BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037I12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 170,209,187 - 170,317,656
singlet/doubletdoublet
Overlap genePbx1
Upstream geneUck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg, Lmx1a, LOC100039879
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037I12.bB6Ng01-037I12.g
ACCDH865367DH865368
length539433
definitionDH865367|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037I12, 5' end.DH865368|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037I12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,209,187 - 170,209,731)(170,317,218 - 170,317,656)
sequence
ctctgtgcttggctgatctttccacaacacggtagaatgggaaaaccatc
attagtgacattaccaagaggccaactgcagacatggaagaagacagtca
acagcaacttcagaatccatccagattattgggactagaagatgctttat
atacatctgaccttgaccgtgcctatccaaccacccttcttactcactta
ggtaaacaggacatgacgctaccaaagatgtccgtcctgatggtcctttg
cagacagtggacaccatccacaccatcagtatgccagaggtgactcataa
tgtgtcctttgtggcaatcacaatgcagtccttaagagtatgtggaacaa
caatatgaactaaccagtaaccccagagctcgtgtctgtagctgcatatg
tagcagaagatggcctagtcggccaccactgggaagagaggccccttggt
attgcaaactttatatgccccagtacaggggaacaccagggccaagaagt
ggtagtgggtgggtagggcagcagggtggggggggggat
cagggggacatagaatggggtttctggattatgaagattgttatagaaag
gggaactaaaggatgggtaggtagcacgttgacctgagtgtgcagcatgg
acaaaggcagtcacatgactgacaggtccagggaatgacaggcacaagtt
gattggagtcacattgtgccagtcttagcatgccatcttgaaggaaacgg
gatattgaacgagaggcttgcgggaagaaagtggtggggccaacacaagt
agggtttgtgctttaaggtaattttggggtctccttgtaagacagattga
agtagggggtgatactggggtatggagaaatcagttagaagtgagatggt
atggggcagtaaaacaaatgaattacagaatctgttttagaggctctact
tacaaagtttgctggtggggaggggtgttgagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_170209187_170209731
seq2: B6Ng01-037I12.b_51_595

seq1  GAATTCCTCTGTGCTTGGCTGATCTTTCCACAACACGGTAGAATGGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTGTGCTTGGCTGATCTTTCCACAACACGGTAGAATGGGAAA  50

seq1  ACCATCATTAGTGACATTACCAAGAGGCCAACTGCAGACATGGAAGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCATTAGTGACATTACCAAGAGGCCAACTGCAGACATGGAAGAAGA  100

seq1  CAGTCAACAGCAACTTCAGAATCCATCCAGATTATTGGGACTAGAAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAACAGCAACTTCAGAATCCATCCAGATTATTGGGACTAGAAGATG  150

seq1  CTTTATATACATCTGACCTTGACCGTGCCTATCCAACCACCCTTCTTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATATACATCTGACCTTGACCGTGCCTATCCAACCACCCTTCTTACT  200

seq1  CACTTAGGTAAACAGGACATGACGCTACCAAAGATGTCCGTCCTGATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGGTAAACAGGACATGACGCTACCAAAGATGTCCGTCCTGATGGT  250

seq1  CCTTTGCAGACAGTGGACACCATCCACACCATCAGTATGCCAGAGGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCAGACAGTGGACACCATCCACACCATCAGTATGCCAGAGGTGAC  300

seq1  TCATAATGTGTCCTTTGTGGCAATCACAATGCAGTCCTTAAGAGTATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATGTGTCCTTTGTGGCAATCACAATGCAGTCCTTAAGAGTATGTG  350

seq1  GAACAACAATATGAACTAACCAGTAACCCCAGAGCTCGTGTCTGTAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACAATATGAACTAACCAGTAACCCCAGAGCTCGTGTCTGTAGCTG  400

seq1  CATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCACCACTGGGAAGAGAGGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCACCACTGGGAAGAGAGGCCC  450

seq1  CTTGGTATTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTATTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCA  500

seq1  AGAAGTGGTAGTGGGTGGGTAGGGCAGCAGGGTGGGGGGGGGGAT  545
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGGTAGTGGGTGGGTAGGGCAGCAGGGTGGGGGGGGGGAT  545

seq1: chr1_170317218_170317656
seq2: B6Ng01-037I12.g_69_507 (reverse)

seq1  CCTCAACACCCCTCCCCACCAGCAAACTTTGTAAGTAGAGCCTCTAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAACACCCCTCCCCACCAGCAAACTTTGTAAGTAGAGCCTCTAAAAC  50

seq1  AGCTTCTGTAATTCATTTGTTTTACTGCCCCATACCATCTCACTTCTAAC  100
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTGTAATTCATTTGTTTTACTGCCCCATACCATCTCACTTCTAAC  100

seq1  TGATTTCTCCATACCCCAGTATCACCCCCTACTTCAATCTGTCTTACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCTCCATACCCCAGTATCACCCCCTACTTCAATCTGTCTTACAAG  150

seq1  GAGACCCCAAAATTACCTTAAAGCACAAACCCTACTTGTGTTGGCCCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCCAAAATTACCTTAAAGCACAAACCCTACTTGTGTTGGCCCCAC  200

seq1  CACTTTCTTCCCGCAAGCCTCTCGTTCAATATCCCGTTTCCTTCAAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTTCCCGCAAGCCTCTCGTTCAATATCCCGTTTCCTTCAAGATG  250

seq1  GCATGCTAAGACTGGCACAATGTGACTCCAATCAACTTGTGCCTGTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTAAGACTGGCACAATGTGACTCCAATCAACTTGTGCCTGTCATT  300

seq1  CCCTGGACCTGTCAGTCATGTGACTGCCTTTGTCCATGCTGCACACTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGACCTGTCAGTCATGTGACTGCCTTTGTCCATGCTGCACACTCAG  350

seq1  GTCAACGTGCTACCTACCCATCCTTTAGTTCCCCTTTCTATAACAATCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACGTGCTACCTACCCATCCTTTAGTTCCCCTTTCTATAACAATCTT  400

seq1  CATAATCCAGAAACCCCATTCTATGTCCCCCTGGAATTC  439
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCCAGAAACCCCATTCTATGTCCCCCTGGAATTC  439