BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022F20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 49,356,488 - 49,508,544
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230029F24Rik, LOC627430
Upstream geneLOC546734, LOC674566, LOC100041936, LOC666903, LOC666909, 2900045O20Rik, LOC666924
Downstream geneLOC100041981, EG666962, EG666970, LOC100041993
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022F20.bB6Ng01-022F20.g
ACCDH854607DH854608
length1,002915
definitionDH854607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022F20, 5' end.DH854608|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022F20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,507,531 - 49,508,544)(49,356,488 - 49,357,296)
sequence
gaattcttagtgagtgaacataagcaatagtaactgagaatcactggtac
aataacatatgcacctaataaagtagtttattctttacaaacatcatgac
tttatcagaaaaagcttttattaactttatcagattggtcaatgttacta
atttgtaaccatatctaatagaaatctcaggtaatttatcacaaatcttt
taataattttatttatccttgattctgcaatcccaccctgtaggtgtaac
ttgtggatcattttattgatatctccacataccttttagtaaagatattt
taatttattgcatacattaaatgcactattttattgctttatataacctt
gtattcgttatgagaaattagtcagtatataattaaaaggaaaaaacctt
tagttcaaaaaatgacgtctgtcatacacaaattaaaagttgtaatttgg
tcatgtaaattaaagaattttaataaaagcaaacatttaaattgaagtta
gtaatccaagaatttcaaataaaattaaaaatgagtgttctgtgcttccg
catttcaatgttcatttgttgtaagtgggaaattttagtcatttacatat
tattaagtcacagagcacactgaaaatgaaagacaatgaagatcactcat
caattaatttttttatccaggttctactaatagggattggtcaggaatca
ttttattttcaaatgaaccattttaatttggaatcaaatgtcagaaagcc
tgcatcaactaaagtagttttaactccatcaaagttaaatatgaactaaa
agttacatgcagcaatagtgctgtaacctgtaggttttttctcatggtca
tagggtcacaaagttgtcagaaatatgttacaggtaaaaagagaaatggt
gtattagcaagtctcttgcagctgagagcagaagcagaaaccctttatgt
tgcaatcatacagataaggaaaaccagtttttgtagcacacctgcttgtt
ga
gaattcattcagttcagtacagatcagcagacccagagactaagaagaag
ccagatgattagaacagatgactagagttagtttgaagcaaagcagaaaa
gttcagtcagaagttgagagaatccagattgaatcagccagcttggatca
aagtttgatccagaacagtttacttgaaccagacagccagaggtcaaaaa
gaactatgaagtgtgaatacaaactggaaaggaagaagtcaaagggagtc
aaaatatcactacttgcagatgataaaatagtatatatactatatattat
atactatgtactattataatataattataatataagcataatatatagta
ataatattataaacattttcaaagcttccacaagagaacaccttacagtt
gataaacaacttctgcaaagtggctggtactaacattaactctaaaaaat
cagtagccttcctctactcaaagtatacactgagtgagaaagaaattaga
aaagtgatacccttatcaacagtcacaaataatataaactatcttgatgt
gactctaaccaaacaagtgaaagatttctatgacaagaacttcaagtctc
tgaagaaagaaattgaaaaagatctcagaagatggaaagatctcctatgc
ttatgaattgttagaattaactgtaaaaatgttcatcttaccaaaaaaaa
aaaaaaaagacagattcaatgcaatcaccattaaactttcaactcagttc
ttcacagagatagaaagagcaattctcaaattcatctggaataacaaaaa
atccaggataacaaataacattcctaacataaaagaacttctgggggaaa
tcatcatccctgacctcaagctctacagagtgatggtgatacaaactgca
tgatattagttcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_49507531_49508544
seq2: B6Ng01-022F20.b_46_1047 (reverse)

seq1  TCAACAAGCAGGTGTGCTTACATAAAACTTGGTCTTTCCCTTATCTGTAT  50
      ||||||||||||||||| |||| |||||| |   ||| ||||||||||||
seq2  TCAACAAGCAGGTGTGC-TACA-AAAACTGG---TTTTCCTTATCTGTAT  45

