BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019G01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 73,876,461 - 74,007,096
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTns1
Upstream geneIgfbp2, Igfbp5, LOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik, Pinc, LOC672208, LOC100043291
Downstream geneRufy4, Il8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1, Usp37, Rqcd1, Plcd4, Zfp142, Bcs1l, Rnf25, Stk36, Ttll4, Cyp27a1, Prkag3, Wnt6, Wnt10a, LOC100042901, Cdk5r2, Fev, Cryba2, Ccdc108, Ihh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019G01.bB6Ng01-019G01.g
ACCDH852483DH852484
length765694
definitionDH852483|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019G01, 5' end.DH852484|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,876,461 - 73,877,224)(74,006,403 - 74,007,096)
sequence
gaattcatccagagatgaatgcgttctaggtctctactgtgtctggatat
tagattgggcgttgattagttaagatgcacctgtgggtaggaacacaggg
gcagaaggataacccagtcaataaaggacttgccttgcagacaccaggat
ctatgtttgatccccagaacctccctatactacaaagccaggtgtggtag
cagctcatatttgcaatcccagagaggagaggtggaggcaggaggattcc
tggggctcactggctgcctagccttcctaagctcctatgtgagttctggg
ccagtaagagacccagtctcaggaaaaagtggctaactgagaaaacactg
aggttgccctcgggtccccacactcatgcatactcacgtacacatgcacc
tgcgcacacaagaccgcaaacacacacactcacacgtgtctttatgtgag
tagcctgaagttgtctgggcttcttctttgagtgtgtatacatactaacc
ttggtacttgtgagtgtccaccacgggcgagcatgggttaacataaacaa
atatctattgcctgtaaattcagtacaagtgtgtctaagagcccgtgaaa
tagacgcacttgttgggtgaactgggcatgaagcaggagcttctatgtat
gtgtacatacaagcacaaacatgccccatacacgctttgtcacaaggtgg
atgcagtctgagctcagcctgggcaacaaggttataggcatcaggtatag
gcatgcatgctgcct
gaattcctgctttatgaatatgttcactgtggtgctcttagggaggaccc
tttgggaatggctcgaggcccacctagaacccctgattgtttactgggtt
ttatgacaaagacacctggcgattggcagaattatccaagttttggtggc
tacttagatgtaaggcaagtaggataatgggagtgcctgatatgtacagg
atgattctccacagagatattctatagggtcacattgaacttcaggatat
agagattccattcatatagatcacatggtgtctggcaccatgtgggtacc
agcgctagacagagaaaagctagaggcctctctttgggggaaatactccg
attcttggagaagacaggcacagttgttggtagtggctgtgcagtgtgtg
gtggcgtcttcacagggcagggcagtggaaatgggctaacccatgggagg
ttccaaagaggctgctactgggtctgaaggaggagaccgaaggggcagga
gcctcaggaacagggcgaggaagggcctttgaggatgaggaacagcatgt
gcctcgcgccagagaagagcacagaaatagcccagcaagaatagagtgga
ggccgtgccgggtgttgagggcggcaaagaggaggattcaaaaggcaggc
agggccagatgataaagggtctggtgtgcccatcgggagggctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_73876461_73877224
seq2: B6Ng01-019G01.b_34_798

seq1  GAATTCATCCAGAGATGAATGCGTTCTAGGTCTCTACTGTGTCTGGATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCAGAGATGAATGCGTTCTAGGTCTCTACTGTGTCTGGATAT  50

seq1  TAGATTGGGCGTTGATTAGTTAAGATGCACCTGTGGGTAGGAACACAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGGGCGTTGATTAGTTAAGATGCACCTGTGGGTAGGAACACAGGG  100

seq1  GCAGAAGGATAACCCAGTCAATAAAGGACTTGCCTTGCAGACACCAGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGGATAACCCAGTCAATAAAGGACTTGCCTTGCAGACACCAGGAT  150

seq1  CTATGTTTGATCCCCAGAACCTCCCTATACTACAAAGCCAGGTGTGGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTTGATCCCCAGAACCTCCCTATACTACAAAGCCAGGTGTGGTAG  200

seq1  CAGCTCATATTTGCAATCCCAGAGAGGAGAGGTGGAGGCAGGAGGATTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCATATTTGCAATCCCAGAGAGGAGAGGTGGAGGCAGGAGGATTCC  250

seq1  TGGGGCTCACTGGCTGCCTAGCCTTCCTAAGCTCCTATGTGAGTTCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTCACTGGCTGCCTAGCCTTCCTAAGCTCCTATGTGAGTTCTGGG  300

seq1  CCAGTAAGAGACCCAGTCTCAGGAAAAAGTGGCTAACTGAGAAAACACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGAGACCCAGTCTCAGGAAAAAGTGGCTAACTGAGAAAACACTG  350

seq1  AGGTTGCCCTCGGGTCCCCACACTCATGCATACTCACGTACACATGCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGCCCTCGGGTCCCCACACTCATGCATACTCACGTACACATGCACC  400

