BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037N21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 50,872,501 - 50,994,553
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmeff2
Upstream geneEG666962, EG666970, LOC100041993
Downstream geneSdpr, LOC383504, Obfc2a, Myo1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037N21.bB6Ng01-037N21.g
ACCDH865603DH865604
length1,140810
definitionDH865603|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037N21, 5' end.DH865604|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037N21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,993,422 - 50,994,553)(50,872,501 - 50,873,292)
sequence
gaattcttaatcttgataaattgaggaatatttagataagatgaattttt
cttattaccttttatcattgtctttggatattgataaagacaaagtatta
gaagcaagagataaccttcatatcaaacttgttgaatatcccaaactatc
acgtttgagatatgtgtttgagaaagagaaatgctcatttttagaatagc
ctcattaccaaaaacctacatatctttacaatggaaattagacaacctac
tgggtacagccatcatattataatcacactctaaggcattagagatactt
ggctgtgtcctatacatgctaattaaaccaggatgtgattatctgctgat
tactactactgatgcacttcattgtttaattataacaaatgaaatgatca
agatgattatttatcaaggcttgcctatgccagaaacacaataaagaaaa
ccatgcatgcagatacatgtgaaaatgcttttctgtttactactgttaat
taaaatgtttgaatttttgacgtgctagaaatttacaattcatgcaaaat
aaatcagcaacctatccaggtagcaaggaaaaattttaatgttcatgtct
atattttatgtctatcacatgtaaattttaactcaaggattttgacaaag
aacaaaaaataaaactggcataaagtaagaatttaattgacaaaaccttg
agacgtattttttatgccgtaatttcttacattatctgtgcccttttatt
cacaatagcctatttaatcctctttcttacttttacataataagagctta
gtcatcctgaaaacttatccatttatgtacttattttgtatatgtgtaca
tttgtgcatgtgcttgctgactcttgtatgggtttgtgcctatgtgtaga
ggccagatgttttacatcagctgtctttctcaatcacttcttcatctttg
tttgaagtccaaggcttccccctgagtttggagttcccagattcaaccaa
ttcaacagattcttgcctgtctagaagctcctgtggaaccctcttgtcct
gcctctcccatgctggaatcatgtaagtggcactgtcccaccccaatatt
tttacatagggaatggtgattaaacctcagggctttatgc
gaattctacccgaatggatcctggcttggcatcaggaaagaatgggctgg
gataggtgccctcactgtgacccttgttttggcatgcatgttgtgtgtat
ggtgtatgtgtcagttgcggaatgccaagttccacactgccgccatggtg
gtgcaagcttttgccacagtggaagcagggcagtcacctcagatttggct
tgttaccatgaagaatgaacaatgaagccatcactccacggggttgtaag
gataagcactgcacagaggttagtctggaagctgtttggccatctctggg
aggtatgtctgattgcatgagggttgagtgtcctagtgtccttcccccag
gaaataaaaatggcatgggagcaggtcagggttgctctgcgtaaaaacct
gtaagcctaagagtaaatcctgtccattgcccctatttctgcacactggg
gatcagacctctatcttcacccacggagcttgcttcaaaagaatataaaa
gggggaattgtgggaagccattccggactccctggccagacagacagaaa
tctgtgccaggcagtaaataagcccgtatttggtggatggctcgccctta
atccctgattggctgagcaagcctgcctggtgacgtgatgtgacctgtgg
tgattggttgaggcgtggttgtggcttgagtgcataaaaactcttgtacc
ctggggtttgggggagttgaagaaagaagctgccagagtaactgctttaa
gaagaaatggtggttgtattttccttgctggttgagttggatcaaccatt
agggggtctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_50993422_50994553
seq2: B6Ng01-037N21.b_49_1188 (reverse)

seq1  GCATAAAGACCTGA-GTTTAATCCACATTTCCTATGTAAAAATAT--GGG  47
      |||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||  |||
seq2  GCATAAAGCCCTGAGGTTTAATCACCATTCCCTATGTAAAAATATTGGGG  50

seq1  TGTGACAGTG-CACTTCCATGATTACAGCAT-GGAGAGGCAGGAACAAGA  95
      || ||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TGGGACAGTGCCACTTACATGATTCCAGCATGGGAGAGGCAGG-ACAAGA  99

