BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013P08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 196,405,562 - 196,516,303
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG623172, Plxna2
Upstream geneLOC667208
Downstream geneCd34, Cd46, Crry, Cr2, EG635956, LOC623380
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013P08.bB6Ng01-013P08.g
ACCDH848641DH848642
length1,088819
definitionDH848641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013P08, 5' end.DH848642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013P08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(196,405,562 - 196,406,654)(196,515,484 - 196,516,303)
sequence
gaattctggaacccatacttttgcatttattctgattgaaactgtgctta
ttaagggttgtaatacagagaaattttgtttggacatgttttttcggagt
gaggaaaccatgggagtttggaaaactattaccaaacatttatacatata
cactcacatacacttacatatattcacacactcaaactcatttatgctac
acacactcaaatatatgtacacacattcatacacatacactcatacatac
actacacacattcacactcagacacacttacactcatacacacattcaca
catatgcatacatacacacattcacatacacttatgcacattcacataca
ctcatacacacattcacacatatgcatacatacacacattcacatacact
tatacacatttacatacacaccacatggggggtgaagagagacagagaca
gagagacagagagattgtgagagtcagctctcaccttggagactagcaag
agattaatcggcctgatctgggagaaataaacaaggtgactttccaagga
aacccttgtcttaatctggagcatttaaccttgacatggtatagctcact
tttttttccaagacttcctaaagacccactagtagttcactttttatatt
tctgaaacaacactaaataaacacctctagagtcttctagcacattcctg
tgaggaaaacaaaaccaaaaatgtgttcccaggcttgagtcctacatgag
ttgtccaactaataaaatgtagggattcattgccccctttccccaggcct
ccttacttctgtggaagacatctttattgtagctcaaatgaatttttgtc
ctctgtcactatcccttatagaaaatcattacttagcaaccaccaaaaac
aagttctaaagtaaatatccttagttatcttctctcaaatcgtgctaagg
tggataggatacattctcacagaaaagaacgacacatggtattagcctgc
tccactgctggttctggcagaggctacaatgcagtacctgctcaggtact
ccctccctctggtcctccttctcaaaggcttcaaattg
gaattccaggctgatcacttcctccccaatatctgaactgtactagccac
taatcacagaaatcaggacctgtgcaaactttttcagctctgtgtggggc
acgtatgacttcccatcagatattctctgactcctctcattcacagccct
tcatttcctcaaatgcagatggctttgttttccaaatttgatagatgctg
acaggtatattgttcccagcatctcccagactgccagaggctgcttaagt
caaatggttttctttcccctaataacttggagggatggttttttttctct
ctctctcttaaaaaaaaagaagcctttaaaaaaaaatgcctcttttttac
cttaaagagacagagtgtcatttatcttcctctttgctcaaagtcaaatg
aacattaaacaaagcccaacctgccttgaagcaatcatttgtgactgcag
gatgggagtaggggtgggatagaccttggagactacatcctgggactggt
gactgacaggccataggaaagcaggcatgtatggatatgcatggcagtca
ggaggagaggcacagtcacttacagaggaggagaaaagggccccagtgag
agtggacagtagccaggcattgttgattggactggccattgggtgaaggg
gctgggcttgaaggggcacaagaaaaagaggcaaaaatctcatgttatag
ccaaagtgcaatagaccgcacaatgtgactctgacatcacaagatcactt
tggcttttaagatgtcctttgtgctgacaaactaccttttactttgttat
tcactattttaatgagcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_196405562_196406654
seq2: B6Ng01-013P08.b_46_1133

seq1  GAATTCTGGAACCCATACTTTTGCATTTATTCTGATTGAAACTGTGCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAACCCATACTTTTGCATTTATTCTGATTGAAACTGTGCTTA  50

seq1  TTAAGGGTTGTAATACAGAGAAATTTTGTTTGGACATGTTTTTTCGGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGGTTGTAATACAGAGAAATTTTGTTTGGACATGTTTTTTCGGAGT  100

