BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037C05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 99,716,394 - 99,849,440
singlet/doubletdoublet
Overlap genePam, LOC100041823
Upstream geneSlco4c1, EG329217, Slco6b1, LOC670708, LOC623430, Slco6c1, EG634331, EG634346, D1Ertd622e, Hisppd1, Zh2c2
Downstream geneLOC666153, LOC100040887, Slco6d1, LOC100041868, EG666182
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037C05.bB6Ng01-037C05.g
ACCDH865105DH865106
length1,059658
definitionDH865105|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037C05, 5' end.DH865106|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037C05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,716,394 - 99,717,450)(99,848,786 - 99,849,440)
sequence
gaattcaaattacagtacatggcattaaccttctgaagacacttggggac
caattgtcctcaccttaatattaagagaactaaatgtttgatggaaggaa
tcaagtattgtttaatgagctactagaagatctggagtcaaattcgtcct
ccacgagcaggtgtcacacaggcttgtaaggattattctattttgatgag
tctactttctttttcgtgttcccttgtattttagcactttgatctctttg
tttcaattaattcatcataaaaccgctcagacaggatcagatggacatat
tttaaaagcatagcaattggagctgatggtcagatcatgggctgcataag
acatcgtaggtataagtctgactaacttgtgtctgcaagcttggactgca
tcccagccagcccatatcacacgcagtccaagtatggaactaattcagct
gttgaaataacaagtgttattgatggagttgaacgtgctcacaaccaacc
aaacactgttcttgtatttactaccaatttggtggaaagaaaaaggaatg
gtcagagttggaccttttcttttgcaggggaaacacaggaatgggaaaag
tgaagctgtaacttcatggtgagctccttgttggagtggacaaacactcc
ccgtcagatccccggttgtgaaggagtaagacttgaaacaataacatttt
cttttagcaagtctcttttccttaatattttaattattagatgtctgaaa
tacaagtaggcattttgatgaatatgttctagagtcaaaaccttttaaaa
atggaagttatcaggttctcactaagttacattgatgtatcattttaaaa
actctcaaaaagtaatctgtagtcagtgtgagaacttctctatacggtaa
ggacccttgaccctgggtcaagcaattctttaatggaaaacagccagtaa
gtagtaagttctgcttgatgggcccattgctcttgacatcttggatataa
ggccctactctattaactattctactaccttattgtgcctattgtcaaac
attttatga
gaattcaggggacttggagcaagcttcttcttaagcttttttggtttttg
ttttttggtttttttttttgtttgtttgtttgttttgttttgttttttgt
tttttgagacagggtttctctgtatagccctggctgtcctggaactcact
ttgtacaccaggctgtcctcgaactcagaaatccacctgcttctgccgag
tgctgggattaaaggcgtgtgccaccacacccggctcttaagtttttaga
tgtctttgatttccttatggcttccattaatcagataagtgattgaagtt
gtgttttaagactgataatatttcttcagtattggacacatctgaaaata
acacttaattgctctttctgctgttcatgttggttgcattttgaatcaaa
gtctcactatataacctttgctggtctgggacttgctatgtagaccaggc
tggccttgacctcagtgatccgcatgtctcaatgtcttcacagctgggat
gaaaggcatgcactacctcacccggattcctttttccacattgtaaagaa
gaatgctttagaaaactggatatgagttttattctatcagcccagatgat
cttttttttttctttctgcaaaaaaagttgctctggttccttaggttcac
ctccatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_99716394_99717450
seq2: B6Ng01-037C05.b_49_1107

seq1  GAATTCAAATTACAGTACATGGCATTAACCTTCTGAAGACACTTGGGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATTACAGTACATGGCATTAACCTTCTGAAGACACTTGGGGAC  50

seq1  CAATTGTCCTCACCTTAATATTAAGAGAACTAAATGTTTGATGGAAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTCCTCACCTTAATATTAAGAGAACTAAATGTTTGATGGAAGGAA  100

seq1  TCAAGTATTGTTTAATGAGCTACTAGAAGATCTGGAGTCAAATTCGTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTATTGTTTAATGAGCTACTAGAAGATCTGGAGTCAAATTCGTCCT  150

seq1  CCACGAGCAGGTGTCACACAGGCTTGTAAGGATTATTCTATTTTGATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGAGCAGGTGTCACACAGGCTTGTAAGGATTATTCTATTTTGATGAG  200

seq1  TCTACTTTCTTTTTCGTGTTCCCTTGTATTTTAGCACTTTGATCTCTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTCTTTTTCGTGTTCCCTTGTATTTTAGCACTTTGATCTCTTTG  250

seq1  TTTCAATTAATTCATCATAAAACCGCTCAGACAGGATCAGATGGACATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATTAATTCATCATAAAACCGCTCAGACAGGATCAGATGGACATAT  300

seq1  TTTAAAAGCATAGCAATTGGAGCTGATGGTCAGATCATGGGCTGCATAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGCATAGCAATTGGAGCTGATGGTCAGATCATGGGCTGCATAAG  350

seq1  ACATCGTAGGTATAAGTCTGACTAACTTGTGTCTGCAAGCTTGGACTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGTAGGTATAAGTCTGACTAACTTGTGTCTGCAAGCTTGGACTGCA  400

seq1  TCCCAGCCAGCCCATATCACACGCAGTCCAAGTATGGAACTAATTCAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCCAGCCCATATCACACGCAGTCCAAGTATGGAACTAATTCAGCT  450

