BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022L15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 90,207,028 - 90,376,829
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrpm8, Spp2
Upstream geneEfhd1, Tnrc15, LOC100040600, LOC100040591, 3110079O15Rik, Ngef, LOC620454, Neu2, Inpp5d, Atg16l1, Sag, Usp40, LOC545344, LOC677561, Ugt1a@, Ugt1a10, Ugt1a9, Ugt1a7c, Ugt1a6a, Ugt1a6b, Ugt1a5, Ugt1a2, Dnajb3, Ugt1a1, LOC100040766, 6430706D22Rik, LOC100038822
Downstream geneGlrp1, Arl4c, LOC100040127, 2410088K16Rik, LOC208347, Sh3bp4, LOC383542, EG665688, Centg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022L15.bB6Ng01-022L15.g
ACCDH854852DH854853
length1,033705
definitionDH854852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022L15, 5' end.DH854853|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022L15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,375,790 - 90,376,829)(90,207,028 - 90,207,732)
sequence
gaattctctatgtagagcaggatgaacttaaactcagaaatctgcctgcc
tctccctccccggtcctgggattaaaggcgtgtgccaccactgcctggct
aacaaatgtcttattatgtcactctgagaactacagcttccaagatgcac
tgcacctccttacatctccctaccttctctggggcctctagtgaacagag
atgagaaaatgtgaccctcaggaaggaacggacatggctggctggcaggt
gccccagatacctgtgttagaaacaggcaaagtgatttcggaagggaaat
gggaaaggggagattcagctaaaagaatctccaatattgtgtttgtttgg
ccattcgaccttacttgggcctgtgttgtgattgacagcaccctcccaga
caacaccactaaggtatgcattcattatcggcatttcacactgcaagctt
tggcatctccatagcttcgtgggcatgctagtgctctgtctgaggagaca
ctatcccactctcgcctggaaatctgacaaagtgttcaagtgattatccg
agctgttttagatctggatctagagagatatcaaatgttgcatcaaaaac
accatgacactcatttaaatatacactacacatttttccctcaccactta
aagttattgttgctttgtagtccaggctagcctagaacctgtgatcctcc
tgcctctctcagccttccaagtgctgagattatagatgtatactatgtct
ttccatatccccacttgtatgtgtgcatgtgtgtgtgcatgtgtatgtgt
gtgtacctctgtgagagcctgtgtgtgtgcatgtgcgcgagtgtacatgt
gtatgtgtgtgtgcatatgcatgtgggccaaagaacacctttggacatct
gtcctcacctctcgtttgttccgacctagcgtctcttgctgtttacacta
cattaccttgcccactggtcttagcttctggacatccttccccccacctc
acccctgacttcctaaataaatcactgggatga
gaattctagagtgggtctgactttaaggtacactcactggaacttactgt
agtgattggcttcagcttcatttggatggtatagggagtgtgcacgttgt
ctgttgtcctgggcattacctgattggagctgcagaaattacatggtagg
agctgtaggtgctatgtagttggtgctgcagatatcacaagattgatgct
gtaggagtaataagttgatactgtaggaatctcaaacttataccaaggat
tcttctgaccatgagactcaggatgccgagaccgttttcttttagtttac
cattgtgttggaaaaaaatacattgcagggaagtggcatgtgtccttcat
tcaccttcccatcctatgtaacagaaaacatcacatagaactactgggtt
tttatgagacccaggtcagggaactgaggtgggaactggccagaaatgtc
ccccaagttccccatattttctcatgcactcattagcatgtgtagtttta
tcgaatggctagcaggctttggaattgtcccattcagagaaaagccctgg
ggctgctctttgtagtcacactcatggtccccatccacccatatcagctg
tagctcttatactggtctctgctcctgtgtgcgtgtgcgtgtgcgtgtgc
gtgtgcgtgtgcatgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgg
gtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_90375790_90376829
seq2: B6Ng01-022L15.b_45_1077 (reverse)

