BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029N12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,453,260 - 82,565,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol4a4
Upstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1, Rhbdd1
Downstream geneCol4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029N12.bB6Ng01-029N12.g
ACCDH859924DH859925
length1,0851,109
definitionDH859924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029N12, 5' end.DH859925|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029N12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,564,486 - 82,565,578)(82,453,260 - 82,454,386)
sequence
gaattcactccccttgctctttatatccatgtgagcagtcatgattcctt
tttttatactttttattaggtattttcctcatttacatttccaatgctat
cccaaaagtcccccataccctcccacccactcccctacccatccactccc
ctacccacccactcccacattttggtcctggcattcccctgtactggggc
atataaagtttgcaagtccaatgggcctctcttttcagtgatggccgact
aggccatcttttgatacatatgcagctagacagtcatgattcctaaaaca
aagacaattcaaccctggatgctcccatcagcttgtgctgcagagagatt
agagagtcttcacacagggggtagccatatgatgacaagggtttaggaca
gaggtgtgaattgacatattacccatagaaggcaatttgcattatctacc
aagattgtgaaagtacaatccttttggaatgcatttttaaaaaaacattg
gtcacatatttttattctggcatgggcaaagatgaatacacgggaagatt
aattgcagggtgatgttcagcagctaaggaagggaatcacctaagtattc
atcagtagggagtggatgctccgctccgatactgtatgagatggacggct
ttgaggagcttgtcagaatgaacgtggacacagcaattaggtggaaatgg
ccaggtagtcggcagcatgccacttgagtgtcaatgaaacaaccccaaat
caccaacagtgtgtgtgcatgtgggtgaatgtacttattaatacttagat
accaatctaaagagttggatattgccagggtaaggaacttgaggccagga
caaaaagagaaagtgactgctattattcttttatacaaattgatgtctgg
ttttgtatctgtattatttggtgttgtatctggagacagatacacataga
gttaactttatagaagttcatgtttaccttctgtaactttctactcagta
gcatccgtctatgaggtaaaaaggtggcttctcctggtgtacttttggag
aaagatagtaggcttgagtataggtgtggttctca
gaattcaaggtaaagccgtgtgtgcatccatattagatgctgctgacagt
acagacggtagtgacagaggaaagagaagaaagggaacctttacctggtg
ctccaggacaccctgcctctccagtgtcacctttgcgtccaggaggcccg
ggagatccagggatgccatcctggccccgtctgccatccggtccaggctc
tcctttgcaccctgcatgaaagttcatgatagtggtagtggtaactactg
cctatgcatcctatgggctgactctgagcctcccccccccccccatgaca
ttggatctactcatttggtttgcacaagtacatggcattggcttatgacc
tccacgaagcaactggggcgatggaggtcctgagaagtacaacaaattga
cctagattatgacatggtctagtaaagggctagatcatctctgtagctct
agaccagggagggttgagagggagcctatcccattttcttcaatattggt
tggttggttggtttttggctttttgcttttagaaaacattgaacatgcaa
tgcctttatgttcaaatattctttcatgatgagtagaggaatgagataaa
tttattaggattcattttgttggtagtgtctgctgctgttgggtttttgg
ttttttggttttttttcttttgagacacactctctctgtacccctggctg
tcccagaacttgctcgtagaccaggctggccttggactcagagatccacc
tgcctctcactcccaaatgctgggattaaaggtgtgtgccaccactgcct
ggcttaggatttggtttccaagaatggattgttatcagggtttatgatgt
actcattttcagctaaccaactcccttcataaagttatcaactgagtctt
catagcagcacatatggtccagactacacttactcgagagaagaaacttc
aacaggcatggaaagcaccatggactacctggctggcagaagacagaggt
ggtgtcacatgaactaactgctggcagcaggaacaagtggtatcatcacc
tcctgctccctcccttgacaggccagatacatcctatggatcttggcacc
tcactagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82564486_82565578
seq2: B6Ng01-029N12.b_47_1131 (reverse)

seq1  TGAGAA-CACACCTATACTCAAGCCTACTTATCTTTCTCCAAAAGTAACA  49
      |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  TGAGAACCACACCTATACTCAAGCCTAC-TATCTTTCTCCAAAAGT-ACA  48

seq1  CCAGGAGAAGCCACCCTTTTTTACCTCATAAGACGGATGCTTACTGAGTA  99
      |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  CCAGGAGAAGCCACC--TTTTTACCTCAT-AGACGGATGC-TACTGAGTA  94

