BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024J02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 121,808,596 - 121,908,176
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem177, Gm101, Sctr
Upstream geneGli2, LOC666838, LOC100041778, Inhbb, Ralb, Tmem185b, Epb4.1l5, Ptpn4, LOC100042447, LOC666870, LOC100041863
Downstream geneTmem37, Dbi, 3110009E18Rik, Steap3, C1ql2, Marco, En1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024J02.bB6Ng01-024J02.g
ACCDH856160DH856161
length8451,056
definitionDH856160|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024J02, 5' end.DH856161|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024J02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,808,596 - 121,809,432)(121,907,113 - 121,908,176)
sequence
gaattcactggattcagtcagtctaagaaaaaaaaaatcatacttcagag
cccataccacaacagtttatttccagctgtgaaaagggatgcagctggac
aggtttattggccaaaaccacaagtggcagtgtcacatgctgcctagtgt
ccctacttccaccaagctcccatggttgagccacatttccattatcttac
gaggtggctgtatttggagcttcggcctatcattgaaatagaaacggaag
gttcgtgggatagcaatactcagatctcactgctttcgagctcagatccg
gacacatacagaaaaaataccacatgaagatccaggggtaagatggccat
ttgttagccttgctgaaatacccagggagcctagcttggccacacctgag
tcttggacctccagctctggaactaagaaaaaataaactcctgttgttca
ggtcattcctcatgagacacttttcttggcaggctaaccactgatagcaa
aggttcggtatttgatcacgggccgttagagattcatagcaagctgttca
ccttaaaaatgttatctattatatatacacaaacagaccaaacagaccat
ccacctcactcattagcaaagttaatattgttttttaaagttaattggtg
gtggttttttttttgagacaaagtctcacaggcgcactttttgaatattc
tgggcaccttattttcgtctgtgattatgtcactatgactgttatttctc
tttggatgaaatttcacttttatttcctatctcccgcgaagcgttttgat
tagcaattgtactactgtaaacaaaacgtagggttctgtatcact
gaattcaaatagacaggtcacatgagcatgtctctgagagcagagggtga
ggggagcaaggtggaaggttccagagagagtcctggggttaactgaggtt
atgaggccaggttcccatcctaacagactcatgttcctataagggacagg
atggtctgggctgcaggcacgactgactaggcctacctatccccattagt
gttcagagtgttatgtcagagtggtctgttgaagccagcagccccaggat
cgtctcactttttcaggtttacccagtgctgagctgccttgtatttattg
taagcaagtacaggtagataggatcttagtgttgtgagtttgccttgggt
accccagagccaggtgaaggtcagtgtccttaacactgcacggagactgg
ggcccagtgatgagacactggaaggggccaccacagcggcagaacggcag
accgctaaccactcagaccagcaggggtactgggaagctggctccgatgt
tggagagtctctttcggagccatcgatgagaaagcagggacaaggagaaa
atgccaaagcagggcagtgagaacaacacattctctgcagtctcttagct
atgcttatgtgttagttagcttcccactgctctgacgaagtagcagagaa
aatcagctaaggagaaaggatgtattttgacctagagtgtcatttgaact
ggtggcatcagagtctatcatagagagagcacatgacagaggacactgcc
tgcttcaggatagccaggaagcagaaaggagtaaaggaagggccagggtc
acagtatcccctaacgtcctcccattagactctacctcccaagtatggtt
atctcctgattgttctatgggctgggcaacaagtccaacacacagacctt
tgggggagtatataagtttaagctatgaggacgggagatagctcagtggg
taaagcgactgcattctagttcaacgacttgagttcattcccagagcccc
ataaaaagccagcatagtgacacatacttaaatgtcactagtgggaagtt
agagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_121808596_121809432
seq2: B6Ng01-024J02.b_46_890

seq1  GAATTCACTGGATTCAGTCAGTCTAAGAAAAAAAAAATCATACTTCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGATTCAGTCAGTCTAAGAAAAAAAAAATCATACTTCAGAG  50

seq1  CCCATACCACAACAGTTTATTTCCAGCTGTGAAAAGGGATGCAGCTGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACCACAACAGTTTATTTCCAGCTGTGAAAAGGGATGCAGCTGGAC  100

