BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015A23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 60,433,341 - 60,620,936
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyp20a1, Abi2, Raph1, LOC100043027
Upstream geneFzd7, Gm973, Sumo1, LOC100042476, Nol5, B430105G09Rik, LOC100043007, Bmpr2, Als2cr13, LOC100042496, Ica1l, Wdr12, Carf, Nbeal1
Downstream geneLOC100042533, Eif4a-ps4, Cd28, LOC667555, Rpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos, LOC433313, LOC100042566
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015A23.bB6Ng01-015A23.g
ACCDH849425DH849426
length440960
definitionDH849425|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015A23, 5' end.DH849426|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015A23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,433,341 - 60,433,775)(60,619,976 - 60,620,936)
sequence
gaattctaggacagccagagctacatagtgagaccctatcttgtaaaaca
acaacaacaaaaatagctaaaaatttatatgcatctgtgtctatatgagt
gtttgtacatgtgtgtgtgtacatgtatgtgtctgtatgagtacgtgtgc
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacatgtatgagtgtttgtacagatgt
gtgtgtccctgtggagaccataagaggaagttggctcccttggaactgga
gttgctggtagttgtgagctgcccagcatgactaagcagcaagtactctt
aactgttcttgacatttgctgcttttttgaggcataagtcctcctgaatg
ctgtgatcacaattacatacaccacacctatttaatttcagattttaatt
ggataaatttaatctcatgtgtaaaaaattatcaaaagta
gaattcttagtttcattacctattaaataggaagtttggagttactggtt
ttcatttgttatttcttactgaccttaaggattttaaggatcttagtgta
ttaacaagagcctgtatttgagagggaggctgagatgggaggatactgag
tttgagggtggcctacataatgagattttgcctcaaaacaaaacaaaggg
agtaatttaattttgatgaagggcttttaaggttctacagacatttgacc
taaatgtcataaaaacgtttggagatacaactcagtgggagagcagttac
caaacacataagggcctgggttttatacttagcacaaaaccaaagtctga
cttgtatgcttgaagtcaggagcattacattgaaatcagagcatatgaaa
agctaaggcagaagggttaaggctagcttaggttatatattgaggtcctg
actcacaaaaatgttttaaaattataataataaaaaactgttactaaata
ctttgtactactttgagtgcttcctatgtattgaattatttattccttac
catgcctctaagaagaaggtctcattaatctagaaaacaagcagaagtag
taaattactttcttaaagattgcacagctctatagtaaacagctatttaa
aactaggcagcctaattcttgtattcttaccaccttcctatgctaccatg
tagacaactaacaccttctcccccccttcctgttttaaagtatgctaaag
tttttatacatcttagccatttaaagcattaattgttaactttcaatggc
attaaatatgtttgtgttattgtgtaactgttacattgtccatttccaga
actttttcacaatcccaaactgaagttcaacctgttaaacagtaacttct
catctaccactgcaacttctagtagcactttttttactttgtctctttgc
cttgaaacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_60433341_60433775
seq2: B6Ng01-015A23.b_32_471

seq1  GAATTCTAGGACAGCCAGAGCTACATAGTGAGACCCTATCTTGTAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGACAGCCAGAGCTACATAGTGAGACCCTATCTTGTAAAACA  50

seq1  ACAACAACAAAAATAGCTAAAAATTTATATGCATCTGTGTCTATATGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAAAAATAGCTAAAAATTTATATGCATCTGTGTCTATATGAGT  100

seq1  GTTTGTACATGTGTGTGTGTACATGTATGTGTCTGTATGAGTACGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTTGTACATGTGTGTGTGTACATGTATGTGTCTGTATGAGTACGTGTGC  150

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATGTATGAGTGTTTGTACAGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATGTATGAGTGTTTGTACAGATGT  200

seq1  GTGTGTCCCTGTGGAGACCAGAAGAGGAAGTTGGCTCCCTTGGAACTGGA  250
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCCCTGTGGAGACCATAAGAGGAAGTTGGCTCCCTTGGAACTGGA  250

seq1  GTTGCTGGTAGTTGTGAGCTGCCCAGCATGACTAAGCAGCAAGTACTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGGTAGTTGTGAGCTGCCCAGCATGACTAAGCAGCAAGTACTCTT  300

seq1  AACTGTTCTGGACAGTTGCTGC-TTTTTGAGGCA-AAGTCCTCCTGAATG  348
      ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AACTGTTCTTGACATTTGCTGCTTTTTTGAGGCATAAGTCCTCCTGAATG  350

seq1  CTGTGATCACAATTACATACACCACACCTATTTAATTACAGATTTTAA-T  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  CTGTGATCACAATTACATACACCACACCTATTTAATTTCAGATTTTAATT  400