seq1  GGGT--CACAGGAGCTTTCTAGACAGGC-AGAATCTGTTGAATTTGGTTG  142
      ||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  GGGTTCCACAGGAGC-TTCTAGACAGGCAAGAATCTGTTGAA-TTGGTTG  147

seq1  AATCTGGGAACTCCAAACTCAGGGGGAAGCCTT-GAC-TCAAACAAAGAT  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  AATCTGGGAACTCCAAACTCAGGGGGAAGCCTTGGACTTCAAACAAAGAT  197

seq1  GAAGAAGTGATTGAGAAAGACAGCTGATGT-CAACATCTGGCCTCTACAC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGTGATTGAGAAAGACAGCTGATGTAAAACATCTGGCCTCTACAC  247

seq1  ATAGGCACAAACCCATACAAGAGTCAGCAAGCACATGCACAAATGTACAC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCACAAACCCATACAAGAGTCAGCAAGCACATGCACAAATGTACAC  297

seq1  ATATACAAAATAAGTACATAAATGGATAAGTTTTCAGGATGACTAAGCTC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAAAATAAGTACATAAATGGATAAGTTTTCAGGATGACTAAGCTC  347

seq1  TTATTATGTAAAAGTAAGAAAGAGGATTAAATAGGCTATTGTGAATAAAA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATGTAAAAGTAAGAAAGAGGATTAAATAGGCTATTGTGAATAAAA  397

seq1  GGGCACAGATAATGTAAGAAATTACGGCATAAAAAATACGTCTCAAGGTT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACAGATAATGTAAGAAATTACGGCATAAAAAATACGTCTCAAGGTT  447

seq1  TTGTCAATTAAATTCTTACTTTATGCCAGTTTTATTTTTTGTTCTTTGTC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAATTAAATTCTTACTTTATGCCAGTTTTATTTTTTGTTCTTTGTC  497

seq1  AAAATCCTTGAGTTAAAATTTACATGTGATAGACATAAAATATAGACATG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTTGAGTTAAAATTTACATGTGATAGACATAAAATATAGACATG  547

seq1  AACATTAAAATTTTTCCTTGCTACCTGGATAGGTTGCTGATTTATTTTGC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTAAAATTTTTCCTTGCTACCTGGATAGGTTGCTGATTTATTTTGC  597

seq1  ATGAATTGTAAATTTCTAGCACGTCAAAAATTCAAACATTTTAATTAACA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTGTAAATTTCTAGCACGTCAAAAATTCAAACATTTTAATTAACA  647

seq1  GTAGTAAACAGAAAAGCATTTTCACATGTATCTGCATGCATGGTTTTCTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAAACAGAAAAGCATTTTCACATGTATCTGCATGCATGGTTTTCTT  697

seq1  TATTGTGTTTCTGGCATAGGCAAGCCTTGATAAATAATCATCTTGATCAT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTGTTTCTGGCATAGGCAAGCCTTGATAAATAATCATCTTGATCAT  747

seq1  TTCATTTGTTATAATTAAACAATGAAGTGCATCAGTAGTAGTAATCAGCA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGTTATAATTAAACAATGAAGTGCATCAGTAGTAGTAATCAGCA  797

seq1  GATAATCACATCCTGGTTTAATTAGCATGTATAGGACACAGCCAAGTATC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATCACATCCTGGTTTAATTAGCATGTATAGGACACAGCCAAGTATC  847

seq1  TCTAATGCCTTAGAGTGTGATTATAATATGATGGCTGTACCCAGTAGGTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGCCTTAGAGTGTGATTATAATATGATGGCTGTACCCAGTAGGTT  897

seq1  GTCTAATTTCCATTGTAAAGATATGTAGGTTTTTGGTAATGAGGCTATTC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATTTCCATTGTAAAGATATGTAGGTTTTTGGTAATGAGGCTATTC  947

seq1  TAAAAATGAGCATTTCTCTTTCTCAAACACATATCTCAAACGTGATAGTT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGAGCATTTCTCTTTCTCAAACACATATCTCAAACGTGATAGTT  997

seq1  TGGGATATTCAACAAGTTTGATATGAAGGTTATCTCTTGCTTCTAATACT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATATTCAACAAGTTTGATATGAAGGTTATCTCTTGCTTCTAATACT  1047