seq1  TGAATTGCAACATTAAAGGGTTTCTTGCCTTCTGCTCTCAGCTGCAAGAG  100
         ||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  --GATTGCAACA-TAAAGGGTTTCT--GCTTCTGCTCTCAGCTGCAAGAG  90

seq1  ACTTGCTAATTACACCATTTCTCTTTTTACCTGTAACATATTTCTGACAA  150
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTAA-TACACCATTTCTCTTTTTACCTGTAACATATTTCTGACAA  139

seq1  CTTTGTGACCCTATGACCATGAGAAAAAAACCTACAGGTTACAGCACTAT  200
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGACCCTATGACCATGAG-AAAAAACCTACAGGTTACAGCACTAT  188

seq1  TGCTGCATGTAACTTTTAGTTCATATTTAACTTTGATGGAGTTAAAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCATGTAACTTTTAGTTCATATTTAACTTTGATGGAGTTAAAACTA  238

seq1  CTTTAGTTGATGCAGGCTTTCTGACATTTGATTCCAAATTAAAATGGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTGATGCAGGCTTTCTGACATTTGATTCCAAATTAAAATGGTTC  288

seq1  ATTTGAAAATAAAATGATTCCTGACCAATCCCTATTAGTAGAACCTGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAAATAAAATGATTCCTGACCAATCCCTATTAGTAGAACCTGGAT  338

seq1  AAAAAAATTAATTGATGAGTGATCTTCATTGTCTTTCATTTTCAGTGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTAATTGATGAGTGATCTTCATTGTCTTTCATTTTCAGTGTGC  388

seq1  TCTGTGACTTAATAATATGTAAATGACTAAAATTTCCCACTTACAACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGACTTAATAATATGTAAATGACTAAAATTTCCCACTTACAACAAA  438

seq1  TGAACATTGAAATGCGGAAGCACAGAACACTCATTTTTAATTTTATTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATTGAAATGCGGAAGCACAGAACACTCATTTTTAATTTTATTTGA  488

seq1  AATTCTTGGATTACTAACTTCAATTTAAATGTTTGCTTTTATTAAAATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTGGATTACTAACTTCAATTTAAATGTTTGCTTTTATTAAAATTC  538

seq1  TTTAATTTACATGACCAAATTACAACTTTTAATTTGTGTATGACAGACGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTACATGACCAAATTACAACTTTTAATTTGTGTATGACAGACGT  588

seq1  CATTTTTTGAACTAAAGGTTTTTTCCTTTTAATTATATACTGACTAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTTGAACTAAAGGTTTTTTCCTTTTAATTATATACTGACTAATTT  638

seq1  CTCATAACGAATACAAGGTTATATAAAGCAATAAAATAGTGCATTTAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAACGAATACAAGGTTATATAAAGCAATAAAATAGTGCATTTAATG  688

seq1  TATGCAATAAATTAAAATATCTTTACTAAAAGGTATGTGGAGATATCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAATAAATTAAAATATCTTTACTAAAAGGTATGTGGAGATATCAAT  738

seq1  AAAATGATCCACAAGTTACACCTACAGGGTGGGATTGCAGAATCAAGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATCCACAAGTTACACCTACAGGGTGGGATTGCAGAATCAAGGAT  788

seq1  AAATAAAATTATTAAAAGATTTGTGATAAATTACCTGAGATTTCTATTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATTATTAAAAGATTTGTGATAAATTACCTGAGATTTCTATTAG  838

seq1  ATATGGTTACAAATTAGTAACATTGACCAATCTGATAAAGTTAATAAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTACAAATTAGTAACATTGACCAATCTGATAAAGTTAATAAAAG  888

seq1  CTTTTTCTGATAAAGTCATGATGTTTGTAAAGAATAAACTACTTTATTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCTGATAAAGTCATGATGTTTGTAAAGAATAAACTACTTTATTAG  938