seq1  GAAAGTTACAGAAGGTAAAACATGAACTTCTATAAAGTTAACTCTATTGT  149
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAAAGTTACAGAAGGT-AAACATGAACTTCTATAAAGTTAACTCTA-TGT  142

seq1  GTATCTGTCTCCAGATACAACACCAAATAATACAGATACAAAACCAAGAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTATCTGTCTCCAGATACAACACCAAATAATACAGATACAAAACC-AGAC  191

seq1  ATCAATTTGTATAAAAGAATAATAGCAGTCACTTTCTCTTTTTGTCCTGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTTGTATAAAAGAATAATAGCAGTCACTTTCTCTTTTTGTCCTGG  241

seq1  CCTCAAGTTCCTTACCCTGGCAATATCCAACTCTTTAGATTGGTATCTAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGTTCCTTACCCTGGCAATATCCAACTCTTTAGATTGGTATCTAA  291

seq1  GTATTAATAAGTACATTCACCCACATGCACACACACTGTTGGTGATTTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAATAAGTACATTCACCCACATGCACACACACTGTTGGTGATTTGG  341

seq1  GGTTGTTTCATTGACACTCAAGTGGCATGCTGCCGACTACCTGGCCATTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTTCATTGACACTCAAGTGGCATGCTGCCGACTACCTGGCCATTT  391

seq1  CCACCTAATTGCTGTGTCCACGTTCATTCTGACAAGCTCCTCAAAGCCGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAATTGCTGTGTCCACGTTCATTCTGACAAGCTCCTCAAAGCCGT  441

seq1  CCATCTCATACAGTATCGGAGCGGAGCATCCACTCCCTACTGATGAATAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCATACAGTATCGGAGCGGAGCATCCACTCCCTACTGATGAATAC  491

seq1  TTAGGTGATTCCCTTCCTTAGCTGCTGAACATCACCCTGCAATTAATCTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGATTCCCTTCCTTAGCTGCTGAACATCACCCTGCAATTAATCTT  541

seq1  CCCGTGTATTCATCTTTGCCCATGCCAGAATAAAAATATGTGACCAATGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGTATTCATCTTTGCCCATGCCAGAATAAAAATATGTGACCAATGT  591

seq1  TTTTTTAAAAATGCATTCCAAAAGGATTGTACTTTCACAATCTTGGTAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAAATGCATTCCAAAAGGATTGTACTTTCACAATCTTGGTAGA  641

seq1  TAATGCAAATTGCCTTCTATGGGTAATATGTCAATTCACACCTCTGTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAAATTGCCTTCTATGGGTAATATGTCAATTCACACCTCTGTCCT  691

seq1  AAACCCTTGTCATCATATGGCTACCCCCTGTGTGAAGACTCTCTAATCTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTTGTCATCATATGGCTACCCCCTGTGTGAAGACTCTCTAATCTC  741

seq1  TCTGCAGCACAAGCTGATGGGAGCATCCAGGGTTGAATTGTCTTTGTTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGCACAAGCTGATGGGAGCATCCAGGGTTGAATTGTCTTTGTTTT  791

seq1  AGGAATCATGACTGTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCATGACTGTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGG  841

seq1  CCATCACTGAAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACTGAAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCA  891

seq1  GTACAGGGGAATGCCAGGACCAAAATGTGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGGGAATGCCAGGACCAAAATGTGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGT  941

seq1  GGATGGGTAGGGGAGTGGGTGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGTAGGGGAGTGGGTGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCA  991

seq1  TTGGAAATGTAAATGAGGAAAATACCTAATAAAAAGTATAAAAAAAGGAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAATGTAAATGAGGAAAATACCTAATAAAAAGTATAAAAAAAGGAA  1041

seq1  TCATGACTGCTCACATGGATATAAAGAGCAAGGGGAGTGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACTGCTCACATGGATATAAAGAGCAAGGGGAGTGAATTC  1085

seq1: chr1_82453260_82454386
seq2: B6Ng01-029N12.g_69_1177

seq1  GAATTCAAGGTAAAGCCGTGTGTGCATCCATATTAGATGCTGCTGACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTAAAGCCGTGTGTGCATCCATATTAGATGCTGCTGACAGT  50

seq1  ACAGACGGTAGTGACAGAGGAAAGAGAAGAAAGGGAACCTTTACCTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACGGTAGTGACAGAGGAAAGAGAAGAAAGGGAACCTTTACCTGGTG  100

seq1  CTCCAGGACACCCTGCCTCTCCAGTGTCACCTTTGCGTCCAGGAGGCCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGACACCCTGCCTCTCCAGTGTCACCTTTGCGTCCAGGAGGCCCG  150

