BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031E23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 124,234,457 - 124,382,388
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCcdc93, LOC100041926, Htr5b, LOC666656, Ddx18, LOC666971
Downstream geneLOC666983, Dpp10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031E23.bB6Ng01-031E23.g
ACCDH860967DH860968
length1,009956
definitionDH860967|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031E23, 5' end.DH860968|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031E23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,381,367 - 124,382,388)(124,234,457 - 124,235,425)
sequence
gaattctttcataaaaacaaatagtagcagttaaacatcaaatttggttt
atgttgtgagggaacctcgggcctttctcttatagtttcccagtaattgg
attgggggaagtggagaggaaaagggatgcatgcttggtctggattcttc
atgaataagtatatttttattttacctttctgcagtgaaactatataggt
tcagaatttatgggatcacctgggccagtcgtaaatgatgtatgaaatga
aaaattctcagggacatggctctgtaaacactgtcatggtagaccattca
cagctatattaagtttaaacaaagcaaaaatatctaagattttctgctta
aatcagaaagcttcctgatgtacatcacacagatatgcatacacacagaa
tcacacacacatgcatgtacacccatgcataaatattataagtttgtttt
acattattatatttaatacttatatgagagaaccaattacaggaatattt
ttctcttatgatttcttccccatatacctctcatatccaataacaaaatg
gtagaatattttgatatttcaaaacataaagtatattttgatttacagca
aatataaaatctgatacaaaattaaaattaaattgaaaaacacaatgaag
atttggagttatggctcactggggtaagagaactacaaagcaaagaggac
ctgaatttgcaaccccatcacatcactagagcaaacagctggacctaccc
atgcatccctgttaacacagggctgtagaagatggagactaaggtcaatg
aggcttgctggctaccaacccagcttcacagttagtgagaaaccctgtct
cagggaaagatagtgacagaatcaggatccccaaatcttcccctggcttc
catatacacctgagtttacacacatgtgagcttgcacatatatgtaataa
taaataatgataatacaactatgatgatgctgacgatgatactggtgtat
ggtatatgg
gaattcaaagaaatgtctggaaagagtagagaagagaattttctatgaaa
tgaggaactgttaatgtgacaagcaaggctccttgtgaacaagggatgaa
aggtcagagcccacaatagagttccttctattgctgtgctaaaacaccat
gacccaaagcaacttgggatgagttggcttagatatttggcttagatatt
ttgaatcacagttcatcttgggaaaccaaggcagatactcaaggctggat
ctgaagcagagaccatacaacagtgattctcaagcttccttttaatacag
tttctcatgctgtggtaacccacaaccaataaacttttctttgctacttc
ataatgtagctttgttactgttttgaatcataatgtaaatatctgtgttt
tcctgatggacttagatgatggttataaaagattcaacccacaggttgag
aagcacagccatgaaggaatgcttcttacttgcttgctccccatggcttg
ctcagcctgccattgtatacaactgtgacaccagttcatgtgtgtcaata
ggctcagtgagatgggtcctctcccatcactttcaatgaaatgtatgcct
acagacagtctaatagaagcattttcttaactgatgatttccttcccaga
tctgttcaggtttgtgtcaaactgacaaaaaccacaaccagtaaagactg
acatgtgtctacagctcagtgtcacttccattgaaatatttcatttacat
gtcttcatttaggaaacacttgaggaatgggaatgaaaggaaaggagaag
tggcatcagtagaagacagaggaagaagaacgggcagtggatgcagagat
atgagtcgtagaatagagagtatgtgacttcataaaatgtaacccttttg
ctgatgtttgatgggcatatgtatgtgtgagagtatatgtgcaatacatg
ggcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_124381367_124382388
seq2: B6Ng01-031E23.b_44_1052 (reverse)

seq1  CCATATACAATTATACAATTACACCATTATCATCGTCAACATCATCATAG  50
      |||||||| |         ||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  CCATATACCA---------TACACCAGTATCATCGTCAGCATCATCATAG  41

seq1  TTGTTATTATCATTATTTATTATTACATATATGGTGCAAGCTCACATGTG  100
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTG-TATTATCATTATTTATTATTACATATAT-GTGCAAGCTCACATGTG  89

seq1  TGTAAACTCAGGTGTATATGGAAGCCAGGGGAAGATTTGGGGGATCCTGA  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTAAACTCAGGTGTATATGGAAGCCAGGGGAAGATTT-GGGGATCCTGA  138

seq1  TTTCTGTCCACTTTCTTTCCTTGAGACAGGGTTTCTCACTAACTGTGAAG  200
       |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTCTGT-CACTATCTTTCCCTGAGACAGGGTTTCTCACTAACTGTGAAG  186

seq1  CTTGGTTGGTAGCCAGCAAGCCTCATTGACCCTTAGTCTCCATCTTCTAC  250
      || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTGGTAGCCAGCAAGCCTCATTGA-CCTTAGTCTCCATCTTCTAC  235

seq1  AGCCCTGTGGTTACAGGGATGCATGGGTAGGTCCAGCTGTTTGCTCTAGT  300
      ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGTGTTAACAGGGATGCATGGGTAGGTCCAGCTGTTTGCTCTAGT  285

seq1  GATGTGATGGGGTTGCAAATTCAGGTCCTC-TTGCTTTGTAGTTCTCTTA  349
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GATGTGATGGGGTTGCAAATTCAGGTCCTCTTTGCTTTGTAGTTCTCTTA  335

seq1  -CCCAGTGAGCCATAACTCCAAATCTTCATTGTGTTTTTCAATTTAATTT  398
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTGAGCCATAACTCCAAATCTTCATTGTGTTTTTCAATTTAATTT  385

seq1  TAATTTTGTATCAGATTTTATATTTGCTGTAAATCAAAATATACTTTATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTGTATCAGATTTTATATTTGCTGTAAATCAAAATATACTTTATG  435

seq1  TTTTGAAATATCAAAATATTCTACCATTTTGTTATTGGATATGAGAGGTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAATATCAAAATATTCTACCATTTTGTTATTGGATATGAGAGGTA  485

seq1  TATGGGGAAGAAATCATAAGAGAAAAATATTCCTGTAATTGGTTCTCTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGGAAGAAATCATAAGAGAAAAATATTCCTGTAATTGGTTCTCTCA  535

seq1  TATAAGTATTAAATATAATAATGTAAAACAAACTTATAATATTTATGCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTATTAAATATAATAATGTAAAACAAACTTATAATATTTATGCAT  585

seq1  GGGTGTACATGCATGTGTGTGTGATTCTGTGTGTATGCATATCTGTGTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTACATGCATGTGTGTGTGATTCTGTGTGTATGCATATCTGTGTGA  635

seq1  TGTACATCAGGAAGCTTTCTGATTTAAGCAGAAAATCTTAGATATTTTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATCAGGAAGCTTTCTGATTTAAGCAGAAAATCTTAGATATTTTTG  685

seq1  CTTTGTTTAAACTTAATATAGCTGTGAATGGTCTACCATGACAGTGTTTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTAAACTTAATATAGCTGTGAATGGTCTACCATGACAGTGTTTA  735

seq1  CAGAGCCATGTCCCTGAGAATTTTTCATTTCATACATCATTTACGACTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCATGTCCCTGAGAATTTTTCATTTCATACATCATTTACGACTGG  785

seq1  CCCAGGTGATCCCATAAATTCTGAACCTATATAGTTTCACTGCAGAAAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTGATCCCATAAATTCTGAACCTATATAGTTTCACTGCAGAAAGG  835

seq1  TAAAATAAAAATATACTTATTCATGAAGAATCCAGACCAAGCATGCATCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAAATATACTTATTCATGAAGAATCCAGACCAAGCATGCATCC  885

seq1  CTTTTCCTCTCCACTTCCCCCAATCCAATTACTGGGAAACTATAAGAGAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTCTCCACTTCCCCCAATCCAATTACTGGGAAACTATAAGAGAA  935

seq1  AGGCCCGAGGTTCCCTCACAACATAAACCAAATTTGATGTTTCACTGCTA  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGGCCCGAGGTTCCCTCACAACATAAACCAAATTTGATGTTTAACTGCTA  985

seq1  CTATTTGTTTTTATGAAAGAATTC  1022
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGTTTTTATGAAAGAATTC  1009

seq1: chr1_124234457_124235425
seq2: B6Ng01-031E23.g_65_1020

seq1  GAATTCAAAGAAATGTCTGGAAAGAGTAGAGAAGAGAATTTTCTATGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAAATGTCTGGAAAGAGTAGAGAAGAGAATTTTCTATGAAA  50

seq1  TGAGGAACTGTTAATGTGACAAGCAAGGCTCCTTGTGAACAAGGGATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAACTGTTAATGTGACAAGCAAGGCTCCTTGTGAACAAGGGATGAA  100

seq1  AGGTCAGAGCCCACAATAGAGTTCCTTCTATTGCTGTGCTAAAACACCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGAGCCCACAATAGAGTTCCTTCTATTGCTGTGCTAAAACACCAT  150

seq1  GACCCAAAGCAACTTGGGATGAGTTGGCTTAGATATTTGGCTTAGATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAAAGCAACTTGGGATGAGTTGGCTTAGATATTTGGCTTAGATATT  200

seq1  TTGAATCACAGTTCATCTTGGGAAACCAAGGCAGATACTCAAGGCTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCACAGTTCATCTTGGGAAACCAAGGCAGATACTCAAGGCTGGAT  250

seq1  CTGAAGCAGAGACCATACAACAGTGATTCTCAAGCTTCCTTTTAATACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCAGAGACCATACAACAGTGATTCTCAAGCTTCCTTTTAATACAG  300

seq1  TTTCTCATGCTGTGGTAACCCACAACCAATAAACTTTTCTTTGCTACTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCATGCTGTGGTAACCCACAACCAATAAACTTTTCTTTGCTACTTC  350

seq1  ATAATGTAGCTTTGTTACTGTTTTGAATCATAATGTAAATATCTGTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTAGCTTTGTTACTGTTTTGAATCATAATGTAAATATCTGTGTTT  400

seq1  TCCTGATGGACTTAGATGATGGTTATAAAAGATTCAACCCACAGGTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATGGACTTAGATGATGGTTATAAAAGATTCAACCCACAGGTTGAG  450

seq1  AAGCACAGCCATGAAGGAATGCTTCTTACTTGCTTGCTCCCCATGGCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAGCCATGAAGGAATGCTTCTTACTTGCTTGCTCCCCATGGCTTG  500

seq1  CTCAGCCTGCCATTGTATACAACTGTGACACCAGTTCATGTGTGTCAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTGCCATTGTATACAACTGTGACACCAGTTCATGTGTGTCAATA  550

seq1  GGCTCAGTGAGATGGGTCCTCTCCCATCACTTTCAATGAAATGTATGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTGAGATGGGTCCTCTCCCATCACTTTCAATGAAATGTATGCCT  600

seq1  ACAGACAGTCTAATAGAAGCATTTTCTTAACTGATGATTTCCTTCCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGTCTAATAGAAGCATTTTCTTAACTGATGATTTCCTTCCCAGA  650

seq1  TCTGTTCAGGTTTGTGTCAAACTGACAAAAACCACAACCAGTAAAGACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCAGGTTTGTGTCAAACTGACAAAAACCACAACCAGTAAAGACTG  700

seq1  ACATGTGTCTACAGCTCAGTGTCACTTCCATTGAAATATTTCATTTACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGTCTACAGCTCAGTGTCACTTCCATTGAAATATTTCATTTACAT  750

seq1  GTCTTCATTTAGGAAACACTTGAGGAATGGGAATGAAAGGAAAGGAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCTTCATTTAGGAAACACTTGAGGAATGGGAATGAAAGGAAAGGAG-AA  799

seq1  GTGGCAACCAGTAGAAGAACAGAGGAAAGAAAGAAACGGGCAGTGGATGC  850
      ||||| | ||||||||| ||||||| |||||   ||||||||||||||||
seq2  GTGGC-ATCAGTAGAAG-ACAGAGG-AAGAA--GAACGGGCAGTGGATGC  844

seq1  AGAGATATGAGTCGTTAGAAATAAGAGAGTATGTGACTTCATAAAATGTA  900
      |||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGAGATATGAGTCG-TAGAA--TAGAGAGTATGTGACTTCATAAAATGT-  890

seq1  AACCCTTTTGCTGAATGTCTGAATGTGCATATGTATGTGTGAGAGTATAT  950
      ||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTTTGCTG-ATGTTTG-ATGGGCATATGTATGTGTGAGAGTATAT  938

seq1  GTGCACATACATGGGCATG  969
      ||||| |||||||||||||
seq2  GTGCA-ATACATGGGCATG  956