seq1  AGGTTTATTGGCCAAAACCACAAGTGGCAGTGTCACATGCTGCCTAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTATTGGCCAAAACCACAAGTGGCAGTGTCACATGCTGCCTAGTGT  150

seq1  CCCTACTTCCACCAAGCTCCCATGGTTGAGCCACATTTCCATTATCTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTTCCACCAAGCTCCCATGGTTGAGCCACATTTCCATTATCTTAC  200

seq1  GAGGTGGCTGTATTTGGAGCTTCGGCCTATCATTGAAATAGAAACGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGCTGTATTTGGAGCTTCGGCCTATCATTGAAATAGAAACGGAAG  250

seq1  GTTCGTGGGATAGCAATACTCAGATCTCACTGCTTTCGAGCTCAGATCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGTGGGATAGCAATACTCAGATCTCACTGCTTTCGAGCTCAGATCCG  300

seq1  GACACATACAGAAAAAATACCACATGAAGATCCAGGGGTAAGATGGCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATACAGAAAAAATACCACATGAAGATCCAGGGGTAAGATGGCCAT  350

seq1  TTGTTAGCCTTGCTGAAATACCCAGGGAGCCTAGCTTGGCCACACCTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAGCCTTGCTGAAATACCCAGGGAGCCTAGCTTGGCCACACCTGAG  400

seq1  TCTTGGACCTCCAGCTCTGGAACTAAGAAAAAATAAACTCCTGTTGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGACCTCCAGCTCTGGAACTAAGAAAAAATAAACTCCTGTTGTTCA  450

seq1  GGTCATTCCTCATGAGACACTTTTCTTGGCAGGCTAACCACTGATAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTCCTCATGAGACACTTTTCTTGGCAGGCTAACCACTGATAGCAA  500

seq1  AGGTTCGGTATTTGATCACGGGCCGTTAGAGATTCATAGCAAGCTGTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCGGTATTTGATCACGGGCCGTTAGAGATTCATAGCAAGCTGTTCA  550

seq1  CCTTAAAAATGTTATCTATTATATATACACAAACAGACCAAACAGACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAAATGTTATCTATTATATATACACAAACAGACCAAACAGACCAT  600

seq1  CCACCTCACTCATTAGCAAAGTTAATATTG-TTTTTAAAGTTAATTGGTG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCACTCATTAGCAAAGTTAATATTGTTTTTTAAAGTTAATTGGTG  650

seq1  GTGGTTTTTTTTTTGAGACAAAGTCTCACAGGCGCAC-TTTTGAATATTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGGTTTTTTTTTTGAGACAAAGTCTCACAGGCGCACTTTTTGAATATTC  700

seq1  TGGGCACCTTA-TTTCGTCTGTGATTATGTCACTATGACTGTTATTTCTC  747
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACCTTATTTTCGTCTGTGATTATGTCACTATGACTGTTATTTCTC  750

seq1  TTTGGATGAAATTTCACTTT--ATTCCTATCT-CCGCGAAGCG-TTTGAT  793
      ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TTTGGATGAAATTTCACTTTTATTTCCTATCTCCCGCGAAGCGTTTTGAT  800

seq1  TAGCAA-TGTACTACTGTAAACAAAACGTAGGGTTCTGTATCACT  837
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATTGTACTACTGTAAACAAAACGTAGGGTTCTGTATCACT  845

seq1: chr1_121907113_121908176
seq2: B6Ng01-024J02.g_66_1121 (reverse)

seq1  CTCTCT-ACTTCCCACTAGTGACATTTTAAGTATGTGTCACTATGCTTGG  49
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTCTCTAACTTCCCACTAGTGACA-TTTAAGTATGTGTCACTATGC-TGG  48

seq1  CTTTTTTATGTGGGCTCTTGGGAATTGAACTCAGGTCGTTGAACTTAGAA  99
      | |||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||
seq2  C-TTTTTATG-GGGCTC-TGGGAA-TGAACTCAAGTCGTTGAAC-TAGAA  93

seq1  TGCAGTCGCTTTACCCACTGAGCTATCTCCCCGTCCTCATAGCTTAAACC  149
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  TGCAGTCGCTTTACCCACTGAGCTATCT-CCCGTCCTCATAGCTTAAA-C  141

