BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-014E04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 78,791,437 - 78,967,614
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620521, Kcne4, LOC100039260, EG545332
Upstream genePax3, LOC100039210, Sgpp2, LOC100039382, Farsb, Mogat1, Acsl3, Utp14b
Downstream geneScg2, Ap1s3, Wdfy1, Mrpl44, Serpine2, EG433326, LOC665064
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-014E04.bB6Ng01-014E04.g
ACCDH848855DH848856
length1,1721,045
definitionDH848855|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014E04, 5' end.DH848856|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,966,431 - 78,967,614)(78,791,437 - 78,792,494)
sequence
gaattcaacaaatttgatgtggtaacttacttcttatagtcatctaattg
aaaaaaaaaacattccattattgaatattttctatccgccaagcagagag
tactaaactccatggtaatcagacacacttgcacccaaaaaccctgattg
tcatcatctaaagtccaacgttaagctatgcatttggtgtttaaaggatt
acaaacttagtgatacaatcataaattataataggtattatgaaggaagc
cttcatattacaataacagtgtgtcaccaaagttgctatggactcttgga
caggctagttcacttcccttgtctgggtttcctcatctaggaaatcagaa
tacaaaatcacaaaatgttctggagattaaactggagttcttaaaagaga
tccagaccatcacttgcaatcaataaattttgataattattaatagcata
atcatcactaccaccaatatcattatttaaagagatctgatccactctat
gggtaggaacttcccctaaagaagtggcatttgagttgaattgtaaaaga
gtttgttcattcaagggcagagatatggtagcttccaatgtccccggact
atagaattataggaaacaattaattgatggtggcagaaatcatgaaacct
tgaaaaactgagagaagccaatatggtgagaatgcaggggtaagggagaa
ataagtggcaggtagaggtgataaggatttggatcatgaaccttataaga
cagcaaggaagaaattgagtgatgtaaccaaagtttaatttttaaacagc
actgtgcttttcataaagaaactggttcaaggacagagtacatgtagata
atccctttggcaagtcatgctggtcacttgttacagggaagtgctgagtg
tatgaatgacagatattctagttagaataaaacttttagaactagagata
ttacccagtgtgtaaatatttaagtagtatgaagaaattttgtcagaggg
atgggtggagtagacatgcattaggggcagatttgatgaatactgtactc
atggttgcctgaggttacatctagaggaaacgaacatcaagctcctgaat
taccagagaagacttaagtccactctatacctcttcctgaagaaatttga
tcctctaagactttctcagaaa
gaattccagcagcatgctgcagggcacagggacctaaagcaaacaaccta
tttagtttccaaaagagttattcttctgcttcccttttgtctaaggctac
agacttcctctggccctctttcttttattcccacatgtgttggagtgttc
cagtgcccaaatcagtttcgagatggatgtaaggatgcatggttagatcc
ctatgctggaccacctagctctaccaggagaggagtagttggttctcatt
ggatgagtggttgtgtgaataaggtcttgcagcatagggcaaaattactc
ttactagagactgggtaacatgttaataaggaatggaagcaggggcggag
caaagagtcatctgcctctgtccatgatggcactgttagcagcttgaggt
ggaatgcaaaaggccagtgctcttcactgatttttactggcagcctcatc
gctcccagtcactttcctgagagtttggtcatgactctggagtgaatgag
gaaaacatgtgactcaggagtttagactctggtccctacttttgccctcc
caaggtcttctccttccctctaggcttaaaagatgcaggacatgttgacc
tttgcctctatctggctaccttccacatagataggaggtgtccttgtcca
aatatacttgttattttccaggtcatagagaagtagcttggaggtaggaa
gcagccatttgtttcctaaaaatgatgtcaagaaaggaaggtacaatttt
gacctgggttggtgtgttcccacaattatacccatcagctcctgtacctt
cttattgatgctagtagaatcccttcccaagaacaggctaccctctctca
gcattttcttgctgatctgggccatactacttggctaagatgaatgatgg
aagtgtctcatcctccttgtccagatgacttagactcctgaccattcctg
ctagtcatctcatctgtcatgctctcttgaatgtgtctctaacatgcttt
gtgaatagtagtaaggtacatgctgtgagtacctcattaacctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_78966431_78967614
seq2: B6Ng01-014E04.b_47_1218 (reverse)

seq1  TTTCTGAATGCTTCTTAGAGGATCCAATATATCCTCTAGAAAGAGTTAT-  49
      |||||||     |||||||||||| |||   | ||  || ||||| ||| 
seq2  TTTCTGAGAAAGTCTTAGAGGATCAAAT---TTCTTCAGGAAGAGGTATA  47

seq1  GAGTAGACTTAAGTCTTCTCTGGGTATTCAGGAGGCCTGATGATTTCTGT  99
      |||| ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||  ||| ||
seq2  GAGTGGACTTAAGTCTTCTCTGGTAATTCAGGA-GCTTGATG--TTC-GT  93

