BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012H12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 52,849,756 - 52,969,177
singlet/doubletdoublet
Overlap geneInpp1, Hibch
Upstream geneMyo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735, Nab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik
Downstream gene1700019D03Rik, Gdf8, 1700019A02Rik, Pms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866, LOC100042162, Dnahc7, Stk17b, Hecw2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012H12.bB6Ng01-012H12.g
ACCDH847555DH847556
length8741,060
definitionDH847555|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012H12, 5' end.DH847556|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,849,756 - 52,850,629)(52,968,097 - 52,969,177)
sequence
gaattctccagactcttagtgtcagagttggactattgaggtatccagca
ttgtagactgagcagctaccagcctctccagagtatgacagccattgctg
gactactcagtccctaccaatcaaataaatctgctttgtagtatttattc
attctattggtactttgccatcccatgaactagcacacagtgaaagatgt
gtctggccaatgacccagcaaaccaacaaacatctctccagggtagaagt
aggatacagaaaatcaccgtccctcagaattataatagatagcaatttac
cctttcatgaccagagatttgggggaaaattcttagtgttcatatagaat
atgctggctgaaggttatgcagctatctgttgttatactgtgttgtgtca
attcgcatgcaggataggtgctaacacagttgtctggctcagtataatga
ggacttccaatgtgtgaagcagaatttaccagagagatagcaaagtgagg
agactttgctcctaggaccttgatagtgccattgaggaaaggggctacat
ttaaaaagcaacacattataattacaattctaccataaaaggacaagaat
ttaataaggtttatattggcttacaagtcgtccaagacacgtttagctgt
ttggcttgtccttgagttttgactgttgcctaactgaatgagtggccaat
gatttaaagtcaggtttgggtttagtgttttgaaatctgaagatctaccc
tgtactcacgtatggcagaaagctgaatcacactgctgccattcacagtc
tcactgattggccagtctgaagtcatttacagattagtcagttcacactg
tgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgcg
gaattctctgttcagctctattcaccattttttaatagggttatttgatt
ctctggagtctaacatcctgagtagaacttcgtttatggaccaaagacta
atagaaaataatgcctcagtttagccctgccaaggcaggaactaagtgtt
ctagcgcacttctgtactggcagtttcagttggggaagtgcttccatgag
atccagcgtttctcacttagtgatcaagggggaaaggccccttgtgggtg
gagccatctctggcgtggtattcttggttctataagagagcaggctgagc
aagcccggggaagcaagccagtaaagaacatccctccatggcttctgcat
cagctcctgctccctgacctgcttgagttccagtcctgacttctttcagt
gatgaacagcaatgtggaaatgtaagctgaataaaccctttcctccccaa
cttctttcatgatcatgatgtttgtgcatgaatagaatccctgattaaga
caactacaaaagtaattcaggtcatcccacaaatggaataaacttataat
aatcaaataaacatacattcttgtttgcctagcataaactaagtagaggt
tacacttaagcaaaatacacataaataaggctgccatattgacccttcaa
ctacagtgccaagagacttgttttgaatttaaaggtcctatcacactatg
actgtaatcacccggctcatacacgaggctatcacacaactgcaatctcc
tttataactgcacatacagttttcagcttgattgttgactgaatggctaa
aaggtttaagctgagttcaagaatttccaattccatgtttttctttttag
aatattatttgtttttttttcagtttgcatgcgtattacttcattataat
ctaccagctattttcttaaccccttcccccactgatatccctctttcaca
gcacaggctcttgtaagtcattattttctatagtctttatgtgtgtgtcc
actgcatcatttagactgctgcatgcagaacattgtaggataggcagcta
ttactgggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_52849756_52850629
seq2: B6Ng01-012H12.b_47_920

seq1  GAATTCTCCAGACTCTTAGTGTCAGAGTTGGACTATTGAGGTATCCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGACTCTTAGTGTCAGAGTTGGACTATTGAGGTATCCAGCA  50

seq1  TTGTAGACTGAGCAGCTACCAGCCTCTCCAGAGTATGACAGCCATTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGACTGAGCAGCTACCAGCCTCTCCAGAGTATGACAGCCATTGCTG  100

