BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023J05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,342,942 - 82,496,162
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRhbdd1, Col4a4
Upstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1
Downstream geneCol4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023J05.bB6Ng01-023J05.g
ACCDH855458DH855459
length4331,115
definitionDH855458|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023J05, 5' end.DH855459|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023J05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,342,942 - 82,343,380)(82,495,047 - 82,496,162)
sequence
tcttatcttttttactaatagatttttttgacacattattcaatagaatt
cagcttttgtattatgttaaggccatagcttttttaaaaaacaaaaccaa
aaacatcttatgagttaaagtataccacagaagcccatgtaaaaaaaatg
tagcttccctatcccagccaccaatggtgtcaataagcaggtttctgagc
ccttaactttaggtgcagtctcaggttttcatgctgtggctacagacact
gttgatagaggtgccttggtggttgtccttctggactcctgacctacaga
acctgtgtctaagatgacagtcgttctgtgctattatgttggggagtgtt
tttcttcagcaggtgtgatgtcagcagtgagtcaaaagacaggaggaaag
gggaagaggggagtgtgaggagtatgtcttggg
gaattctcatgtataatttccccagctttaaaaatacaattatttttaaa
aagtgtatgtgtatttattatgagtccctgcatgtagttatgcacatcac
atacaagtatgtatgtgcatcaagtgcattcctggtgcatggagaggtta
gaggaggaagtaggtcccctggaactggagttacaaggtcttcagcgtca
ccatgtggatgctgctgaccaacagtgttctctgcaaagccagcaagtgc
tctcagtactgagccatctctctagcctcattctgatatattaagcatgg
tgaactgctaaggtaggagagtcatggatacattgttgctaacccagata
caaactttacatagatcttagcaccaagaacttgtggtttttatgcaata
gaaccacaagaaggttctggaaggcaggaaagggataaaacaaagatttt
tcgaggcagaatctttaaacagagatttagagaaaaagagaaggtgttaa
ataaacaagaatataaatgacttctgtcctattagaattaatctaatgca
ctgctcttgttattatttttatttaccaagggaagacctggtgccatggg
gccccctggtcacaaaggggaaaagggtgacatggtcatatcaagagtga
aaggtgagtgtgacctatgacatggtcatgtcaagagtgaaaggtgtgtg
tgacctatgacttagccctctgacattttatgaattatctatgggcatcc
actttcattgatttccccctgtgactgcagattaattgtatatagtttag
gattcttgagatggcctagaaagtattttcctgccctttcatagaatggc
atggctgttaagcactaaatctcccactttcttatttgaaatcataaatg
ttacttcagtgacatccaatccccattgtggtgacttgaatctgaagcag
attatcttttacttgctttctgcttgtaatggcctttattaccagtggca
ttaaattaacaagtaacaggtgcttatcttgaagtagtctgggggaataa
tatacctttaattgacttactaaggaggaactgaagatctacgtgtaggg
tctaggtgtaatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82342942_82343380
seq2: B6Ng01-023J05.b_47_485

seq1  GAATTCTCTTATCTTTTTTACTAATAGATTTTTTTGACACATTATTCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTATCTTTTTTACTAATAGATTTTTTTGACACATTATTCAAT  50

seq1  AGAATTCAGCTTTTGTATTATGTTAAGGCCATAGCTTTTTTAAAAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCAGCTTTTGTATTATGTTAAGGCCATAGCTTTTTTAAAAAACAA  100

seq1  AACCAAAAACATCTTATGAGTTAAAGTATACCACAGAAGCCCATGTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAAACATCTTATGAGTTAAAGTATACCACAGAAGCCCATGTAAAA  150

seq1  AAAATGTAGCTTCCCTATCCCAGCCACCAATGGTGTCAATAAGCAGGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTAGCTTCCCTATCCCAGCCACCAATGGTGTCAATAAGCAGGTTT  200

seq1  CTGAGCCCTTAACTTTAGGTGCAGTCTCAGGTTTTCATGCTGTGGCTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCCTTAACTTTAGGTGCAGTCTCAGGTTTTCATGCTGTGGCTACA  250

seq1  GACACTGTTGATAGAGGTGCCTTGGTGGTTGTCCTTCTGGACTCCTGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGTTGATAGAGGTGCCTTGGTGGTTGTCCTTCTGGACTCCTGACC  300

seq1  TACAGAACCTGTGTCTAAGATGACAGTCGTTCTGTGCTATTATGTTGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAACCTGTGTCTAAGATGACAGTCGTTCTGTGCTATTATGTTGGGG  350

seq1  AGTGTTTTTCTTCAGCAGGTGTGATGTCAGCAGTGAGTCAAAAGACAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTTTCTTCAGCAGGTGTGATGTCAGCAGTGAGTCAAAAGACAGGA  400

seq1  GGAAAGGGGAAGAGGGGAGTGTGAGGAGTATGTCTTGGG  439
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGGAAGAGGGGAGTGTGAGGAGTATGTCTTGGG  439

seq1: chr1_82495047_82496162
seq2: B6Ng01-023J05.g_68_1182 (reverse)

