BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026B17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 61,070,543 - 61,158,346
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433313
Upstream geneIca1l, Wdr12, Carf, Nbeal1, Cyp20a1, Abi2, Raph1, LOC100043027, LOC100042533, Eif4a-ps4, Cd28, LOC667555, Rpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos
Downstream geneLOC100042566, Pard3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026B17.bB6Ng01-026B17.g
ACCDH857246DH857247
length1,1251,068
definitionDH857246|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026B17, 5' end.DH857247|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026B17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,070,543 - 61,071,697)(61,157,273 - 61,158,346)
sequence
gaattcatcaagttattgtttatatgatcagaaaacatatctagtacaca
tgaagagaagaccaaaataggaaatatattcattttatgagacaatggat
tatcctagagaaagaaaagacacccaccaaatccaggaagtagagagtta
ctcaacatgggaagttcttcaaatatcaagggagatgtttataagtcatc
actagtgacttacttaatatttatttcagtaggtgtgcaaagatgaaact
atttgttgctgtttgtttgtgtgtgtttttgagactagtccccaattcac
tttgtaactgagtatgatcctgaatccctgattctgaggcctctgcctcg
aaagggctgagattagaagcatgccataatgtgcctggatgcaaaggtgg
atttggaagagttggtgagagaagtgaactggtatttaatggtaaacgtc
tataaagagatttaagggcctagatgaatcaaatagttttggtgtaggtt
ttactgttgactttaatttagattgaagaaattcttgggtagagaagaac
tattggttgtgagagggttatatgatatgtacaaaaaaaaagggagaaaa
cacatatagtgcctgaatggcagagatgggtgaggatatctgagatggaa
aaatgaaaataacatacaggaagaacaccttttcctatgagattcagata
agctcaggggtgaggaaaagcaacatttattattagtatatgaaacctac
ctatcccttcaacaataatgagaccaaataaaatgtcataattttctcct
aaacaaagctgaggctaatcaacagtaagaagctgtttacttggggcggg
taaatcctggttgatgagacacaggcccattctgtccagaccccgcttca
cagtaagctgctggaatgccgttagaagcaagccttatttgtcattctcc
tggggttggcttcaagtccctcttttctagagcactcatgtctactgatg
tgagcatatggacatatctgatgtgtcattcaataccagctctcaaacga
gatttcacatcgcagcagctctcctgtctatccaaatgtcctcatgccat
tccaatatgtgtgaattcaaactgc
gaattcttagagatgtttgaaaaaaaaaatagacagctacccaggtgctt
caaaatggtctaattgtcagcgacaattgaaataatgatgatagttttct
cacagagctgagtttgttcaggttttgcccagtaacctctctacctcagt
ttcctattctgtaaaaccggagtaaaatgaaagcaacttcagctgctgtg
acaccaatgtgatctacatctaacttccccgatgcagaagagccagggct
ccatagatggtaggccctaacgtcaactttcactgcttaataagtcaaat
ggaccctgagctacttctcagggttgtaactgtaggtcccttcctaccaa
aggtctgatactagaagtaggactctgaatgcctcggcaccaagcatgta
aacaccacagagaggaagccaggaagcaccaccaccaaatcctaggagga
tgaacatgtgtaattattagtctctcagtgacatgtcatgtaatcatgtt
atttaactgagcttctcttatgtgttaaacactatgttctatagtaccct
atattcccaggtatatttaatcctcacaataattacttgaagtatccagt
atcctaatctgcaggggacaccaagtctcagagaagttagcagctttaag
atcaagaaattgaggcaagatctagacccaagtctccatgtctccaattg
ctaccaccacaaccaccaccaccaccaccaccaccaccaccaccaccacc
actaccaccatgctccattccatgcagagactatgtcttctgagaatttt
tggttttgttttgttttgttttgttttgtttttcgagacagggtttctct
gtgtagccctggctgtcctggaactcactctgaagatctgactggcctca
actcagaaattcgcctgccttctgcctcccagtgctgggattaaagggtg
cgccaccatgcctggctgtcttctgggaatttgattcctctactacagta
ggagtttctcctgggatgaggaagtgaatcatgtacaataagtacccagc
cttagtagcttcggttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_61070543_61071697
seq2: B6Ng01-026B17.b_46_1170

seq1  GAATTCATCAAGTTATTGTTTATATGATCAGAAAACATATCTAGTACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAAGTTATTGTTTATATGATCAGAAAACATATCTAGTACACA  50

seq1  TGAAGAGAAGACCAAAATAGGAAATATATTCATTTTATGAGACAATGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGAAGACCAAAATAGGAAATATATTCATTTTATGAGACAATGGAT  100

seq1  TATCCTAGAGAAAGAAAAGACACCCACCAAATCCAGGAAGTAGAGAGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTAGAGAAAGAAAAGACACCCACCAAATCCAGGAAGTAGAGAGTTA  150

