BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017L08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 106,651,807 - 106,696,999
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh20
Upstream geneLOC383546, LOC100041134
Downstream geneRnf152, LOC100041985, Pign, LOC666249, 2310035C23Rik, LOC100042023
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017L08.bB6Ng01-017L08.g
ACCDH851312DH851313
length1,103400
definitionDH851312|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017L08, 5' end.DH851313|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017L08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,695,899 - 106,696,999)(106,651,807 - 106,652,212)
sequence
gaattcaaatcatcctactcagccgttgtgactctctctttctttctttc
tctctctctctctctccacatacaattccagatgttgtttgatttagatg
atcattcataaataaaaatcaagtcaattgaacaaccaatgataggaaaa
caaattactatcaattttctagaaagacaacccattcccttgtttaatgt
gcttctccatgatgctctgttaggtgtgagtgtggggcatgtcctagagt
gatcaccatttttcctttgctctgttaccaccataccacatggcacaaca
cagccagggcaagccaaggagaagagcctgtgggacttgctgttcacatg
gactcattctcattccgttgctctctgtgaagggatgtctcgatgcttgc
agagaagctcaatgacagtcgtatccttagggaaggagatcacgtgagcc
tgtacatcaactactgaggcaaaatcatgctggtttctgcactgctaatt
accagagttcaagcagcatatgatttctatgtatcatatctaaaacagca
agaggaagtggtaagtctgcaacttgcatggtctgggatgcaacttccag
aaatttctgtcttccatcctggtttacttactcattctttggaaggaagc
caaggggagtgggacttgccctgtttggggtcttttccctgactgagcct
ggaggcagggctctgtttccctgaattgtaattatggggtaatttctttt
tccttgtttatattttcttattttcattagcatataaagtcaagggtttg
atttgtggacttttcacctgtccattgttaaagctcctcccctatgtttg
tggtgcacacatcccttggttacaccttttcccccttgttagtgttcttt
cctcctccacgatacatgtgtttgtttcccttcttcccccacccactttt
ataacccttttcttcttctcaccatccccttttctagtttcatgtctcat
accctcactcacatgtaccacctcacattctaggatccacacatgacaga
caacagtctttgtttgtcctcttcggctgaggtatctcactaatgtaaca
atg
ttgtttgtttaagagaaaataatagaatcatctctatggctgtttggaag
attgcatgatatccttttaattggatcctagagtactgtgaggccctcac
aagcactgactactaccattatgattgtgaagtagatctattaagagagg
aagaaagatgcacagcatcctagattttcacagcagctgataaatccctg
ccctcatcaattaccatcattattttcaattctatctcttgtcccttgat
gagagagacagagagagacagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagggagagagagagagattctagttggcattatccttgttt
aggatgacaaaaactcatgaacctatccctaatgatatccaattcctact

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_106695899_106696999
seq2: B6Ng01-017L08.b_48_1150 (reverse)

seq1  CATTGTTACATTAAGTGAGATACCTCAGACCGAAGAGGACAAACAAAGAC  50
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTACATT-AGTGAGATACCTCAG-CCGAAGAGGACAAACAAAGAC  48

seq1  TGTTGTCTGTCATGTGTGGATCCTAGATTGTGAGGTTGGTACATGTGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTTGTCTGTCATGTGTGGATCCTAGAATGTGAGG-TGGTACATGTGAGT  97

seq1  GAGGGTATGAGACATGAAACTAG-AAAGGGGATGGTGAGAAGAAGAAAA-  148
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGGGTATGAGACATGAAACTAGAAAAGGGGATGGTGAGAAGAAGAAAAG  147

seq1  GGTTATAAAAGTGGGTGGGGGAAGAAGGGAAACAAACACATGTATCGTGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATAAAAGTGGGTGGGGGAAGAAGGGAAACAAACACATGTATCGTGG  197

seq1  AGGAGGAAAGAACACTAACAAGGGGG-AAAGGTGTAACC-AGGGATGTGT  246
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  AGGAGGAAAGAACACTAACAAGGGGGAAAAGGTGTAACCAAGGGATGTGT  247

seq1  GCACCAC-AACATAGGGGAGGAGCTTTAACAATGGACAGGTGAAAAGTCC  295
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACAAACATAGGGGAGGAGCTTTAACAATGGACAGGTGAAAAGTCC  297

seq1  ACAAATCAAACCCTTGACTTTATATGCTAATGAAAATAAGAAAATATAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCAAACCCTTGACTTTATATGCTAATGAAAATAAGAAAATATAAA  347

seq1  CAAGGAAAAAGAAATTACCCCATAATTACAATTCAGGGAAACAGAGCCCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAAAAGAAATTACCCCATAATTACAATTCAGGGAAACAGAGCCCT  397

