BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020D17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,947,167 - 170,079,245
singlet/doubletdoublet
Overlap genePbx1
Upstream geneC030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg, Lmx1a, LOC100039879
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020D17.bB6Ng01-020D17.g
ACCDH853089DH853090
length1,128993
definitionDH853089|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020D17, 5' end.DH853090|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020D17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,947,167 - 169,948,317)(170,078,246 - 170,079,245)
sequence
gaattctcatcatatccttgtcaaatattactttgcatcagctcatcttg
caaagtgagtctcagagatgacaagcccattcttagtaagtaactaactt
agagctaaggtgtgaatccaagtctttccatctcaaagcctatgtcttta
gacactgcatcctgagtctttgatacccatttgtaggtgcttgcatcttg
atgctttgatggtgtgctaggagaccacccaagcctcaggggaccctcct
gtgccactgcctggtagaaaagcaagggagctttgccagggttggtctcg
agggacccggaaaggggcttcttttgcttctcctaatcacacaccgtgta
gctaaacttgctgaggcgatgctatgtgaggtggttggttcatcaggcat
tgtttgcactctgtgcaagaaagacatttcagagaacacactaagctaag
gctgtttgttctattattaatggaaactgagaagcaaccttgccccaagg
cagcattgtcactcagatcatttatgtcttgttttaagtctaaaagtaaa
ttcacaggcaattgggaaaaatgaacaagtgcctttaaaaaaaaaatcct
tctaggaagagagctagtactgaaagcatgtgagtacggaaggaatagaa
ttcctggtcttctgggctttatttcaatttgtttagatagaggataaatc
caaacaatagctttcattttacttttgtgagaatagaaaagaaacaggca
aaaaagaaactttctcccaacagtatcaatactcattggagcataggacc
cgtgaataaattcaccctcagccatttcctcttcccatggaaccatagca
acaagggcattgtggatactttagaaaatagaagcaaacacaacaacaga
gccacattgcatcggcgtttctttttaaagtgcctatactgtcaatgatt
taacatgcattcagttggatgtggtcttgacttcatttatgtgtctgagc
cctatgaaaaccacagctcctgtgtgcagtctgtagtatcatacaggatg
ccttggaacttctcaatatgcatgaaaagaaaggtgggccagtacctaca
cgtggtcacctcgaggaatacttacaag
gaattcactaatccccttgaatgcctcactctgctttcctcagttattcc
tctcaagtgcacccacattttctgccaatgcctaggcccccttcctgagt
cactcaggagaccatctctggttgcactccccaacatcttcctacctgct
gctttggtgcgttctggattccttcccgtatggtctccacggtgtttgct
cactgagcacctaagagccacatcatcctcacttaagtgccaggtccacc
actgtcactcaggaccttccatgaagccacttctcaaaccaaatgagacc
ttatctaccccaaccatcactccagcatcagggaggtgtcttaaaactca
caccaaagctgacactagttatttggaagagggttagggctcaatagggc
tcaatagggctcaatcccacagactagcctcataacaggttttgtttgca
accattgggtctgatcagctataactaggatgcaattgcctctttaaatt
gggtaatttgctgaaacagctatgggactcaggtaccatctctatgtcct
ccatggccgttaaaggatataaatgagcatctaggtgagaggtgcatggg
ttaagcagaagggacccgaaggtagaacattttgttctcatagagttagc
atgcacctcccctgcacatggctgtgttcatcagctcagtccccattgtt
aggggttgtggaggttcagttgcagaggcatgagtgacaaaatcacaggt
cactggtggtaaacacggaggtgggagggacaaggctggaagttgcaagc
ttcaagtccaccttggtcttttatgacccgctccattctgaagctggttc
ttttcttagaagaaatcactgctggccactcatcattcagaatcctccag
gatgccattgccctgagtgatgggagtacagtggagtgcctttgacccaa
agatctggatccagcatatggaatcgtgagcactatgtgatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169947167_169948317
seq2: B6Ng01-020D17.b_44_1171

seq1  GAATTCTCATCATATCCTTGTCAAATATTACTTTGCATCAGCTCATCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCATATCCTTGTCAAATATTACTTTGCATCAGCTCATCTTG  50

seq1  CAAAGTGAGTCTCAGAGATGACAAGCCCATTCTTAGTAAGTAACTAACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGAGTCTCAGAGATGACAAGCCCATTCTTAGTAAGTAACTAACTT  100

seq1  AGAGCTAAGGTGTGAATCCAAGTCTTTCCATCTCAAAGCCTATGTCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAAGGTGTGAATCCAAGTCTTTCCATCTCAAAGCCTATGTCTTTA  150

