BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028P20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 195,803,278 - 195,955,408
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSyt14, AA408296, Irf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g, LOC667208
Downstream geneEG623172, Plxna2, Cd34, Cd46, Crry
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028P20.bB6Ng01-028P20.g
ACCDH859316DH859317
length1,1141,137
definitionDH859316|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028P20, 5' end.DH859317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028P20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(195,803,278 - 195,804,403)(195,954,253 - 195,955,408)
sequence
gaattctctccagtctcagcttctcatgatggctcccttctgtctcacct
ccacatgacagtgagccttctaccaacctaactacattttttcttgtttc
tttgtgtcttcatttctaaaaacttcagtcacataggatttgtttaaaag
gcctgtatgcttttctcttattaatctgtcttctgctgcaggagtttcta
ccatcaacctaatgatggattaggaaagaaaccaaatgtcaccactatct
aatttggggacactttcattatctataagatactattctataagatactg
atatctatatgatatcagtgactccccactctttatcccttctacccctg
atgaagaccagtctgaatctatggatttatttatttatttagacatttca
tatgtgccttttgtgaatggtttcttttagcaccatgtgttcaaggttca
tccatgttataacatgaaactgtatgtcattgctttttaaagcgtaatac
tattccattgtattgacataccacccttttatatctatcaggtgatggac
atttaggtgttcttttctcttctgttttttggggggcatttgtaaagaac
agatgctaaatttgtaaacatatgttagaattcaccagtgacccagcctc
acatgttctctatactctggatatttgaagagcatcataagattcgaatt
gtcacctaggagactagtaaaggtgcgtacactgggcatctacctcagtt
cacctgagtgaggagctcaatgtgggagaagctgtggcttaaggcttcta
ggtgactgtaacattattagagcttcagaagcacagcttgagtcaatata
gaatattctttctatcagatagtaggagtctagggagcttcccctttagg
tcaagtccctttgccatgagtctgtttagtttccaagtgtttgaaaagtc
acactaacatacctagacatgcactcttgtcaacagcacacatttctctg
tcaagctgtagtgtagatagcagagtcttttctcagtttgttctgatgtt
actctgaatctgcgatagtacctggcacatcatacttgctcagtagatta
ttgataataatggc
gaattcatcatataagagtagtttttgcacttaagtcatctcaaacgaca
ctcagaaaaagatcatcttgctagtttttggtcctgggttgcttctgttc
aaaagaaatcaaatttcaacagcaaataaatgagaatggaagaaaaaggg
ggacagaatggagttcccaaaagtcctctaagaattggaacacagaagct
aaggacacatgtgatttcagggctatcaggggtgtgagagaccattaacc
ttccaatgtcaaatgagaaaacaagtatccaaggacatgtgacttgatgg
gggatagactgatacaaggagtaggctcacattgatgcctgatcaccaag
atgggaaccagagctattctatccttgccacagattaagagccactctag
gggatgtacttagcttttcaaagttagtgctcagaatggatgatgcccat
ttgaaagaggttctaagttagaaatgggttgcaggagaatttaggtaaaa
tttccctggtgaaaccatattcacctttgttcaaggttaatgcatgtctt
ctttttagggttgagatctagtgtaacaatgtctcatccctacaggactt
ccccagggtaaaggcaggtatgagacaagtaggagagacaaggatccact
tcattagagcagttctctagtcccgatcatttattgacacaggtgctctt
gcttgcacatatggacacacagacacacacacacaggaaaataaaatctg
agagagagattgaaagatgacactacacacaaagatacacaaagaccttg
tgaatgatctgagtcctctcaatcaggaacttttatttttgtttccacat
ggaaggaaagaacagacattcccatattaagctgtagattcatctgccag
gaagtacaaactctgattcccattatatgtaacaatggtcttaaaagctc
aaacacatgaagctctgcatgccttgctcagcttgacaatacacacaaat
acattcccttttaccctgacttaagcacaacacacagacatatggttgct
ttatgtgttatagcagcttacatgttctatacctctttacccgactgaac
actgtacacccaaaatacatatccctgccagcttgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_195803278_195804403
seq2: B6Ng01-028P20.b_43_1156

seq1  GAATTCTCTCCAGTCTCAGCTTCTCATGATGGCTCCCTTCTGTCTCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCAGTCTCAGCTTCTCATGATGGCTCCCTTCTGTCTCACCT  50

seq1  CCACATGACAGTGAGCCTTCTACCAACCTAACTACATTTTTTCTTGTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGACAGTGAGCCTTCTACCAACCTAACTACATTTTTTCTTGTTTC  100

seq1  TTTGTGTCTTCATTTCTAAAAACTTCAGTCACATAGGATTTGTTTAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTCTTCATTTCTAAAAACTTCAGTCACATAGGATTTGTTTAAAAG  150

seq1  GCCTGTATGCTTTTCTCTTATTAATCTGTCTTCTGCTGCAGGAGTTTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTATGCTTTTCTCTTATTAATCTGTCTTCTGCTGCAGGAGTTTCTA  200

