BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013L02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 161,661,193 - 161,865,197
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnr
Upstream genePappa2, 4930562F17Rik, EG240853, LOC664972, Rfwd2, EG620484
Downstream gene4930523C07Rik, 4930562F07Rik, Tnn, Mrps14, Cacybp, Rabgap1l, Gpr52, EG620750, Rc3h1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013L02.bB6Ng01-013L02.g
ACCDH848446DH848447
length8981,114
definitionDH848446|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013L02, 5' end.DH848447|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013L02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,864,294 - 161,865,197)(161,661,193 - 161,662,310)
sequence
gaattctttcaccgcatgtctttttccagttccccatgaacacataaaca
taagtttggaaattttttgctctatttcatttgacaagccttgaggggac
tcacttatgtatggactacctggatcagaaagaagggatttcagtaaaaa
tgagcagagaaggagagaggcgaaaagagagtaaatgtttgacctgctaa
actttcatctgcactatgatgttcccatgagaggaacatctatgggaaaa
gagccgttcctatgtgttttactacctgttagcatggtggttaattttgt
gtcagcttgaccatagcatacagtgccaagattaaatgtcatttccatat
gtgtattcatgagagagctactgcagaagacaggcatggaccaataactt
agggaaatagattgtgttcctggtgtgggtgggtaccatctcaacagttg
agtgtggaaatgggaaagaaaagctgcaggaggagtttgtctcctatctg
tccctgcttgtctgctgagctgagacctagtattttcctgtctttatact
gggattggcattggcattactggtcctttagacttgaacgaagctacacc
actggctttcctgggtttccagcttgtagatgacagatcatgagacttct
tagcttctatggtcacataggtcaattgctgtctgtctgtctgtctgtct
gtctgtctgtctgttttctatcatccccactgggatctatcacttgttct
gtttcttaggagaactctaacacaccattaccaaagtcccagcatttaat
atggacttatctggcatatggtggggggataattatatctcttcactgga
aaaggaaggggactcaatctgtttagaaggtagggataggaggctctt
gaattccagccctactagtacaggctacatcatcctattgatctcaagtc
tctcgttagatctgataaattccctcaagtctgaactgtgaattgtgaat
aatggaagctgcccacttgatgaaggaaagaaaacaacagactccacttc
aaacctgccagatattcagatcaggttcctgatgcctgtagcacatggaa
gactcatccaaacaacccacttagaataatgataacaaggcaatttatac
caacgcagtcatgtgtggctaaggacagtattttattccatccaatgtga
tttttctgtgataagcctcagccagctttcctctgaggcaggaaggtagt
tttgcatatgttcagtgattcccaggtcaacttgcaaacccagaaacttc
ctttggcttaattagtcattgttaacatctgtaaagaccccactgtgtat
gctcagaacacagagtaggtcagaaccccagccttccacaactgccatcc
ccctagggcagcataagggtgtctctcacctaagggcttcatactcctcc
cagatgggaccaccaagaacctcagacatctctatagcaaagcacctctc
tgctttttggagctcggctcttaaaggaatgctctctcctaggatgtgtt
aatgaaacactgtcagcagattcatcaaaatctaaatgtgtgctttccta
ctctgaagtagcatatctccctccctctaagcctagataaaggtcacagc
tagagatgactggccagttaagctgctagcacaagacaccacatttcgaa
atattttttttataaaacgatgtggaacaggcaacctgttcactttattt
ctaccaaaggcattcatttaaacattagtttctggaaaaatctgaaccct
ccactatatttttccattagtactataataaatgataattactaagcctg
cctatcagatatttccagataacggtagctccacttaatttattgctaat
taggattatgaaagactgggagtgtcttcttactttctccactttattag
gcagaggaaatctttgtcagatgagtccctcttgcctaagccgcctggcg
aagggtgggagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_161864294_161865197
seq2: B6Ng01-013L02.b_48_945 (reverse)

seq1  AAGATGCCTCCTATCCCTACCTTCTTAAACAGATTTGAGTCCCCTTTCCT  50
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  | 
seq2  AAGA-GCCTCCTATCCCTACCTTC-TAAACAGA-TTGAGTCCCCTT--CC  45

seq1  TTTTCCAGTGAAGAGATATTATTTATCCCCCCACCATATGCCAGATAAGT  100
      |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGTGAAGAGATA-TAATTATCCCCCCACCATATGCCAGATAAGT  94