seq1  GACACTGCATCCTGAGTCTTTGATACCCATTTGTAGGTGCTTGCATCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGCATCCTGAGTCTTTGATACCCATTTGTAGGTGCTTGCATCTTG  200

seq1  ATGCTTTGATGGTGTGCTAGGAGACCACCCAAGCCTCAGGGGACCCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTGATGGTGTGCTAGGAGACCACCCAAGCCTCAGGGGACCCTCCT  250

seq1  GTGCCACTGCCTGGTAGAAAAGCAAGGGAGCTTTGCCAGGGTTGGTCTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACTGCCTGGTAGAAAAGCAAGGGAGCTTTGCCAGGGTTGGTCTCG  300

seq1  AGGGACCCGGAAAGGGGCTTCTTTTGCTTCTCCTAATCACACACCGTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCCGGAAAGGGGCTTCTTTTGCTTCTCCTAATCACACACCGTGTA  350

seq1  GCTAAACTTGCTGAGGCGATGCTATGTGAGGTGGTTGGTTCATCAGGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACTTGCTGAGGCGATGCTATGTGAGGTGGTTGGTTCATCAGGCAT  400

seq1  TGTTTGCACTCTGTGCAAGAAAGACATTTCAGAGAACACACTAAGCTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCACTCTGTGCAAGAAAGACATTTCAGAGAACACACTAAGCTAAG  450

seq1  GCTGTTTGTTCTATTATTAATGGAAACTGAGAAGCAACCTTGCCCCAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTGTTCTATTATTAATGGAAACTGAGAAGCAACCTTGCCCCAAGG  500

seq1  CAGCATTGTCACTCAGATCATTTATGTCTTGTTTTAAGTCTAAAAGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTGTCACTCAGATCATTTATGTCTTGTTTTAAGTCTAAAAGTAAA  550

seq1  TTCACAGGCAATTGGGAAAAATGAACAAGTGCCTTTAAAAAAAAAATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGGCAATTGGGAAAAATGAACAAGTGCCTTTAAAAAAAAAATCCT  600

seq1  TCTAGGAAGAGAGCTAGTACTGAAAGCATGTGAGTACGGAAGGAATAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAAGAGAGCTAGTACTGAAAGCATGTGAGTACGGAAGGAATAGAA  650

seq1  TTCCTGGTCTTCTGGGCTTTATTTCAATTTGTTTAGATAGAGGATAAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTCTTCTGGGCTTTATTTCAATTTGTTTAGATAGAGGATAAATC  700

seq1  CAAACAATAGCTTTCATTTTACTTTTGTGAGAATAGAAAAGAAACAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATAGCTTTCATTTTACTTTTGTGAGAATAGAAAAGAAACAGGCA  750

seq1  AAAAAGAAACTTTCTCCCAACAGTATCAATACTCATTGGAGCATAGGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAACTTTCTCCCAACAGTATCAATACTCATTGGAGCATAGGACC  800

seq1  CGTGAATAAATTCACCCTCAGCCATTTCCTCTTCCCATGGAACCATAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAATAAATTCACCCTCAGCCATTTCCTCTTCCCATGGAACCATAGCA  850

seq1  ACAAGGGCATTGTGGATACTTTAGAAAAATAGAAGCAAACAACAACAACA  900
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACAAGGGCATTGTGGATACTTTAG-AAAATAGAAGCAAAC-ACAACAACA  898

seq1  GAGCCACATTGCATCGGCGTTTTCTTTTTTAAAAGTGCCTATACTGTCAA  950
      ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| |
seq2  GAGCCACATTGCATCGGCG-TTTCTTTTT--AAAGTGCCTATACTGTC-A  944

seq1  ATGATTTAAACAATGCATTCAGGTTGGATGTGGTCTTGACTTCATTTATG  1000
      |||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTAA--CATGCATTCA-GTTGGATGTGGTCTTGACTTCATTTATG  991

seq1  TGTCTGAGCCCCTATGAAAACCACAAGCTCCTGTGTGCAGTCCTGTAGTA  1050
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTCTGAG-CCCTATGAAAACCAC-AGCTCCTGTGTGCAGT-CTGTAGTA  1038

seq1  TCATACAGGATGCCTTGGGACCATGCTCAATAGTGCATGAAGAGAAGGGT  1100
      |||||||||||||||||| ||  | ||||||| |||||||| |||| |||
seq2  TCATACAGGATGCCTTGGAAC--TTCTCAATA-TGCATGAAAAGAAAGGT  1085

seq1  GTGGCAAGTACCCTACACGTGGGTCAGCTTCCAGAAGGAAATACTTACAA  1150
      | ||| |||| ||||||||| ||||| ||    ||  | |||||||||||
seq2  G-GGCCAGTA-CCTACACGT-GGTCACCT---CGA--GGAATACTTACAA  1127