seq1  CCATCAACCTAATGATGGATTAGGAAAGAAACCAAATGTCACCACTATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAACCTAATGATGGATTAGGAAAGAAACCAAATGTCACCACTATCT  250

seq1  AATTTGGGGACACTTTCATTATCTATAAGATACTATTCTATAAGATACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGGGACACTTTCATTATCTATAAGATACTATTCTATAAGATACTG  300

seq1  ATATCTATATGATATCAGTGACTCCCCACTCTTTATCCCTTCTACCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTATATGATATCAGTGACTCCCCACTCTTTATCCCTTCTACCCCTG  350

seq1  ATGAAGACCAGTCTGAATCTATGGATTTATTTATTTATTTAGACATTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGACCAGTCTGAATCTATGGATTTATTTATTTATTTAGACATTTCA  400

seq1  TATGTGCCTTTTGTGAATGGTTTCTTTTAGCACCATGTGTTCAAGGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCCTTTTGTGAATGGTTTCTTTTAGCACCATGTGTTCAAGGTTCA  450

seq1  TCCATGTTATAACATGAAACTGTATGTCATTGCTTTTTAAAGCGTAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTTATAACATGAAACTGTATGTCATTGCTTTTTAAAGCGTAATAC  500

seq1  TATTCCATTGTATTGACATACCACCCTTTTATATCTATCAGGTGATGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCATTGTATTGACATACCACCCTTTTATATCTATCAGGTGATGGAC  550

seq1  ATTTAGGTGTTCTTTTCTCTTCTGTTTTTTGGGGGGCATTTGTAAAGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGTGTTCTTTTCTCTTCTGTTTTTTGGGGGGCATTTGTAAAGAAC  600

seq1  AGATGCTAAATTTGTAAACATATGTTAGAATTCACCAGTGACCCAGCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTAAATTTGTAAACATATGTTAGAATTCACCAGTGACCCAGCCTC  650

seq1  ACATGTTCTCTATACTCTGGATATTTGAAGAGCATCATAAGATTCGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTCTCTATACTCTGGATATTTGAAGAGCATCATAAGATTCGAATT  700

seq1  GTCACCTAGGAGACTAGTAAAGGTGCGTACACTGGGCATCTACCTCAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTAGGAGACTAGTAAAGGTGCGTACACTGGGCATCTACCTCAGTT  750

seq1  CACCTGAGTGAGGAGCTCAATGTGGGAGAAGCTGTGGCTTAAGGCTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAGTGAGGAGCTCAATGTGGGAGAAGCTGTGGCTTAAGGCTTCTA  800

seq1  GGTGACTGTAACATTATTAGAGCTTCAGAAGCACAGCTTGAGTCAATATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACTGTAACATTATTAGAGCTTCAGAAGCACAGCTTGAGTCAATATA  850

seq1  GAATATTCTTTCTATCAGATAGTAGGAGTCTAGGGAGCTTCCCCTTTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTCTTTCTATCAGATAGTAGGAGTCTAGGGAGCTTCCCCTTTAGG  900

seq1  TCAAGTCCCTTTGCCATGAGTCTGTTTAGTTTCCAAGTGTTTGAAAAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCAAGTCCCTTTGCCATGAGTCTGTTTAGTTTCCAAGTGTTTG-AAAAGT  949

seq1  CACACTAACATACCTAGACATGCACCTCTTGTCAACAGCACACATTTCTC  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTAACATACCTAGACATGCA-CTCTTGTCAACAGCACACATTTCTC  998

seq1  TGTCAAGCTGTAGTGTAGAATAGCCAGAGGTCTCTCTCAGTTTTGTTCTG  1050
      |||||||||||||||||| |||| |||||   | |||||| |||||||||
seq2  TGTCAAGCTGTAGTGTAG-ATAG-CAGAGTCTTTTCTCAG-TTTGTTCTG  1045

seq1  ATGTATCTCTGACTCCTGCGATAGTACCTGGCACATCATACTTGCTCAGT  1100
      ||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATGTTACTCTGAAT-CTGCGATAGTACCTGGCACATCATACTTGCTCAG-  1093

seq1  TAGTATTTATTGAATTAATAAATGGC  1126
      |||   |||||||  |||| ||||||
seq2  TAG--ATTATTGA--TAAT-AATGGC  1114

seq1: chr1_195954253_195955408
seq2: B6Ng01-028P20.g_68_1204 (reverse)

seq1  TTCAAGACTTGGCAGGGCATATGTGTATTTGTGTGTACATGTGTTCAAGT  50
      ||||||   |||||||| |||||| | |||| ||||||| |||||| |||
seq2  TTCAAG--CTGGCAGGG-ATATGTAT-TTTGGGTGTACA-GTGTTC-AGT  44

