BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032H05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 194,888,964 - 194,989,261
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAA408296, Irf6
Upstream geneTraf5, LOC100042625, Rcor3, Kcnh1, Hhat, A730013G03Rik, Sertad4, LOC100039677, Syt14
Downstream geneA130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g, LOC667208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032H05.bB6Ng01-032H05.g
ACCDH861784DH861785
length1,0741,042
definitionDH861784|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032H05, 5' end.DH861785|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032H05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(194,888,964 - 194,890,043)(194,988,212 - 194,989,261)
sequence
gaattcagatgtagacctctcaactacttctccagcccctatctgcctgc
atgccaccacacttgtggccataatgataatggattaaatctctgaactg
taagccagctccaatgaaatgttttcctttataagatttggcatagttat
agtgtttcttcacagccataccttctaaaccttctcaagtagaaccactc
tctgacaactacgcattcgaatatatgagcctattaggaccattcttggt
caaaccaccacacccgtggagacaggaagtagttcttagggcagactggg
ggagaaggaaaatgggggtgatgagtaaagtcatggaatttggaaggcag
tagaaatgctccaaagttgattcctgaggcagtcgtacacactgtgaaca
tattaagaaccatttgctgtaatctgaacacatcccccatgcctggattc
aaacatcagcaatgtaatcccatatggaacagtgttgatcgataggacaa
ctaacttctggacagctgtgcccgagggctcagctctcccctcacactct
ctgttttagctctctttctcccaaatgcacatatgtgtgctttgttccct
tcagccttctgccatgggatgatacaacaacaagagagcccgcaccaaaa
acaggctttgagactgtggacttccaagtcttcagacctgtaagagagaa
acttgcatcttttttcataaattacacagtcgctgtcactctgtaactgt
acctcatagtggacttaatgggcttggaattatgtttcagtaaagctatt
ttttatattgacaataagacaatttctatagcacagtaaacaacaacaac
aacacaaaacatgttcaaagataccagaaagggaagtatttttttgaaac
ccttaagacttgctaatgttctgctttagaggaaagagaaaaattttatt
catggtggaagaattttctgtcaaagtttactaagaggactctgggggaa
agtgaccacaaggaaccagccattgaggctcctgctattcccaggggagc
ctggaattcagtgagtgaggaata
gaattcataccaggaaaactgttgggagtttatctacaattcataaacgg
gatatatcacttctctgaagtaaatccccaaaattatcattcaccaggaa
tgaattacgcttcttctgcttctttgagttggttgttccctagaacccta
gagcacaccctactgctttgagtcttctgcctgtgacttcggcttactaa
cacgccaacagactggctgaggaccccaccaccccctctacctcctcaga
gcaatggtggctgatgggtcagtagttccaaagccaaagtcagttacatc
gtcctcgcccctgtgggcgaccagtcaccccactcaccgttgatgttcag
gaaggggaaggtgtcctggatggggacatggtgctgtgactgctcaagtt
catcctcctcctcatcttcatccacatcattatctttctcatcccaagga
gcagaccctgtggatcctatccggggtacagaagcccatagaagagcagt
ttgtttcactgacatctcaacagctgacccaccacccaggctagggaaac
cgctgtatgtacccacaagctttagctagttctaaatccttctatagagt
ctgtactcaaggtctcttatcttgccttagaaatccctacgcgttactat
agctaaacaatagctttccacacatgagcatctcttttaatggctccaga
atactcagttttgagagccgcatatgagggaggcacaaaccctccattat
ggcaaggtctgactgggatgataagactaaatgtctggctctttgtattt
attacccattgaggattgggttggcaggttctcagcagaaatactccatc
aactaaacttacttgacccaacgttcatagagaacacaatagcttgcacg
ggtcatgtcccctggttctacgagtaccattgaaaagacagaatgatgag
agttcacatcttgaattgaaaaaagaggcttcaggtgcccattactcatt
caagtccaacagattaggcgaaagatcaggtttggaatgcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_194888964_194890043
seq2: B6Ng01-032H05.b_46_1119

seq1  GAATTCAGATGTAGACCTCTCAACTACTTCTCCAGCCCCTATCTGCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGTAGACCTCTCAACTACTTCTCCAGCCCCTATCTGCCTGC  50

seq1  ATGCCACCACACTTGTGGCCATAATGATAATGGATTAAATCTCTGAACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACCACACTTGTGGCCATAATGATAATGGATTAAATCTCTGAACTG  100

seq1  TAAGCCAGCTCCAATGAAATGTTTTCCTTTATAAGATTTGGCATAGTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAGCTCCAATGAAATGTTTTCCTTTATAAGATTTGGCATAGTTAT  150

seq1  AGTGTTTCTTCACAGCCATACCTTCTAAACCTTCTCAAGTAGAACCACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTCTTCACAGCCATACCTTCTAAACCTTCTCAAGTAGAACCACTC  200

seq1  TCTGACAACTACGCATTCGAATATATGAGCCTATTAGGACCATTCTTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAACTACGCATTCGAATATATGAGCCTATTAGGACCATTCTTGGT  250

seq1  CAAACCACCACACCCGTGGAGACAGGAAGTAGTTCTTAGGGCAGACTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCACCACACCCGTGGAGACAGGAAGTAGTTCTTAGGGCAGACTGGG  300

seq1  GGAGAAGGAAAATGGGGGTGATGAGTAAAGTCATGGAATTTGGAAGGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGAAAATGGGGGTGATGAGTAAAGTCATGGAATTTGGAAGGCAG  350

seq1  TAGAAATGCTCCAAAGTTGATTCCTGAGGCAGTCGTACACACTGTGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATGCTCCAAAGTTGATTCCTGAGGCAGTCGTACACACTGTGAACA  400

seq1  TATTAAGAACCATTTGCTGTAATCTGAACACATCCCCCATGCCTGGATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGAACCATTTGCTGTAATCTGAACACATCCCCCATGCCTGGATTC  450

seq1  AAACATCAGCAATGTAATCCCATATGGAACAGTGTTGATCGATAGGACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCAGCAATGTAATCCCATATGGAACAGTGTTGATCGATAGGACAA  500

seq1  CTAACTTCTGGACAGCTGTGCCCGAGGGCTCAGCTCTCCCCTCACACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTCTGGACAGCTGTGCCCGAGGGCTCAGCTCTCCCCTCACACTCT  550

seq1  CTGTTTTAGCTCTCTTTCTCCCAAATGCACATATGTGTGCTTTGTTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTAGCTCTCTTTCTCCCAAATGCACATATGTGTGCTTTGTTCCCT  600

seq1  TCAGCCTTCTGCCATGGGATGATACAACAACAAGAGAGCCCGCACCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTTCTGCCATGGGATGATACAACAACAAGAGAGCCCGCACCAAAA  650

seq1  ACAGGCTTTGAGACTGTGGACTTCCAAGTCTTCAGACCTGTAAGAGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTTTGAGACTGTGGACTTCCAAGTCTTCAGACCTGTAAGAGAGAA  700

seq1  ACTTGCATCTTTTTTCATAAATTACACAGTCGCTGTCACTCTGTAACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCATCTTTTTTCATAAATTACACAGTCGCTGTCACTCTGTAACTGT  750

seq1  ACCTCATAGTGGACTTAATGGGC-TGGAATTATGTTTCAGTAAAGCTATT  799
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATAGTGGACTTAATGGGCTTGGAATTATGTTTCAGTAAAGCTATT  800

seq1  TTTTAAATTGACAATAAGACAATTTCTATAGCACAGTAAACAACAACAAC  849
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATTGACAATAAGACAATTTCTATAGCACAGTAAACAACAACAAC  850

seq1  AACAACAAAACATG-TCAAAGATACCAGAAAGGGAAGTATTTTTTGAAAA  898
      ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  AAC-ACAAAACATGTTCAAAGATACCAGAAAGGGAAGTATTTTTTTGAAA  899

seq1  CCCTTAAGACTTGCTAATGTTCTGCTTTTAGAGGAAAGAGAAATATTTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCTTAAGACTTGCTAATGTTCTGC-TTTAGAGGAAAGAGAAAAATTTTA  948

seq1  TTCATGGT-GAAGAATTTTCTGTCAAAAGTTTACTAAGAGGACTCTGGGG  997
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTGGAAGAATTTTCTGTC-AAAGTTTACTAAGAGGACTCTGGGG  997

seq1  GAAAAGTGACCCACAAGGACACAGCCACTGAGGCCTCTGCTATTCCCAGG  1047
      | ||||||| |||||||||  |||||| ||||||  |||||||||||| |
seq2  G-AAAGTGA-CCACAAGGAACCAGCCATTGAGGCTCCTGCTATTCCCA-G  1044

seq1  GGGAGCCTGGGACTCAAGTTGAGGTGAGGAATA  1080
      |||||||||| | |||   ||| ||||||||||
seq2  GGGAGCCTGGAATTCA--GTGA-GTGAGGAATA  1074

seq1: chr1_194988212_194989261
seq2: B6Ng01-032H05.g_68_1109 (reverse)

seq1  TTGCATTCCAAACCTGGCTCTTATCGCTCTACTACTGTTGGACTTGAATT  50
      ||||||||||||||| | |||| |||| ||| | |||||||||||||| |
seq2  TTGCATTCCAAACCT-GATCTT-TCGC-CTAAT-CTGTTGGACTTGAA-T  45

seq1  GAGTTATTGGGCACCTGGAGCCTCTGTTTCTTCAATTTCAAGATGTGAAC  100
      ||| || |||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GAG-TAATGGGCACCTGAAGCCTC--TTTTTTCAA-TTCAAGATGTGAAC  91

seq1  TCTCATCATTCTGTCTTTTCAATGGTTACTCGTAGAACCAGTGGACATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTCATCATTCTGTCTTTTCAATGG-TACTCGTAGAACCAGGGGACATGA  140

seq1  CCCGTGCAAGCTATTGTGTTCTCTATGAACGTTGGGTCAAGTAAGTTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGCAAGCTATTGTGTTCTCTATGAACGTTGGGTCAAGTAAGTTTAG  190

seq1  TTGATGGAGTATTTCTGCTGAGAACCTGCC-ACCCAATCCTCAATGGGTA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGAGTATTTCTGCTGAGAACCTGCCAACCCAATCCTCAATGGGTA  240

seq1  ATAAATACAAAGAGCCAGACATTTAGTCTTATCAT-CCAGTCAGACCTTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATAAATACAAAGAGCCAGACATTTAGTCTTATCATCCCAGTCAGACCTTG  290

seq1  CCATAATGGAGGGTTTGTGCCTCCCTCATATGCGGCTCTCAAAACTGAGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATGGAGGGTTTGTGCCTCCCTCATATGCGGCTCTCAAAACTGAGT  340

seq1  ATTCTGGAGCCATTAAAAGAGATGCTCATGTGTGGAAAGCTATTGTTTAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGAGCCATTAAAAGAGATGCTCATGTGTGGAAAGCTATTGTTTAG  390

seq1  CTATAGTAACGCGTAGGGATTTCTAAGGCAAGATAAGAGACCTTGAGTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTAACGCGTAGGGATTTCTAAGGCAAGATAAGAGACCTTGAGTAC  440

seq1  AGACTCTATAGAAGGATTTAGAACTAGCTAAAGCTTGTGGGTACATACAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTATAGAAGGATTTAGAACTAGCTAAAGCTTGTGGGTACATACAG  490

seq1  CGGTTTCCCTAGCCTGGGTGGTGGGTCAGCTGTTGAGATGTCAGTGAAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTCCCTAGCCTGGGTGGTGGGTCAGCTGTTGAGATGTCAGTGAAAC  540

seq1  AAACTGCTCTTCTATGGGCTTCTGTACCCCGGATAGGATCCACAGGGTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTCTTCTATGGGCTTCTGTACCCCGGATAGGATCCACAGGGTCT  590

seq1  GCTCCTTGGGATGAGAAAGATAATGATGTGGATGAAGATGAGGAGGAGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTGGGATGAGAAAGATAATGATGTGGATGAAGATGAGGAGGAGGA  640

seq1  TGAACTTGAGCAGTCACAGCACCATGTCCCCATCCAGGACACCTTCCCCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGAGCAGTCACAGCACCATGTCCCCATCCAGGACACCTTCCCCT  690

seq1  TCCTGAACATCAACGGTGAGTGGGGTGACTGGTCGCCCACAGGGGCGAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAACATCAACGGTGAGTGGGGTGACTGGTCGCCCACAGGGGCGAGG  740

seq1  ACGATGTAACTGACTTTGGCTTTGGAACTACTGACCCATCAGCCACCATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGTAACTGACTTTGGCTTTGGAACTACTGACCCATCAGCCACCATT  790

seq1  GCTCTGAGGAGGTAGAGGGGGTGGTGGGGTCCTCAGCCAGTCTGTTGGCG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAGGAGGTAGAGGGGGTGGTGGGGTCCTCAGCCAGTCTGTTGGCG  840

seq1  TGTTAGTAAGCCGAAGTCACAGGCAGAAGACTCAAAGCAGTAGGGTGTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTAAGCCGAAGTCACAGGCAGAAGACTCAAAGCAGTAGGGTGTGC  890

seq1  TCTAGGGTTCTAGGGAACAACCAACTCAAAGAAGCAGAAGAAGCGTAATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGGTTCTAGGGAACAACCAACTCAAAGAAGCAGAAGAAGCGTAATT  940

seq1  CATTCCTGGTGAATGATAATTTTGGGGATTTACTTCAGAGAAGTGATATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTGGTGAATGATAATTTTGGGGATTTACTTCAGAGAAGTGATATA  990

seq1  TCCCGTTTATGAATTGTAGATAAACTCCCAACAGTTTTCCTGGTATGAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTTTATGAATTGTAGATAAACTCCCAACAGTTTTCCTGGTATGAAT  1040

seq1  TC  1050
      ||
seq2  TC  1042