seq1  GACTACTCAGTCCCTACCAATCAAATAAATCTGCTTTGTAGTATTTATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACTCAGTCCCTACCAATCAAATAAATCTGCTTTGTAGTATTTATTC  150

seq1  ATTCTATTGGTACTTTGCCATCCCATGAACTAGCACACAGTGAAAGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATTGGTACTTTGCCATCCCATGAACTAGCACACAGTGAAAGATGT  200

seq1  GTCTGGCCAATGACCCAGCAAACCAACAAACATCTCTCCAGGGTAGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGCCAATGACCCAGCAAACCAACAAACATCTCTCCAGGGTAGAAGT  250

seq1  AGGATACAGAAAATCACCGTCCCTCAGAATTATAATAGATAGCAATTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACAGAAAATCACCGTCCCTCAGAATTATAATAGATAGCAATTTAC  300

seq1  CCTTTCATGACCAGAGATTTGGGGGAAAATTCTTAGTGTTCATATAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCATGACCAGAGATTTGGGGGAAAATTCTTAGTGTTCATATAGAAT  350

seq1  ATGCTGGCTGAAGGTTATGCAGCTATCTGTTGTTATACTGTGTTGTGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGCTGAAGGTTATGCAGCTATCTGTTGTTATACTGTGTTGTGTCA  400

seq1  ATTCGCATGCAGGATAGGTGCTAACACAGTTGTCTGGCTCAGTATAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGCATGCAGGATAGGTGCTAACACAGTTGTCTGGCTCAGTATAATGA  450

seq1  GGACTTCCAATGTGTGAAGCAGAATTTACCAGAGAGATAGCAAAGTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCCAATGTGTGAAGCAGAATTTACCAGAGAGATAGCAAAGTGAGG  500

seq1  AGACTTTGCTCCTAGGACCTTGATAGTGCCATTGAGGAAAGGGGCTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGCTCCTAGGACCTTGATAGTGCCATTGAGGAAAGGGGCTACAT  550

seq1  TTAAAAAGCAACACATTATAATTACAATTCTACCATAAAAGGACAAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGCAACACATTATAATTACAATTCTACCATAAAAGGACAAGAAT  600

seq1  TTAATAAGGTTTATATTGGCTTACAAGTCGTCCAAGACACGTTTAGCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGGTTTATATTGGCTTACAAGTCGTCCAAGACACGTTTAGCTGT  650

seq1  TTGGCTTGTCCTTGAGTTTTGACTGTTGCCTAACTGAATGAGTGGCCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTGTCCTTGAGTTTTGACTGTTGCCTAACTGAATGAGTGGCCAAT  700

seq1  GATTTAAAGTCAGGTTTGGGTTTAGTGTTTTGAAATCTGAAGATCTACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAAGTCAGGTTTGGGTTTAGTGTTTTGAAATCTGAAGATCTACCC  750

seq1  TGTACTCACGTATGGCAGAAAGCTGAATCACACTGCTGCCATTCACAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTCACGTATGGCAGAAAGCTGAATCACACTGCTGCCATTCACAGTC  800

seq1  TCACTGATTGGCCAGTCTGAAGTCATTTACAGATTAGTCAGTTCACACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGATTGGCCAGTCTGAAGTCATTTACAGATTAGTCAGTTCACACTG  850

seq1  TGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGCG  874
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGCG  874

seq1: chr1_52968097_52969177
seq2: B6Ng01-012H12.g_68_1127 (reverse)

seq1  TCCCCAAGTAATAGCTGCCCTAATCCCTACAATGTTCTGCATGCAGGCAG  50
      ||||| ||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCCC-AGTAATAGCTG-CCTA--TCCTACAATGTTCTGCATGCA-GCAG  45

seq1  TCCTAAATGAATGCAGTGGACCACACACATAAAAGACTAATAGAAAATAA  100
      | ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  T-CTAAATG-ATGCAGTGGA-CACACACAT-AAAGACT-ATAGAAAATAA  90