seq1  GTTGAAATAACAAGTGTTATTGATGGAGTTGAACGTGCTCACAACCAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAATAACAAGTGTTATTGATGGAGTTGAACGTGCTCACAACCAACC  500

seq1  AAACACTGTTCTTGTATTTACTACCAATTTGGTGGAAAGAAAAAGGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGTTCTTGTATTTACTACCAATTTGGTGGAAAGAAAAAGGAATG  550

seq1  GTCAGAGTTGGACCTTTTCTTTTGCAGGGGAAACACAGGAATGGGAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGTTGGACCTTTTCTTTTGCAGGGGAAACACAGGAATGGGAAAAG  600

seq1  TGAAGCTGTAACTTCATGGTGAGCTCCTTGTTGGAGTGGACAAACACTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTGTAACTTCATGGTGAGCTCCTTGTTGGAGTGGACAAACACTCC  650

seq1  CCGTCAGATCCCCGGTTGTGAAGGAGTAAGACTTGAAACAATAACATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCAGATCCCCGGTTGTGAAGGAGTAAGACTTGAAACAATAACATTTT  700

seq1  CTTTTAGCAAGTCTC-TTTCCTTAATATTTTAATTATTAGATGTCTGAAA  749
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGCAAGTCTCTTTTCCTTAATATTTTAATTATTAGATGTCTGAAA  750

seq1  TACAAGTAGGCATTTTGATGAAAATGTTCTAGAGTCAAAACC-TTTAAAA  798
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACAAGTAGGCATTTTGATGAATATGTTCTAGAGTCAAAACCTTTTAAAA  800

seq1  ATGGAAGTTATCAGGTTCTCACTAAGTTACATTGATGTATCATTTTAAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGTTATCAGGTTCTCACTAAGTTACATTGATGTATCATTTTAAAA  850

seq1  ACTCTCAAAAAGTAATCTGTAGTCAGTGTGAGAACTTCTCTATACGGTAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCAAAAAGTAATCTGTAGTCAGTGTGAGAACTTCTCTATACGGTAA  900

seq1  GGACCCTTGACCCTGGGTCAAGCAATTCTTTAAGGGAAAACAGCCAGTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGACCCTTGACCCTGGGTCAAGCAATTCTTTAATGGAAAACAGCCAGTAA  950

seq1  GTAGTAAGTTCTGC-TGATGGGCCCATTTGCTCTTGACATCTGGGATATA  997
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  GTAGTAAGTTCTGCTTGATGGGCCCA-TTGCTCTTGACATCTTGGATATA  999

seq1  GGCCCCTACTCTATTAACTAATTCTACTA-CTTATTGTG-CTATATGTCA  1045
       | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||
seq2  AGGCCCTACTCTATTAACT-ATTCTACTACCTTATTGTGCCTAT-TGTCA  1047

seq1  AACATTTTATGA  1057
      ||||||||||||
seq2  AACATTTTATGA  1059

seq1: chr1_99848786_99849440
seq2: B6Ng01-037C05.g_69_726 (reverse)

seq1  TGATGGAGGTGAACCTAAGGAACCAGAGCAAC-TTCTTTGCAGAAAG-AA  48
      |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||
seq2  TGATGGAGGTGAACCTAAGGAACCAGAGCAACTTTTTTTGCAGAAAGAAA  50

seq1  AAAAAAAGATCATCTGGGCTGATAGAATAAAACTCATATCCAGTTTTCTA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGATCATCTGGGCTGATAGAATAAAACTCATATCCAGTTTTCTA  100

seq1  AAGCATTCTTCTTTACAATGTGG-AAAAGGAATCCGGGTGAGGTAGTGCA  147
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTCTTCTTTACAATGTGGAAAAAGGAATCCGGGTGAGGTAGTGCA  150

seq1  TGCCTTTCATCCCAGCTGTGAAGACATTGAGACATGCGGATCACTGAGGT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCATCCCAGCTGTGAAGACATTGAGACATGCGGATCACTGAGGT  200

seq1  CAAGGCCAGCCTGGTCTACATAGCAAGTCCCAGACCAGCAAAGGTTATAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCAGCCTGGTCTACATAGCAAGTCCCAGACCAGCAAAGGTTATAT  250

seq1  AGTGAGACTTTGATTCAAAATGCAACCAACATGAACAGCAGAAAGAGCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGACTTTGATTCAAAATGCAACCAACATGAACAGCAGAAAGAGCAA  300

seq1  TTAAGTGTTATTTTCAGATGTGTCCAATACTGAAGAAATATTATCAGTCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGTTATTTTCAGATGTGTCCAATACTGAAGAAATATTATCAGTCT  350

seq1  TAAAACACAACTTCAATCACTTATCTGATTAATGGAAGCCATAAGGAAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACACAACTTCAATCACTTATCTGATTAATGGAAGCCATAAGGAAAT  400

seq1  CAAAGACATCTAAAAACTTAAGAGCCGGGTGTGGTGGCACACGCCTTTAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACATCTAAAAACTTAAGAGCCGGGTGTGGTGGCACACGCCTTTAA  450

seq1  TCCCAGCACTCGGCAGAAGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGACAGCCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCACTCGGCAGAAGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGACAGCCTG  500

seq1  GTGTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGT  550

seq1  CTCAAAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAAAA  600

seq1  CCAAAAAACAAAAACCAAAAAAGCTTAAGAAGAAGCTTGCTCCAAGTCCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAACAAAAACCAAAAAAGCTTAAGAAGAAGCTTGCTCCAAGTCCC  650

seq1  CTGAATTC  655
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  658