seq1  GAGGAAACCATGGGAGTTTGGAAAACTATTACCAAACATTTATACATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACCATGGGAGTTTGGAAAACTATTACCAAACATTTATACATATA  150

seq1  CACTCACATACACTTACATATATTCACACACTCAAACTCATTTATGCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACATACACTTACATATATTCACACACTCAAACTCATTTATGCTAC  200

seq1  ACACACTCAAATATATGTACACACATTCATACACATACACTCATACATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTCAAATATATGTACACACATTCATACACATACACTCATACATAC  250

seq1  ACTACACACATTCACACTCAGACACACTTACACTCATACACACATTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACACACATTCACACTCAGACACACTTACACTCATACACACATTCACA  300

seq1  CATATGCATACATACACACATTCACATACACTTATGCACATTCACATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCATACATACACACATTCACATACACTTATGCACATTCACATACA  350

seq1  CTCATACACACATTCACACATATGCATACATACACACATTCACATACACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACACACATTCACACATATGCATACATACACACATTCACATACACT  400

seq1  TATACACATTTACATACACACCACATGGGGGGTGAAGAGAGACAGAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACATTTACATACACACCACATGGGGGGTGAAGAGAGACAGAGACA  450

seq1  GAGAGACAGAGAGATTGTGAGAGTCAGCTCTCACCTTGGAGACTAGCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACAGAGAGATTGTGAGAGTCAGCTCTCACCTTGGAGACTAGCAAG  500

seq1  AGATTAATCGGCCTGATCTGGGAGAAATAAACAAGGTGACTTTCCAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAATCGGCCTGATCTGGGAGAAATAAACAAGGTGACTTTCCAAGGA  550

seq1  AACCCTTGTCTTAATCTGGAGCATTTAACCTTGACATGGTATAGCTCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTGTCTTAATCTGGAGCATTTAACCTTGACATGGTATAGCTCACT  600

seq1  TTTTTTTCCAAGACTTCCTAAAGACCCACTAGTAGTTCACTTTTTATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCAAGACTTCCTAAAGACCCACTAGTAGTTCACTTTTTATATT  650

seq1  TCTGAAACAACACTAAATAAACACCTCTAGAGTCTTCTAGCACATTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACAACACTAAATAAACACCTCTAGAGTCTTCTAGCACATTCCTG  700

seq1  TGAGGAAAACAAAACCAAAAATGTGTTCCCAGGCTTGAGTCCTACATGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAAACAAAACCAAAAATGTGTTCCCAGGCTTGAGTCCTACATGAG  750

seq1  TTGTCCAACTAATAAAATGTAGGGATTCATTGCCCCCTTTCCCCAGGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAACTAATAAAATGTAGGGATTCATTGCCCCCTTTCCCCAGGCCT  800

seq1  CCTTACTTCTGTGGAAGACATCTTTAATTGTAGCTCAAATGAATTTTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTTCTGTGGAAGACATCTTT-ATTGTAGCTCAAATGAATTTTTGT  849

seq1  CCTCTGTCACTATCCCTTATAGAAAATCATTACTTAGCAACCACCAAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTCACTATCCCTTATAGAAAATCATTACTTAGCAACCACCAAAAA  899

seq1  CAAGTTCTAAAGTAAATATCCTTAGTTATCTTCTCTCAAATCGTGCTAA-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAAGTTCTAAAGTAAATATCCTTAGTTATCTTCTCTCAAATCGTGCTAAG  949

seq1  GTGGATAGGATACATTCTCACAGAAAAGAACGACACATGGTATTAGCCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATAGGATACATTCTCACAGAAAAGAACGACACATGGTATTAGCCTG  999

seq1  CTCCACTGCTGGTCCTGGCAGAGGCTACAATGCCAGTACCCTGCTCAGGT  1049
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CTCCACTGCTGGTTCTGGCAGAGGCTACAATG-CAGTA-CCTGCTCAGGT  1047

seq1  ACTCCCTCCCTCTGGGCCCTTCCCTTCTCAAAGGCTCCAAATTG  1093
      ||||||||||||||| ||    |||||||||||||| |||||||
seq2  ACTCCCTCCCTCTGGTCC---TCCTTCTCAAAGGCTTCAAATTG  1088

