BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032I10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 170,812,867 - 170,920,577
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039879, Pbx1
Downstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032I10.bB6Ng01-032I10.g
ACCDH861838DH861839
length638783
definitionDH861838|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032I10, 5' end.DH861839|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,812,867 - 170,813,502)(170,919,795 - 170,920,577)
sequence
gaattccttctgtagagaagaacctgtgatttaggctctcagaatgttcc
tgggctgtactcagtgacatctgggaacattgtggaagtatcttaaacat
aaagaaaagaagatgcaagaacactgggagaaaaccaataatagatatac
aggccctaaaactaaagatattgccatcctcagacatcgccaaataaata
atatgtatgcaatgtttaaaaggaatttataaaagggggaacttagaaaa
atcagaaatgagagactacaaacctttaaaatgtaccatctatatttttg
ggaagtaaaaatataattttaaattatcattacgatagctgtctcctgag
aggctcggccagtgcctggcaaatagagaagtggaggctcacaatcacct
attggatggaacacagggccaccaatggaggagcaaccttataggaggac
caacaatatgaactaaccagtactcccagagctccttgggactaaaccac
caatcaaagaaaccacatggtgggactggcggctctagctgcatatgtag
cagaggatggtctagttggtcatcaatgagaggagaggccctatgtcctg
ttaaaggttttatgcccccagtataggggtatgccagg
gaattctctctgaaaaacacactttgctcttatctttatcttctaacatt
taccgtatatctctctatcctcccttccatatccatcactacattccttt
acttattcaacaaatacttattaagcccatagtacatgctgagcacattc
catgcctcggtaagacccagagcaggagcaaagttacctatgccttggag
agcttatactgtcctgaaggaggaagatgtagtatgccaaatagaagtaa
atcccagagcaagatgaagtaaaaaggcaggtgaatacaaggttctggaa
ggacttcctgttcataggctatttaattcataggtacggattactctgaa
ggagagagtcccgggaatgtttatggaggctggtctggctacagcatacc
atgagaagaacaatgggcatgtgcttggggaagtgagaaaggagctgtga
tggggatgcatatcccactgtacacatgatagctttaaaaggagaagctg
catgacccagggaatacaattaaagatgtttggctctaaagtcgagaaca
cactgcaggacaccaaaacagagggccaacttggaggttattagagtaac
ccagggaagacaacaacagaacctcaaaggtcacagtgggaaagaactaa
tctacagacacttccatatgcgcgcatatatttaagatttagattctttt
tttccattttttattaggtatttagctcatttacatttccaatgctatac
caaaagtcccccatatccacccacccccacttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_170812867_170813502
seq2: B6Ng01-032I10.b_47_684

seq1  GAATTCCTTCTGTAGAGAAGAACCTGTGATTTAGGCTCTCAGAATGTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTGTAGAGAAGAACCTGTGATTTAGGCTCTCAGAATGTTCC  50

seq1  TGGGCTGTACTCAGTGACATCTGGGAACATTGTGGAAGTATCTTAAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGTACTCAGTGACATCTGGGAACATTGTGGAAGTATCTTAAACAT  100

seq1  AAAGAAAAGAAGATGCAAGAACACTGGGAGAAAACCAATAATAGATATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAGAAGATGCAAGAACACTGGGAGAAAACCAATAATAGATATAC  150

seq1  AGGCCCTAAAACTAAAGATATTGCCATCCTCAGACATCGCCAAATAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTAAAACTAAAGATATTGCCATCCTCAGACATCGCCAAATAAATA  200

seq1  ATATGTATGCAATGTTTAAAAGGAATTTATAAAAGGGGGAACTTAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGCAATGTTTAAAAGGAATTTATAAAAGGGGGAACTTAGAAAA  250

seq1  ATCAGAAATGAGAGACTACAAACCTTTAAAATGTACCATCTATATTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAATGAGAGACTACAAACCTTTAAAATGTACCATCTATATTTTTG  300

seq1  GGAAGTAAAAATATAATTTTAAATTATCATTACGATAGCTGTCTCCTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTAAAAATATAATTTTAAATTATCATTACGATAGCTGTCTCCTGAG  350

seq1  AGGCTCGGCCAGTGCCTGGCAAATAGAGAAGTGGAGGCTCACAATCACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCGGCCAGTGCCTGGCAAATAGAGAAGTGGAGGCTCACAATCACCT  400

seq1  ATTGGATGGAACACAGGGCCACCAATGGAGGAGCAACCTTATAGGAGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATGGAACACAGGGCCACCAATGGAGGAGCAACCTTATAGGAGGAC  450

seq1  CAACAATATGAACTAACCAGTACTCCCAGAGCTCCTTGGGACTAAACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATATGAACTAACCAGTACTCCCAGAGCTCCTTGGGACTAAACCAC  500

seq1  CAATCAAAGAAACCACATGGTGGGACTGGCGGCTCTAGCTGCATATGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAAGAAACCACATGGTGGGACTGGCGGCTCTAGCTGCATATGTAG  550

seq1  CAGAGGATGGTCTAGTTGGTCATCAATGAGAGGAGAGGCCCTATGTCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGATGGTCTAGTTGGTCATCAATGAGAGGAGAGGCCCTATGTCCTG  600

seq1  -TGAAGGTTTTATG-CCCCAGTATAGGGGTATGCCAGG  636
       | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGTTTTATGCCCCCAGTATAGGGGTATGCCAGG  638

seq1: chr1_170919795_170920577
seq2: B6Ng01-032I10.g_68_850 (reverse)

seq1  GGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATG  50
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATG  50

seq1  TAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAGAATCTAAATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAGAATCTAAATCTT  100

seq1  AAATATATGCGCGCATATGGAAGTGTCTGTAGATTAGTTCTTTCCCACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATGCGCGCATATGGAAGTGTCTGTAGATTAGTTCTTTCCCACTG  150

seq1  TGACCTTTGAGGTTCTGTTGTTGTCTTCCCTGGGTTACTCTAATAACCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTTGAGGTTCTGTTGTTGTCTTCCCTGGGTTACTCTAATAACCTC  200

seq1  CAAGTTGGCCCTCTGTTTTGGTGTCCTGCAGTGTGTTCTCGACTTTAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGGCCCTCTGTTTTGGTGTCCTGCAGTGTGTTCTCGACTTTAGAG  250

seq1  CCAAACATCTTTAATTGTATTCCCTGGGTCATGCAGCTTCTCCTTTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATCTTTAATTGTATTCCCTGGGTCATGCAGCTTCTCCTTTTAAA  300

seq1  GCTATCATGTGTACAGTGGGATATGCATCCCCATCACAGCTCCTTTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCATGTGTACAGTGGGATATGCATCCCCATCACAGCTCCTTTCTCA  350

seq1  CTTCCCCAAGCACATGCCCATTGTTCTTCTCATGGTATGCTGTAGCCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCAAGCACATGCCCATTGTTCTTCTCATGGTATGCTGTAGCCAGA  400

seq1  CCAGCCTCCATAAACATTCCCGGGACTCTCTCCTTCAGAGTAATCCGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTCCATAAACATTCCCGGGACTCTCTCCTTCAGAGTAATCCGTAC  450

seq1  CTATGAATTAAATAGCCTATGAACAGGAAGTCCTTCCAGAACCTTGTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAATTAAATAGCCTATGAACAGGAAGTCCTTCCAGAACCTTGTATT  500

seq1  CACCTGCCTTTTTACTTCATCTTGCTCTGGGATTTACTTCTATTTGGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCCTTTTTACTTCATCTTGCTCTGGGATTTACTTCTATTTGGCAT  550

seq1  ACTACATCTTCCTCCTTCAGGACAGTATAAGCTCTCCAAGGCATAGGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATCTTCCTCCTTCAGGACAGTATAAGCTCTCCAAGGCATAGGTAA  600

seq1  CTTTGCTCCTGCTCTGGGTCTTACCGAGGCATGGAATGTGCTCAGCATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCCTGCTCTGGGTCTTACCGAGGCATGGAATGTGCTCAGCATGT  650

seq1  ACTATGGGCTTAATAAGTATTTGTTGAATAAGTAAAGGAATGTAGTGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGGCTTAATAAGTATTTGTTGAATAAGTAAAGGAATGTAGTGATG  700

seq1  GATATGGAAGGGAGGATAGAGAGATATACGGTAAATGTTAGAAGATAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGAAGGGAGGATAGAGAGATATACGGTAAATGTTAGAAGATAAAG  750

seq1  ATAAGAGCAAAGTGTGTTTTTCAGAGAGAATTC  783
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGCAAAGTGTGTTTTTCAGAGAGAATTC  783