seq1  TGAACTTAACAAGGAGGCTTGTTGCTTGTTGGAAAGAGGGATATTCAGTG  150
      || |||| |||| ||| ||   ||| |||  |||||||||||| ||||||
seq2  TG-ACTT-ACAA-GAGCCT--GTGC-TGT--GAAAGAGGGATA-TCAGTG  131

seq1  GGGGAGGGGGTTAAGAAAATAGCTGGTAGATTATAATGAAGTAATACGCA  200
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGGGGTTAAGAAAATAGCTGGTAGATTATAATGAAGTAATACGCA  181

seq1  TGCAAAACTGAAAAAAAAACAAATAATATTCTAAAAAGAAAAACATGGAA  250
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGC-AAACTGAAAAAAAAACAAATAATATTCTAAAAAGAAAAACATGGAA  230

seq1  TTGGAAATTCTTTGAACTCAGCTTAAACCTTTTAGCCATTCAGTCAACAA  300
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAATTC-TTGAACTCAGCTTAAACCTTTTAGCCATTCAGTCAACAA  279

seq1  TCAAGCTGAAAACTGTATGTGCAGTTATAAAGGAGATTGCAGTTGTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCTGAAAACTGTATGTGCAGTTATAAAGGAGATTGCAGTTGTGTGA  329

seq1  TAGCCTCGTGTATGAGCCGGGTGATTACAGTCATAGTGTGATAGGACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCGTGTATGAGCCGGGTGATTACAGTCATAGTGTGATAGGACCTT  379

seq1  TAAATTCAAAACAAGTCTCTTGGCACTGTAGTTGAAGGGTCAATATGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCAAAACAAGTCTCTTGGCACTGTAGTTGAAGGGTCAATATGGCA  429

seq1  GCCTTATTTATGTGTATTTTGCTTAAGTGTAACCTCTACTTAGTTTATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATTTATGTGTATTTTGCTTAAGTGTAACCTCTACTTAGTTTATGC  479

seq1  TAGGCAAACAAGAATGTATGTTTATTTGATTATTATAAGTTTATTCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAACAAGAATGTATGTTTATTTGATTATTATAAGTTTATTCCATT  529

seq1  TGTGGGATGACCTGAATTACTTTTGTAGTTGTCTTAATCAGGGATTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGATGACCTGAATTACTTTTGTAGTTGTCTTAATCAGGGATTCTAT  579

seq1  TCATGCACAAACATCATGATCATGAAAGAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCACAAACATCATGATCATGAAAGAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTA  629

seq1  TTCAGCTTACATTTCCACATTGCTGTTCATCACTGAAAGAAGTCAGGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTTACATTTCCACATTGCTGTTCATCACTGAAAGAAGTCAGGACT  679

seq1  GGAACTCAAGCAGGTCAGGGAGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCAAGCAGGTCAGGGAGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGG  729

seq1  ATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCCCCGGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCCCCGGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTAT  779

seq1  AGAACCAAGAATACCACGCCAGAGATGGCTCCACCCACAAGGGGCCTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAAGAATACCACGCCAGAGATGGCTCCACCCACAAGGGGCCTTTC  829

seq1  CCCCTTGATCACTAAGTGAGAAACGCTGGATCTCATGGAAGCACTTCCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGATCACTAAGTGAGAAACGCTGGATCTCATGGAAGCACTTCCCC  879

seq1  AACTGAAACTGCCAGTACAGAAGTGCGCTAGAACACTTAGTTCCTGCCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAACTGCCAGTACAGAAGTGCGCTAGAACACTTAGTTCCTGCCTT  929

seq1  GGCAGGGCTAAACTGAGGCATTATTTTCTATTAGTCTTTGGTCCATAAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGCTAAACTGAGGCATTATTTTCTATTAGTCTTTGGTCCATAAAC  979

seq1  GAAGTTCTACTCAGGATGTTAGACTCCAGAGAATCAAATAACCCTATTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCTACTCAGGATGTTAGACTCCAGAGAATCAAATAACCCTATTAA  1029

seq1  AAAATGGTGAATAGAGCTGAACAGAGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTGAATAGAGCTGAACAGAGAATTC  1060