seq1  TCATCCCAGTGATTCTATTAGGAAGTCAGGGGTGAGGTGGGGGTGAAAGG  50
      ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||  | ||||
seq2  TCATCCCAGTGATTTATTTAGGAAGTCAGGGGTGAGGTGGGG--GGAAGG  48

seq1  AGTGTCCCAGAAGCTCAAGAACCAGTGGGCAGGTGAGTGTAGTGTAAACA  100
      | ||| ||||||||| ||| ||||||||||| |  | |||||||||||||
seq2  A-TGT-CCAGAAGCT-AAG-ACCAGTGGGCAAGGTAATGTAGTGTAAACA  94

seq1  GCAAAGAGACGCTAGGTCGGAACAAAACGAGAGGTGAGGACAGATGTCCA  150
      || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GC-AAGAGACGCTAGGTCGGAAC-AAACGAGAGGTGAGGACAGATGTCCA  142

seq1  AAGGTGTTCTTTGGCCCACATGCATATGCACACACACATACACATGTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTTCTTTGGCCCACATGCATATGCACACACACATACACATGTACA  192

seq1  CTCGCGCACATGCACACACACAGGCTCTCACAGAGGTACACACACATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCGCACATGCACACACACAGGCTCTCACAGAGGTACACACACATACA  242

seq1  CATGCACACACACATGCACACATACAAGTGGGGATATGG-AAGACATAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CATGCACACACACATGCACACATACAAGTGGGGATATGGAAAGACATAGT  292

seq1  ATACATCTATAATCTCAGCACTTGGAAGGCTGAGAGAGGCAGGAGGATCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTATAATCTCAGCACTTGGAAGGCTGAGAGAGGCAGGAGGATCA  342

seq1  CAGGTTCTAGGCTAGCCTGGACTACAAAGCAACAATAACTTTAAGTGGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCTAGGCTAGCCTGGACTACAAAGCAACAATAACTTTAAGTGGTG  392

seq1  AGGGAAAAATGTGTAGTGTATATTTAAATGAGTGTCATGGTGTTTTTGAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAAATGTGTAGTGTATATTTAAATGAGTGTCATGGTGTTTTTGAT  442

seq1  GCAACATTTGATATCTCTCTAGATCCAGATCTAAAACAGCTCGGATAATC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATTTGATATCTCTCTAGATCCAGATCTAAAACAGCTCGGATAATC  492

seq1  ACTTGAACACTTTGTCAGATTTCCAGGCGAGAGTGGGATAGTGTCTCCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAACACTTTGTCAGATTTCCAGGCGAGAGTGGGATAGTGTCTCCTC  542

seq1  AGACAGAGCACTAGCATGCCCACGAAGCTATGGAGATGCCAAAGCTTGCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGCACTAGCATGCCCACGAAGCTATGGAGATGCCAAAGCTTGCA  592

seq1  GTGTGAAATGCCGATAATGAATGCATACCTTAGTGGTGTTGTCTGGGAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAATGCCGATAATGAATGCATACCTTAGTGGTGTTGTCTGGGAGG  642

seq1  GTGCTGTCAATCACAACACAGGCCCAAGTAAGGTCGAATGGCCAAACAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTCAATCACAACACAGGCCCAAGTAAGGTCGAATGGCCAAACAAA  692

seq1  CACAATATTGGAGATTCTTTTAGCTGAATCTCCCCTTTCCCATTTCCCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATATTGGAGATTCTTTTAGCTGAATCTCCCCTTTCCCATTTCCCTT  742

seq1  CCGAAATCACTTTGCCTGTTTCTAACACAGGTATCTGGGGCACCTGCCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAATCACTTTGCCTGTTTCTAACACAGGTATCTGGGGCACCTGCCAG  792

seq1  CCAGCCATGTCCGTTCCTTCCTGAGGGTCACATTTTCTCATCTCTGTTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCATGTCCGTTCCTTCCTGAGGGTCACATTTTCTCATCTCTGTTCA  842

