BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030N13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 122,157,088 - 122,316,473
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSteap3, C1ql2
Upstream geneLOC100041778, Inhbb, Ralb, Tmem185b, Epb4.1l5, Ptpn4, LOC100042447, LOC666870, LOC100041863, Tmem177, Gm101, Sctr, Tmem37, Dbi, 3110009E18Rik
Downstream geneMarco, En1, AI848258, Insig2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030N13.bB6Ng01-030N13.g
ACCDH860627DH860628
length1,0621,071
definitionDH860627|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030N13, 5' end.DH860628|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030N13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,157,088 - 122,158,163)(122,315,393 - 122,316,473)
sequence
gaattcctgactcagtacaggagccctttagcctactgtgtcccagacaa
ggttgctgggtgatctccaggtccccttagagtagcagttctgagaggaa
gggacacttccccaggaaaagacacctgctgggtgaagtggaaaggagct
aacatactctctctgtagttccttagggttctacctgctcccattggggc
tttgctcggggaaaacagaggtgcattaaggtgtccatctctagccacag
agcctggatctctaggagtaaggctttccagaataccacccccagcccaa
tcaaaactcttgatgtctgggctccagttgcttcctccccttctagctct
gaccagtcaggagccatccctctaaggaccatccgagggactcatgtcat
cttttacattggctcagtcttcgtgggggcactggtttgctggacacaac
cactgcttccagtttgcttctgacccttgcacaggcaaggctggtcaccc
agacaaccgagcactggctccttgtcatatcccacactgttcaggtcaac
tccaccaggagggtctgggtcacagccacctagaacaagtttgccctcag
agacatccaacctcactgttggggttctgcctcctccataagcctgccgg
gaagaatgacaaacctccaccccacaggtaacaggcgtctatagtatggg
gaggtggtcactgtggaaggcctgctcaccagcctcaagaaaggctttgc
tctcttcacaagtgctgggataacccactccacccttcactgatctcata
ctcctccacatccatgccattggctagtgtgatgctcttgggactgtctc
cttgtttggacaagcttaatctcctaaactgagaactaaagaggtacaac
aagcattcagagctggagagcagttcagtgtagagcgctgcccagatgct
ctaaccctgtggttagttcccagcatggaaatatgtataagcaccaggct
gctggcatgagcgaagacgactgactacggacgtgatatccatagttgct
ctgtggtgacca
gaattctttggatcccaaattgagacacaggcctgtggagaacctgctgg
gtgaggagggtacttaaggcacattgctaggctttgcttgcccacacaag
gcattctagaggtggaaagactcttcacaagaccttgatctgctagctaa
ctggcagctatctaacagatatctaccagctcctcctgttccctctcccc
tcctcccaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
accaacccacttcttacagaatactttcatcagattaaaaacatgttctt
tcttgctctgtccttctgttgtcctcccttcctatctccctccttccctc
cctccttctctccccctccatttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtt
tgtttttaatggttgctattgttgagacagggtcaaggtctcaatctgcc
ttggaacttcccagatagaccaggctagcctgaaattcaaagagctctgc
ctgcctccacactgccctcccccacccccacaagtacagggattgaggtt
tgagctgacgcctaaagatttttttaagggttatgacctcaaatctgaac
tcttagtggtgggactccatgcactatgctgcaaacattttgtaactgaa
gttataaagacatcgtcatggaaataaaacccataggacttttctagtac
tcagaggagacaatgcacaagcctccaaacagagtaacgtttcttcttac
cccttcagaaacaaaagggggctgttgcaattgcctgtctccacaaataa
aatatgtcaatacccactcttgtgtattgtgtgttctgtgtttgtgggat
gcacacatgtgcacagatgtgtgttcacaggtatgcagatgcatttagag
gtagaaccatgctgtcccttaggtgcatccaccttctttttgtttgagaa
tagagtctttcctaggctggattctcactttcattaggctgatggtgagc
cagccactaggatcttgctggtctttactatctggcagggatataaacat
gatctggcttttttttttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_122157088_122158163
seq2: B6Ng01-030N13.b_53_1114

seq1  GAATTCCTGACTCAGTACAGGAGCCCTTTAGCCTACTGTGTCCCAGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACTCAGTACAGGAGCCCTTTAGCCTACTGTGTCCCAGACAA  50

seq1  GGTTGCTGGGTGATCTCCAGGTCCCCTTAGAGTAGCAGTTCTGAGAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGGGTGATCTCCAGGTCCCCTTAGAGTAGCAGTTCTGAGAGGAA  100

seq1  GGGACACTTCCCCAGGAAAAGACACCTGCTGGGTGAAGTGGAAAGGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACTTCCCCAGGAAAAGACACCTGCTGGGTGAAGTGGAAAGGAGCT  150

seq1  AACATACTCTCTCTGTAGTTCCTTAGGGTTCTACCTGCTCCCATTGGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACTCTCTCTGTAGTTCCTTAGGGTTCTACCTGCTCCCATTGGGGC  200

seq1  TTTGCTCGGGGAAAACAGAGGTGCATTAAGGTGTCCATCTCTAGCCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCGGGGAAAACAGAGGTGCATTAAGGTGTCCATCTCTAGCCACAG  250

seq1  AGCCTGGATCTCTAGGAGTAAGGCTTTCCAGAATACCACCCCCAGCCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGATCTCTAGGAGTAAGGCTTTCCAGAATACCACCCCCAGCCCAA  300

seq1  TCAAAACTCTTGATGTCTGGGCTCCAGTTGCTTCCTCCCCTTCTAGCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTCTTGATGTCTGGGCTCCAGTTGCTTCCTCCCCTTCTAGCTCT  350

seq1  GACCAGTCAGGAGCCATCCCTCTAAGGACCATCCGAGGGACTCATGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTCAGGAGCCATCCCTCTAAGGACCATCCGAGGGACTCATGTCAT  400

seq1  CTTTTACATTGGCTCAGTCTTCGTGGGGGCACTGGTTTGCTGGACACAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACATTGGCTCAGTCTTCGTGGGGGCACTGGTTTGCTGGACACAAC  450

seq1  CACTGCTTCCAGTTTGCTTCTGACCCTTGCACAGGCAAGGCTGGTCACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTTCCAGTTTGCTTCTGACCCTTGCACAGGCAAGGCTGGTCACCC  500

seq1  AGACAACCGAGCACTGGCTCCTTGTCATATCCCACACTGTTCAGGTCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACCGAGCACTGGCTCCTTGTCATATCCCACACTGTTCAGGTCAAC  550

seq1  TCCACCAGGAGGGTCTGGGTCACAGCCACCTAGAACAAGTTTGCCCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCAGGAGGGTCTGGGTCACAGCCACCTAGAACAAGTTTGCCCTCAG  600

seq1  AGACATCCAACCTCACTGTTGGGGTTCTGCCTCCTCCATAAGCCTGCCGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCCAACCTCACTGTTGGGGTTCTGCCTCCTCCATAAGCCTGCCGG  650

seq1  GAAGAATGACAAACCTCCACCCCACAGGTAACAGGCGTCTATAGTATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATGACAAACCTCCACCCCACAGGTAACAGGCGTCTATAGTATGGG  700

seq1  GAGGTGGTCACTGTGGAAGGCCTGCTCACCAGCCTCAAG-AAGGCTTTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGGTGGTCACTGTGGAAGGCCTGCTCACCAGCCTCAAGAAAGGCTTTGC  750

seq1  TCTCTTCACAAGTGCTGGGATAACCCACTCCACCCTTCACTGATCTCATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCACAAGTGCTGGGATAACCCACTCCACCCTTCACTGATCTCATA  800

seq1  CTCCTCCACATCCATGCCATTGGCTAGTGTGATGCTCTTGGGACTGTCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCACATCCATGCCATTGGCTAGTGTGATGCTCTTGGGACTGTCTC  850

seq1  CTTGTTTGGACAAGCTTAATCTCCTAAACTGAGAACTAAAGAGGTACAAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  CTTGTTTGGACAAGCTTAATCTCCTAAACTGAGAACTAAAGAGGTAC--A  898

seq1  ACAAGCAATCAGAGCTGGAGAGCAGTTCAGTGTAAGAGCGCTTGCCCAGA  949
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| 
seq2  ACAAGCATTCAGAGCTGGAGAGCAGTTCAGTGT-AGAGCGC-TGCCCAG-  945

seq1  ATGCTCTAACCCTGTGTTTAGTTCCCAGCATGGAAATTAATGTATAAGCA  999
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  ATGCTCTAACCCTGTGGTTAGTTCCCAGCATGGAAAT--ATGTATAAGCA  993

seq1  CCAGGCTGCTGGCATGAAGCGGAAGACAGACCTGACTACGGAACGGTGAT  1049
      |||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||||   |||||
seq2  CCAGGCTGCTGGCATG-AGC-GAAGAC-GA-CTGACTACGGA--CGTGAT  1037

seq1  ATCCATAGTTGCTCCTGTGGGTGACCA  1076
      ||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  ATCCATAGTTGCT-CTGT-GGTGACCA  1062

seq1: chr1_122315393_122316473
seq2: B6Ng01-030N13.g_72_1142 (reverse)

seq1  AAAAAAAAAAAAAGCCAGGCTCATGCTTATAATCCCTGTGCCAGGATAGG  50
      ||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||  ||||| |||| |
seq2  AAAAAAAAAAAAAGCCA-GATCATGTTTAT-ATCCC--TGCCA-GATA-G  44

seq1  TAAAGA-CAGCAAGATCCCTGTGGCTTGCTCACCCATCAGCCTAACTGAA  99
      |||||| |||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||| ||||
seq2  TAAAGACCAGCAAGATCCTAGTGGCTGGCTCA-CCATCAGCCTAA-TGAA  92

seq1  TAGTTGAG-ATCCAGGCCTAGGAAAGACTCTA-TCTCAAAACAGAAAAGA  147
       || |||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||
seq2  -AG-TGAGAATCCA-GCCTAGGAAAGACTCTATTCTC-AAACA-AAAAGA  137

seq1  AGGTGGATGGCACCTAAGGGACAGCATGGCTTCTGACCTCTAAATGCATC  197
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  AGGTGGAT-GCACCTAAGGGACAGCATGG-TTCT-ACCTCTAAATGCATC  184

seq1  TGCATACCTGTGAACACACATCTGTGCACATGTGTGCAT-CCACAAACAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCATACCTGTGAACACACATCTGTGCACATGTGTGCATCCCACAAACAC  234

seq1  ATGAACACAC-ATACACAAGAGTGGGTATTGACATATTTTATTTGTGGAG  295
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GAACACACAATACACAAGAGTGGGTATTGACATATTTTATTTGTGGAG  283

seq1  ACAGGCAATTGCAACAGCCCCCTTTTGTTTCTGAA-GGGTAAGAAGAAAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACAGGCAATTGCAACAGCCCCCTTTTGTTTCTGAAGGGGTAAGAAGAAAC  333

seq1  GTTACTCTGTTTGGAGGCTTGTGCATTGTCTCCTCTGAGTACTAG-AAAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTACTCTGTTTGGAGGCTTGTGCATTGTCTCCTCTGAGTACTAGAAAAG  383

seq1  TCCTATGGGTTTTATTTCCATGACGATGTCTTTATAACTTCAGTTACAAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGGGTTTTATTTCCATGACGATGTCTTTATAACTTCAGTTACAAA  433

seq1  ATGTTTGCAGCATAGTGCATGGAGTCCCACCACTAAGAGTTCAGATTTGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGCAGCATAGTGCATGGAGTCCCACCACTAAGAGTTCAGATTTGA  483

seq1  GGTCATAACCCTTAAAAAAATCTTTAGGCGTCAGCTCAAACCTCAATCCC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAACCCTTAAAAAAATCTTTAGGCGTCAGCTCAAACCTCAATCCC  533

seq1  TGTACTTGTGGGGGTGGGGGAGGGCAGTGTGGAGGCAGGCAGAGCTCTTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTGTGGGGGTGGGGGAGGGCAGTGTGGAGGCAGGCAGAGCTCTTT  583

seq1  GAATTTCAGGCTAGCCTGGTCTATCTGGGAAGTTCCAAGGCAGATTGAGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCAGGCTAGCCTGGTCTATCTGGGAAGTTCCAAGGCAGATTGAGA  633

seq1  CCTTGACCCTGTCTCAACAATAGCAACCATTAAAAACAAACAAACAAACA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGACCCTGTCTCAACAATAGCAACCATTAAAAACAAACAAACAAACA  683

seq1  AACAAACAAACAAACAAATGGAGGGGGAGAGAAGGAGGGAGGGAAGGAGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAACAAACAAATGGAGGGGGAGAGAAGGAGGGAGGGAAGGAGG  733

seq1  GAGATAGGAAGGGAGGACAACAGAAGGACAGAGCAAGAAAGAACATGTTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGGAAGGGAGGACAACAGAAGGACAGAGCAAGAAAGAACATGTTT  783

seq1  TTAATCTGATGAAAGTATTCTGTAAGAAGTGGGTTGGTGTGTGTGTGTGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTGATGAAAGTATTCTGTAAGAAGTGGGTTGGTGTGTGTGTGTGT  833

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGAGGAGGGGAGAGGGAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGAGGAGGGGAGAGGGAA  883

seq1  CAGGAGGAGCTGGTAGATATCTGTTAGATAGCTGCCAGTTAGCTAGCAGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGAGCTGGTAGATATCTGTTAGATAGCTGCCAGTTAGCTAGCAGA  933

seq1  TCAAGGTCTTGTGAAGAGTCTTTCCACCTCTAGAATGCCTTGTGTGGGCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTCTTGTGAAGAGTCTTTCCACCTCTAGAATGCCTTGTGTGGGCA  983

seq1  AGCAAAGCCTAGCAATGTGCCTTAAGTACCCTCCTCACCCAGCAGGTTCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGCCTAGCAATGTGCCTTAAGTACCCTCCTCACCCAGCAGGTTCT  1033

seq1  CCACAGGCCTGTGTCTCAATTTGGGATCCAAAGAATTC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGCCTGTGTCTCAATTTGGGATCCAAAGAATTC  1071