seq1  CTCAACATGGGAAGTTCTTCAAATATCAAGGGAGATGTTTATAAGTCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACATGGGAAGTTCTTCAAATATCAAGGGAGATGTTTATAAGTCATC  200

seq1  ACTAGTGACTTACTTAATATTTATTTCAGTAGGTGTGCAAAGATGAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGACTTACTTAATATTTATTTCAGTAGGTGTGCAAAGATGAAACT  250

seq1  ATTTGTTGCTGTTTGTTTGTGTGTGTTTTTGAGACTAGTCCCCAATTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTGCTGTTTGTTTGTGTGTGTTTTTGAGACTAGTCCCCAATTCAC  300

seq1  TTTGTAACTGAGTATGATCCTGAATCCCTGATTCTGAGGCCTCTGCCTCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAACTGAGTATGATCCTGAATCCCTGATTCTGAGGCCTCTGCCTCG  350

seq1  AAAGGGCTGAGATTAGAAGCATGCCATAATGTGCCTGGATGCAAAGGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCTGAGATTAGAAGCATGCCATAATGTGCCTGGATGCAAAGGTGG  400

seq1  ATTTGGAAGAGTTGGTGAGAGAAGTGAACTGGTATTTAATGGTAAACGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAAGAGTTGGTGAGAGAAGTGAACTGGTATTTAATGGTAAACGTC  450

seq1  TATAAAGAGATTTAAGGGCCTAGATGAATCAAATAGTTTTGGTGTAGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGAGATTTAAGGGCCTAGATGAATCAAATAGTTTTGGTGTAGGTT  500

seq1  TTACTGTTGACTTTAATTTAGATTGAAGAAATTCTTGGGTAGAGAAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTTGACTTTAATTTAGATTGAAGAAATTCTTGGGTAGAGAAGAAC  550

seq1  TATTGGTTGTGAGAGGGTTATATGATATGTACAAAAAAAAAGGGAGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTTGTGAGAGGGTTATATGATATGTACAAAAAAAAAGGGAGAAAA  600

seq1  CACATATAGTGCCTGAATGGCAGAGATGGGTGAGGATATCTGAGATGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATAGTGCCTGAATGGCAGAGATGGGTGAGGATATCTGAGATGGAA  650

seq1  AAATGAAAATAACATACAGGAAGAACACCTTTTCCTATGAGATTCAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAATAACATACAGGAAGAACACCTTTTCCTATGAGATTCAGATA  700

seq1  AGCTCAGGGGTGAGGAAAAGCAACATTTATTATTAGTATATGAAACCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGGGGTGAGGAAAAGCAACATTTATTATTAGTATATGAAACCTAC  750

seq1  CTATCCCTTCAACAATAATGAGACCAAATAAAATGTCATAATTTTCTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCTTCAACAATAATGAGACCAAATAAAATGTCATAATTTTCTCCT  800

seq1  AAACAAAGCTGAGGCTAATCAACAGTAAGAAGCTGTTTACTTGGGGCGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGCTGAGGCTAATCAACAGTAAGAAGCTGTTTACTTGGGGCGGG  850

seq1  TAAATCCTGGTTGATGAGACACAGGCCCATTCTGTCCAGACCCCGCTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCTGGTTGATGAGACACAGGCCCATTCTGTCCAGACCCCGCTTCA  900

seq1  CAGTAAGCTGCTGGAATGCCGTTAGAAGCAAGCCTTTATTTGTCATTCTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGTAAGCTGCTGGAATGCCGTTAGAAGCAAGCC-TTATTTGTCATTCTC  949

seq1  CTGGGGGTTGGCTCCAAGTCCCTCTTTTCTAAGAGCACCTCATGTCTACT  1000
      || |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  CT-GGGGTTGGCTTCAAGTCCCTCTTTTCT-AGAGCA-CTCATGTCTACT  996

seq1  GATGTGAGCCAATATGGAACATATCTGATGTGTCATTCAAATACACAGCT  1050
      |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  GATGTGAGC--ATATGG-ACATATCTGATGTGTCATTC-AATAC-CAGCT  1041

seq1  CTCAAAAACGGAGATTTCACATTCCGCAAGCCAGCTTCCTCCCTGTCTAT  1100
      ||||||    ||||||||||||  ||||   |||||  || |||||||||
seq2  CTCAAA---CGAGATTTCACAT--CGCA--GCAGCT--CT-CCTGTCTAT  1081

seq1  CCATAGATGTCCCCTCAATGTCATTTTCCAATAATTGTGTTGAATCCTAA  1150
      ||  | |||||| |   ||| ||  ||||||||  |||| ||||| | ||
seq2  CC--AAATGTCCTC---ATGCCA--TTCCAATA--TGTG-TGAATTC-AA  1120