seq1  CTAGAGGCCCCAGAGAAGGTAGGGAGATGTAAGGAGGTGCAGTGCATCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGCCCCAGAGAAGGTAGGGAGATGTAAGGAGGTGCAGTGCATCTT  892

seq1  GGAAGCTGTAGTTCTCAGAGTGACATAATAAGACATTTGTTAGCCAGGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTGTAGTTCTCAGAGTGACATAATAAGACATTTGTTAGCCAGGCA  942

seq1  GTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGGACCGGGGAGGGAGAGGCAGGCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGGACCGGGGAGGGAGAGGCAGGCAG  992

seq1  ATTTCTGAGTTTAAGTTCATCCTGCTCTACATAGAGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGAGTTTAAGTTCATCCTGCTCTACATAGAGAATTC  1033

seq1: chr1_90207028_90207732
seq2: B6Ng01-022L15.g_69_773

seq1  GAATTCTAGAGTGGGTCTGACTTTAAGGTACACTCACTGGAACTTACTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAGTGGGTCTGACTTTAAGGTACACTCACTGGAACTTACTGT  50

seq1  AGTGATTGGCTTCAGCTTCATTTGGATGGTATAGGGAGTGTGCACGTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTGGCTTCAGCTTCATTTGGATGGTATAGGGAGTGTGCACGTTGT  100

seq1  CTGTTGTCCTGGGCATTACCTGATTGGAGCTGCAGAAATTACATGGTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTCCTGGGCATTACCTGATTGGAGCTGCAGAAATTACATGGTAGG  150

seq1  AGCTGTAGGTGCTATGTAGTTGGTGCTGCAGATATCACAAGATTGATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTAGGTGCTATGTAGTTGGTGCTGCAGATATCACAAGATTGATGCT  200

seq1  GTAGGAGTAATAAGTTGATACTGTAGGAATCTCAAACTTATACCAAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGTAATAAGTTGATACTGTAGGAATCTCAAACTTATACCAAGGAT  250

seq1  TCTTCTGACCATGAGACTCAGGATGCCGAGACCGTTTTCTTTTAGTTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGACCATGAGACTCAGGATGCCGAGACCGTTTTCTTTTAGTTTAC  300

seq1  CATTGTGTTGGAAAAAAATACATTGCAGGGAAGTGGCATGTGTCCTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGTTGGAAAAAAATACATTGCAGGGAAGTGGCATGTGTCCTTCAT  350

seq1  TCACCTTCCCATCCTATGTAACAGAAAACATCACATAGAACTACTGGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTCCCATCCTATGTAACAGAAAACATCACATAGAACTACTGGGTT  400

seq1  TTTATGAGACCCAGGTCAGGGAACTGAGGTGGGAACTGGCCAGAAATGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAGACCCAGGTCAGGGAACTGAGGTGGGAACTGGCCAGAAATGTC  450

seq1  CCCCAAGTTCCCCATATTTTCTCATGCACTCATTAGCATGTGTAGTTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGTTCCCCATATTTTCTCATGCACTCATTAGCATGTGTAGTTTTA  500

seq1  TCGAATGGCTAGCAGGCTTTGGAATTGTCCCATTCAGAGAAAAGCCCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATGGCTAGCAGGCTTTGGAATTGTCCCATTCAGAGAAAAGCCCTGG  550

seq1  GGCTGCTCTTTGTAGTCACACTCATGGTCCCCATCCACCCATATCAGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTCTTTGTAGTCACACTCATGGTCCCCATCCACCCATATCAGCTG  600

seq1  TAGCTCTTATACTGGTCTCTGCTCCTGTGTGCGTGTGCGTGTGCGTGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTTATACTGGTCTCTGCTCCTGTGTGCGTGTGCGTGTGCGTGTGC  650

seq1  GTGTGCGTGTGCATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGTGCGTGTGCATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGG  700

seq1  GTGTG  705
      |||||
seq2  GTGTG  705