BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027B21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 80,586,204 - 80,747,455
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock10
Upstream geneAp1s3, Wdfy1, Mrpl44, Serpine2, EG433326, LOC665064, LOC100039325, A830043J08Rik, 2310015K22Rik, Cul3, EG620899, 1700016L21Rik
Downstream geneLOC665092, 9430031J16Rik, EG621020, LOC433328
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027B21.bB6Ng01-027B21.g
ACCDH857952DH857953
length9801,016
definitionDH857952|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027B21, 5' end.DH857953|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027B21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,746,470 - 80,747,455)(80,586,204 - 80,587,238)
sequence
gaattctatcagtaaatctaaagattacatttagaaaatagacattcttg
tctctcatagtgtgtgtatacacatactctctctctctctctctctctct
cacacacacacacacacacacacacacatgtatatatatatatatatatc
cttcttattcaccttgaaatgccctatggatgctatttcatggagttaaa
aaccttgatttcctcatatgctgagatgcatatgatctctctggttgccc
ttcatcatgatatgctttcatgatggtcacttcccatcaatattatgagt
ttaaaagtttaaccatattggtttctaatcaatgggaggtgttaggaaat
ggcagtttctacaaagctggagtctagaactccatattcaacccttgtgc
tcatggtgtgatgttacttctttctttagagcctcagagtctagattggt
gatcatgggccagatgtgacggtgcacacatctaatcccagcacttagga
ggtcaaagcagggggatttgagtgagtttgaggccatcctggtttatata
gtgaattctagatcaacctacactatgtagagaagtactgtctcaaaaat
aataataaaaaaaagacaataaaaaatgctatgattggtacttgcctttg
cagttcctctgcttcaaagttctgataagttctccagatcacagacatga
ctggcttaggagtgctgaactggacatcactaggaagttttctattccac
ttctctaggtctcattactctgctttgttggtttcatggctcacagtgct
gcccacagtgatattttgaacttgtctcttgcaattcttttatatcctcc
ttactgtctgaaagtaaatgtaggggtgatgctttcttactgcaactgaa
gcactttaaggagcgctaggacataggctgggtggagttgtattgaaaga
ggaattgctgtatgtgagatacatatcctt
gaattcaggaacaggaacatttaaatgtagctagctccaatgatacggct
taattagcttggattgtcggagtcaattcccactttcaaagaaatgtgtc
atgctacaaaaccaccatctagaagttgatgttctgtttgattgatggaa
aaattgcatgctgtcaaagtctgcctcctcatcacaaaggagtcttctgt
ggaggctgcagacactcaggtatgaaatggagcggttcgctctcctgaga
tgtggaggactggtcttcaaaacatgtcatcaaagcaggaatgaggttga
agacagccataaatgaaagaaagctgctgtacaaacacacagaagtttca
aaaaacaaaccaacaaacaaaaaacaaaaaaacaaaaccaatttcaacca
gtgagaaactgccacccaagtgaggctgttttattgatttcaatatgatt
actaacatgtgcaatgaagttatttgttaaaagtaatttcctacgttatc
ttttaaatatgtgcacccactgtaagattacatgaaaaacatctttgaga
tgctcaaaatcaactaaacctcttggcctaagacacaaaagagcacacct
aaaaggctgttttcaggagacgggagggagtgctcattaagcaatgagca
ctggctgctcttgtagatgactcaaggtacgcatacacacgtgcataaaa
cataccgatgcacacgggatgaaatagaatcaaataaaaataaaatgttt
ccaaagagctacactgttgagacttgagccagttgagccatgtagtttct
gaacatgatctatgtgggaagagtcgcatgtctttggcagtagagaggca
cacatgtcttcaccagagaaggcagctactagtgtgccctagtctatctt
tctatcagggaggctgtgcctcttaactacatatgtaggtttcaggagag
aacaccatcaaatggtaaggggtagagctctcttcttagccaggaagatc
agcgattcaaccctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_80746470_80747455
seq2: B6Ng01-027B21.b_42_1021 (reverse)

seq1  AAGGATATTGTTATCTCACACTAACAGCAAATCCTACTTTCACTACAACC  50
      ||||||||   |||||||||   ||||||| |||| |||||| ||||| |
seq2  AAGGATAT--GTATCTCACA--TACAGCAATTCCT-CTTTCAATACAA-C  44