seq1  TTGTCTTTATCAATATCCAAAGACAATGATAAAAGGTAATAAGAAAAATT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTTATCAATATCCAAAGACAATGATAAAAGGTAATAAGAAAAATT  1097

seq1  CATCTTATCTAAATATTCCTCAATTTATCAAGATTAAGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTATCTAAATATTCCTCAATTTATCAAGATTAAGAATTC  1140

seq1: chr1_50872501_50873292
seq2: B6Ng01-037N21.g_88_878

seq1  CCTGGCTTGGCATCAGGAAAGAATGGGCTGGGATAGGTGCCCTCACTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTGGCATCAGGAAAGAATGGGCTGGGATAGGTGCCCTCACTGTG  50

seq1  ACCCTTGTTTTGGCATGCATGTTGTGTGTATGGTGTATGTGTCAGTTGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGTTTTGGCATGCATGTTGTGTGTATGGTGTATGTGTCAGTTGCG  100

seq1  GAATGCCAAGTTCCACACTGCCGCCATGGTGGTGCAAGCTTTTGCCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCAAGTTCCACACTGCCGCCATGGTGGTGCAAGCTTTTGCCACAG  150

seq1  TGGAAGCAGGGCAGTCACCTCAGATTTGGCTTGTTACCATGAAGAATGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCAGGGCAGTCACCTCAGATTTGGCTTGTTACCATGAAGAATGAA  200

seq1  CAATGAAGCCATCACTCCACGGGGTTGTAAGGATAAGCACTGCACAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAGCCATCACTCCACGGGGTTGTAAGGATAAGCACTGCACAGAGG  250

seq1  TTAGTCTGGAAGCTGTTTGGCCATCTCTGGGAGGTATGTCTGATTGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTGGAAGCTGTTTGGCCATCTCTGGGAGGTATGTCTGATTGCATG  300

seq1  AGGGTTGAGTGTCCTAGTGTCCTTCCCCCAGGAAATAAAAATGGCATGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGAGTGTCCTAGTGTCCTTCCCCCAGGAAATAAAAATGGCATGGG  350

seq1  AGCAGGTCAGGGTTGCTCTGCGTAAAAACCTGTAAGCCTAAGAGTAAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTCAGGGTTGCTCTGCGTAAAAACCTGTAAGCCTAAGAGTAAATC  400

seq1  CTGTCCATTGCCCCTATTTCTGCACACTGGGGATCAGACCTCTATCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCATTGCCCCTATTTCTGCACACTGGGGATCAGACCTCTATCTTCA  450

seq1  CCCACGGAGCTTGCTTCAAAAGAATATAAAAGGGGGAATTGTGGGAAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACGGAGCTTGCTTCAAAAGAATATAAAAGGGGGAATTGTGGGAAGCC  500

seq1  ATTCCGGACTCCCTGGCCAGACAGACAGAAATCTGTGCCAGGCAGTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCGGACTCCCTGGCCAGACAGACAGAAATCTGTGCCAGGCAGTAAAT  550

seq1  AAGCCCGTATTTGGTGGATGGCTCGCCCTTAATCCCTGATTGGCTGAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCGTATTTGGTGGATGGCTCGCCCTTAATCCCTGATTGGCTGAGCA  600

seq1  AGCCTGCCTGGTGACGTGATGTGACCTGTGGTGATTGGTTGAGGCGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCCTGGTGACGTGATGTGACCTGTGGTGATTGGTTGAGGCGTGGT  650

seq1  TGTGGCTTGAGTGCATAAAAACTCTTGTACCCTGGGGTTTGGGGGAGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTGAGTGCATAAAAACTCTTGTACCCTGGGGTTTGGGGGAGTTG  700

seq1  AAGAAAGAAGCTGCCAGAGTAAACTGCTTTAAGAAGAAATGGTGGTTGTA  750
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAAGCTGCCAGAGT-AACTGCTTTAAGAAGAAATGGTGGTTGTA  749

seq1  TTTTCCTTGCTGGTTGAGTTGGATGCAACATTAGGGGGTCTC  792
      ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTGCTGGTTGAGTTGGATCAACCATTAGGGGGTCTC  791