BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025K12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 168,178,648 - 168,332,096
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039795, Tada1l, Pogk
Upstream geneGpr161, Iqwd1, Brp44, Sacy, Ppia-ps1-1625, Mpzl1, Rcsd1, Creg1, Cd247, Pou2f1, LOC665409, Dusp27, Gpa33, Mael
Downstream geneLOC100040287, EG226601, EG226604, 4831428F09Rik, LOC240895, LOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025K12.bB6Ng01-025K12.g
ACCDH856938DH856939
length1,0511,078
definitionDH856938|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025K12, 5' end.DH856939|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025K12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(168,331,037 - 168,332,096)(168,178,648 - 168,179,739)
sequence
gaattcccattccccaagccagatatgatcaatcggttggaaagggacga
ggagtgtcctaattctgatgagtggcggctccagggagtaacctttgcag
gtactgagtgaaccagttcagcatctaccaagggaaacaagctgggtttt
cagcttccctgtgtgttgtgtaaggtatttaggagtgaggcacaaaaatc
atgtgtaggctttggggtgtgaagatttcccttttagtattgtgtggatt
taggcatcctctttcttctgggcctacatttcttcattactggttcatgt
gcaacctggtgtgtggataaagcaaattggggttgatagagcatttggtt
ggtccacacctgaatgagcatggccactttggcagcatgccacatgcctc
tacaaagacctaatgagaggaaggacaaagcccatttgtatatttattta
ccctaggcttcctgttcctttctggatagggaagccagtgacagccatag
tacacaattgagtggtctttctaagaagtacctaatttatcaaaagaaat
tagaaaaatacagttaatcccaacacttgggaggtagaggctctgaagtt
cagggtcattcttggccagcctgagctacatgagactctcagaaagagta
tgtgtgtacatgtacccttctccgcactcatgcttacacttacacatgtg
tatgtatggcatagctttgaaactaccaaaatatatttgcttttctcttt
agtcaaggttaaaatgctgtatttcactgagtctgcagcgtgcttttctt
tacattgtaatttgagaatgcctcttaaacaaagggcatggatagcagct
ccttttgtcatggcatagaatagtgtgttctgtgctgatagcctttacat
tttcagatgcaacaagccatgcttcctgtgacactgtccaatggaagtgt
atgtggaacaggctcatctttctgtagtcatgctgacacaagctttgttg
aagcttgaagtttgctttgtttgtttgaggtgttgttgggttgtggggat
g
gaattcctgttcatctttactcaataagaatgatttcatggcagagagaa
gaaggtaaaaggcaggtgagcatcctggagcagatggtaatgaatattga
ttttctccatgtgtaaggcaactagaattggcgaagaggggcacagtgca
tacacttgtgtgagacgtctacactccacaattcccacatggaggccaag
gtggatgctctctaatactgtcactgggagttcacctgccctttcttcat
ttgatccacttcctttcatgatgttcagtgcctgtctttgtgttccatct
caccattcctgtgtgtagagaacagaggaaggtcagagtgaatgtatgct
gttgacattggcttaaaggatggcaaagccatgtgagaatgttaatggtg
tgtacagacaatgtccctcatagctttctctccatggatatttatagcct
aaagatctctcctccacagaggctgttcctaccaagtccagacctgtagc
ccaatctccctcgtctgatctcagcttaccttcagcattattgaccctct
gctcatgtgaacacactctatgggaagcaaactccactctcacttgtttg
ggctaaacaagacttcttgatacagcagtaagctctaagccctgtcttct
tgtttgtgcttaagaacccagcctctgtgttcaactgtatataagcacac
ccagcttccagtgtgctgaggtttttatcagacagcccaaaccagcccat
ccaagatttctgcccatgtgtgtctgtgtgctatctttttttccattccc
tcactgccctggtgaggtctgaccttggagctatgctggatgaggcatct
acccatattcttggagtgaggtcatcagatgatgtatttttgtagctcat
gtctatcccttgggttcttctgtctatgactgggaccagttaaggtctct
gaaaaaaatgcttaggcctctgagcagaaccttttcccctgtcaagatct
atgtcagcacctttgggctgtgacatccaacggtcttaccctttctcttt
ctcttttgggattccgacttgctccatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_168331037_168332096
seq2: B6Ng01-025K12.b_45_1095 (reverse)

seq1  CAACCCCACAACCCAAACAACAACCCAAACAAAACAAAGCAAAACTCAAG  50
      || ||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||
seq2  CATCCCCACAACCC-AACAACACCTCAAAC-AAACAAAGCAAACTTCAAG  48

seq1  CCTACAACAAAGCTTGTGTCAGCATGACTACAGCAAAGATGAGCCTGTTT  100
       || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  -CTTCAACAAAGCTTGTGTCAGCATGACTACAG-AAAGATGAGCCTGTTC  96