seq1  TTCTTCTAGATTGTAACCCTCAAGC-ACCATGAGTCCAGTATTTCATCAA  148
      ||| |||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TTCCTCTAGA-TGTAA-CCTCAGGCAACCATGAGTACAGTA-TTCATCAA  140

seq1  ATCTGCCCCTAATGCCTGTTCCTTCTCCACCCATCCCTCTGAC-AGATTT  197
      ||||||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||| | ||||
seq2  ATCTGCCCCTAATGCATGT--CTACTCCACCCATCCCTCTGACAAAATTT  188

seq1  CTTCATTACTTACTTAAATATTTACACACTGGGTAATATTCTCTAGTTCT  247
      ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTTCA-TAC-TACTTAAATATTTACACACTGGGTAATA-TCTCTAGTTCT  235

seq1  AAAAGTTTTATTCTAACTAGAATATCTGTCATTCATACACTCAGCCACTT  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAAAGTTTTATTCTAACTAGAATATCTGTCATTCATACACTCAG-CACTT  284

seq1  CCCTGTAACAAGTGACCAGCATGACTTGCCAAA-GGATTATCTACATGTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCTGTAACAAGTGACCAGCATGACTTGCCAAAGGGATTATCTACATGTA  334

seq1  CTCTGTCCTTGAACCAGTTTCTTTATGAAAAGCACAGTGCTGTTTAAAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCCTTGAACCAGTTTCTTTATGAAAAGCACAGTGCTGTTTAAAAA  384

seq1  TTAAACTTTGGTTACATCACTCAATTTCTTCCTTGCTGTCTTATAAGGTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTTGGTTACATCACTCAATTTCTTCCTTGCTGTCTTATAAGGTT  434

seq1  CATGATCCAAATCCTTATCACCTCTACCTGCCACTTATTTCTCCCTTACC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCCAAATCCTTATCACCTCTACCTGCCACTTATTTCTCCCTTACC  484

seq1  CCTGCATTCTCACCATATTGGCTTCTCTCAGTTTTTCAAGGTTTCATGAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATTCTCACCATATTGGCTTCTCTCAGTTTTTCAAGGTTTCATGAT  534

seq1  TTCTGCCACCATCAATTAATTGTTTCCTATAATTCTATAGTCCGGGGACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCACCATCAATTAATTGTTTCCTATAATTCTATAGTCCGGGGACA  584

seq1  TTGGAAGCTACCATATCTCTGCCCTTGAATGAACAAACTCTTTTACAATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGCTACCATATCTCTGCCCTTGAATGAACAAACTCTTTTACAATT  634

seq1  CAACTCAAATGCCACTTCTTTAGGGGAAGTTCCTACCCATAGAGTGGATC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCAAATGCCACTTCTTTAGGGGAAGTTCCTACCCATAGAGTGGATC  684

seq1  AGATCTCTTTAAATAATGATATTGGTGGTAGTGATGATTATGCTATTAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCTTTAAATAATGATATTGGTGGTAGTGATGATTATGCTATTAAT  734

seq1  AATTATCAAAATTTATTGATTGCAAGTGATGGTCTGGATCTCTTTTAAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCAAAATTTATTGATTGCAAGTGATGGTCTGGATCTCTTTTAAGA  784

seq1  ACTCCAGTTTAATCTCCAGAACATTTTGTGATTTTGTATTCTGATTTCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGTTTAATCTCCAGAACATTTTGTGATTTTGTATTCTGATTTCCT  834

seq1  AGATGAGGAAACCCAGACAAGGGAAGTGAACTAGCCTGTCCAAGAGTCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGGAAACCCAGACAAGGGAAGTGAACTAGCCTGTCCAAGAGTCCA  884

seq1  TAGCAACTTTGGTGACACACTGTTATTGTAATATGAAGGCTTCCTTCATA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAACTTTGGTGACACACTGTTATTGTAATATGAAGGCTTCCTTCATA  934

seq1  ATACCTATTATAATTTATGATTGTATCACTAAGTTTGTAATCCTTTAAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTATTATAATTTATGATTGTATCACTAAGTTTGTAATCCTTTAAAC  984

seq1  ACCAAATGCATAGCTTAACGTTGGACTTTAGATGATGACAATCAGGGTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATGCATAGCTTAACGTTGGACTTTAGATGATGACAATCAGGGTTT  1034

seq1  TTGGGTGCAAGTGTGTCTGATTACCATGGAGTTTAGTACTCTCTGCTTGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGCAAGTGTGTCTGATTACCATGGAGTTTAGTACTCTCTGCTTGG  1084

seq1  CGGATAGAAAATATTCAATAATGGAATGTTTTTTTTTTCAATTAGATGAC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATAGAAAATATTCAATAATGGAATGTTTTTTTTTTCAATTAGATGAC  1134

seq1  TATAAGAAGTAAGTTACCACATCAAATTTGTTGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAAGTAAGTTACCACATCAAATTTGTTGAATTC  1172