seq1  TCCACCCAGCCTATTGTCCTAGCGCTCCTT-AAGTGCTTCAGTTGCAGTA  99
      ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCAGCCTA-TGTCCTAGCGCTCCTTAAAGTGCTTCAGTTGCAGTA  93

seq1  AGAAAGCATCACCCCTACATTTACTTTCAGACAGTAAGGAGGATATAAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCATCACCCCTACATTTACTTTCAGACAGTAAGGAGGATATAAAA  143

seq1  GAATTGCAAGAGACAAGTTCAAAATATCACTGTGGGCAGCACTGTGAGCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGCAAGAGACAAGTTCAAAATATCACTGTGGGCAGCACTGTGAGCC  193

seq1  ATGAAACCAACAAAGCAGAGTAATGAGACCTTAGAGAAGTGG-ATAGAAA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  ATGAAACCAACAAAGCAGAGTAATGAGACC-TAGAGAAGTGGAATAGAAA  242

seq1  ACTTCCTAGTGATGTCCAGTTCAGCACTCCTAAGCCAGTCATGTCTGTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTAGTGATGTCCAGTTCAGCACTCCTAAGCCAGTCATGTCTGTGA  292

seq1  TCTGGAGAACTTATCAGAACTTTGAAGCAGAGGAACTGCAAAGGCAAGTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAACTTATCAGAACTTTGAAGCAGAGGAACTGCAAAGGCAAGTA  342

seq1  CCAATCATAGCATTTTTTATTGTCTTTTTTTTATTATTATTTTTGAGACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCATAGCATTTTTTATTGTCTTTTTTTTATTATTATTTTTGAGACA  392

seq1  GTACTTCTCTACATAGTGTAGGTTGATCTAGAATTCACTATATAAACCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTCTCTACATAGTGTAGGTTGATCTAGAATTCACTATATAAACCAG  442

seq1  GATGGCCTCAAACTCACTCAAATCCCCCTGCTTTGACCTCCTAAGTGCTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCTCAAACTCACTCAAATCCCCCTGCTTTGACCTCCTAAGTGCTG  492

seq1  GGATTAGATGTGTGCACCGTCACATCTGGCCCATGATCACCAATCTAGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGATGTGTGCACCGTCACATCTGGCCCATGATCACCAATCTAGAC  542

seq1  TCTGAGGCTCTAAAGAAAGAAGTAACATCACACCATGAGCACAAGGGTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGCTCTAAAGAAAGAAGTAACATCACACCATGAGCACAAGGGTTG  592

seq1  AATATGGAGTTCTAGACTCCAGCTTTGTAGAAACTGCCATTTCCTAACAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGAGTTCTAGACTCCAGCTTTGTAGAAACTGCCATTTCCTAACAC  642

seq1  CTCCCATTGATTAGAAACCAATATGGTTAAACTTTTAAACTCATAATATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTGATTAGAAACCAATATGGTTAAACTTTTAAACTCATAATATT  692

seq1  GATGGGAAGTGACCATCATGAAAGCATATCATGATGAAGGGCAACCAGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGAAGTGACCATCATGAAAGCATATCATGATGAAGGGCAACCAGAG  742

seq1  AGATCATATGCATCTCAGCATATGAGGAAATCAAGGTTTTTAACTCCATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCATATGCATCTCAGCATATGAGGAAATCAAGGTTTTTAACTCCATG  792

seq1  AAATAGCATCCATAGGGCATTTCAAGGTGAATAAGAAGGATATATATATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCATCCATAGGGCATTTCAAGGTGAATAAGAAGGATATATATATA  842

seq1  TATATATACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAG  892

seq1  AGAGAGAGAGAGTATGTGTATACACACACTATGAGAGACAAGAATGTCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGTATGTGTATACACACACTATGAGAGACAAGAATGTCTA  942

seq1  TTTTCTAAATGTAATCTTTAGATTTACTGATAGAATTC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAAATGTAATCTTTAGATTTACTGATAGAATTC  980

seq1: chr1_80586204_80587238
seq2: B6Ng01-027B21.g_66_1098

seq1  GAATTCAGGAACAGGAACATTTAAATGTAGCTAGCTCCAATGATACGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAACAGGAACATTTAAATGTAGCTAGCTCCAATGATACGGCT  50