seq1  CTGGGTAAAGAGGTTATATGAACATGTAAAAGCCTGGCTATAACACATAA  100
      | ||||||||||| |||| ||||||||  ||||   ||||||||||||||
seq2  C-GGGTAAAGAGG-TATA-GAACATGT--AAGC--TGCTATAACACATAA  87

seq1  AGCAAACATATGTCTGTGTGTGTGTGCTTAAGTCAGGGTAAAAAGGGAAT  150
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCAACCATATGTCTGTGTGT-TGTGCTTAAGTCAGGGT-AAAAGGGAAT  135

seq1  GTATTTGTGTGTATATGTCCAAGCCTGAGCAAGGCATGCAGAGCTTCCAT  200
      |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTATTTGTGTGTAT-TGT-CAAG-CTGAGCAAGGCATGCAGAGCTT-CAT  181

seq1  GTGTTTGAGCTTTTAAGACCATTGTTACATATAATGGGAATCAGAGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGAGCTTTTAAGACCATTGTTACATATAATGGGAATCAGAGTTTG  231

seq1  TACTTCCTGGCAGATGAATCTACAGCTTAATATGGGAATGTCTGTTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCTGGCAGATGAATCTACAGCTTAATATGGGAATGTCTGTTCTTT  281

seq1  CCTTCCATGTGGAAACAAAAATAAAAGTTCCTGATTGAGAGGACTCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCATGTGGAAACAAAAATAAAAGTTCCTGATTGAGAGGACTCAGAT  331

seq1  CATTCACAAGGTCTTTGTGTATCTTTGTGTGTAGTGTCATCTTTCAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACAAGGTCTTTGTGTATCTTTGTGTGTAGTGTCATCTTTCAATCT  381

seq1  CTCTCTCAGATTTTATTTTCCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTCCATATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCAGATTTTATTTTCCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTCCATATGT  431

seq1  GCAAGCAAGAGCACCTGTGTCAATAAATGATCGGGACTAGAGAACTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAAGAGCACCTGTGTCAATAAATGATCGGGACTAGAGAACTGCTC  481

seq1  TAATGAAGTGGATCCTTGTCTCTCCTACTTGTCTCATACCTGCCTTTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAGTGGATCCTTGTCTCTCCTACTTGTCTCATACCTGCCTTTACC  531

seq1  CTGGGGAAGTCCTGTAGGGATGAGACATTGTTACACTAGATCTCAACCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAAGTCCTGTAGGGATGAGACATTGTTACACTAGATCTCAACCCT  581

seq1  AAAAAGAAGACATGCATTAACCTTGAACAAAGGTGAATATGGTTTCACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAGACATGCATTAACCTTGAACAAAGGTGAATATGGTTTCACCA  631

seq1  GGGAAATTTTACCTAAATTCTCCTGCAACCCATTTCTAACTTAGAACCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATTTTACCTAAATTCTCCTGCAACCCATTTCTAACTTAGAACCTC  681

seq1  TTTCAAATGGGCATCATCCATTCTGAGCACTAACTTTGAAAAGCTAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATGGGCATCATCCATTCTGAGCACTAACTTTGAAAAGCTAAGTA  731

seq1  CATCCCCTAGAGTGGCTCTTAATCTGTGGCAAGGATAGAATAGCTCTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCCTAGAGTGGCTCTTAATCTGTGGCAAGGATAGAATAGCTCTGGT  781

seq1  TCCCATCTTGGTGATCAGGCATCAATGTGAGCCTACTCCTTGTATCAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCTTGGTGATCAGGCATCAATGTGAGCCTACTCCTTGTATCAGTC  831

seq1  TATCCCCCATCAAGTCACATGTCCTTGGATACTTGTTTTCTCATTTGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCCCATCAAGTCACATGTCCTTGGATACTTGTTTTCTCATTTGACA  881

seq1  TTGGAAGGTTAATGGTCTCTCACACCCCTGATAGCCCTGAAATCACATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGGTTAATGGTCTCTCACACCCCTGATAGCCCTGAAATCACATGT  931

seq1  GTCCTTAGCTTCTGTGTTCCAATTCTTAGAGGACTTTTGGGAACTCCATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTAGCTTCTGTGTTCCAATTCTTAGAGGACTTTTGGGAACTCCATT  981

seq1  CTGTCCCCCTTTTTCTTCCATTCTCATTTATTTGCTGTTGAAATTTGATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCCCTTTTTCTTCCATTCTCATTTATTTGCTGTTGAAATTTGATT  1031

seq1  TCTTTTGAACAGAAGCAACCCAGGACCAAAAACTAGCAAGATGATCTTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGAACAGAAGCAACCCAGGACCAAAAACTAGCAAGATGATCTTTT  1081

seq1  TCTGAGTGTCGTTTGAGATGACTTAAGTGCAAAAACTACTCTTATATGAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGTCGTTTGAGATGACTTAAGTGCAAAAACTACTCTTATATGAT  1131

seq1  GAATTC  1156
      ||||||
seq2  GAATTC  1137