seq1  G  1151
      |
seq2  G  1128

seq1: chr1_170078246_170079245
seq2: B6Ng01-020D17.g_66_1058 (reverse)

seq1  GTATCACATTGGTGCTCACGATTTCCATATGCTGGATTCCAGATCTTTGG  50
      |||||||| | |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTATCACA-TAGTGCTCACGA-TTCCATATGCTGGA-TCCAGATCTTTGG  47

seq1  GTCAAAGGCACTCCACTTGTACCTCCCATCACTCAGGGCAACTGGCTTCC  100
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  GTCAAAGGCACTCCAC-TGTA-CTCCCATCACTCAGGGCAA-TGGCATCC  94

seq1  TGGAGGATTCCTGAATGATGAGTGGCCAGCAGTGATTTCTTCTAAGAAAA  150
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGATT-CTGAATGATGAGTGGCCAGCAGTGATTTCTTCTAAGAAAA  143

seq1  GAACCAGCTTCAGAATGGAGCGGGTCATAAAAGACCAAGGTGGACTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGCTTCAGAATGGAGCGGGTCATAAAAGACCAAGGTGGACTTGAA  193

seq1  GCTTGCAACTTCCAGCCTTGTCCCTCCCACCTCCGTGTTTACCACCAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAACTTCCAGCCTTGTCCCTCCCACCTCCGTGTTTACCACCAGTG  243

seq1  ACCTGTGATTTTGTCACTCATGCCTCTGCAACTGAACCTCCACAACCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGATTTTGTCACTCATGCCTCTGCAACTGAACCTCCACAACCCCT  293

seq1  AACAATGGGGACTGAGCTGATGAACACAGCCATGTGCAGGGGAGGTGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGGGACTGAGCTGATGAACACAGCCATGTGCAGGGGAGGTGCAT  343

seq1  GCTAACTCTATGAGAACAAAATGTTCTACCTTCGGGTCCCTTCTGCTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTCTATGAGAACAAAATGTTCTACCTTCGGGTCCCTTCTGCTTAA  393

seq1  CCCATGCACCTCTCACCTAGATGCTCATTTATATCCTTTAACGGCCATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCACCTCTCACCTAGATGCTCATTTATATCCTTTAACGGCCATGG  443

seq1  AGGACATAGAGATGGTACCTGAGTCCCATAGCTGTTTCAGCAAATTACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATAGAGATGGTACCTGAGTCCCATAGCTGTTTCAGCAAATTACCC  493

seq1  AATTTAAAGAGGCAATTGCATCCTAGTTATAGCTGATCAGACCCAATGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAGAGGCAATTGCATCCTAGTTATAGCTGATCAGACCCAATGGT  543

seq1  TGCAAACAAAACCTGTTATGAGGCTAGTCTGTGGGATTGAGCCCTATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACAAAACCTGTTATGAGGCTAGTCTGTGGGATTGAGCCCTATTGA  593

seq1  GCCCTATTGAGCCCTAACCCTCTTCCAAATAACTAGTGTCAGCTTTGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTATTGAGCCCTAACCCTCTTCCAAATAACTAGTGTCAGCTTTGGTG  643

seq1  TGAGTTTTAAGACACCTCCCTGATGCTGGAGTGATGGTTGGGGTAGATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTTAAGACACCTCCCTGATGCTGGAGTGATGGTTGGGGTAGATAA  693

seq1  GGTCTCATTTGGTTTGAGAAGTGGCTTCATGGAAGGTCCTGAGTGACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCATTTGGTTTGAGAAGTGGCTTCATGGAAGGTCCTGAGTGACAGT  743

seq1  GGTGGACCTGGCACTTAAGTGAGGATGATGTGGCTCTTAGGTGCTCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGACCTGGCACTTAAGTGAGGATGATGTGGCTCTTAGGTGCTCAGTG  793

seq1  AGCAAACACCGTGGAGACCATACGGGAAGGAATCCAGAACGCACCAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACACCGTGGAGACCATACGGGAAGGAATCCAGAACGCACCAAAGC  843

seq1  AGCAGGTAGGAAGATGTTGGGGAGTGCAACCAGAGATGGTCTCCTGAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTAGGAAGATGTTGGGGAGTGCAACCAGAGATGGTCTCCTGAGTG  893

seq1  ACTCAGGAAGGGGGCCTAGGCATTGGCAGAAAATGTGGGTGCACTTGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGAAGGGGGCCTAGGCATTGGCAGAAAATGTGGGTGCACTTGAGA  943

seq1  GGAATAACTGAGGAAAGCAGAGTGAGGCATTCAAGGGGATTAGTGAATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAACTGAGGAAAGCAGAGTGAGGCATTCAAGGGGATTAGTGAATTC  993