seq1  CATCATACACTTCCATTTGGACAGTGGTCACAGGAAGCATGGCTTGCTGC  150
      || |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  CA-CATACACTTCCA-TTGGACAGT-GTCACAGGAAGCATGGCTTGTTGC  143

seq1  ATCTTGAAAATGTAAAGGCTATCAGCCACAGAACACACTATTCTATGCCA  200
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATC-TGAAAATGTAAAGGCTATCAG-CACAGAACACACTATTCTATGCCA  191

seq1  TGAACAAAAGGAGCTGCTATCCATGCCCTTTGTTTAAGAGGCATTCTC-A  249
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TG-ACAAAAGGAGCTGCTATCCATGCCCTTTGTTTAAGAGGCATTCTCAA  240

seq1  ATTACAATGTAAAGAAAAGCACGCTGCAGACTCAGTGAAATACAGCATTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAATGTAAAGAAAAGCACGCTGCAGACTCAGTGAAATACAGCATTT  290

seq1  TAACCTTGACTAAAGAGAAAAGCAAATATATTTTGGTAGTTTCAAAGCTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTGACTAAAGAGAAAAGCAAATATATTTTGGTAGTTTCAAAGCTA  340

seq1  TGCCATACATACACATGTGTAAGTGTAAGCATGAGTGCGGAGAAGGGTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATACATACACATGTGTAAGTGTAAGCATGAGTGCGGAGAAGGGTAC  390

seq1  ATGTACACACATACTCTTTCTGAGAGTCTCATGTAGCTCAGGCTGGCCAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACACACATACTCTTTCTGAGAGTCTCATGTAGCTCAGGCTGGCCAA  440

seq1  GAATGACCCTGAACTTCAGAGCCTCTACCTCCCAAGTGTTGGGATTAACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACCCTGAACTTCAGAGCCTCTACCTCCCAAGTGTTGGGATTAACT  490

seq1  GTATTTTTCTAATTTCTTTTGATAAATTAGGTACTTCTTAGAAAGACCAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTCTAATTTCTTTTGATAAATTAGGTACTTCTTAGAAAGACCAC  540

seq1  TCAATTGTGTACTATGGCTGTCACTGGCTTCCCTATCCAGAAAGGAACAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTGTGTACTATGGCTGTCACTGGCTTCCCTATCCAGAAAGGAACAG  590

seq1  GAAGCCTAGGGTAAATAAATATACAAATGGGCTTTGTCCTTCCTCTCATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTAGGGTAAATAAATATACAAATGGGCTTTGTCCTTCCTCTCATT  640

seq1  AGGTCTTTGTAGAGGCATGTGGCATGCTGCCAAAGTGGCCATGCTCATTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTTGTAGAGGCATGTGGCATGCTGCCAAAGTGGCCATGCTCATTC  690

seq1  AGGTGTGGACCAACCAAATGCTCTATCAACCCCAATTTGCTTTATCCACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGGACCAACCAAATGCTCTATCAACCCCAATTTGCTTTATCCACA  740

seq1  CACCAGGTTGCACATGAACCAGTAATGAAGAAATGTAGGCCCAGAAGAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGTTGCACATGAACCAGTAATGAAGAAATGTAGGCCCAGAAGAAA  790

seq1  GAGGATGCCTAAATCCACACAATACTAAAAGGGAAATCTTCACACCCCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGCCTAAATCCACACAATACTAAAAGGGAAATCTTCACACCCCAA  840

seq1  AGCCTACACATGATTTTTGTGCCTCACTCCTAAATACCTTACACAACACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACACATGATTTTTGTGCCTCACTCCTAAATACCTTACACAACACA  890

seq1  CAGGGAAGCTGAAAACCCAGCTTGTTTCCCTTGGTAGATGCTGAACTGGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGCTGAAAACCCAGCTTGTTTCCCTTGGTAGATGCTGAACTGGT  940

seq1  TCACTCAGTACCTGCAAAGGTTACTCCCTGGAGCCGCCACTCATCAGAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAGTACCTGCAAAGGTTACTCCCTGGAGCCGCCACTCATCAGAAT  990

seq1  TAGGACACTCCTCGTCCCTTTCCAACCGATTGATCATATCTGGCTTGGGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACACTCCTCGTCCCTTTCCAACCGATTGATCATATCTGGCTTGGGG  1040

seq1  AATGGGAATTC  1060
      |||||||||||
seq2  AATGGGAATTC  1051

seq1: chr1_168178648_168179739
seq2: B6Ng01-025K12.g_68_1145

seq1  GAATTCCTGTTCATCTTTACTCAATAAGAATGATTTCATGGCAGAGAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTTCATCTTTACTCAATAAGAATGATTTCATGGCAGAGAGAA  50

