGGCTTGAGTGGTGACTCAGCACTC  730

seq1  AAGAGGACTAGCTGCTCTTCCAGAAGATTAGACCTGGAATTAGTTCTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGACTAGCTGCTCTTCCAGAAGATTAGACCTGGAATTAGTTCTTAG  780

seq1  CATCCATAGGACAGCAAATAATCACTTATAACTCCAATTCCAGGGGATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATAGGACAGCAAATAATCACTTATAACTCCAATTCCAGGGGATCC  830

seq1  GAGGTCCTCTTCTGTCCTCTGCAGGCACTTCATGAACAAGATACACAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCTCTTCTGTCCTCTGCAGGCACTTCATGAACAAGATACACAGAC  880

seq1  ACAGACAAAACATCTATACATAGAAGGAAGGAGAGAGGGAGAGAGGCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAAAACATCTATACATAGAAGGAAGGAGAGAGGGAGAGAGGCACT  930

seq1  AGAGGGGCAGTTTTTGTTTTGTTTAGTTTTGTTTTGTTTGTTTTCTTTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGCAGTTTTTGTTTTGTTTAGTTTTGTTTTGTTTGTTTTCTTTCT  980

seq1  TTCTTTCTTTCTTTCTTTTTACAGAACAGCTACAGATATTACTTTCAGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTTTCTTTCTTTTTACAGAACAGCTACAGATATTACTTTCAGAA  1030

seq1  TGGAGGGAATTC  1062
      ||||||||||||
seq2  TGGAGGGAATTC  1042

seq1: chr1_43198209_43198840
seq2: B6Ng01-008K16.g_69_700

seq1  GAATTCCACTTCTCTTAATGATACACCTCACTCCTCTCCCACCCCCCACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTTCTCTTAATGATACACCTCACTCCTCTCCCACCCCCCACC  50

seq1  TTTTGAGGGGTAGGGGTTGAGACAGGCCTTGGATGTCCTGGAACTTGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGGGTAGGGGTTGAGACAGGCCTTGGATGTCCTGGAACTTGCTC  100

seq1  TGTAGACCAAACTCTGCCTGCTTCTGCCTACCAAGTGCTGGGATCAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACCAAACTCTGCCTGCTTCTGCCTACCAAGTGCTGGGATCAAAGG  150

seq1  CGTGCGACATCCTCTCCCAGTCACACCCCTGCATCTGAGATCGATTAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCGACATCCTCTCCCAGTCACACCCCTGCATCTGAGATCGATTAACA  200

seq1  TATCCTGTGTTCAGGGCCCAGCACTGAAGTATCAACACCAGTGTCTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGTGTTCAGGGCCCAGCACTGAAGTATCAACACCAGTGTCTGTCT  250

seq1  CTGGACAACTGAGAGTCCCACCCCACAGTCCATCGCTGACCTGGCTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACAACTGAGAGTCCCACCCCACAGTCCATCGCTGACCTGGCTCAGT  300

seq1  GCCACATGCGAATGATAAAGGCATGCGTTCTGACCTGGCATGATGGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATGCGAATGATAAAGGCATGCGTTCTGACCTGGCATGATGGTTTT  350

seq1  CTTGCATTCCTGGCACTTGGACGAGTATTCATTGGAATAGCAGTCGGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTCCTGGCACTTGGACGAGTATTCATTGGAATAGCAGTCGGTGC  400

seq1  ACAGCAGCTGTTCCTCCTTGGCAGCAAAGGGCTTGTCCACCAGCGAGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGCTGTTCCTCCTTGGCAGCAAAGGGCTTGTCCACCAGCGAGCTT  450

seq1  CCACACCGGGAGCAATGGAAGCAGCCTTCATGCCAGTGCCGATCCTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCGGGAGCAATGGAAGCAGCCTTCATGCCAGTGCCGATCCTTGTA  500

seq1  GGACAAGTCCTAGAGAGGCAGACACACAAATCGTCAGAGGCGGGACAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGTCCTAGAGAGGCAGACACACAAATCGTCAGAGGCGGGACAGGA  550

seq1  GAGGTGACACTACTGTCTGACTCAGAGCACAGGGGCCTTGGTGCACTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGACACTACTGTCTGACTCAGAGCACAGGGGCCTTGGTGCACTACA  600

seq1  TTGCTGGAGTGGGTGGGTAAGAGAGGGAGGGG  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGAGTGGGTGGGTAAGAGAGGGAGGGG  632