BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015M24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 160,108,428 - 160,243,351
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6430517E21Rik
Upstream geneRasal2, Gabarapl2-ps1_1522.1, 2810025M15Rik, BC026585, Lztr2, LOC664935, LOC100039217
Downstream geneAstn1, Pappa2, 4930562F17Rik, EG240853, LOC664972, Rfwd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015M24.bB6Ng01-015M24.g
ACCDH849971DH849972
length823986
definitionDH849971|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015M24, 5' end.DH849972|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015M24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(160,242,503 - 160,243,351)(160,108,428 - 160,109,406)
sequence
gaattcaatccatatctaagagacatgtggagaaaagataaaagaggtag
gaacaaaagaaacaaagagcccaaagcaatagttaatacctgtgatgtta
gagagctagaggaagacaacaagggccacaggagaaagagaattcagtga
acaatcccacctgcagcaagctgctcttgtttatgggtaggaagctataa
agttccaacagttgcagcatcatgcatttcaaaggcttatttttagactg
ctcccgataatgccctaggagctgctagatctgaattaaaaactctatgt
ttcttcctccctaccccttttctaaataaagagttattgattgactaatg
gccttcatatcctgctgcaaatagcccctaaagaagaagagacatggtta
cccagagtccaagtggctaacgacttggaagaaaaaacaagattgtacac
agacagactgtgagaaaccttcgagcctaaggaagaaggtgattgtggag
ggcaaagacagaagcatttaaggagagagagttaagctgctggaaataag
gaaggctataaggcatccttacactgtaaggatgtaaggcacacgagcat
gggtgcataggaagttctatatgagtggtaactctctattggtatttcta
tgtggtgctgaatgcttttaatcacagcacccaggaggcagaggtaggtg
ggtgcctgagtttgaggccaaattagtctacagagtgagttccaggacag
ccaacagccaaacctagaaaacctgtttgaaccttacctcaagagagaga
gagagagagagagagagagagag
gaattcacacttaattttttaattatccaacttttctgtatttctattta
taaccccacgtcactttatccatagctcttagggcaattactgcactttg
cattgattccagagaggtttcttcataaatatctggtggatgaatgagca
cagcctttatagattttcttcctctaacaagtctgcttccatatctcaaa
gtcaattgaaagaatattatacatggggtgaatttatgtttgcttgcaat
aagttattttaaaagataatttgaaagggtgcttatttttagtgtagaat
tgcaattcattatataactataaaaagataaattaagctgaaggattgga
ataattttatgatatcttcttagagagtatttgaatcaaaattttgtgtc
ttcaagcaaaggataaaccatattcaactcacagttaaaacaacaatatt
aatctaataattgtctatggaggaccaaatatgttccagacactgttcca
tataatatatacagtcattctaccctcatattttacagttgcaaattgaa
gttcagagagattaacttcaattatctaagcactcaagcttaatatttga
aattcatgcttcaattttatttctgtagctcagaatatacttgccaaagt
atttccagttactcacacttagtgtgattccaggagcctctcttctccct
ccttaacctcttccactattggactgcccacagtgtgagctgtttatcca
gttcccatggagccccaatgctccccttcctagactttgtgatggaagtc
cccagagacctgatatgatgacgttactaacatacaaccaaccatttccc
tcatgatgggctccacacaggatattgctcagcattggcagggtactgtg
tctgagctcagtacactggacattgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgcgtgt
gcatgtgcctgtgtgtgtttgagtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_160242503_160243351
seq2: B6Ng01-015M24.b_50_872 (reverse)

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  50
                              ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ------------------------CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  26

seq1  CTCTCTTTGAGGTAAGGTTCAAACAGGTTTTTCTAGGTTTGGCTGTTGGC  100
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTC-TTGAGGTAAGGTTCAAACAGG-TTTTCTAGGTTTGGCTGTTGGC  74

seq1  TGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACTAATTTGGCCTCAAACTCAGGCACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACTAATTTGGCCTCAAACTCAGGCACCC  124

seq1  ACCTACCTCTGCCTCCTGGGTGCTGTGATTAAAAGCATTCAGCACCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCTCTGCCTCCTGGGTGCTGTGATTAAAAGCATTCAGCACCACAT  174

seq1  AGAAATACCAATAGAGAGTTACCACTCATATAGAACTTCCTATGCACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACCAATAGAGAGTTACCACTCATATAGAACTTCCTATGCACCCA  224

seq1  TGCTCGTGTGCCTTACATCCTTACAGTGTAAGGATGCCTTATAGCCTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGTGTGCCTTACATCCTTACAGTGTAAGGATGCCTTATAGCCTTCC  274

seq1  TTATTTCCAGCAGCTTAACTCTCTCTCCTTAAATGCTTCTGTCTTTGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCCAGCAGCTTAACTCTCTCTCCTTAAATGCTTCTGTCTTTGCCC  324

seq1  TCCACAATCACCTTCTTCCTTAGGCTCGAAGGTTTCTCACAGTCTGTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAATCACCTTCTTCCTTAGGCTCGAAGGTTTCTCACAGTCTGTCTG  374

seq1  TGTACAATCTTGTTTTTTCTTCCAAGTCGTTAGCCACTTGGACTCTGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAATCTTGTTTTTTCTTCCAAGTCGTTAGCCACTTGGACTCTGGGT  424

seq1  AACCATGTCTCTTCTTCTTTAGGGGCTATTTGCAGCAGGATATGAAGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGTCTCTTCTTCTTTAGGGGCTATTTGCAGCAGGATATGAAGGCC  474

seq1  ATTAGTCAATCAATAACTCTTTATTTAGAAAAGGGGTAGGGAGGAAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCAATCAATAACTCTTTATTTAGAAAAGGGGTAGGGAGGAAGAAA  524

seq1  CATAGAGTTTTTAATTCAGATCTAGCAGCTCCTAGGGCATTATCGGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAGTTTTTAATTCAGATCTAGCAGCTCCTAGGGCATTATCGGGAGC  574

seq1  AGTCTAAAAATAAGCCTTTGAAATGCATGATGCTGCAACTGTTGGAACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAAAATAAGCCTTTGAAATGCATGATGCTGCAACTGTTGGAACTT  624

seq1  TATAGCTTCCTACCCATAAACAAGAGCAGCTTGCTGCAGGTGGGATTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTTCCTACCCATAAACAAGAGCAGCTTGCTGCAGGTGGGATTGTT  674

seq1  CACTGAATTCTCTTTCTCCTGTGGCCCTTGTTGTCTTCCTCTAGCTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAATTCTCTTTCTCCTGTGGCCCTTGTTGTCTTCCTCTAGCTCTCT  724

seq1  AACATCACAGGTATTAACTATTGCTTTGGGCTCTTTGTTTCTTTTGTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCACAGGTATTAACTATTGCTTTGGGCTCTTTGTTTCTTTTGTTCC  774

seq1  TACCTCTTTTATCTTTTCTCCACATGTCTCTTAGATATGGATTGAATTC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTTTTATCTTTTCTCCACATGTCTCTTAGATATGGATTGAATTC  823

seq1: chr1_160108428_160109406
seq2: B6Ng01-015M24.g_66_1051

seq1  GAATTCACACTTAATTTTTTAATTATCCAACTTTTCTGTATTTCTATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTTAATTTTTTAATTATCCAACTTTTCTGTATTTCTATTTA  50

seq1  TAACCCCACGTCACTTTATCCATAGCTCTTAGGGCAATTACTGCACTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCACGTCACTTTATCCATAGCTCTTAGGGCAATTACTGCACTTTG  100

seq1  CATTGATTCCAGAGAGGTTTCTTCATAAATATCTGGTGGATGAATGAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGATTCCAGAGAGGTTTCTTCATAAATATCTGGTGGATGAATGAGCA  150

seq1  CAGCCTTTATAGATTTTCTTCCTCTAACAAGTCTGCTTCCATATCTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTTATAGATTTTCTTCCTCTAACAAGTCTGCTTCCATATCTCAAA  200

seq1  GTCAATTGAAAGAATATTATACATGGGGTGAATTTATGTTTGCTTGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTGAAAGAATATTATACATGGGGTGAATTTATGTTTGCTTGCAAT  250

seq1  AAGTTATTTTAAAAGATAATTTGAAAGGGTGCTTATTTTTAGTGTAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTTTAAAAGATAATTTGAAAGGGTGCTTATTTTTAGTGTAGAAT  300

seq1  TGCAATTCATTATATAACTATAAAAAGATAAATTAAGCTGAAGGATTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTCATTATATAACTATAAAAAGATAAATTAAGCTGAAGGATTGGA  350

seq1  ATAATTTTATGATATCTTCTTAGAGAGTATTTGAATCAAAATTTTGTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTTATGATATCTTCTTAGAGAGTATTTGAATCAAAATTTTGTGTC  400

seq1  TTCAAGCAAAGGATAAACCATATTCAACTCACAGTTAAAACAACAATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCAAAGGATAAACCATATTCAACTCACAGTTAAAACAACAATATT  450

seq1  AATCTAATAATTGTCTATGGAGGACCAAATATGTTCCAGACACTGTTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAATAATTGTCTATGGAGGACCAAATATGTTCCAGACACTGTTCCA  500

seq1  TATAATATATACAGTCATTCTACCCTCATATTTTACAGTTGCAAATTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATATACAGTCATTCTACCCTCATATTTTACAGTTGCAAATTGAA  550

seq1  GTTCAGAGAGATTAACTTCAATTATCTAAGCACTCAAGCTTAATATTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAGAGATTAACTTCAATTATCTAAGCACTCAAGCTTAATATTTGA  600

seq1  AATTCATGCTTCAATTTTATTTCTGTAGCTCAGAATATACTTGCCAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGCTTCAATTTTATTTCTGTAGCTCAGAATATACTTGCCAAAGT  650

seq1  ATTTCCAGTTACTCACACTTAGTGTGATTCCAGGAGCCTCTCTTCTCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGTTACTCACACTTAGTGTGATTCCAGGAGCCTCTCTTCTCCCT  700

seq1  CCTTAACCTCTTCCACTATTGGACTGCCCACAGTGTGAGCTGTTTATCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAACCTCTTCCACTATTGGACTGCCCACAGTGTGAGCTGTTTATCCA  750

seq1  GTTCCCATGGAGCCCCAATGCTCCCCTTCCTAGACTTTGTGATGGAAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCATGGAGCCCCAATGCTCCCCTTCCTAGACTTTGTGATGGAAGTC  800

seq1  CCCAGAGACCTGATATGATGACGTTACTAACATACAACCAACCATTT-CC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCCAGAGACCTGATATGATGACGTTACTAACATACAACCAACCATTTCCC  850

seq1  TCATGAT-GGCTCCACACAGGATATTGCTCAGCATTGGCA-GGTACTGTG  897
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCATGATGGGCTCCACACAGGATATTGCTCAGCATTGGCAGGGTACTGTG  900

seq1  TCTGAGCTCAGTACACTGGACATTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTCAGTACACTGGACATTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGT  950

seq1  GCGTGTGCGTGTGTGTGT----GTGTGTGTGTGTGT  979
      || ||||| |||||||||    ||||||||||||||
seq2  GCATGTGCCTGTGTGTGTTTGAGTGTGTGTGTGTGT  986