seq1  CCATATTAAATGCTGGGACTTTGGTAATGGTGTGTTAGAGTTCTCCTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTAAATGCTGGGACTTTGGTAATGGTGTGTTAGAGTTCTCCTAAG  144

seq1  AAACAGAACAAGTGATAGATCCCAGTGGGGATGATAGAAAACAGACAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAACAAGTGATAGATCCCAGTGGGGATGATAGAAAACAGACAGAC  194

seq1  AGACAGACAGACAGACAGACAGACAGCAATTGACCTATGTGACCATAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACAGACAGACAGACAGACAGCAATTGACCTATGTGACCATAGAA  244

seq1  GCTAAGAAGTCTCATGATCTGTCATCTACAAGCTGGAAACCCAGGAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGAAGTCTCATGATCTGTCATCTACAAGCTGGAAACCCAGGAAAGC  294

seq1  CAGTGGTGTAGCTTCGTTCAAGTCTAAAGGACCAGTAATGCCAATGCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGTAGCTTCGTTCAAGTCTAAAGGACCAGTAATGCCAATGCCAA  344

seq1  TCCCAGTATAAAGACAGGAAAATACTAGGTCTCAGCTCAGCAGACAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTATAAAGACAGGAAAATACTAGGTCTCAGCTCAGCAGACAAGCA  394

seq1  GGGACAGATAGGAGACAAACTCCTCCTGCAGCTTTTCTTTCCCATTTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGATAGGAGACAAACTCCTCCTGCAGCTTTTCTTTCCCATTTCCA  444

seq1  CACTCAACTGTTGAGATGGTACCCACCCACACCAGGAACACAATCTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAACTGTTGAGATGGTACCCACCCACACCAGGAACACAATCTATTT  494

seq1  CCCTAAGTTATTGGTCCATGCCTGTCTTCTGCAGTAGCTCTCTCATGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGTTATTGGTCCATGCCTGTCTTCTGCAGTAGCTCTCTCATGAAT  544

seq1  ACACATATGGAAATGACATTTAATCTTGGCACTGTATGCTATGGTCAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATGGAAATGACATTTAATCTTGGCACTGTATGCTATGGTCAAGC  594

seq1  TGACACAAAATTAACCACCATGCTAACAGGTAGTAAAACACATAGGAACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAAAATTAACCACCATGCTAACAGGTAGTAAAACACATAGGAACG  644

seq1  GCTCTTTTCCCATAGATGTTCCTCTCATGGGAACATCATAGTGCAGATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTTCCCATAGATGTTCCTCTCATGGGAACATCATAGTGCAGATGA  694

seq1  AAGTTTAGCAGGTCAAACATTTACTCTCTTTTCGCCTCTCTCCTTCTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAGCAGGTCAAACATTTACTCTCTTTTCGCCTCTCTCCTTCTCTG  744

seq1  CTCATTTTTACTGAAATCCCTTCTTTCTGATCCAGGTAGTCCATACATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTTTACTGAAATCCCTTCTTTCTGATCCAGGTAGTCCATACATAA  794

seq1  GTGAGTCCCCTCAAGGCTTGTCAAATGAAATAGAGCAAAAAATTTCCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCCCCTCAAGGCTTGTCAAATGAAATAGAGCAAAAAATTTCCAAA  844

seq1  CTTATGTTTATGTGTTCATGGGGAACTGGAAAAAGACATGCGGTGAAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTTTATGTGTTCATGGGGAACTGGAAAAAGACATGCGGTGAAAGA  894

seq1  ATTC  904
      ||||
seq2  ATTC  898

seq1: chr1_161661193_161662310
seq2: B6Ng01-013L02.g_67_1180

seq1  GAATTCCAGCCCTACTAGTACAGGCTACATCATCCTATTGATCTCAAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCCTACTAGTACAGGCTACATCATCCTATTGATCTCAAGTC  50

seq1  TCTCGTTAGATCTGATAAATTCCCTCAAGTCTGAACTGTGAATTGTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGTTAGATCTGATAAATTCCCTCAAGTCTGAACTGTGAATTGTGAAT  100

seq1  AATGGAAGCTGCCCACTTGATGAAGGAAAGAAAACAACAGACTCCACTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAGCTGCCCACTTGATGAAGGAAAGAAAACAACAGACTCCACTTC  150

seq1  AAACCTGCCAGATATTCAGATCAGGTTCCTGATGCCTGTAGCACATGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGCCAGATATTCAGATCAGGTTCCTGATGCCTGTAGCACATGGAA  200