seq1  TGCGCACACAAGACCGCAAACACACACACTCACACGTGTCTTTATGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCACACAAGACCGCAAACACACACACTCACACGTGTCTTTATGTGAG  450

seq1  TAGCCTGAAGTTGTCTGGGCTTCTTCTTTGAGTGTGTATACATACTAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTGAAGTTGTCTGGGCTTCTTCTTTGAGTGTGTATACATACTAACC  500

seq1  TTGGTACTTGTGAGTGTCCACCACGGGCGAGCATGGGTTAACATAAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTACTTGTGAGTGTCCACCACGGGCGAGCATGGGTTAACATAAACAA  550

seq1  ATATCTATTGCCTGTAAATTCAGTACAAGTGTGTCTAAGAGCCCGTG-AA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATATCTATTGCCTGTAAATTCAGTACAAGTGTGTCTAAGAGCCCGTGAAA  600

seq1  TAGACGCACTTGTTGGGTGAACTGGGCATGAAGCAGGAGCTTCTATGTAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACGCACTTGTTGGGTGAACTGGGCATGAAGCAGGAGCTTCTATGTAT  650

seq1  GTGTACATACAAGCACAAACATGCCCCATACACGCTTTGCCACAAGGTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGTACATACAAGCACAAACATGCCCCATACACGCTTTGTCACAAGGTGG  700

seq1  ATGCAGTCTGAGCTCAGCCTGGGCAACAAGGTTATAGGCATCAGGTATAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCTGAGCTCAGCCTGGGCAACAAGGTTATAGGCATCAGGTATAG  750

seq1  GCATGCATGCTGCCT  764
      |||||||||||||||
seq2  GCATGCATGCTGCCT  765

seq1: chr1_74006403_74007096
seq2: B6Ng01-019G01.g_70_763 (reverse)

seq1  CAGCCCTCCCGATGGGCACACCAGACCCTTTATCATCTGGCCCTGCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTCCCGATGGGCACACCAGACCCTTTATCATCTGGCCCTGCCTGC  50

seq1  CTTTTGAATCCTCCTCTTTGCCGCCCTCAACACCCGGCACGGCCTCCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAATCCTCCTCTTTGCCGCCCTCAACACCCGGCACGGCCTCCACT  100

seq1  CTATTCTTGCTGGGCTATTTCTGTGCTCTTCTCTGGCGCGAGGCACATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTTGCTGGGCTATTTCTGTGCTCTTCTCTGGCGCGAGGCACATGC  150

seq1  TGTTCCTCATCCTCAAAGGCCCTTCCTCGCCCTGTTCCTGAGGCTCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTCATCCTCAAAGGCCCTTCCTCGCCCTGTTCCTGAGGCTCCTGC  200

seq1  CCCTTCGGTCTCCTCCTTCAGACCCAGTAGCAGCCTCTTTGGAACCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCGGTCTCCTCCTTCAGACCCAGTAGCAGCCTCTTTGGAACCTCCC  250

seq1  ATGGGTTAGCCCATTTCCACTGCCCTGCCCTGTGAAGACGCCACCACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTAGCCCATTTCCACTGCCCTGCCCTGTGAAGACGCCACCACACA  300

seq1  CTGCACAGCCACTACCAACAACTGTGCCTGTCTTCTCCAAGAATCGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAGCCACTACCAACAACTGTGCCTGTCTTCTCCAAGAATCGGAGT  350

seq1  ATTTCCCCCAAAGAGAGGCCTCTAGCTTTTCTCTGTCTAGCGCTGGTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCCCAAAGAGAGGCCTCTAGCTTTTCTCTGTCTAGCGCTGGTACC  400

seq1  CACATGGTGCCAGACACCATGTGATCTATATGAATGGAATCTCTATATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTGCCAGACACCATGTGATCTATATGAATGGAATCTCTATATCC  450

seq1  TGAAGTTCAATGTGACCCTATAGAATATCTCTGTGGAGAATCATCCTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTCAATGTGACCCTATAGAATATCTCTGTGGAGAATCATCCTGTA  500

seq1  CATATCAGGCACTCCCATTATCCTACTTGCCTTACATCTAAGTAGCCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCAGGCACTCCCATTATCCTACTTGCCTTACATCTAAGTAGCCACC  550

seq1  AAAACTTGGATAATTCTGCCAATCGCCAGGTGTCTTTGTCATAAAACCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTGGATAATTCTGCCAATCGCCAGGTGTCTTTGTCATAAAACCCA  600

seq1  GTAAACAATCAGGGGTTCTAGGTGGGCCTCGAGCCATTCCCAAAGGGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAATCAGGGGTTCTAGGTGGGCCTCGAGCCATTCCCAAAGGGTCC  650

seq1  TCCCTAAGAGCACCACAGTGAACATATTCATAAAGCAGGAATTC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAGAGCACCACAGTGAACATATTCATAAAGCAGGAATTC  694