seq1  ATCATTACAACATGAACCCTACACCTAGATCTTCATGTTCTCTCTAGTAA  50
      |||||||| || |  ||||||||| ||||||||||  | |||  ||||||
seq2  ATCATTAC-ACCTAGACCCTACACGTAGATCTTCAGTTCCTCCTTAGTAA  49

seq1  GTCAAT--AAAGTATATTATTCCCCCAGACTACTCCAAGATAAGCACCTG  98
      ||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTCAATTAAAGGTATATTATTCCCCCAGACTACTTCAAGATAAGCACCTG  99

seq1  TTACTTGTAATTTAAATGCCACTGGTTAATAAAGGCCATTACAAGGCAGA  148
      |||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TTACTTGTTAATTTAATGCCACTGG-TAATAAAGGCCATTACAA-GCAGA  147

seq1  AGGCAAGTTAAAAGATATTCTGCTTCAGATTCAAGTTCACCACAATGGGG  198
      | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGCAAG-TAAAAGATAATCTGCTTCAGATTCAAG-TCACCACAATGGGG  195

seq1  ATTTGGATGTCACTGAAGTAACATTTATGATTTCAAATAAG-AAGTGGGA  247
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  A-TTGGATGTCACTGAAGTAACATTTATGATTTCAAATAAGAAAGTGGGA  244

seq1  GATTTAGTGCTTAACAGCCATGCCATTCTATG-AAGGGCAGG-AAATACT  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  GATTTAGTGCTTAACAGCCATGCCATTCTATGAAAGGGCAGGAAAATACT  294

seq1  TTCTAGGCCATCTCAAGAATCCTAAACTATATACAATTAATCTGCAGTCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGCCATCTCAAGAATCCTAAACTATATACAATTAATCTGCAGTCA  344

seq1  CAGGGGGAAATCAATGAAAGTGGATGCCCATAGATAATTCATAAAATGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGGAAATCAATGAAAGTGGATGCCCATAGATAATTCATAAAATGTC  394

seq1  AGAGGGCTAAGTCATAGGTCACACACACCTTTCACTCTTGACATGACCAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCTAAGTCATAGGTCACACACACCTTTCACTCTTGACATGACCAT  444

seq1  GTCATAGGTCACACTCACCTTTCACTCTTGATATGACCATGTCACCCTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGGTCACACTCACCTTTCACTCTTGATATGACCATGTCACCCTTT  494

seq1  TCCCCTTTGTGACCAGGGGGCCCCATGGCACCAGGTCTTCCCTTGGTAAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTTGTGACCAGGGGGCCCCATGGCACCAGGTCTTCCCTTGGTAAA  544

seq1  TAAAAATAATAACAAGAGCAGTGCATTAGATTAATTCTAATAGGACAGAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAATAACAAGAGCAGTGCATTAGATTAATTCTAATAGGACAGAA  594

seq1  GTCATTTATATTCTTGTTTATTTAACACCTTCTCTTTTTCTCTAAATCTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTATATTCTTGTTTATTTAACACCTTCTCTTTTTCTCTAAATCTC  644

seq1  TGTTTAAAGATTCTGCCTCGAAAAATCTTTGTTTTATCCCTTTCCTGCCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAAGATTCTGCCTCGAAAAATCTTTGTTTTATCCCTTTCCTGCCT  694

seq1  TCCAGAACCTTCTTGTGGTTCTATTGCATAAAAACCACAAGTTCTTGGTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAACCTTCTTGTGGTTCTATTGCATAAAAACCACAAGTTCTTGGTG  744

seq1  CTAAGATCTATGTAAAGTTTGTATCTGGGTTAGCAACAATGTATCCATGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATCTATGTAAAGTTTGTATCTGGGTTAGCAACAATGTATCCATGA  794

seq1  CTCTCCTACCTTAGCAGTTCACCATGCTTAATATATCAGAATGAGGCTAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTACCTTAGCAGTTCACCATGCTTAATATATCAGAATGAGGCTAG  844

seq1  AGAGATGGCTCAGTACTGAGAGCACTTGCTGGCTTTGCAGAGAACACTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGCTCAGTACTGAGAGCACTTGCTGGCTTTGCAGAGAACACTGT  894

seq1  TGGTCAGCAGCATCCACATGGTGACGCTGAAGACCTTGTAACTCCAGTTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGCAGCATCCACATGGTGACGCTGAAGACCTTGTAACTCCAGTTC  944

seq1  CAGGGGACCTACTTCCTCCTCTAACCTCTCCATGCACCAGGAATGCACTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGACCTACTTCCTCCTCTAACCTCTCCATGCACCAGGAATGCACTT  994

seq1  GATGCACATACATACTTGTATGTGATGTGCATAACTACATGCAGGGACTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACATACATACTTGTATGTGATGTGCATAACTACATGCAGGGACTC  1044

seq1  ATAATAAATACACATACACTTTTTAAAAATAATTGTATTTTTAAAGCTGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAATACACATACACTTTTTAAAAATAATTGTATTTTTAAAGCTGG  1094

seq1  GGAAATTATACATGAGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTATACATGAGAATTC  1115