BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017I02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 151,854,580 - 152,003,719
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtgs2, LOC676712
Upstream geneLOC100042813, Pla2g4a
Downstream geneLOC100043257, LOC100043261, Pdc, BC003331, Tpr, EG625534, EG545370, LOC668040
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017I02.bB6Ng01-017I02.g
ACCDH851170DH851171
length1,108857
definitionDH851170|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017I02, 5' end.DH851171|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017I02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,854,580 - 151,855,761)(152,002,860 - 152,003,719)
sequence
gaattctttccaaaaagatatcctctgaagataaactaggaatgttttcc
ctctgaccaccctaaaggagaaagggcaccagtcactgcatggtccttat
atgtaactccccttagacttacacccaaggacagccacttgacatgagta
cctttataatatttagctgattgttgattcattttgtttcaagatgctga
aacaaaacaaaaaacaaaacatggaagcttacagtggcaggcaacaggaa
aggaagaaagcacatcaaaacacatcaagtatttggtactgggtgtaata
tagtgactctctacagttgatatatttattattaaaatgatcctaacagg
ttaaggttatttagaccaaccacaaactctcagtagccaagtatgatctg
tccccacctcctgagtgctggggtgacatgcatgtgccaccgtgcctatc
ttatacagggctgaggatctaacccagggctttctgcatgctaggcaagc
actctaccatctgaacagcatcccccattatcatggaaacactaatcaca
agcccgagatatctccctaagatccacaggaccaatctaatggcaactct
tactttctgatgaatgaaaataaatatggctgctagagtttagggtcccg
gaaccatgaagccagtagcagagctcctcacaaaaggtgaggtaagggaa
atggtgaatacaagaaataatgtctctcaggactggagagatgactcagt
ggttaagagcattgactgctcttccagaggtcttgagttcaattcccagc
aaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgggatccgaagccctcttc
tggtgtgtctgaagacagcaacaatgtactcatataaataaaaatataca
tcttagaagaagaagaagaagaaagaaagaatgaaggagaagaaagaatg
gagaagagaagaatagatagaagaaagagatgagagagagatgaagaaga
agaagagaagagagaagagagataggtctccgaagacacacaacaagaat
gggcctatctaagtgccaggcttctatgtgaccgaactctcgcaaccctc
ctcctgga
gaattcatgtgtggactttagatgtagtggggatgaagatgtttgtgtag
aagctacagcatgatttttaaagttgttctatcttcctttaaggtatcat
tgtaatctaaaattattttaagtttattaaagttactacatcaaaatatt
tacttgttcctatttccttctgattttctcactcattatcaccaacattc
tttgtcacttggaattattggctgtaataaaatagttgaattatgaattt
tgttcttgcttcctttgatactactggcagagagttagcatgggatttaa
agattagtagaatgtcaggtcatcaagattaaatgtcaggactggtaaat
cctatttaacagtatagaaatgcttaaaatgacccaacactcttctcaag
tatatttgctaagtattaaatattcttaaagcactactagtattaatggt
cataagatgaacacaagaactacatcactagcagggacaccttctgtttc
ttcctgctactggctgctgctttgttgctggaagccaagaatttcaattc
atgctaaatgcttaggtcatttattgttaatgtctagagcaaaaagcctc
atgttaagtgtcaacagccatcaactggcttctacaactctaaggcataa
taagccctgtcctagcaaggcttggagatattaagactttggctagttca
actcaaggccttggacattcaagggccaaggttgctgtgttagatttatg
taaatttcacataagctagagacatctgaattaccaaagggacctcaatt
tagaaaatgtccccatagtcttccttctgcctcttccttccttcttcctt
cctcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_151854580_151855761
seq2: B6Ng01-017I02.b_46_1153

seq1  GAATTCTTTCCAAAAAGATATCCTCTGAAGATAAACTAGGAATGTTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCAAAAAGATATCCTCTGAAGATAAACTAGGAATGTTTTCC  50

seq1  CTCTGACCACCCTAAAGGAGAAAGGGCACCAGTCACTGCATGGTCCTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCACCCTAAAGGAGAAAGGGCACCAGTCACTGCATGGTCCTTAT  100

seq1  ATGTAACTCCCCTTAGACTTACACCCAAGGACAGCCACTTGACATGAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTCCCCTTAGACTTACACCCAAGGACAGCCACTTGACATGAGTA  150