seq1  ACTGC  1155
      |||||
seq2  ACTGC  1125

seq1: chr1_61157273_61158346
seq2: B6Ng01-026B17.g_66_1133 (reverse)

seq1  ATAACTGAAGCTACTTAGGCTGGGTACCTAATTGTACATTGATGCACTTC  50
      ||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||| |||| ||||||
seq2  ATAACCGAAGCTACTAAGGCTGGGTA-CTTATTGTACA-TGATTCACTTC  48

seq1  CTCATCCCAGGAGAAACTCTTACTGTTAGTAGAGGAATCAAAATTCCCAG  100
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCATCCCAGGAGAAACTCCTACTG-TAGTAGAGGAATC-AAATTCCCAG  96

seq1  AAGACAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGACAGCCAGGCATGGTGGCGCAC-CCTTTAATCCCAGCAC-TGGGAGG  144

seq1  CAG-AGGCAGGCGAATTTCTGAGTTTGAGGCCAGTCAGATCTTCAGAGTG  199
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGCAGGCGAATTTCTGAG-TTGAGGCCAGTCAGATCTTCAGAGTG  193

seq1  AGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAA  243

seq1  AACAAAACAAAACAAAACAAAACCAAAAATTCTCAGAAGACATAGTCTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAAAACAAAACAAAACCAAAAATTCTCAGAAGACATAGTCTCT  293

seq1  GCATGGAATGGAGCATGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGAATGGAGCATGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTG  343

seq1  GTGGTGGTGGTGGTTGTGGTGGTAGCAATTGGAGACATGGAGACTTGGGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTGGTGGTTGTGGTGGTAGCAATTGGAGACATGGAGACTTGGGT  393

seq1  CTAGATCTTGCCTCAATTTCTTGATCTTAAAGCTGCTAACTTCTCTGAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATCTTGCCTCAATTTCTTGATCTTAAAGCTGCTAACTTCTCTGAGA  443

seq1  CTTGGTGTCCCCTGCAGATTAGGATACTGGATACTTCAAGTAATTATTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGTCCCCTGCAGATTAGGATACTGGATACTTCAAGTAATTATTGT  493

seq1  GAGGATTAAATATACCTGGGAATATAGGGTACTATAGAACATAGTGTTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTAAATATACCTGGGAATATAGGGTACTATAGAACATAGTGTTTA  543

seq1  ACACATAAGAGAAGCTCAGTTAAATAACATGATTACATGACATGTCACTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAAGAGAAGCTCAGTTAAATAACATGATTACATGACATGTCACTG  593

seq1  AGAGACTAATAATTACACATGTTCATCCTCCTAGGATTTGGTGGTGGTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTAATAATTACACATGTTCATCCTCCTAGGATTTGGTGGTGGTGC  643

seq1  TTCCTGGCTTCCTCTCTGTGGTGTTTACATGCTTGGTGCCGAGGCATTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCTTCCTCTCTGTGGTGTTTACATGCTTGGTGCCGAGGCATTCA  693

seq1  GAGTCCTACTTCTAGTATCAGACCTTTGGTAGGAAGGGACCTACAGTTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTACTTCTAGTATCAGACCTTTGGTAGGAAGGGACCTACAGTTAC  743

seq1  AACCCTGAGAAGTAGCTCAGGGTCCATTTGACTTATTAAGCAGTGAAAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGAGAAGTAGCTCAGGGTCCATTTGACTTATTAAGCAGTGAAAGT  793

seq1  TGACGTTAGGGCCTACCATCTATGGAGCCCTGGCTCTTCTGCATCGGGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTTAGGGCCTACCATCTATGGAGCCCTGGCTCTTCTGCATCGGGGA  843

seq1  AGTTAGATGTAGATCACATTGGTGTCACAGCAGCTGAAGTTGCTTTCATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATGTAGATCACATTGGTGTCACAGCAGCTGAAGTTGCTTTCATT  893

seq1  TTACTCCGGTTTTACAGAATAGGAAACTGAGGTAGAGAGGTTACTGGGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCCGGTTTTACAGAATAGGAAACTGAGGTAGAGAGGTTACTGGGCA  943

seq1  AAACCTGAACAAACTCAGCTCTGTGAGAAAACTATCATCATTATTTCAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGAACAAACTCAGCTCTGTGAGAAAACTATCATCATTATTTCAAT  993

seq1  TGTCGCTGACAATTAGACCATTTTGAAGCACCTGGGTAGCTGTCTATTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGCTGACAATTAGACCATTTTGAAGCACCTGGGTAGCTGTCTATTTT  1043

seq1  TTTTTTCAAACATCTCTAAGAATTC  1074
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCAAACATCTCTAAGAATTC  1068