BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037P04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 138,955,444 - 139,040,663
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042567
Upstream geneCacna1s, Kif21b, 2310006M14Rik, 5730559C18Rik, LOC100042513, Gpr25, Camsap1l1, 9230116N13Rik, Ddx59, Kif14, Zfp281, LOC667686, EG623818, Nr5a2, Rnu7-ps3
Downstream geneLOC100043143, Ptprc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037P04.bB6Ng01-037P04.g
ACCDH865659DH865660
length1,1091,018
definitionDH865659|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037P04, 5' end.DH865660|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037P04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,955,444 - 138,956,559)(139,039,639 - 139,040,663)
sequence
gaattctcattgtgagatgggcaggagtaggattgctcccctctgccctg
ggcctgcatgtcccagtgcatgcagatatttgccccaccagaggagatca
catagcttggtagcaaggctactttctttctccttatatggtcatggttt
tattttgttagcaacacctggaattcctccttaagcaaatgaggcatccc
tagcaccctggccagggtacactcaccccatagcctccccccccccccaa
ggtttaaatagcctttgttctccccaattaaatgagctgctcaataaagc
cctcccctccccctctcacagtgcttgcctgaggtctccatcaccctgac
cagtccagcctcagtttccctctcaggccactggtctgatctctaatttc
ttctcttgaaaacaaaacaaaacgaaagactgtgatttctgttaatcatc
atgaaatttacatcatgtaaattaacagagaaagtaaacattgatttctt
atgtttcattttcttttaacagtaaaattatttttattttgttagcaacc
gcctttgctgcacttgttggttgtggcacacaaccctgtctctgccctag
ctttgcccggcctcacctgtcttgggaaccattgactacttatgtagccc
gtgtggtctgcagcattctgggcctgtgacatatgctctgccagggtccc
tttccttggaagcaaggcaggagctgctggacagggaagtgcataaaacc
caggtgccctaaacaaacaaaatctcacccctgtaacattatatgtataa
acccatgaaattatactcaaatagacaccacatacacacccagtctgtgt
acactgggcaggtggttttctgctggaattctcatcttgtgctcagagac
agctgagcctctgcactatcctgcctgtgttctcttgactgtcagcattc
gaatctgtcttataaactgaaaactgacccaaattttctttattttccta
tttcttatctttcttttaaagatttattatttattatatgtaagtaactg
tactggtcttcagtcattcagaacgagggtgtcgatctttgttacagggg
tagtgaact
gaattccagacatcacacagaaaacaaaacaccactccatacaattaacc
agttagtctcaatgcttcccatagctttgtgaaagaagtcttaagatgca
atccattctctattctgatttaccctctctaaatcaagagtaagagtgaa
agaatctcacaaacaaacaaaaccttaaaggtcaagacctgggctatctc
tgaaataaatgtttgctggaacacatacacacaaaatgtggtgtgagaga
agaaagtgactaaggcagaaaaatggcagaaagggggactgaggggtgcc
cgtgagagcgtgagggtggtgcctctcagtaggcagtcatgggcctcact
agaaccttaacattttagaggaaagcttaagtaggtaggcacagggccgg
ttatgcatgtcttgtaggtagagcacacaacagcaggtacactgctcact
gcagcaaatggccataccattctgctactgtctgggtctttatgtcccca
gaggtaaggcccctggccctactggaatgtgcaaggataagaggaggcag
ggtttactgaaaggaagttaagtcagtgggagggacaggccctcagagga
gatagtaggactggctctagcttcatcatctctctgccacctgttcccac
tgtgatcttcttcctcatcacagtcctgtaagcagcagagcccagtggcc
atggactgaaacttctgacattacaagccaaaagaaacctttcctctttt
atagtgacaagttcagatgtcttgtcatggtggggggacaatgacttaac
acattttgtcatggattcagagacagagacttctgacattacaagccaaa
agaaactttcctctttatagtgacagttcagacgtcttgtcatggtgggg
ggacaaatgacttaacacattttgtcatggattcaaagacagagtttttt
aagaagagtataacttgcctaatttacaagaactgcttggtgatctccac
acatccacacgcacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_138955444_138956559
seq2: B6Ng01-037P04.b_42_1150

seq1  GAATTCTCATTGTGAGATGGGCAGGAGTAGGATTGCTCCCCTCTGCCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTGTGAGATGGGCAGGAGTAGGATTGCTCCCCTCTGCCCTG  50

seq1  GGCCTGCATGTCCCAGTGCATGCAGATATTTGCCCCACCAGAGGAGATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCATGTCCCAGTGCATGCAGATATTTGCCCCACCAGAGGAGATCA  100

seq1  CATAGCTTGGTAGCAAGGCTACTTTCTTTCTCCTTATATGGTCATGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTTGGTAGCAAGGCTACTTTCTTTCTCCTTATATGGTCATGGTTT  150

seq1  TATTTTGTTAGCAACACCTGGAATTCCTCCTTAAGCAAATGAGGCATCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTTAGCAACACCTGGAATTCCTCCTTAAGCAAATGAGGCATCCC  200

seq1  TAGCACCCTGGCCAGGGTACACTCACCCCATAGCCTCCCCCCCCCCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACCCTGGCCAGGGTACACTCACCCCATAGCCTCCCCCCCCCCCCAA  250

seq1  GGTTTAAATAGCCTTTGTTCTCCCCAATTAAATGAGCTGCTCAATAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAATAGCCTTTGTTCTCCCCAATTAAATGAGCTGCTCAATAAAGC  300

seq1  CCTCCCCTCCCCCTCTCACAGTGCTTGCCTGAGGTCTCCATCACCCTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTCCCCCTCTCACAGTGCTTGCCTGAGGTCTCCATCACCCTGAC  350

seq1  CAGTCCAGCCTCAGTTTCCCTCTCAGGCCACTGGTCTGATCTCTAATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCAGCCTCAGTTTCCCTCTCAGGCCACTGGTCTGATCTCTAATTTC  400

seq1  TTCTCTTGAAAACAAAACAAAACGAAAGACTGTGATTTCTGTTAATCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTGAAAACAAAACAAAACGAAAGACTGTGATTTCTGTTAATCATC  450

seq1  ATGAAATTTACATCATGTAAATTAACAGAGAAAGTAAACATTGATTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATTTACATCATGTAAATTAACAGAGAAAGTAAACATTGATTTCTT  500

seq1  ATGTTTCATTTTCTTTTAACAGTAAAATTATTTTTATTTTGTTAGCAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCATTTTCTTTTAACAGTAAAATTATTTTTATTTTGTTAGCAACC  550

seq1  GCCTTTGCTGCACTTGTTGGTTGTGGCACACAACCCTGTCTCTGCCCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGCTGCACTTGTTGGTTGTGGCACACAACCCTGTCTCTGCCCTAG  600

seq1  CTTTGCCCGGCCTCACCTGTCTTGGGAACCATTGACTACTTATGTAGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCCGGCCTCACCTGTCTTGGGAACCATTGACTACTTATGTAGCCC  650

seq1  GTGTGGTCTGCAGCATTCTGGGCCTGTGACATATGCTCTGCCAGGGTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTCTGCAGCATTCTGGGCCTGTGACATATGCTCTGCCAGGGTCCC  700

seq1  TTTCCTTGGAAGCAAGGCAGGAGCTGCTGGACAGGGAAGTGCATAAAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGGAAGCAAGGCAGGAGCTGCTGGACAGGGAAGTGCATAAAACC  750

seq1  CAGGTGCCCTAAACAAACAAAATCTCACCCCTGTAACATTATATGTATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCCCTAAACAAACAAAATCTCACCCCTGTAACATTATATGTATAA  800

seq1  ACCCATGAAATTATACTCAAATAGACACCACATACACACCCAGTCTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGAAATTATACTCAAATAGACACCACATACACACCCAGTCTGTGT  850

seq1  ACACTGGGCAGGGTGGTTTTCTGCTGGAATTCTCATCTTGTGCTCAGAGA  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGGCA-GGTGGTTTTCTGCTGGAATTCTCATCTTGTGCTCAGAGA  899

seq1  CAGCTGAGCCTCTGCACTATCCTGCCTGTGTTCCTCTTGACTGTCAGCAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGCTGAGCCTCTGCACTATCCTGCCTGTGTT-CTCTTGACTGTCAGCAT  948

seq1  TCGAATCTGTCTTATAAACTGAAAACTGACCCAAATTTTCTTTATTTTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATCTGTCTTATAAACTGAAAACTGACCCAAATTTTCTTTATTTTCC  998

seq1  TATTTCTTATCTTTTCTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGT  1050
      ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTATCTTT--CTTTTAAAGATTTA-TTATTTATTATATGTAAGT  1045

seq1  ACACTGTAGCTGTCTTCAGTCATTCCAGACGAGGGTGTCAGATC-TTGTT  1099
      | ||||||   ||||||||||||||   ||||||||||| |||| |||||
seq2  A-ACTGTACTGGTCTTCAGTCATTCAGAACGAGGGTGTC-GATCTTTGTT  1093

seq1  ACAGGTGGTAGTGAACT  1116
      ||||| |||||||||||
seq2  ACAGG-GGTAGTGAACT  1109

seq1: chr1_139039639_139040663
seq2: B6Ng01-037P04.g_69_1086 (reverse)

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT---GATCACCTAGCAGGTCTTGTAAAATTA  47
      ||||||| |||||  |||||   ||||||| ||||| |||||| ||||||
seq2  GTGTGTGCGTGTGGATGTGTGGAGATCACCAAGCAGTTCTTGT-AAATTA  49

seq1  GGCAAGTATATACTCTTTCTTTAAAAAACTCTTGTCTCTGAATCCATGAC  97
      ||||||| |||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  GGCAAGT-TATACTCTT--CTTAAAAAACTC-TGTCTTTGAATCCATGAC  95

seq1  AAAATGTGTTAAGTCATTTGTCCCCCCACCATGACAAGACGTCTGAACTT  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAATGTGTTAAGTCATTTGTCCCCCCACCATGACAAGACGTCTGAAC-T  144

seq1  GTCACTATAAAAGAGGAAAGGTTTCTTTTGGCTTGTAATGTCAGAAGTCT  197
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTAT-AAAGAGGAAA-GTTTCTTTTGGCTTGTAATGTCAGAAGTCT  192

seq1  CTTGTCTCTGAATCCATGACAAAATGTGTTAAGTCATTTGTCCCCCCACC  247
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  C-TGTCTCTGAATCCATGACAAAATGTGTTAAGTCA-TTGTCCCCCCACC  240

seq1  ATGACAAGACATCTGAACTTGTCACTATAAAAGAGGAAAGGTTTCTTTTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAGACATCTGAACTTGTCACTATAAAAGAGGAAAGGTTTCTTTTG  290

seq1  GCTTGTAATGTCAGAAGTTTCAGTCCATGGCCACTGGGCTCTGCTGCTTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTAATGTCAGAAGTTTCAGTCCATGGCCACTGGGCTCTGCTGCTTA  340

seq1  CAGGACTGTGATGAGGAAGAAGATCACAGTGGGAACAGGTGGCAGAGAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTGTGATGAGGAAGAAGATCACAGTGGGAACAGGTGGCAGAGAGA  390

seq1  TGATGAAGCTAGAGCCAGTCCTACTATCTCCTCTGAGGGCCTGTCCCTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAGCTAGAGCCAGTCCTACTATCTCCTCTGAGGGCCTGTCCCTCC  440

seq1  CACTGACTTAACTTCCTTTCAGTAAACCCTGCCTCCTCTTATCCTTGCAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTTAACTTCCTTTCAGTAAACCCTGCCTCCTCTTATCCTTGCAC  490

seq1  ATTCCAGTAGGGCCAGGGGCCTTACCTCTGGGGACATAAAGACCCAGACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGTAGGGCCAGGGGCCTTACCTCTGGGGACATAAAGACCCAGACA  540

seq1  GTAGCAGAATGGTATGGCCATTTGCTGCAGTGAGCAGTGTACCTGCTGTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGAATGGTATGGCCATTTGCTGCAGTGAGCAGTGTACCTGCTGTT  590

seq1  GTGTGCTCTACCTACAAGACATGCATAACCGGCCCTGTGCCTACCTACTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTCTACCTACAAGACATGCATAACCGGCCCTGTGCCTACCTACTT  640

seq1  AAGCTTTCCTCTAAAATGTTAAGGTTCTAGTGAGGCCCATGACTGCCTAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCCTCTAAAATGTTAAGGTTCTAGTGAGGCCCATGACTGCCTAC  690

seq1  TGAGAGGCACCACCCTCACGCTCTCACGGGCACCCCTCAGTCCCCCTTTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGCACCACCCTCACGCTCTCACGGGCACCCCTCAGTCCCCCTTTC  740

seq1  TGCCATTTTTCTGCCTTAGTCACTTTCTTCTCTCACACCACATTTTGTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTTTTCTGCCTTAGTCACTTTCTTCTCTCACACCACATTTTGTGT  790

seq1  GTATGTGTTCCAGCAAACATTTATTTCAGAGATAGCCCAGGTCTTGACCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTTCCAGCAAACATTTATTTCAGAGATAGCCCAGGTCTTGACCT  840

seq1  TTAAGGTTTTGTTTGTTTGTGAGATTCTTTCACTCTTACTCTTGATTTAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTTTTGTTTGTTTGTGAGATTCTTTCACTCTTACTCTTGATTTAG  890

seq1  AGAGGGTAAATCAGAATAGAGAATGGATTGCATCTTAAGACTTCTTTCAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTAAATCAGAATAGAGAATGGATTGCATCTTAAGACTTCTTTCAC  940

seq1  AAAGCTATGGGAAGCATTGAGACTAACTGGTTAATTGTATGGAGTGGTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTATGGGAAGCATTGAGACTAACTGGTTAATTGTATGGAGTGGTGT  990

seq1  TTTGTTTTCTGTGTGATGTCTGGAATTC  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTCTGTGTGATGTCTGGAATTC  1018