seq1  CCTTTATAATATTTAGCTGATTGTTGATTCATTTTGTTTCAAGATGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATAATATTTAGCTGATTGTTGATTCATTTTGTTTCAAGATGCTGA  200

seq1  AACAAAACAAAAAACAAAACATGGAAGCTTACAGTGGCAGGCAACAGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAAAAAACAAAACATGGAAGCTTACAGTGGCAGGCAACAGGAA  250

seq1  AGGAAGAAAGCACATCAAAACACATCAAGTATTTGGTACTGGGTGTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAAGCACATCAAAACACATCAAGTATTTGGTACTGGGTGTAATA  300

seq1  TAGTGACTCTCTACAGTTGATATATTTATTATTAAAATGATCCTAACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGACTCTCTACAGTTGATATATTTATTATTAAAATGATCCTAACAGG  350

seq1  TTAAGGTTATTTAGACCAACCACAAACTCTCAGTAGCCAAGTATGATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTTATTTAGACCAACCACAAACTCTCAGTAGCCAAGTATGATCTG  400

seq1  TCCCCACCTCCTGAGTGCTGGGGTGACATGCATGTGCCACCGTGCCTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCTCCTGAGTGCTGGGGTGACATGCATGTGCCACCGTGCCTATC  450

seq1  TTATACAGGGCTGAGGATCTAACCCAGGGCTTTCTGCATGCTAGGCAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAGGGCTGAGGATCTAACCCAGGGCTTTCTGCATGCTAGGCAAGC  500

seq1  ACTCTACCATCTGAACAGCATCCCCCATTATCATGGAAACACTAATCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTACCATCTGAACAGCATCCCCCATTATCATGGAAACACTAATCACA  550

seq1  AGCCCGAGATATCTCCCTAAGATCCACAGGACCAATCTAATGGCAACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGAGATATCTCCCTAAGATCCACAGGACCAATCTAATGGCAACTCT  600

seq1  TACTTTCTGATGAATGAAAATAAATATGGCTGCTAGAGTTTAGGGTCCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCTGATGAATGAAAATAAATATGGCTGCTAGAGTTTAGGGTCCCG  650

seq1  GAACCATGAAGCCAGTAGCAGAGCTCCTCACAAAAGGTGAGGTAAGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATGAAGCCAGTAGCAGAGCTCCTCACAAAAGGTGAGGTAAGGGAA  700

seq1  ATGGTGAATACAAGAAATAATGTCTCTCAGGACTGGAGAGATGACTCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGAATACAAGAAATAATGTCTCTCAGGACTGGAGAGATGACTCAGT  750

seq1  GGTTAAGAGCATTGACTGCTCTTCCAGAGGTCTTGAGTTCAATTCCCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAGAGCATTGACTGCTCTTCCAGAGGTCTTGAGTTCAATTCCCAGC  800

seq1  AACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCCGAAGCCCTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCCGAAGCCCTCTTC  850

seq1  TGGTGTGTCTGAAGACAGCAACAATGTACTCATATAAATAAAAAATATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGTGTGTCTGAAGACAGCAACAATGTACTCATATAAAT-AAAAATATAC  899

seq1  ATCTTAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAGGAAGAA  950
      ||||||   |||||   |||||   ||||||||||| || ||||||   |
seq2  ATCTTA--GAAGAA--GAAGAA--GAAGAAAGAAAG-AATGAAGGA--GA  940

seq1  AGAAAGAAAGGAAGAAAGAGAGAGAAATAGAAAAGAAAGAAAGGAAGGAA  1000
      |||||||| |||   ||||||       |||| ||| |            
seq2  AGAAAGAATGGA--GAAGAGA-------AGAATAGATA------------  969

seq1  GGAAGGAAGGAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA  1050
               ||||||||| |   ||| ||| |  |||||   |||||   
seq2  ---------GAAGAAAGAGA-TGAGAGAGAGATGAAGAA--GAAGAAGAG  1007

seq1  AAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAGGAATAGTGTCTCACAGAAGAAACAACAA  1100
      |||| || |||| ||| ||          ||||  | ||||| || ||||
seq2  AAGAGAG-AAGAGAGATAG----------GTCT--CCGAAGACAC-ACAA  1043