seq1  GACTCATCCAAACAACCCACTTAGAATAATGATAACAAGGCAATTTATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATCCAAACAACCCACTTAGAATAATGATAACAAGGCAATTTATAC  250

seq1  CAACGCAGTCATGTGTGGCTAAGGACAGTATTTTATTCCATCCAATGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGCAGTCATGTGTGGCTAAGGACAGTATTTTATTCCATCCAATGTGA  300

seq1  TTTTTCTGTGATAAGCCTCAGCCAGCTTTCCTCTGAGGCAGGAAGGTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGTGATAAGCCTCAGCCAGCTTTCCTCTGAGGCAGGAAGGTAGT  350

seq1  TTTGCATATGTTCAGTGATTCCCAGGTCAACTTGCAAACCCAGAAACTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATATGTTCAGTGATTCCCAGGTCAACTTGCAAACCCAGAAACTTC  400

seq1  CTTTGGCTTAATTAGTCATTGTTAACATCTGTAAAGACCCCACTGTGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCTTAATTAGTCATTGTTAACATCTGTAAAGACCCCACTGTGTAT  450

seq1  GCTCAGAACACAGAGTAGGTCAGAACCCCAGCCTTCCACAACTGCCATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAACACAGAGTAGGTCAGAACCCCAGCCTTCCACAACTGCCATCC  500

seq1  CCCTAGGGCAGCATAAGGGTGTCTCTCACCTAAGGGCTTCATACTCCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGGGCAGCATAAGGGTGTCTCTCACCTAAGGGCTTCATACTCCTCC  550

seq1  CAGATGGGACCACCAAGAACCTCAGACATCTCTATAGCAAAGCACCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGGACCACCAAGAACCTCAGACATCTCTATAGCAAAGCACCTCTC  600

seq1  TGCTTTTTGGAGCTCGGCTCTTAAAGGAATGCTCTCTCCTAGGATGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTGGAGCTCGGCTCTTAAAGGAATGCTCTCTCCTAGGATGTGTT  650

seq1  AATGAAACACTGTCAGCAGATTCATCAAAATCTAAATGTGTGCTTTCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAACACTGTCAGCAGATTCATCAAAATCTAAATGTGTGCTTTCCTA  700

seq1  CTCTGAAGTAGCATATCTCCCTCCCTCTAAGCCTAGATAAAGGTCACAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAGTAGCATATCTCCCTCCCTCTAAGCCTAGATAAAGGTCACAGC  750

seq1  TAGAGATGACTGGCCAGTTAAGCTGCTAAGCACAAGACACCACATTTCGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATGACTGGCCAGTTAAGCTGCT-AGCACAAGACACCACATTTCGA  799

seq1  AATATTTTTTTTATAAAACGATGTGGAACAGGCAACCTGTTCACTTTATT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATATTTTTTTTATAAAACGATGTGGAACAGGCAACCTGTTCACTTTA-T  848

seq1  TTCTACCAAAGGCATTCATTTAAACATTAGTTTCTGGAAAAATCTGAACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCAAAGGCATTCATTTAAACATTAGTTTCTGGAAAAATCTGAACC  898

seq1  CTCCACTATA-TTTTCCATTAGTACTAATAATAAATGATAATTACTAAGC  949
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTATATTTTTCCATTAGTACT-ATAATAAATGATAATTACTAAGC  947

seq1  CTGCCTATCAGATA-TTCCAGATAACAGTAGCTCCACTTAATTAATTGCT  998
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGCCTATCAGATATTTCCAGATAACGGTAGCTCCACTTAATTTATTGCT  997

seq1  AATTAAGA-TATGAAAGAACTGGAGTGTCTTTCATACTTTCT-CACTTTA  1046
      ||||| || |||||||||   |||||||| ||| |||||||| |||||||
seq2  AATTAGGATTATGAAAGACTGGGAGTGTC-TTCTTACTTTCTCCACTTTA  1046

seq1  TTAAGCCAGAGGAAATCTTTGTCAGATTGAGTCCCTCCTTGGCTTAGCCA  1096
      || || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||| 
seq2  TT-AGGCAGAGGAAATCTTTGTCAGA-TGAGTCCCT-CTTGCCTAAGCC-  1092

seq1  GCCTGGCGAAGGGTGGGAGGGG  1118
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCGAAGGGTGGGAGGGG  1114