BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025E07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 140,293,963 - 140,448,179
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNek7
Upstream geneLOC100043143, Ptprc, LOC100042596, Atp6v1g3, LOC100042600
Downstream geneLOC545363, LOC667745, Lhx9, 2310009B15Rik, 1700019P21Rik, LOC100042623, Dennd1b, Crb1, Zbtb41, Aspm, F13b, Cfhr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025E07.bB6Ng01-025E07.g
ACCDH856667DH856668
length1,0251,100
definitionDH856667|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025E07, 5' end.DH856668|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025E07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,447,145 - 140,448,179)(140,293,963 - 140,295,069)
sequence
gaattctttcagaagacagcctctgagtaaatgtgtacacacacacacac
acacacacacacacacactcacacacgtgtgcacacatacacacacacaa
acagactgggggcagagggagtaaaattaataaattacaataaaaataat
attcttaagtgcttccaatatcaggtttcgtcttgcccattaagcaagga
gttgtgagtgttgcttagaaataaagtaatattgagaagcattttctata
ggcatgggtgggttactcatactacatgggacataaagtctacagtttta
gaagacggaccttgtgacgtctctgtgtcatttgtaatggagagcattca
gggctctgtttgcggccatgaccatgatttccaacttttgcaagtatact
ccaacgtataacttaagtaccaccaaagagtttgagattttaaaataaca
tttttatgcattaaaagtttcatcgtagcaagtgaaaaaaggattttgga
gagagtgactacagttgcatgtgatgggtcgtcatccatgtagtcttgta
tctaaagggcttggctcttttcattcatcaatcaggatagaatatgtggt
aatgaatattctaattgtaagacccatcaccgaactgggagctgctcaga
acacctcgggagtatgccattggcatgtatggagcatgggaacagattga
ctccactttcctagggaaagaaagatagaacggagagtacagatgaagga
ggatgaagcaaggtggttttgccagctaccatgcacaagtgcacgaggaa
gatctgagaacacacaagcagtgtgagggagggggtgctgtggggccgtg
ggctgtgcacagtctggtccctggttggagcaaaggctgggaccctggga
ctcatgcgagaactactccatcattcgagccttctgtcctaagatccgta
catttggaagaggctgctctctgaagccactggagctccgcgtcctcttc
actggctagcagcctttctttgggc
gaattctattgtgcttattgcttccattcttctgtgtttccccatttact
ctaaaacatctcctcatgaggcagcttacacattctactcttagagagtt
ttgtattttatctctgttagcaaagctcagaataggttctggttgctcaa
taatagacaaattaagcaagtcaaaacgtacccaaagactatgtcattag
atatatttcagatatacctacttctggagcttcataaacactcatataag
ttgcgtactaagaagtcaaagggcatgaaagtttgcttatgtattccata
cctgctttcccattttccattaaagctgtgttcacccctcttgtcttacc
aagacctcctattaagtctggtgacttcatgttttgaggtgggatttctg
ggttgcctttcattgatttggtatctaatcttggacaagtcaattagctt
tgatgtaactcttttccacttcctttaggtaaagtaaaaatgtcctgggc
aaaatagaaaaatccacagagaaacgttattgttagtctatattatttat
agcatcacagaaaaagtaaaattatgttatcaggcagtattcttgttggt
tatattatttaatatgaatatagagaatgaatttatggactattattatt
gttatggtataatcaccttcaaatacaaaatgagtgcatggaacctcagg
tgctgtgaatatgtctggcccataggaagtggttctgttaggaactgtag
ccttgttggaggaattgtggcactctgtgggtgggttttgagattcttct
agttgcctggaagagagtctgctcttgacttctttcaatgaagatgtaga
actcttggttcctctaacaccatgtctgcctatacactctcatgttttct
gtcatgatgataatggactgaacatctctgaaactgttagccaccccatt
aaatattgtcttctatagagctgccttggtcatggtgtctcttcacatca
atggaaaccctaacttagagaagaccctattaatattcttgaaaactatt
gccttggatagtgatctacattagatgcattttgaaagacagaagatctc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_140447145_140448179
seq2: B6Ng01-025E07.b_46_1070 (reverse)

seq1  GCCCAAAGAAAGGCTGACTAGCCAGTGAGGAGGACCGCGGAGCTTCAGGT  50
      |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||
seq2  GCCCAAAGAAAGGCTG-CTAGCCAGTGAAGAGGA-CGCGGAGCTCCA-GT  47

seq1  GGCTTTCAGGAGAGCAGACCTCTTCCCGAATGTTACGGATCTTAGGACAG  100
      ||| |||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||
seq2  GGC-TTCA-GAGAGCAG-CCTCTT-CCAAATG-TACGGATCTTAGGACAG  92

seq1  AAGGCTCGGATGATGGAGTAGTTCTCGCACTGAGTCACCAGGGTTCCAGA  150
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| 
seq2  AAGGCTCGAATGATGGAGTAGTTCTCGCA-TGAGTC-CCAGGGTCCCAG-  139

seq1  CCTTTGCTCC-ACCAGGGACCAGACTGTGCACAGCCCACGGCCCCACAGC  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCTCCAACCAGGGACCAGACTGTGCACAGCCCACGGCCCCACAGC  189

seq1  ACCCCCTCCCTCACACTGCTTGTGTGTTCTCAGATCTTCCTCGTGCACTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCTCCCTCACACTGCTTGTGTGTTCTCAGATCTTCCTCGTGCACTT  239

seq1  GTGCATGGTAGCTGGCAAAACCACCTTGCTTCTTCCTCCTTCATCTGTAC  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGTAGCTGGCAAAACCACCTTGCTTCATCCTCCTTCATCTGTAC  289

seq1  TCTCCGTTCTATCTTTCTTTCCCTAGGAAAGTGGAGTCAATCTGTTCCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCGTTCTATCTTTCTTTCCCTAGGAAAGTGGAGTCAATCTGTTCCCA  339

seq1  TGCTCCATACATGCCAATGGCATACTCCCGAGGTGTTCTGAGCAGCTCCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCATACATGCCAATGGCATACTCCCGAGGTGTTCTGAGCAGCTCCC  389

seq1  AGTTCGGTGATGGGTCTTACAATTAGAATATTCATTACCACATATTCTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCGGTGATGGGTCTTACAATTAGAATATTCATTACCACATATTCTAT  439

seq1  CCTGATTGATGAATGAAAAGAGCCAAGCCCTTTAGATACAAGACTACATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTGATGAATGAAAAGAGCCAAGCCCTTTAGATACAAGACTACATG  489

seq1  GATGACGACCCATCACATGCAACTGTAGTCACTCTCTCCAAAATCCTTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACGACCCATCACATGCAACTGTAGTCACTCTCTCCAAAATCCTTTT  539

seq1  TTCACTTGCTACGATGAAACTTTTAATGCATAAAAATGTTATTTTAAAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTGCTACGATGAAACTTTTAATGCATAAAAATGTTATTTTAAAAT  589

seq1  CTCAAACTCTTTGGTGGTACTTAAGTTATACGTTGGAGTATACTTGCAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACTCTTTGGTGGTACTTAAGTTATACGTTGGAGTATACTTGCAAA  639

seq1  AGTTGGAAATCATGGTCATGGCCGCAAACAGAGCCCTGAATGCTCTCCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGAAATCATGGTCATGGCCGCAAACAGAGCCCTGAATGCTCTCCAT  689

seq1  TACAAATGACACAGAGACGTCACAAGGTCCGTCTTCTAAAACTGTAGACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATGACACAGAGACGTCACAAGGTCCGTCTTCTAAAACTGTAGACT  739

seq1  TTATGTCCCATGTAGTATGAGTAACCCACCCATGCCTATAGAAAATGCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCCCATGTAGTATGAGTAACCCACCCATGCCTATAGAAAATGCTT  789

seq1  CTCAATATTACTTTATTTCTAAGCAACACTCACAACTCCTTGCTTAATGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATATTACTTTATTTCTAAGCAACACTCACAACTCCTTGCTTAATGG  839

seq1  GCAAGACGAAACCTGATATTGGAAGCACTTAAGAATATTATTTTTATTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACGAAACCTGATATTGGAAGCACTTAAGAATATTATTTTTATTGT  889

seq1  AATTTATTAATTTTACTCCCTCTGCCCCCAGTCTGTTTGTGTGTGTGTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTAATTTTACTCCCTCTGCCCCCAGTCTGTTTGTGTGTGTGTAT  939

seq1  GTGTGCACACGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACACGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  989

seq1  ACACATTTACTCAGAGGCTGTCTTCTGAAAGAATTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTACTCAGAGGCTGTCTTCTGAAAGAATTC  1025

seq1: chr1_140293963_140295069
seq2: B6Ng01-025E07.g_69_1168

seq1  GAATTCTATTGTGCTTATTGCTTCCATTCTTCTGTGTTTCCCCATTTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGTGCTTATTGCTTCCATTCTTCTGTGTTTCCCCATTTACT  50

seq1  CTAAAACATCTCCTCATGAGGCAGCTTACACATTCTACTCTTAGAGAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACATCTCCTCATGAGGCAGCTTACACATTCTACTCTTAGAGAGTT  100