seq1  GGAGATCCAGGGATGCCATCCTGGCCCCGTCTGCCATCCGGTCCAGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCCAGGGATGCCATCCTGGCCCCGTCTGCCATCCGGTCCAGGCTC  200

seq1  TCCTTTGCACCCTGCATGAAAGTTCATGATAGTGGTAGTGGTAACTACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGCACCCTGCATGAAAGTTCATGATAGTGGTAGTGGTAACTACTG  250

seq1  CCTATGCATCCTATGGGCTGACTCTGAGCCTCCCCCCCCCCCCCATGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGCATCCTATGGGCTGACTCTGAGCCTCCCCCCCCCCCCCATGACA  300

seq1  TTGGATCTACTCATTTGGTTTGCACAAGTACATGGCATTGGCTTATGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATCTACTCATTTGGTTTGCACAAGTACATGGCATTGGCTTATGACC  350

seq1  TCCACGAAGCAACTGGGGCGATGGAGGTCCTGAGAAGTACAACAAATTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGAAGCAACTGGGGCGATGGAGGTCCTGAGAAGTACAACAAATTGA  400

seq1  CCTAGATTATGACATGGTCTAGTAAAGGGCTAGATCATCTCTGTAGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATTATGACATGGTCTAGTAAAGGGCTAGATCATCTCTGTAGCTCT  450

seq1  AGACCAGGGAGGGTTGAGAGGGAGCCTATCCCATTTTCTTCAATATTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGGAGGGTTGAGAGGGAGCCTATCCCATTTTCTTCAATATTGGT  500

seq1  TGGTTGGTTGGTTTTTGGCTTTTTGCTTTTAGAAAACATTGAACATGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTGGTTTTTGGCTTTTTGCTTTTAGAAAACATTGAACATGCAA  550

seq1  TGCCTTTATGTTCAAATATTCTTTCATGATGAGTAGAGGAATGAGATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTATGTTCAAATATTCTTTCATGATGAGTAGAGGAATGAGATAAA  600

seq1  TTTATTAGGATTCATTTTGTTGGTAGTGTCTGCTGCTGTTGGGTTTTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGGATTCATTTTGTTGGTAGTGTCTGCTGCTGTTGGGTTTTTGG  650

seq1  TTTTTTGGTTTTTTTTCTTTTGAGACACACTCTCTCTGTACCCCTGGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGGTTTTTTTTCTTTTGAGACACACTCTCTCTGTACCCCTGGCTG  700

seq1  TCCCAGAACTTGCTCGTAGACCAGGCTGGCCTTGGACTCAGAGATCCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAACTTGCTCGTAGACCAGGCTGGCCTTGGACTCAGAGATCCACC  750

seq1  TGCCTCTCACTCCCAAATGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCACTCCCAAATGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCCT  800

seq1  GGCTTAGGATTTGGTTTCCAAGAATGGATTGTTATCAAGGGTTTATGATG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGCTTAGGATTTGGTTTCCAAGAATGGATTGTTATC-AGGGTTTATGATG  849

seq1  TACTCATTTCAAGCTAACCAAC-CCCTTCATAAAAGTTATCAACTGAGTC  899
      |||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TACTCATTTTCAGCTAACCAACTCCCTTCAT-AAAGTTATCAACTGAGTC  898

seq1  TTCATAGCAGCCACATATGGCCCAGACTACACTTACTCCGAGAG-AGAAA  948
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TTCATAGCAG-CACATATGGTCCAGACTACACTTACT-CGAGAGAAGAAA  946

seq1  CTTCAACAGGCATGGAGAGCACACATGGACTAACCTGGCTGGCAGCAAGG  998
      |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||  | |
seq2  CTTCAACAGGCATGGAAAGCAC-CATGGACT-ACCTGGCTGGCAG--AAG  992

seq1  ACAGAGGTGGTGTCACATGGACTAACCTGGCTGGCAGCAAGGACAGAGGT  1048
      ||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| | ||  | ||
seq2  ACAGAGGTGGTGTCACATGAACTAAC--TGCTGGCAGCAGGAAC--AAGT  1038

seq1  GGTATCCATCAGCCCCCTGCCCCCACCCTTGACAAGGCTCAGATACATCC  1098
      ||||| ||||| || ||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||
seq2  GGTAT-CATCA-CCTCCTGCTCCCTCCCTTGAC-AGGC-CAGATACATCC  1084

seq1  TTATGGATCTTGGCACAGCCTCACTAGTC  1127
       ||||||||||||||   |||||||||||
seq2  -TATGGATCTTGGCA---CCTCACTAGTC  1109