seq1  TAATTAGCTTGGATTGTCGGAGTCAATTCCCACTTTCAAAGAAATGTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGCTTGGATTGTCGGAGTCAATTCCCACTTTCAAAGAAATGTGTC  100

seq1  ATGCTACAAAACCACCATCTAGAAGTTGATGTTCTGTTTGATTGATGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTACAAAACCACCATCTAGAAGTTGATGTTCTGTTTGATTGATGGAA  150

seq1  AAATTGCATGCTGTCAAAGTCTGCCTCCTCATCACAAAGGAGTCTTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCATGCTGTCAAAGTCTGCCTCCTCATCACAAAGGAGTCTTCTGT  200

seq1  GGAGGCTGCAGACACTCAGGTATGAAATGGAGCGGTTCGCTCTCCTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTGCAGACACTCAGGTATGAAATGGAGCGGTTCGCTCTCCTGAGA  250

seq1  TGTGGAGGACTGGTCTTCAAAACATGTCATCAAAGCAGGAATGAGGTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGACTGGTCTTCAAAACATGTCATCAAAGCAGGAATGAGGTTGA  300

seq1  AGACAGCCATAAATGAAAGAAAGCTGCTGTACAAACACACAGAAGTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCCATAAATGAAAGAAAGCTGCTGTACAAACACACAGAAGTTTCA  350

seq1  AAAAACAAACCAACAAACAAAAAACAAAAAAACAAAACCAATTTCAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAACCAACAAACAAAAAACAAAAAAACAAAACCAATTTCAACCA  400

seq1  GTGAGAAACTGCCACCCAAGTGAGGCTGTTTTATTGATTTCAATATGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAACTGCCACCCAAGTGAGGCTGTTTTATTGATTTCAATATGATT  450

seq1  ACTAACATGTGCAATGAAGTTATTTGTTAAAAGTAATTTCCTACGTTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACATGTGCAATGAAGTTATTTGTTAAAAGTAATTTCCTACGTTATC  500

seq1  TTTTAAATATGTGCACCCACTGTAAGATTACATGAAAAACATCTTTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATATGTGCACCCACTGTAAGATTACATGAAAAACATCTTTGAGA  550

seq1  TGCTCAAAATCAACTAAACCTCTTGGCCTAAGACACAAAAGAGCACACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAAAATCAACTAAACCTCTTGGCCTAAGACACAAAAGAGCACACCT  600

seq1  AAAAGGCTGTTTTCAGGAGACGGGAGGGAGTGCTCATTAAGCAATGAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCTGTTTTCAGGAGACGGGAGGGAGTGCTCATTAAGCAATGAGCA  650

seq1  CTGGCTGCTCTTGTAGATGACTCAAGGTACGCATACACACGTGCATAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGCTCTTGTAGATGACTCAAGGTACGCATACACACGTGCATAAAA  700

seq1  CATACCGATGCACACGGGATGAAATAGAATCAAATAAAAATAAAATGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCGATGCACACGGGATGAAATAGAATCAAATAAAAATAAAATGTTT  750

seq1  CCAAAGAGCTACACTGTTGAGACTTGAGCCAGTTGAGCCATGTAGTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAGCTACACTGTTGAGACTTGAGCCAGTTGAGCCATGTAGTTTCT  800

seq1  GAACATGATCTATGTGGGAAGAGTCGCATGTCTTTGGCAGTAGAGAGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGATCTATGTGGGAAGAGTCGCATGTCTTTGGCAGTAGAGAGGCA  850

seq1  CACATGTCTTCACCAGAGGAAGGCAGCTACTAGTGTGCCCTAGTCTATCT  900
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTCTTCACCAGA-GAAGGCAGCTACTAGTGTGCCCTAGTCTATCT  899

seq1  TTCTATCAGGGAAGGCTGTG-CTCTTAACTACATATGTAGTTTTCAGGAG  949
      ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCTATCAGGG-AGGCTGTGCCTCTTAACTACATATGTAGGTTTCAGGAG  948

seq1  AGACACCCATCAAATGGTAAGGGTTAGAGCTCTCTTCTTAGCCAGGAAGA  999
      |||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACCATCAAATGGTAAGGGGTAGAGCTCTCTTCTTAGCCAGGAAGA  998

seq1  TCAGCAGAATCAACCCTGGTGCTTACTGAGGACGCC  1035
      ||||| || |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGC-GATTCAACCCTGGTGCTTACTGAGGACGCC  1033