seq1  TTATATACTCCCCCAAAGGTCTGTGTGTTGGACTTGTTGCCCAGCCCATA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATACTCCCCCAAAGGTCTGTGTGTTGGACTTGTTGCCCAGCCCATA  191

seq1  GAACAATCAGGAGATAACCATACTTGGGAGGTAGAGTCTAATGGGAGGAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATCAGGAGATAACCATACTTGGGAGGTAGAGTCTAATGGGAGGAC  241

seq1  GTTAGGGGATACTGTGACCCTGGCCCTTCCTTTACTCCTTTCTGCTTCCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGGGATACTGTGACCCTGGCCCTTCCTTTACTCCTTTCTGCTTCCT  291

seq1  GGCTATCCTGAAGCAGGCAGTGTCCTCTGTCATGTGCTCTCTCTATGATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATCCTGAAGCAGGCAGTGTCCTCTGTCATGTGCTCTCTCTATGATA  341

seq1  GACTCTGATGCCACCAGTTCAAATGACACTCTAGGTCAAAATACATCCTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGATGCCACCAGTTCAAATGACACTCTAGGTCAAAATACATCCTT  391

seq1  TCTCCTTAGCTGATTTTCTCTGCTACTTCGTCAGAGCAGTGGGAAGCTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTAGCTGATTTTCTCTGCTACTTCGTCAGAGCAGTGGGAAGCTAA  441

seq1  CTAACACATAAGCATAGCTAAGAGACTGCAGAGAATGTGTTGTTCTCACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACATAAGCATAGCTAAGAGACTGCAGAGAATGTGTTGTTCTCACT  491

seq1  GCCCTGCTTTGGCATTTTCTCCTTGTCCCTGCTTTCTCATCGATGGCTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCTTTGGCATTTTCTCCTTGTCCCTGCTTTCTCATCGATGGCTCC  541

seq1  GAAAGAGACTCTCCAACATCGGAGCCAGCTTCCCAGTACCCCTGCTGGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGACTCTCCAACATCGGAGCCAGCTTCCCAGTACCCCTGCTGGTC  591

seq1  TGAGTGGTTAGCGGTCTGCCGTTCTGCCGCTGTGGTGGCCCCTTCCAGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGTTAGCGGTCTGCCGTTCTGCCGCTGTGGTGGCCCCTTCCAGTG  641

seq1  TCTCATCACTGGGCCCCAGTCTCCGTGCAGTGTTAAGGACACTGACCTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCACTGGGCCCCAGTCTCCGTGCAGTGTTAAGGACACTGACCTTC  691

seq1  ACCTGGCTCTGGGGTACCCAAGGCAAACTCACAACACTAAGATCCTATCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGCTCTGGGGTACCCAAGGCAAACTCACAACACTAAGATCCTATCT  741

seq1  ACCTGTACTTGCTTACAATAAATACAAGGCAGCTCAGCACTGGGTAAACC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTACTTGCTTACAATAAATACAAGGCAGCTCAGCACTGGGTAAACC  791

seq1  TGAAAAAGTGAGACGATCCTGGGGCTGCTGGCTTCAACAGACCACTCTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAGTGAGACGATCCTGGGGCTGCTGGCTTCAACAGACCACTCTGA  841

seq1  CATAACACTCTGAACACTAATGGGGATAGGTAGGCCTAGTCAGTCGTGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACACTCTGAACACTAATGGGGATAGGTAGGCCTAGTCAGTCGTGCC  891

seq1  TGCAGCCCAGACCATCCTGTCCCTTATAGGAACATGAGTCTGTTAGGATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCCAGACCATCCTGTCCCTTATAGGAACATGAGTCTGTTAGGATG  941

seq1  GGAACCTGGCCTCATAACCTCAGTTAACCCCAGGACTCTCTCTGGAACCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCTGGCCTCATAACCTCAGTTAACCCCAGGACTCTCTCTGGAACCT  991

seq1  TCCACCTTGCTCCCCTCACCCTCTGCTCTCAGAGACATGCTCATGTGACC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTGCTCCCCTCACCCTCTGCTCTCAGAGACATGCTCATGTGACC  1041

seq1  TGTCTATTTGAATTC  1064
      |||||||||||||||
seq2  TGTCTATTTGAATTC  1056