seq1  GTGCATATGTTATTGTACCAGTGATTCTCAGTTACTATTGCTTATGTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATATGTTATTGTACCAGTGATTCTCAGTTACTATTGCTTATGTTCA  988

seq1  CTCACTAAGAATTC  1014
      ||||||||||||||
seq2  CTCACTAAGAATTC  1002

seq1: chr1_49356488_49357296
seq2: B6Ng01-022F20.g_67_875

seq1  GAATTCATTCAGTTCAGTACAGATCAGCAGACCCAGAGACTAAGAAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCAGTTCAGTACAGATCAGCAGACCCAGAGACTAAGAAGAAG  50

seq1  CCAGATGATTAGAACAGATGACTAGAGTTAGTTTGAAGCAAAGCAGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGATTAGAACAGATGACTAGAGTTAGTTTGAAGCAAAGCAGAAAA  100

seq1  GTTCAGTCAGAAGTTGAGAGAATCCAGATTGAATCAGCCAGCTTGGATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCAGAAGTTGAGAGAATCCAGATTGAATCAGCCAGCTTGGATCA  150

seq1  AAGTTTGATCCAGAACAGTTTACTTGAACCAGACAGCCAGAGGTCAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGATCCAGAACAGTTTACTTGAACCAGACAGCCAGAGGTCAAAAA  200

seq1  GAACTATGAAGTGTGAATACAAACTGGAAAGGAAGAAGTCAAAGGGAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATGAAGTGTGAATACAAACTGGAAAGGAAGAAGTCAAAGGGAGTC  250

seq1  AAAATATCACTACTTGCAGATGATAAAATAGTATATATACTATATATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCACTACTTGCAGATGATAAAATAGTATATATACTATATATTAT  300

seq1  ATACTATGTACTATTATAATATAATTATAATATAAGCATAATATATAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATGTACTATTATAATATAATTATAATATAAGCATAATATATAGTA  350

seq1  ATAATATTATAAACATTTTCAAAGCTTCCACAAGAGAACACCTTACAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTATAAACATTTTCAAAGCTTCCACAAGAGAACACCTTACAGTT  400

seq1  GATAAACAACTTCTGCAAAGTGGCTGGTACTAACATTAACTCTAAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACAACTTCTGCAAAGTGGCTGGTACTAACATTAACTCTAAAAAAT  450

seq1  CAGTAGCCTTCCTCTACTCAAAGTATACACTGAGTGAGAAAGAAATTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCCTTCCTCTACTCAAAGTATACACTGAGTGAGAAAGAAATTAGA  500

seq1  AAAGTGATACCCTTATCAACAGTCACAAATAATATAAACTATCTTGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGATACCCTTATCAACAGTCACAAATAATATAAACTATCTTGATGT  550

seq1  GACTCTAACCAAACAAGTGAAAGATTTCTATGACAAGAACTTCAAGTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTAACCAAACAAGTGAAAGATTTCTATGACAAGAACTTCAAGTCTC  600

seq1  TGAAGAAAGAAATTGAAAAAGATCTCAGAAGATGGAAAGATCTCCTATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAGAAATTGAAAAAGATCTCAGAAGATGGAAAGATCTCCTATGC  650

seq1  TTATGAATTGTTAGAATTAACTGTAAAAATGTTCATCTTACCAAAAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAATTGTTAGAATTAACTGTAAAAATGTTCATCTTACCAAAAAAAA  700

seq1  AAAAAAAAGACAGATTCAATGCAATCACCATTAAACTTTCAACTCAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGACAGATTCAATGCAATCACCATTAAACTTTCAACTCAGTTC  750

seq1  TTCACAGAGATAGAAAGAGCAATTCTCAAATTCATCTGGAATAACAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGAGATAGAAAGAGCAATTCTCAAATTCATCTGGAATAACAAAAA  800

seq1  ATCCAGGAT  809
      |||||||||
seq2  ATCCAGGAT  809