seq1  GAAGGTAAAAGGCAGGTGAGCATCCTGGAGCAGATGGTAATGAATATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTAAAAGGCAGGTGAGCATCCTGGAGCAGATGGTAATGAATATTGA  100

seq1  TTTTCTCCATGTGTAAGGCAACTAGAATTGGCGAAGAGGGGCACAGTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCATGTGTAAGGCAACTAGAATTGGCGAAGAGGGGCACAGTGCA  150

seq1  TACACTTGTGTGAGACGTCTACACTCCACAATTCCCACATGGAGGCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTGTGTGAGACGTCTACACTCCACAATTCCCACATGGAGGCCAAG  200

seq1  GTGGATGCTCTCTAATACTGTCACTGGGAGTTCACCTGCCCTTTCTTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGCTCTCTAATACTGTCACTGGGAGTTCACCTGCCCTTTCTTCAT  250

seq1  TTGATCCACTTCCTTTCATGATGTTCAGTGCCTGTCTTTGTGTTCCATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCACTTCCTTTCATGATGTTCAGTGCCTGTCTTTGTGTTCCATCT  300

seq1  CACCATTCCTGTGTGTAGAGAACAGAGGAAGGTCAGAGTGAATGTATGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTCCTGTGTGTAGAGAACAGAGGAAGGTCAGAGTGAATGTATGCT  350

seq1  GTTGACATTGGCTTAAAGGATGGCAAAGCCATGTGAGAATGTTAATGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACATTGGCTTAAAGGATGGCAAAGCCATGTGAGAATGTTAATGGTG  400

seq1  TGTACAGACAATGTCCCTCATAGCTTTCTCTCCATGGATATTTATAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGACAATGTCCCTCATAGCTTTCTCTCCATGGATATTTATAGCCT  450

seq1  AAAGATCTCTCCTCCACAGAGGCTGTTCCTACCAAGTCCAGACCTGTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCTCTCCTCCACAGAGGCTGTTCCTACCAAGTCCAGACCTGTAGC  500

seq1  CCAATCTCCCTCGTCTGATCTCAGCTTACCTTCAGCATTATTGACCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCTCCCTCGTCTGATCTCAGCTTACCTTCAGCATTATTGACCCTCT  550

seq1  GCTCATGTGAACACACTCTATGGGAAGCAAACTCCACTCTCACTTGTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGTGAACACACTCTATGGGAAGCAAACTCCACTCTCACTTGTTTG  600

seq1  GGCTAAACAAGACTTCTTGATACAGCAGTAAGCTCTAAGCCCTGTCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAACAAGACTTCTTGATACAGCAGTAAGCTCTAAGCCCTGTCTTCT  650

seq1  TGTTTGTGCTTAAGAACCCAGCCTCTGTGTTCAACTGTATATAAGCACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTGCTTAAGAACCCAGCCTCTGTGTTCAACTGTATATAAGCACAC  700

seq1  CCAGCTTCCAGTGTGCTGAGGTTTTTATCAGACAGCCCAAACCAGCCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCCAGTGTGCTGAGGTTTTTATCAGACAGCCCAAACCAGCCCAT  750

seq1  CCAAGATTTCTGCCCATGTGTGTCTGTGTGCTATCTTTTTTTCCATTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATTTCTGCCCATGTGTGTCTGTGTGCTATCTTTTTTTCCATTCCC  800

seq1  TCACTGCCCTGGTGAGGTCTGACCTTGGAGCTATGCTGGATGAGGCATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCCCTGGTGAGGTCTGACCTTGGAGCTATGCTGGATGAGGCATCT  850

seq1  ACCCATATTCTTGGAGTGAGGTCATCAGATGATGTATTTTTGTAGCTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATATTCTTGGAGTGAGGTCATCAGATGATGTATTTTTGTAGCTCAT  900

seq1  GTCTATCCCTTGGGTTCTTTCTGTCTATGACTGGGACCAGGTAAGGTCTC  950
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTCTATCCCTTGGGTTC-TTCTGTCTATGACTGGGACCAGTTAAGGTCTC  949

seq1  TGAAAAAAAAATGCTTAGGCCTCTGAGCCAGAACCTTTTCCCCTGTCAAG  1000
      ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TG--AAAAAAATGCTTAGGCCTCTGAG-CAGAACCTTTTCCCCTGTCAAG  996

seq1  ATCTAGTGGTCAAGGCA-CTTTGGGCTTGTGACATCCAACCGGTCATACC  1049
      |||||   ||||  ||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||  
seq2  ATCTA--TGTCA--GCACCTTTGGGC-TGTGACATCCAA-CGGTCTTA--  1038

seq1  CCCTTTCTTCTTTCTCTTTTGGGATGTCAGACATTGCTCCATC  1092
      ||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||
seq2  CCCTTTC-TCTTTCTCTTTTGGGAT-TCCGAC-TTGCTCCATC  1078