seq1: chr1_78791437_78792494
seq2: B6Ng01-014E04.g_67_1111

seq1  GAATTCCAGCAGCATGCTGCAGGGCACAGGGACCTAAAGCAAACAACCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCAGCATGCTGCAGGGCACAGGGACCTAAAGCAAACAACCTA  50

seq1  TTTAGTTTCCAAAAGAGTTATTCTTCTGCTTCCCTTTTGTCTAAGGCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTTCCAAAAGAGTTATTCTTCTGCTTCCCTTTTGTCTAAGGCTAC  100

seq1  AGACTTCCTCTGGCCCTCTTTCTTTTATTCCCACATGTGTTGGAGTGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCCTCTGGCCCTCTTTCTTTTATTCCCACATGTGTTGGAGTGTTC  150

seq1  CAGTGCCCAAATCAGTTTCGAGATGGATGTAAGGATGCATGGTTAGATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCAAATCAGTTTCGAGATGGATGTAAGGATGCATGGTTAGATCC  200

seq1  CTATGCTGGACCACCTAGCTCTACCAGGAGAGGAGTAGTTGGTTCTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTGGACCACCTAGCTCTACCAGGAGAGGAGTAGTTGGTTCTCATT  250

seq1  GGATGAGTGGTTGTGTGAATAAGGTCTTGCAGCATAGGGCAAAATTACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGTGGTTGTGTGAATAAGGTCTTGCAGCATAGGGCAAAATTACTC  300

seq1  TTACTAGAGACTGGGTAACATGTTAATAAGGAATGGAAGCAGGGGCGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAGAGACTGGGTAACATGTTAATAAGGAATGGAAGCAGGGGCGGAG  350

seq1  CAAAGAGTCATCTGCCTCTGTCCATGATGGCACTGTTAGCAGCTTGAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTCATCTGCCTCTGTCCATGATGGCACTGTTAGCAGCTTGAGGT  400

seq1  GGAATGCAAAAGGCCAGTGCTCTTCACTGATTTTTACTGGCAGCCTCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCAAAAGGCCAGTGCTCTTCACTGATTTTTACTGGCAGCCTCATC  450

seq1  GCTCCCAGTCACTTTCCTGAGAGTTTGGTCATGACTCTGGAGTGAATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCAGTCACTTTCCTGAGAGTTTGGTCATGACTCTGGAGTGAATGAG  500

seq1  GAAAACATGTGACTCAGGAGTTTAGACTCTGGTCCCTACTTTTGCCCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATGTGACTCAGGAGTTTAGACTCTGGTCCCTACTTTTGCCCTCC  550

seq1  CAAGGTCTTCTCCTTCCCTCTAGGCTTAAAAGATGCAGGACATGTTGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCTTCTCCTTCCCTCTAGGCTTAAAAGATGCAGGACATGTTGACC  600

seq1  TTTGCCTCTATCTGGCTACCTTCCACATAGATAGGAGGTGTCCTTGTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTCTATCTGGCTACCTTCCACATAGATAGGAGGTGTCCTTGTCCA  650

seq1  AATATACTTGTTATTTTCCAGGTCATAGAGAAGTAGCTTGGAGGTAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACTTGTTATTTTCCAGGTCATAGAGAAGTAGCTTGGAGGTAGGAA  700

seq1  GCAGCCATTTGTTTCCTAAAAATGATGTCAAG-AAGGAAGGTACAA-TTT  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GCAGCCATTTGTTTCCTAAAAATGATGTCAAGAAAGGAAGGTACAATTTT  750

seq1  GACCTGGGTTGGTGTGTTCCCACAATTATACCCATCAGCTCCTGTACCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGGTTGGTGTGTTCCCACAATTATACCCATCAGCTCCTGTACCTT  800

seq1  CTTATTGATGCTAGTAGAATCCCTTCCCAAGAACAGGCTACCCTCTCTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGATGCTAGTAGAATCCCTTCCCAAGAACAGGCTACCCTCTCTCA  850

seq1  GCATTTTCTTGCTGATCTGGGCCATACTACTTGGCTAAGATTGAATGATG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCATTTTCTTGCTGATCTGGGCCATACTACTTGGCTAAGA-TGAATGATG  899

seq1  GAAGTGTCTCATCCCTCCTTGTTCCAGAATGACTTTAGACTCCTGGACCA  948
      |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||
seq2  GAAGTGTCTCAT-CCTCCTTG-TCCAG-ATGAC-TTAGACTCCT-GACCA  944

seq1  TTCCTGCTAGTCATCTCATCTGTCCATGCTCTCTTGAAATGTTGTTCTCT  998
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   |||||
seq2  TTCCTGCTAGTCATCTCATCTGT-CATGCTCTCTTG-AATGT--GTCTCT  990

seq1  AACATGCTTTTGTGGAATAGTAGTTAAGGTTACATGGCTGTGA-TGACTC  1047
      ||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |  |||
seq2  AACATGC-TTTGT-GAATAGTAG-TAAGG-TACAT-GCTGTGAGTACCTC  1035

seq1  AGTTAACCTTA  1058
      | |||||||||
seq2  A-TTAACCTTA  1045