seq1  GGAT-AATTTAATCTCATGTGTAAAAAATCAT-AAAAGTA  435
      |||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  GGATAAATTTAATCTCATGTGTAAAAAATTATCAAAAGTA  440

seq1: chr1_60619976_60620936
seq2: B6Ng01-015A23.g_63_1022 (reverse)

seq1  TAGTGTTCAAGGCAAAGAGACAAAGTAAAAAAGTGGCTACTAGAAGTTGC  50
      |||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  TAGT-TTCAAGGCAAAGAGACAAAGTAAAAAAAGTGCTACTAGAAGTTGC  49

seq1  AGTGGTAGATGAGAAGTTACTGTTTAACAGGTTGAACTTCAGTTTGGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAGATGAGAAGTTACTGTTTAACAGGTTGAACTTCAGTTTGGGAT  99

seq1  TGTGAAAAAGTTCTGGAAATGGACAATGTAACAGTTACACAATAACACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAAAGTTCTGGAAATGGACAATGTAACAGTTACACAATAACACAA  149

seq1  ACATATTTAATGCCATTGAAAGTTAACAATTAATGCTTTAAATGGCTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTAATGCCATTGAAAGTTAACAATTAATGCTTTAAATGGCTAAG  199

seq1  ATGTATAAAAACTTTAGCATACTTTAAAACAGGAAGGGGGGGAGAAGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAAAAACTTTAGCATACTTTAAAACAGGAAGGGGGGGAGAAGGTG  249

seq1  TTAGTTGTCTACATGGTAGCATAGGAAGGTGGTAAGAATACAAGAATTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGTCTACATGGTAGCATAGGAAGGTGGTAAGAATACAAGAATTAG  299

seq1  GCTGCCTAGTTTTAAATAGCTGTTTACTATAGAGCTGTGCAATCTTTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTAGTTTTAAATAGCTGTTTACTATAGAGCTGTGCAATCTTTAAG  349

seq1  AAAGTAATTTACTACTTCTGCTTGTTTTCTAGATTAATGAGACCTTCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATTTACTACTTCTGCTTGTTTTCTAGATTAATGAGACCTTCTTC  399

seq1  TTAGAGGCATGGTAAGGAATAAATAATTCAATACATAGGAAGCACTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGCATGGTAAGGAATAAATAATTCAATACATAGGAAGCACTCAAA  449

seq1  GTAGTACAAAGTATTTAGTAACAGTTTTTTATTATTATAATTTTAAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTACAAAGTATTTAGTAACAGTTTTTTATTATTATAATTTTAAAACA  499

seq1  TTTTTGTGAGTCAGGACCTCAATATATAACCTAAGCTAGCCTTAACCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGAGTCAGGACCTCAATATATAACCTAAGCTAGCCTTAACCCTT  549

seq1  CTGCCTTAGCTTTTCATATGCTCTGATTTCAATGTAATGCTCCTGACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTAGCTTTTCATATGCTCTGATTTCAATGTAATGCTCCTGACTTC  599

seq1  AAGCATACAAGTCAGACTTTGGTTTTGTGCTAAGTATAAAACCCAGGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATACAAGTCAGACTTTGGTTTTGTGCTAAGTATAAAACCCAGGCCC  649

seq1  TTATGTGTTTGGTAACTGCTCTCCCACTGAGTTGTATCTCCAAACGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTTTGGTAACTGCTCTCCCACTGAGTTGTATCTCCAAACGTTTT  699

seq1  TATGACATTTAGGTCAAATGTCTGTAGAACCTTAAAAGCCCTTCATCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACATTTAGGTCAAATGTCTGTAGAACCTTAAAAGCCCTTCATCAAA  749

seq1  ATTAAATTACTCCCTTTGTTTTGTTTTGAGGCAAAATCTCATTATGTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATTACTCCCTTTGTTTTGTTTTGAGGCAAAATCTCATTATGTAGG  799

seq1  CCACCCTCAAACTCAGTATCCTCCCATCTCAGCCTCCCTCTCAAATACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTCAAACTCAGTATCCTCCCATCTCAGCCTCCCTCTCAAATACAG  849

seq1  GCTCTTGTTAATACACTAAGATCCTTAAAATCCTTAAGGTCAGTAAGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTTAATACACTAAGATCCTTAAAATCCTTAAGGTCAGTAAGAAA  899

seq1  TAACAAATGAAAACCAGTAACTCCAAACTTCCTATTTAATAGGTAATGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAATGAAAACCAGTAACTCCAAACTTCCTATTTAATAGGTAATGAA  949

seq1  ACTAAGAATTC  961
      |||||||||||
seq2  ACTAAGAATTC  960