seq1  CAAAACAAAAGAATGGGCCTTAATTCTTAAGGTTGGCACAAGCTTTCTAT  1150
      |       ||||||||||||  ||   ||||  ||   | ||  ||||||
seq2  C-------AAGAATGGGCCT--AT--CTAAG--TG---CCAGGCTTCTAT  1077

seq1  GTGACCCGGAGCTACTCGCAA-CCTCCT-CTGGA  1182
      ||||||  || || ||||||| |||||| |||||
seq2  GTGACC--GAACT-CTCGCAACCCTCCTCCTGGA  1108

seq1: chr1_152002860_152003719
seq2: B6Ng01-017I02.g_66_922 (reverse)

seq1  AAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAGGCAGGAAGGAAGACTATGGGG  50
      |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGG-AGGAAGGAA-GAAGGAAGGAAGAGGCA-GAAGGAAGACTATGGGG  47

seq1  ACATTTTCTAAATTGAGGTCCCTTTGGTAATTCAGATGTCTCTAGCTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCTAAATTGAGGTCCCTTTGGTAATTCAGATGTCTCTAGCTTAT  97

seq1  GTGAAATTTACATAAATCTAACACAGCAACCTTGGCCCTTGAATGTCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATTTACATAAATCTAACACAGCAACCTTGGCCCTTGAATGTCCAA  147

seq1  GGCCTTGAGTTGAACTAGCCAAAGTCTTAATATCTCCAAGCCTTGCTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGAGTTGAACTAGCCAAAGTCTTAATATCTCCAAGCCTTGCTAGG  197

seq1  ACAGGGCTTATTATGCCTTAGAGTTGTAGAAGCCAGTTGATGGCTGTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCTTATTATGCCTTAGAGTTGTAGAAGCCAGTTGATGGCTGTTGA  247

seq1  CACTTAACATGAGGCTTTTTGCTCTAGACATTAACAATAAATGACCTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAACATGAGGCTTTTTGCTCTAGACATTAACAATAAATGACCTAAG  297

seq1  CATTTAGCATGAATTGAAATTCTTGGCTTCCAGCAACAAAGCAGCAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGCATGAATTGAAATTCTTGGCTTCCAGCAACAAAGCAGCAGCCA  347

seq1  GTAGCAGGAAGAAACAGAAGGTGTCCCTGCTAGTGATGTAGTTCTTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGGAAGAAACAGAAGGTGTCCCTGCTAGTGATGTAGTTCTTGTGT  397

seq1  TCATCTTATGACCATTAATACTAGTAGTGCTTTAAGAATATTTAATACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTATGACCATTAATACTAGTAGTGCTTTAAGAATATTTAATACTT  447

seq1  AGCAAATATACTTGAGAAGAGTGTTGGGTCATTTTAAGCATTTCTATACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATATACTTGAGAAGAGTGTTGGGTCATTTTAAGCATTTCTATACT  497

seq1  GTTAAATAGGATTTACCAGTCCTGACATTTAATCTTGATGACCTGACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATAGGATTTACCAGTCCTGACATTTAATCTTGATGACCTGACATT  547

seq1  CTACTAATCTTTAAATCCCATGCTAACTCTCTGCCAGTAGTATCAAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAATCTTTAAATCCCATGCTAACTCTCTGCCAGTAGTATCAAAGGA  597

seq1  AGCAAGAACAAAATTCATAATTCAACTATTTTATTACAGCCAATAATTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAACAAAATTCATAATTCAACTATTTTATTACAGCCAATAATTCC  647

seq1  AAGTGACAAAGAATGTTGGTGATAATGAGTGAGAAAATCAGAAGGAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACAAAGAATGTTGGTGATAATGAGTGAGAAAATCAGAAGGAAATA  697

seq1  GGAACAAGTAAATATTTTGATGTAGTAACTTTAATAAACTTAAAATAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAGTAAATATTTTGATGTAGTAACTTTAATAAACTTAAAATAATT  747

seq1  TTAGATTACAATGATACCTTAAAGGAAGATAGAACAACTTTAAAAATCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTACAATGATACCTTAAAGGAAGATAGAACAACTTTAAAAATCAT  797

seq1  GCTGTAGCTTCTACACAAACATCTTCATCCCCACTACATCTAAAGTCCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAGCTTCTACACAAACATCTTCATCCCCACTACATCTAAAGTCCAC  847

seq1  ACATGAATTC  860
      ||||||||||
seq2  ACATGAATTC  857