seq1: chr1_196515484_196516303
seq2: B6Ng01-013P08.g_65_883 (reverse)

seq1  CTGCTCATTAAAAATAGTGAATTACAAAGTAAAAGGTAGTTTTGTCAGCA  50
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGCTCATT-AAAATAGTGAATAACAAAGTAAAAGGTAG-TTTGTCAGCA  48

seq1  CAAAGGACATCTTAAAAGCCAAAGTGATCTTGTGATGTCAGAGTCACATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGACATCTTAAAAGCCAAAGTGATCTTGTGATGTCAGAGTCACATT  98

seq1  GTGCGGTCTATTGCACTTTGGCTATAACATGAGATTTTTGCCTCTTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGGTCTATTGCACTTTGGCTATAACATGAGATTTTTGCCTCTTTTTC  148

seq1  TTGTGCCCCTTCAAG-CCAGCCCCTTCACCCAATGGCCAGTCCAATCAAC  199
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCCCTTCAAGCCCAGCCCCTTCACCCAATGGCCAGTCCAATCAAC  198

seq1  AATGCCTGGCTACTGTCCACTCTCACTGGGGCCCTTTTCTCCTCCTCTGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTGGCTACTGTCCACTCTCACTGGGGCCCTTTTCTCCTCCTCTGT  248

seq1  AAGTGACTGTGCCTCTCCTCCTGACTGCCATGCATATCCATACATGCCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACTGTGCCTCTCCTCCTGACTGCCATGCATATCCATACATGCCTG  298

seq1  CTTTCCTATGGCCTGTCAGTCACCAGTCCCAGGATGTAGTCTCCAAGGTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTATGGCCTGTCAGTCACCAGTCCCAGGATGTAGTCTCCAAGGTC  348

seq1  TATCCCACCCCTACTCCCATCCTGCAGTCACAAATGATTGCTTCAAGGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCACCCCTACTCCCATCCTGCAGTCACAAATGATTGCTTCAAGGCA  398

seq1  GGTTGGGCTTTGTTTAATGTTCATTTGACTTTGAGCAAAGAGGAAGATAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGCTTTGTTTAATGTTCATTTGACTTTGAGCAAAGAGGAAGATAA  448

seq1  ATGACACTCTGTCTCTTTAAGGTAAAAAAGAGGCATTTTTTTTTAAAGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACTCTGTCTCTTTAAGGTAAAAAAGAGGCATTTTTTTTTAAAGGC  498

seq1  TTCTTTTTTTTTAAGAGAGAGAGAGAAAAAAAACCATCCCTCCAAGTTAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTTTTTAAGAGAGAGAGAGAAAAAAAACCATCCCTCCAAGTTAT  548

seq1  TAGGGGAAAGAAAACCATTTGACTTAAGCAGCCTCTGGCAGTCTGGGAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGAAAGAAAACCATTTGACTTAAGCAGCCTCTGGCAGTCTGGGAGA  598

seq1  TGCTGGGAACAATATACCTGTCAGCATCTATCAAATTTGGAAAACAAAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAACAATATACCTGTCAGCATCTATCAAATTTGGAAAACAAAGC  648

seq1  CATCTGCATTTGAGGAAATGAAGGGCTGTGAATGAGAGGAGTCAGAGAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCATTTGAGGAAATGAAGGGCTGTGAATGAGAGGAGTCAGAGAAT  698

seq1  ATCTGATGGGAAGTCATACGTGCCCCACACAGAGCTGAAAAAGTTTGCAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGGGAAGTCATACGTGCCCCACACAGAGCTGAAAAAGTTTGCAC  748

seq1  AGGTCCTGATTTCTGTGATTAGTGGCTAGTACAGTTCAGATATTGGGGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTGATTTCTGTGATTAGTGGCTAGTACAGTTCAGATATTGGGGAG  798

seq1  GAAGTGATCAGCCTGGAATTC  820
      |||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGATCAGCCTGGAATTC  819