BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-033A22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 195,269,772 - 195,416,814
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcnh1, Hhat, A730013G03Rik, Sertad4, LOC100039677, Syt14, AA408296, Irf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g
Downstream geneLOC667208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-033A22.bB6Ng01-033A22.g
ACCDH862216DH862217
length1,0731,048
definitionDH862216|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033A22, 5' end.DH862217|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033A22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(195,415,743 - 195,416,814)(195,269,772 - 195,270,832)
sequence
gaattcttcctctgagcagccttccctggctcctctggagagcagctccc
tcctccaggcgtctgtggtgcttcctataatcacagagtccctggacttg
tccgcctgtcatctagtctctgtttattccccttcctgcccctgagggca
gagcagagttctttttcacctgccttccttcagggagcacaacactgagc
ctgcatatcatatggttgggaaagctctaactgaatatggttgggaaagc
tctaactgaatggtaaatgacttctctctcttccacactccctccccatt
aactcatacccagtgaggcaggaagatccatctactcagctgcaggatag
aggaaaggctctccacagcaacgcaaagccagacaccagggttacagtga
ccatggcccaagatgttactaacagaaatgcaattttcagattgtcttca
tgtggcttgttaatgtgataattagctaactgtgtaatgtaaagcaggct
ggctatgagctggcccctctcagaggtgaaacaaatgaaagagtgtgcct
gcacaaccaacacacaaacataaacaaggtattaaacatccccctccagt
cttaaaaaagcaggaataagagctttatccccaaagcaattgtctttctt
ctcctttctcttactctccccacccgtaagcactttagagaaaggtgtga
tgttgctctcacagataaatagtaaccaaactatgatgatgcgaatgtga
tcatatctcgatgacaaaggggaattaaaggtggattcttttactgattc
tgagcagtttactgatcctgagcagcgggctctcgtaactgctcactgta
tcaaccggttagtcattctcctcattatctttaatgtcttattagcaggc
ttcattcatctggtttttatctgtttcactggaagcagttttaatctcat
ttcagtggcactgataagcctgttagtttgcacaaattggttttggtgga
caatgtgtagaatagtaataatgtgttggtttccaaacagaaagagatat
tctatttagtctaagagacaggt
gaattcttctccttttgcttgtttgaggtgggatcctgctctgtagccca
tgctgccctggattaaaggaccttcctgtctcagtgtcctgagtgctaga
attttaggtgtgtgctgccatgtttggcttctcaatagcttttgaaaaac
aattttaagttatttatttacttttattcatgtgtatgtatgtatgcctc
cataaatttgtgtgcaccatgtgggggggcagaccttcaggtgttggatt
ctccagaactgtagtataagtagttgtgagctgccaaatttgaatgctgg
ggctgaaacttggatccaataagtgctcttagccactgaatcatttctct
agccctgaaaaaaaatatttttataaaagtattgtggtggtttgaatata
tttggcctactggaagtgcttctattaggaggtgtggccttgttggtaga
catgtgtcactgtgtaggtgggctttgagggctccttgtgttcaagccct
gtctggtgcagaagagtcagtcttcttctagtggccttaggttcaagatg
tagaactctttgctcctccagcaccaagtctgcctacacactgtcacact
tcccgcccacatgcttcccactgtgatgataatgaaccaaacctctgaaa
gtgtaagccagccccaattatgtgctgttggttttttttttttttttttt
ataggaatttccttggtcatggtgtctcttcacagcaataaaacccaaac
caagacaagtatgttgttaaaaacaaaactacaacacaaagcagagaacc
cactggagagtgtttaggctggtaaactctcacagcttgtcaccagcatg
gacttcctccagcatgactcacttcctaaatgaaccttaacctctgcaac
agtggaaccactggggacaggtgttcaaacaatgagcttatggggcattc
cattcagccacccaccttaatatatcttccattcctagaccacctgactc
gataaaaatctagagacccttaatttccttcttgtttttgacattata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_195415743_195416814
seq2: B6Ng01-033A22.b_44_1116 (reverse)

seq1  ACCTGTCTCTTTGGACCTAAATAG-ATTTCTCTTTTCTGTTTGGAAACC-  48
      ||||||||||| |   |||||||| || |||| |||||||||||||||| 
seq2  ACCTGTCTCTTAG--ACTAAATAGAATATCTC-TTTCTGTTTGGAAACCA  47

seq1  ACACATTATAACTA-TCTACACATTGT-CACCAAAACCAATTTGTGCAAA  96
      ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTATTACTATTCTACACATTGTCCACCAAAACCAATTTGTGCAAA  97

seq1  CTAACAGGCTTATCAGTGCCACTGAAATGAGATTAAAACTGCTTCCAGTG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGGCTTATCAGTGCCACTGAAATGAGATTAAAACTGCTTCCAGTG  147

seq1  AAACAGATAAAAACCAGATGAATGAAGCCTGCTAATAAGACATTAAAGAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATAAAAACCAGATGAATGAAGCCTGCTAATAAGACATTAAAGAT  197

seq1  AATGAGGAGAATGACTAACCGGTTGATACAGTGAGCAGTTACGAGAGCCC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGAGAATGACTAACCGGTTGATACAGTGAGCAGTTACGAGAGCCC  247

seq1  GCTGCTCAGGATCAGTAAACTGCTCAGAATCAGTAAAAGAATCCACCTTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCAGGATCAGTAAACTGCTCAGAATCAGTAAAAGAATCCACCTTT  297

seq1  AATTCCCCTTTGTCATCGAGATATGATCACATTCGCATCATCATAGTTTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCCTTTGTCATCGAGATATGATCACATTCGCATCATCATAGTTTG  347

seq1  GTTACTATTTATCTGTGAGAGCAACATCACACCTTTCTCTAAAGTGCTTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTATTTATCTGTGAGAGCAACATCACACCTTTCTCTAAAGTGCTTA  397

seq1  CGGGTGGGGAGAGTAAGAGAAAGGAGAAGAAAGACAATTGCTTTGGGGAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTGGGGAGAGTAAGAGAAAGGAGAAGAAAGACAATTGCTTTGGGGAT  447

seq1  AAAGCTCTTATTCCTGCTTTTTTAAGACTGGAGGGGGATGTTTAATACCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCTTATTCCTGCTTTTTTAAGACTGGAGGGGGATGTTTAATACCT  497

seq1  TGTTTATGTTTGTGTGTTGGTTGTGCAGGCACACTCTTTCATTTGTTTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGTTTGTGTGTTGGTTGTGCAGGCACACTCTTTCATTTGTTTCA  547

seq1  CCTCTGAGAGGGGCCAGCTCATAGCCAGCCTGCTTTACATTACACAGTTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAGAGGGGCCAGCTCATAGCCAGCCTGCTTTACATTACACAGTTA  597

seq1  GCTAATTATCACATTAACAAGCCACATGAAGACAATCTGAAAATTGCATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATTATCACATTAACAAGCCACATGAAGACAATCTGAAAATTGCATT  647

seq1  TCTGTTAGTAACATCTTGGGCCATGGTCACTGTAACCCTGGTGTCTGGCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAGTAACATCTTGGGCCATGGTCACTGTAACCCTGGTGTCTGGCT  697

seq1  TTGCGTTGCTGTGGAGAGCCTTTCCTCTATCCTGCAGCTGAGTAGATGGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTTGCTGTGGAGAGCCTTTCCTCTATCCTGCAGCTGAGTAGATGGA  747

seq1  TCTTCCTGCCTCACTGGGTATGAGTTAATGGGGAGGGAGTGTGGAAGAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTGCCTCACTGGGTATGAGTTAATGGGGAGGGAGTGTGGAAGAGA  797

seq1  GAGAAGTCATTTACCATTCAGTTAGAGCTTTCCCAACCATATTCAGTTAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTCATTTACCATTCAGTTAGAGCTTTCCCAACCATATTCAGTTAG  847

seq1  AGCTTTCCCAACCATATGATATGCAGGCTCAGTGTTGTGCTCCCTGAAGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCCCAACCATATGATATGCAGGCTCAGTGTTGTGCTCCCTGAAGG  897

seq1  AAGGCAGGTGAAAAAGAACTCTGCTCTGCCCTCAGGGGCAGGAAGGGGAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGGTGAAAAAGAACTCTGCTCTGCCCTCAGGGGCAGGAAGGGGAA  947

seq1  TAAACAGAGACTAGATGACAGGCGGACAAGTCCAGGGACTCTGTGATTAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGAGACTAGATGACAGGCGGACAAGTCCAGGGACTCTGTGATTAT  997

seq1  AGGAAGCACCACAGACGCCTGGAGGAGGGAGCTGCTCTCCAGAGGAGCCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCACCACAGACGCCTGGAGGAGGGAGCTGCTCTCCAGAGGAGCCA  1047

seq1  GGGAAGGCTGCTCAGAGGAAGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGCTGCTCAGAGGAAGAATTC  1073

seq1: chr1_195269772_195270832
seq2: B6Ng01-033A22.g_68_1115

seq1  GAATTCTTCTCCTTTTGCTTGTTTGAGGTGGGATCCTGCTCTGTAGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCCTTTTGCTTGTTTGAGGTGGGATCCTGCTCTGTAGCCCA  50

seq1  TGCTGCCCTGGATTAAAGGACCTTCCTGTCTCAGTGTCCTGAGTGCTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCCTGGATTAAAGGACCTTCCTGTCTCAGTGTCCTGAGTGCTAGA  100

seq1  ATTTTAGGTGTGTGCTGCCATGTTTGGCTTCTCAATAGCTTTTGAAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGGTGTGTGCTGCCATGTTTGGCTTCTCAATAGCTTTTGAAAAAC  150

seq1  AATTTTAAGTTATTTATTTACTTTTATTCATGTGTATGTATGTATGCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAGTTATTTATTTACTTTTATTCATGTGTATGTATGTATGCCTC  200

seq1  CATAAATTTGTGTGCACCATGTGGGGGGGCAGACCTTCAGGTGTTGGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATTTGTGTGCACCATGTGGGGGGGCAGACCTTCAGGTGTTGGATT  250

seq1  CTCCAGAACTGTAGTATAAGTAGTTGTGAGCTGCCAAATTTGAATGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAACTGTAGTATAAGTAGTTGTGAGCTGCCAAATTTGAATGCTGG  300

seq1  GGCTGAAACTTGGATCCAATAAGTGCTCTTAGCCACTGAATCATTTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAAACTTGGATCCAATAAGTGCTCTTAGCCACTGAATCATTTCTCT  350

seq1  AGCCCTGAAAAAAAATATTTTTATAAAAGTATTGTGGTGGTTTGAATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGAAAAAAAATATTTTTATAAAAGTATTGTGGTGGTTTGAATATA  400

seq1  TTTGGCCTACTGGAAGTGCTTCTATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCTACTGGAAGTGCTTCTATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGTAGA  450

seq1  CATGTGTCACTGTGTAGGTGGGCTTTGAGGGCTCCTTGTGTTCAAGCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTCACTGTGTAGGTGGGCTTTGAGGGCTCCTTGTGTTCAAGCCCT  500

seq1  GTCTGGTGCAGAAGAGTCAGTCTTCTTCTAGTGGCCTTAGGTTCAAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTGCAGAAGAGTCAGTCTTCTTCTAGTGGCCTTAGGTTCAAGATG  550

seq1  TAGAACTCTTTGCTCCTCCAGCACCAAGTCTGCCTACACACTGTCACACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTCTTTGCTCCTCCAGCACCAAGTCTGCCTACACACTGTCACACT  600

seq1  TCCCGCCCACATGCTTCCCACTGTGATGATAATGAACCAAACCTCTGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGCCCACATGCTTCCCACTGTGATGATAATGAACCAAACCTCTGAAA  650

seq1  GTGTAAGCCAGCCCCAATTATGTGCTGTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGCCAGCCCCAATTATGTGCTGTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  700

seq1  ATAGGAATTTCCTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAATAAAACCCAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAATTTCCTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAATAAAACCCAAAC  750

seq1  CAAGACAAGTATGTTGTTAAAAACAAAACTACAAACACAAAGCAGAGAAC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAAGACAAGTATGTTGTTAAAAACAAAACTAC-AACACAAAGCAGAGAAC  799

seq1  CCACTGGAGAGTGTTTAGGCT-GTAAACTCTCACAGCTTGTCACCAGCAA  849
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCACTGGAGAGTGTTTAGGCTGGTAAACTCTCACAGCTTGTCACCAGC-A  848

seq1  TGGACTTCCTCCAGCATGACTCACTTCCTAAATGTACCCTTAACCTCTGC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  TGGACTTCCTCCAGCATGACTCACTTCCTAAATG-AACCTTAACCTCTGC  897

seq1  AAACAGTGGTACCAACTGGGGACCAGGTGTTCAAACACATGAGCTTATGG  949
       |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -AACAGTGGAACC-ACTGGGGA-CAGGTGTTCAAACA-ATGAGCTTATGG  943

seq1  GGCCATTCTCAATCCAGCCACCCACCATATATATATCTTCACATTCCTCT  999
      || |||  || || |||||||||||| || |||||||||| |||||||  
seq2  GG-CAT--TCCATTCAGCCACCCACCTTA-ATATATCTTC-CATTCCT-A  987

seq1  GACCACACCACTCCAAAAAGATTCTAGAGCACCCTAATTTCCTTTCTTG-  1048
      ||||||   |||| | ||| | |||||||  || |||||||| |||||| 
seq2  GACCACCTGACTCGATAAA-AATCTAGAGACCCTTAATTTCC-TTCTTGT  1035

seq1  TTTTGACATTATA  1061
      |||||||||||||
seq2  TTTTGACATTATA  1048