seq1  TTGTATTTTATCTCTGTTAGCAAAGCTCAGAATAGGTTCTGGTTGCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTTATCTCTGTTAGCAAAGCTCAGAATAGGTTCTGGTTGCTCAA  150

seq1  TAATAGACAAATTAAGCAAGTCAAAACGTACCCAAAGACTATGTCATTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGACAAATTAAGCAAGTCAAAACGTACCCAAAGACTATGTCATTAG  200

seq1  ATATATTTCAGATATACCTACTTCTGGAGCTTCATAAACACTCATATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTCAGATATACCTACTTCTGGAGCTTCATAAACACTCATATAAG  250

seq1  TTGCGTACTAAGAAGTCAAAGGGCATGAAAGTTTGCTTATGTATTCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTACTAAGAAGTCAAAGGGCATGAAAGTTTGCTTATGTATTCCATA  300

seq1  CCTGCTTTCCCATTTTCCATTAAAGCTGTGTTCACCCCTCTTGTCTTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTTCCCATTTTCCATTAAAGCTGTGTTCACCCCTCTTGTCTTACC  350

seq1  AAGACCTCCTATTAAGTCTGGTGACTTCATGTTTTGAGGTGGGATTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTCCTATTAAGTCTGGTGACTTCATGTTTTGAGGTGGGATTTCTG  400

seq1  GGTTGCCTTTCATTGATTTGGTATCTAATCTTGGACAAGTCAATTAGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCCTTTCATTGATTTGGTATCTAATCTTGGACAAGTCAATTAGCTT  450

seq1  TGATGTAACTCTTTTCCACTTCCTTTAGGTAAAGTAAAAATGTCCTGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTAACTCTTTTCCACTTCCTTTAGGTAAAGTAAAAATGTCCTGGGC  500

seq1  AAAATAGAAAAATCCACAGAGAAACGTTATTGTTAGTCTATATTATTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGAAAAATCCACAGAGAAACGTTATTGTTAGTCTATATTATTTAT  550

seq1  AGCATCACAGAAAAAGTAAAATTATGTTATCAGGCAGTATTCTTGTTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCACAGAAAAAGTAAAATTATGTTATCAGGCAGTATTCTTGTTGGT  600

seq1  TATATTATTTAATATGAATATAGAGAATGAATTTATGGACTATTATTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATTTAATATGAATATAGAGAATGAATTTATGGACTATTATTATT  650

seq1  GTTATGGTATAATCACCTTCAAATACAAAATGAGTGCATGGAACCTCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGTATAATCACCTTCAAATACAAAATGAGTGCATGGAACCTCAGG  700

seq1  TGCTGTGAATATGTCTGGCCCATAGGAAGTGGTTCTGTTAGGAACTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGAATATGTCTGGCCCATAGGAAGTGGTTCTGTTAGGAACTGTAG  750

seq1  CCTTGTTGGAGGAATTGTGGCACTCTGTGGGTGGGTTTTGAGATTCTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTGGAGGAATTGTGGCACTCTGTGGGTGGGTTTTGAGATTCTTCT  800

seq1  AGTTGCCTGGAAGAGAGTCTGCTCCTGACTTCTTTCAATGAAGATGTAGA  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCTGGAAGAGAGTCTGCTCTTGACTTCTTTCAATGAAGATGTAGA  850

seq1  ACTCTTGGTTCCTCTAACACCATGTCTGCCTATACACTCTCATGTTTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGGTTCCTCTAACACCATGTCTGCCTATACACTCTCATGTTTTCT  900

seq1  GTCATGATGATAATGGACTGAACATCTCTGAAACTGTAAGCCAACCCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |
seq2  GTCATGATGATAATGGACTGAACATCTCTGAAACTGTTAGCCA--CCCCA  948

seq1  TTAAATATTGTCTTCTATAAGAGCTGCCTTGGTCATGGTGTCTCTTCACA  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATATTGTCTTCTAT-AGAGCTGCCTTGGTCATGGTGTCTCTTCACA  997

seq1  TCAATGGAAACCCTAACTAAGAG-AGACCCTATTAAATATTC-TGAAAAC  1048
      |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TCAATGGAAACCCTAACTTAGAGAAGACCCTATT-AATATTCTTGAAAAC  1046

seq1  ATATTGCCTTGGATATGTGATCTACATTAGATGCATTTTTGAAAAGACAG  1098
       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  -TATTGCCTTGGATA-GTGATCTACATTAGATGCATTTT--GAAAGACAG  1092

seq1  ATAGATCTC  1107
      | |||||||
seq2  A-AGATCTC  1100