BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028K12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 62,188,821 - 62,312,882
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3b
Upstream geneLOC100042566
Downstream geneLOC667592, Nrp2, LOC100043070, A430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2, Gpr1, 1700039I01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028K12.bB6Ng01-028K12.g
ACCDH859077DH859078
length1,1911,134
definitionDH859077|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028K12, 5' end.DH859078|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028K12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,311,665 - 62,312,882)(62,188,821 - 62,189,871)
sequence
gaattctcataaattttaaaggctttgtcccgctgattctaatatttatg
tcagctgtgcatttaattgttgatttcctcattatgttcatgtttctgta
cttccttgtatgtgcattgatcttttgtgaatgctgaatagtataaattt
tatattgttggatgtttgatagttttatgatttaaaagatacccacagga
catagttgtgttgcttggagagaactgatccttctggcctttgcatttaa
gaccatttttagcagtgtcacagccgcattaatggaggatgatgagatcc
tgccatcctcacaatggcatccttacgcacacatgtctgtgactacatgg
gctttgaggacagaaaccacctcaagtctgtgtgagctccccactctgtt
ttggggatccttttgagctgacttgatagttccttttcatgcatcctcta
actacgacactgtccaatactggggagagactgcacatgtatcaggactt
ccgtctcttctcaccactgtggcattctgttctatgctccccagtgaccc
ttcttctcttagattctcagctccagctccttatctcaactactaaaagt
catggtgagaacaggatagtgggctatagtgtgatatttgttgatttaaa
tgaaatgcactttaaattaatttaatatacttaatatactaaaacaccac
tgtcctcatgaattaaaccatcctaacccccagagctggtgccataaaag
ccaggttagcaattacaatctaaagccaagctcagagcatgctgagctga
gagcttgatccctgcctaagagtttggattatcatcccgcttccttcaca
catgggggtgttataaagcaacgatgagaacaggtggggtttgctgggct
attctaagtactgaagcacaaagagaatgcatctgagctggtgaatgtcc
agatgcaggactggtcacatgctgtctctgtaccacagttacagaaggca
gctgtctacatcttccaaggatcctcacctcttgaccagactttcataac
tatggctgaattttatagttgccatcaacttacccttggctaccttccct
tccatgtctacacacaattactgattaatccatggataatacatctgcac
ttcttgacctcaacctttcaaaaattcacactgcctggcaa
gaattctcactgaaacacaaatgtttgagaaacacttaaaagtcattcaa
caaccttagctgtcaggaaaatgcaagattgaaaacacttggagatttca
tcttaccccagtcacaatagctaagactaataagataaatcacagctaat
gatagggaaaatatggagaaaggaggacatttattcattattaatgggag
tgtgaactgatacaaccactatgagattcggtaagggagttcctcaaaaa
atctaaaaatattctaccagaagatcctgatatatataaccaagtctcaa
acatgtaccagaagacccccacacgatactttagagatatttgttcatcc
atactcattgttctattcataataaccagagattagaaccaccctagatg
catataagctgataaatagtgaaaatgaggtacattcatatccaggaata
tcattcaggtgttaagagaaataaaaattacaggttaaatgctgttaaaa
aacaatcattctggaagaagtaactggagccagaaagacaaacactgtat
gttttctcttggatgtgaatattatcttgtaagctttaggtatgtgtttc
cttggagtttcttttatgtctaatgatttgtgagtatgaatgtgggaatg
tgtgtgcacaaatacaagtgtacataattgtacaagagagtatcagatct
caggaagccagcttacaggcagtggtgagacatcagacactagtgcgggg
agtttaccttgggtcctctacaaaagcagcagcccttaaaactgccacac
gtgtctctagcacgatgtgtgttctctttaagtgtatagttgttggcatg
attacgctcaaaatgtagccagctctgaattcccttgatcagatatcaca
ccccaactctccctggtttaatttcaaattgtaattgacatttccataca
tatagcatatcaactatagtgtgacataaataaacctttactgtcataac
tgaaactagtgaaacttcttaactctagtaagtagtagagcgaaagctta
ttcttttcttgcgtggttagagataataacaactccacatgggagaaggg
agatcaacaataaaggctaaccttactaaaccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_62311665_62312882
seq2: B6Ng01-028K12.b_46_1236 (reverse)

seq1  TTGCCAGGCAGTAGTAGAATATTAGTGAAAGATTGAGGTACAAAGAAAAA  50
      |||||||||||| || |||| ||  |||||| ||||||| ||   | || 
seq2  TTGCCAGGCAGT-GT-GAATTTT--TGAAAGGTTGAGGT-CA---AGAAG  42

seq1  TGACAGAAATGATATTTACATCAATGTGAATTAATCAGTAATATGTGTGG  100
      || |||  ||| ||||   ||| |  || ||||||||||||| ||||| |
seq2  TG-CAG--ATG-TATT---ATCCA--TGGATTAATCAGTAAT-TGTGT-G  81

seq1  TAGACATGGGAAGTGGAGGTAAGCCAAGGGTAAGTTGATGGCAACTATAA  150
      ||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAGACAT-GGAAGGGAAGGT-AGCCAAGGGTAAGTTGATGGCAACTAT-A  128

seq1  AAATTCAGCCATAGTTTATTGAAAGTCTGGGTCAAGAGGTGAGGATCTTT  200
      ||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  AAATTCAGCCATAGTT--ATGAAAGTCT-GGTCAAGAGGTGAGGATCCTT  175

seq1  GGAAGATGTAGACAGCTGGCCTTCTGTAACTGTTGGTTACAGAGACAGCA  250
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||
seq2  GGAAGATGTAGACAGCT-GCCTTCTGTAACTGT--GGTACAGAGACAGCA  222

seq1  TGTGACCAGTCCTGCATCTGGACATTCACCAGCTCAGATGCATTCTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCAGTCCTGCATCTGGACATTCACCAGCTCAGATGCATTCTCTTT  272

seq1  GTGCTTCAGTACTTAGAATAGCCCAGCAAACCCCACCTGTTCTCATCGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCAGTACTTAGAATAGCCCAGCAAACCCCACCTGTTCTCATCGTT  322

seq1  GCTTTATAACACCCCCATGTGTGAAGGAAGCGGGATGATAATCCAAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATAACACCCCCATGTGTGAAGGAAGCGGGATGATAATCCAAACTC  372

seq1  TTAGGCAGGGATCAAGCTCTCAGCTCAGCATGCTCTGAGCTTGGCTTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCAGGGATCAAGCTCTCAGCTCAGCATGCTCTGAGCTTGGCTTTAG  422

seq1  ATTGTAATTGCTAACCTGGCTTTTATGGCACCAGCTCTGGGGGTTAGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAATTGCTAACCTGGCTTTTATGGCACCAGCTCTGGGGGTTAGGAT  472

seq1  GGTTTAATTCATGAGGACAGTGGTGTTTTAGTATATTAAGTATATTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAATTCATGAGGACAGTGGTGTTTTAGTATATTAAGTATATTAAAT  522

seq1  TAATTTAAAGTGCATTTCATTTAAATCAACAAATATCACACTATAGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAAAGTGCATTTCATTTAAATCAACAAATATCACACTATAGCCCA  572

seq1  CTATCCTGTTCTCACCATGACTTTTAGTAGTTGAGATAAGGAGCTGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTGTTCTCACCATGACTTTTAGTAGTTGAGATAAGGAGCTGGAGC  622

seq1  TGAGAATCTAAGAGAAGAAGGGTCACTGGGGAGCATAGAACAGAATGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATCTAAGAGAAGAAGGGTCACTGGGGAGCATAGAACAGAATGCCA  672

seq1  CAGTGGTGAGAAGAGACGGAAGTCCTGATACATGTGCAGTCTCTCCCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGAGAAGAGACGGAAGTCCTGATACATGTGCAGTCTCTCCCCAG  722

seq1  TATTGGACAGTGTCGTAGTTAGAGGATGCATGAAAAGGAACTATCAAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGACAGTGTCGTAGTTAGAGGATGCATGAAAAGGAACTATCAAGTC  772

seq1  AGCTCAAAAGGATCCCCAAAACAGAGTGGGGAGCTCACACAGACTTGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAAAGGATCCCCAAAACAGAGTGGGGAGCTCACACAGACTTGAGG  822

seq1  TGGTTTCTGTCCTCAAAGCCCATGTAGTCACAGACATGTGTGCGTAAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCTGTCCTCAAAGCCCATGTAGTCACAGACATGTGTGCGTAAGGA  872

seq1  TGCCATTGTGAGGATGGCAGGATCTCATCATCCTCCATTAATGCGGCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTGTGAGGATGGCAGGATCTCATCATCCTCCATTAATGCGGCTGT  922

seq1  GACACTGCTAAAAATGGTCTTAAATGCAAAGGCCAGAAGGATCAGTTCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGCTAAAAATGGTCTTAAATGCAAAGGCCAGAAGGATCAGTTCTC  972

seq1  TCCAAGCAACACAACTATGTCCTGTGGGTATCTTTTAAATCATAAAACTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCAACACAACTATGTCCTGTGGGTATCTTTTAAATCATAAAACTA  1022

seq1  TCAAACATCCAACAATATAAAATTTATACTATTCAGCATTCACAAAAGAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACATCCAACAATATAAAATTTATACTATTCAGCATTCACAAAAGAT  1072

seq1  CAATGCACATACAAGGAAGTACAGAAACATGAACATAATGAGGAAATCAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCACATACAAGGAAGTACAGAAACATGAACATAATGAGGAAATCAA  1122

seq1  CAATTAAATGCACAGCTGACATAAATATTAGAATCAGC-AGACAAAGCCT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  CAATTAAATGCACAGCTGACATAAATATTAGAATCAGCGGGACAAAGCCT  1172

seq1  TTAAAATTTATGAGAATTC  1218
      |||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTTATGAGAATTC  1191

seq1: chr1_62188821_62189871
seq2: B6Ng01-028K12.g_160_1199

seq1  ATTTCATCTTACCCCAGTCACAATAGCTAAGACTAATAAGATAAATCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATCTTACCCCAGTCACAATAGCTAAGACTAATAAGATAAATCACA  50

seq1  GCTAATGATAGGGAAAATATGGAGAAAGGAGGACATTTATTCATTATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATGATAGGGAAAATATGGAGAAAGGAGGACATTTATTCATTATTAA  100

seq1  TGGGAGTGTGAACTGATACAACCACTATGAGATTCGGTAAGGGAGTTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTGTGAACTGATACAACCACTATGAGATTCGGTAAGGGAGTTCCT  150

seq1  CAAAAAATCTAAAAATATTCTACCAGAAGATCCTGATATATATAACCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAATCTAAAAATATTCTACCAGAAGATCCTGATATATATAACCAAG  200

seq1  TCTCAAACATGTACCAGAAGACCCCCACACGATACTTTAGAGATATTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACATGTACCAGAAGACCCCCACACGATACTTTAGAGATATTTGT  250

seq1  TCATCCATACTCATTGTTCTATTCATAATAACCAGAGATTAGAACCACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCATACTCATTGTTCTATTCATAATAACCAGAGATTAGAACCACCC  300

seq1  TAGATGCATATAAGCTGATAAATAGTGAAAATGAGGTACATTCATATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCATATAAGCTGATAAATAGTGAAAATGAGGTACATTCATATCCA  350

seq1  GGAATATCATTCAGGTGTTAAGAGAAATAAAAATTACAGGTTAAATGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATCATTCAGGTGTTAAGAGAAATAAAAATTACAGGTTAAATGCTG  400

seq1  TTAAAAAACAATCATTCTGGAAGAAGTAACTGGAGCCAGAAAGACAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAACAATCATTCTGGAAGAAGTAACTGGAGCCAGAAAGACAAACA  450

seq1  CTGTATGTTTTCTCTTGGATGTGAATATTATCTTGTAAGCTTTAGGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGTTTTCTCTTGGATGTGAATATTATCTTGTAAGCTTTAGGTATG  500

seq1  TGTTTCCTTGGAGTTTCTTTTATGTCTAATGATTTGTGAGTATGAATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTTGGAGTTTCTTTTATGTCTAATGATTTGTGAGTATGAATGTG  550

seq1  GGAATGTGTGTGCACAAATACAAGTGTACATAATTGTACAAGAGAGTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTGTGTGCACAAATACAAGTGTACATAATTGTACAAGAGAGTATC  600

seq1  AGATCCCAGGAAGCCAGCTTACAGGCAGTGGTGAGACATCAGACACTAGT  650
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCAGGAAGCCAGCTTACAGGCAGTGGTGAGACATCAGACACTAGT  650

seq1  GCGGGGAGTTTACCTTGGGTCCTCTACAAAAGCAGCAGGCCCTTAAAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCGGGGAGTTTACCTTGGGTCCTCTACAAAAGCAGCA-GCCCTTAAAACT  699

seq1  GCCACACGTGTCTCTAGCACGATGTGTGTTCTCTTTAAGTGTATAGTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACGTGTCTCTAGCACGATGTGTGTTCTCTTTAAGTGTATAGTTGT  749

seq1  TGGCATGATTACGCTCAAAATGTAGCCAGCTCTGAATTTCCCTTGATCAG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGGCATGATTACGCTCAAAATGTAGCCAGCTCTGAA-TTCCCTTGATCAG  798

seq1  ATTATCACACCCCAACTCTCCCTGGTTTAATTTCAAATTGTAATTGACAT  850
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TATCACACCCCAACTCTCCCTGGTTTAATTTCAAATTGTAATTGACAT  847

seq1  TTCCATACATATAGCATATCAACTATAGTGTTGACATAAATAAAACCTTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TTCCATACATATAGCATATCAACTATAGTG-TGACATAAAT-AAACCTTT  895

seq1  ACTTGTCATTAACTGAAACTAGTTGGAAAACTCCTTAACCTCTAGTAAGG  950
      || ||||| ||||||||||||||    ||||| ||||| ||||||||| |
seq2  AC-TGTCA-TAACTGAAACTAGT---GAAACTTCTTAA-CTCTAGTAA-G  938

seq1  TAGTTAGAGCCGGAAAGCTTATTCTTTTCCTGCCGTGGTTAGAGATCAAT  1000
      ||| ||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||
seq2  TAG-TAGAGC--GAAAGCTTATTCTTTTCTTG-CGTGGTTAGAGAT-AAT  983

seq1  AACAAACTTCCACATGGAAG-AGGGAGATCCAACAATATAG--------A  1041
      |||||   ||||||||| || |||||||| |||||||| ||         
seq2  AACAA--CTCCACATGGGAGAAGGGAGAT-CAACAATAAAGGCTAACCTT  1030

seq1  GCTAAACCCT  1051
       |||||||||
seq2  ACTAAACCCT  1040