seq1  GCCTCCAGGCTCAGTCAGGGAAAAGACCCCAAACAGGGCAAGTCCCACTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCAGGCTCAGTCAGGGAAAAGACCCCAAACAGGGCAAGTCCCACTC  447

seq1  CCCTTGGCTTCCTTCCAAAGAATGAGTAAGTAAACCAGGATGGAAGACAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGCTTCCTTCCAAAGAATGAGTAAGTAAACCAGGATGGAAGACAG  497

seq1  AAATTTCTGGAAGTTGCATCCCAGACCATGCAAGTTGCAGACTTACCACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCTGGAAGTTGCATCCCAGACCATGCAAGTTGCAGACTTACCACT  547

seq1  TCCTCTTGCTGTTTTAGATATGATACATAGAAATCATATGCTGCTTGAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTGCTGTTTTAGATATGATACATAGAAATCATATGCTGCTTGAAC  597

seq1  TCTGGTAATTAGCAGTGCAGAAACCAGCATGATTTTGCCTCAGTAGTTGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAATTAGCAGTGCAGAAACCAGCATGATTTTGCCTCAGTAGTTGA  647

seq1  TGTACAGGCTCACGTGATCTCCTTCCCTAAGGATACGACTGTCATTGAGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGGCTCACGTGATCTCCTTCCCTAAGGATACGACTGTCATTGAGC  697

seq1  TTCTCTGCAAGCATCGAGACATCCCTTCACAGAGAGCAACGGAATGAGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGCAAGCATCGAGACATCCCTTCACAGAGAGCAACGGAATGAGAA  747

seq1  TGAGTCCATGTGAACAGCAAGTCCCACAGGCTCTTCTCCTTGGCTTGCCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCATGTGAACAGCAAGTCCCACAGGCTCTTCTCCTTGGCTTGCCC  797

seq1  TGGCTGTGTTGTGCCATGTGGTATGGTGGTAACAGAGCAAAGGAAAAATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTGTTGTGCCATGTGGTATGGTGGTAACAGAGCAAAGGAAAAATG  847

seq1  GTGATCACTCTAGGACATGCCCCACACTCACACCTAACAGAGCATCATGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCACTCTAGGACATGCCCCACACTCACACCTAACAGAGCATCATGG  897

seq1  AGAAGCACATTAAACAAGGGAATGGGTTGTCTTTCTAGAAAATTGATAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCACATTAAACAAGGGAATGGGTTGTCTTTCTAGAAAATTGATAGT  947

seq1  AATTTGTTTTCCTATCATTGGTTGTTCAATTGACTTGATTTTTATTTATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTTTTCCTATCATTGGTTGTTCAATTGACTTGATTTTTATTTATG  997

seq1  AATGATCATCTAAATCAAACAACATCTGGAATTGTATGTGGAGAGAGAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCATCTAAATCAAACAACATCTGGAATTGTATGTGGAGAGAGAGA  1047

seq1  GAGAGAGAAAGAAAGAAAGAGAGAGTCACAACGGCTGAGTAGGATGATTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAAAGAAAGAAAGAGAGAGTCACAACGGCTGAGTAGGATGATTT  1097

seq1  GAATTC  1101
      ||||||
seq2  GAATTC  1103

seq1: chr1_106651807_106652212
seq2: B6Ng01-017L08.g_66_471

seq1  GAATTCTTGTTTGTTTAAGAGAAAATAATAGAATCATCTCTATGGCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTTGTTTAAGAGAAAATAATAGAATCATCTCTATGGCTGTT  50

seq1  TGGAAGATTGCATGATATCCTTTTAATTGGATCCTAGAGTACTGTGAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGATTGCATGATATCCTTTTAATTGGATCCTAGAGTACTGTGAGGC  100

seq1  CCTCACAAGCACTGACTACTACCATTATGATTGTGAAGTAGATCTATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAAGCACTGACTACTACCATTATGATTGTGAAGTAGATCTATTAA  150

seq1  GAGAGGAAGAAAGATGCACAGCATCCTAGATTTTCACAGCAGCTGATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAAGAAAGATGCACAGCATCCTAGATTTTCACAGCAGCTGATAAA  200

seq1  TCCCTGCCCTCATCAATTACCATCATTATTTTCAATTCTATCTCTTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCCCTCATCAATTACCATCATTATTTTCAATTCTATCTCTTGTCC  250

seq1  CTTGATGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  300

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGATTCTAGTTGGCATTATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGATTCTAGTTGGCATTATCC  350

seq1  TTGTTTAGGATGACAAAAACTCATGAACCTATCCCTAATGATATCCAAAT  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGTTTAGGATGACAAAAACTCATGAACCTATCCCTAATGATATCCAATT  400

seq1  CCTACT  406
      ||||||
seq2  CCTACT  406