BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038C17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 64,802,074 - 64,941,142
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9430067K14Rik
Upstream gene4933402D24Rik, LOC671842, OTTMUSG00000013918, Klf7, Ppia-ps1_583.1, LOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik, Ccnyl1, Fzd5
Downstream geneLOC667245, LOC100043141, 4921521F21Rik, LOC667276, Cryge, Crygd, Crygc, Crygb, LOC654356, Cryga, D630023F18Rik, Idh1, Pip5k3, Pthr2, LOC100042716, EG628894, LOC100043165, LOC383520, EG667775
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038C17.bB6Ng01-038C17.g
ACCDH865814DH865815
length1,1321,164
definitionDH865814|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038C17, 5' end.DH865815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038C17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,939,991 - 64,941,142)(64,802,074 - 64,803,274)
sequence
gaattctcacagaatttatgtggatctttgtaggtaggcagtttgtatta
aataaatgtggttttgtaacggtcgtgggtttttaacactgattgccaca
ttatccatcatcgcagtcatcatcatcactggaggagtagctcagtttta
tacttaggtcatgaacttgtgtcagatctctctctatttctgacacccag
ccgtgaggagtgccacctcatgggaaggagttctacagtgagagatgtaa
agacacctcagaatagcgatgctgcttgcatagtattcatcagccttgct
gggtctctgaggggtaggatgcttgtgccagggtttctgtgttaataaca
ggaaaccaaggcaacctggtgtctttgggagcagggccctggttattgcc
aggtgccctgacagtgcctggacaatgcttatagaatcaggaaaccccca
ggagaggaaaagggcactaacggtcagttccctaccagcagccagtggcc
ttggtagctggcaaggcttgttgaggcagcaagcactgaaggcattggga
gaagctgccgtgtctgctgtgttgagggtgcagagagcacactgggttta
cccggtggatgtggaaagctcttgggctggaataagtaggttatgtatcc
aaaggagaggcataggaaggagcgctgcaaaggtagagccagtcaaatcc
agactccttacactgacatttttcaagcaaagaaatgctgtgtgtcggtt
tgcggtcatgtcgtcactagaccagctgacaccagatccaagctctacct
ttgatttgctgagtaatctctcataacacatttcacatcgaaaagtcctt
cctttcttcctctctctatccctaccttccttccttttcttccttttatt
gttttaatttttgtcttggtttagtttgattttcttttgtggacaaaatg
tcaagtcacatagctacctcaacttgatatatagccaaatgactttactt
ctgatctcttccctctggcttgaatgtctctagatgggtgtggccaccat
atcacagtttatgctttgctgagttgactaaggcttcttctatgctcgca
gttgtcaccgctgagctaatacctagctcctg
gaattcactatgtagcccaggctggcctcaaatttgaatttgcaattctt
ctgcctcagcctctggagtactaggattacagggctgtgacaccatctct
gtgttaaatcccccaattctaacgtgcgtctaaaactgagagccattgtt
atatgctggctcaaggtaaggctatgtaggatgaacccagccaaatgtac
aaacagaagtcaaccaaaacaaaatgactaaggagaaacccaagctatac
ttaaaccccaacccagggtgctatttctcctcttacaggcagaaatctta
cttcctatcagcaagtcaacaggatggaaaaggtggttgttttaagcacg
atccttcctttataaacagcttttcttcttctcacctcttaaagaaaaaa
caaaaaacaaaatacaaaaaaaaacacccaaacctgccgtgtgctgccga
agtgacgtttgcagactgcagcagagctctgagacccttttatgcaccaa
gccccccactaaatcctcagtgcattatctccctcatccccacaaccccc
agtaataacagcctctcccattttccccacgtgacagatgaggaaacccc
tgtatgaagagattaagtaacctgctggagggcaagtcgtgagtagctgg
cagtgcttaacttgcaaggatccggcctgctctaactccattgtggtttt
atgtgccggtgccaacttgcctctgctgttacatagttggacaaagataa
tgccacgtggatttcattccttcagagtccagggcaatgggctgggatac
tgtgtccagaaaaaaaaaaaaaaaacacaggattacctctggatactgga
atggacttagggtcttatcccattattttactgaaaggaaatgggaccaa
gagacagcagaagactggcgagagagctctcaacaccccctctttcagtg
ggttagtcatcactgggcagctaggctctctgtcttcctttcacactaat
tgggcttgtgcttcatagtttgctttgtgcagtgttcattattctaacaa
tttgccagcatttcagaagaacattactgtttgttcacctaaaaagcagc
ctcttcctcactccagcagctaagtgaagctgaagttcaaaggcataaga
gcctcttctctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_64939991_64941142
seq2: B6Ng01-038C17.b_49_1180 (reverse)

seq1  CAGGAGCTAGGGATATAGCTCAGCGGGTGACAAACTTGCCGAGCATAGAA  50
      ||||||||||| || ||||||||| |||||| ||||   |||||||||||
seq2  CAGGAGCTAGGTAT-TAGCTCAGC-GGTGAC-AACT--GCGAGCATAGAA  45

seq1  GAAGCCCTAAGTTCAACCCTCAGCAAAGCATAAAACTGTGATATGGTGG-  99
      |||||| ||   ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  GAAGCCTTA--GTCAA--CTCAGCAAAGCAT-AAACTGTGATATGGTGGC  90

seq1  CACACGCATCTAGAGACATTTCAAAGGCAGAGGGAAGAGGATCAGAAGTT  149
      ||||| ||||||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||| 
seq2  CACACCCATCTAGAGACATT--CAAGCCAGAGGGAAGA-GATCAGAAGT-  136

seq1  AAAGGTCATTTTGGCTATATATCAAGTTTGAGGTTAGCCTATGTGACTTG  199
       || |||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||
seq2  -AAAGTCA-TTTGGCTATATATCAAG-TTGAGG-TAG-CTATGTGACTTG  181

seq1  ACATTTTGTCCACAAAAAGAAAATCAAAACTAAACCAAGACAAAAATTAA  249
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTGTCCAC-AAAAGAAAATC-AAACTAAACCAAGACAAAAATTAA  229

seq1  AACAATAAAAGGAAGAAAAGGAAGGAAGGTAGGGATAGAGAGAGGAAGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAAAGGAAGAAAAGGAAGGAAGGTAGGGATAGAGAGAGGAAGAA  279

seq1  AGGAAGGACTTTTCGATGTGAAATGTGTTATGAGAGATTACTCAGCAAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGACTTTTCGATGTGAAATGTGTTATGAGAGATTACTCAGCAAAT  329

seq1  CAAAGGTAGAGCTTGGATCTGGTGTCAGCTGGTCTAGTGACGACATGACC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTAGAGCTTGGATCTGGTGTCAGCTGGTCTAGTGACGACATGACC  379

seq1  GCAAACCGACACACAGCATTTCTTTGCTTGAAAAATGTCAGTGTAAGGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCGACACACAGCATTTCTTTGCTTGAAAAATGTCAGTGTAAGGAG  429

seq1  TCTGGATTTGACTGGCTCTACCTTTGCAGCGCTCCTTCCTATGCCTCTCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATTTGACTGGCTCTACCTTTGCAGCGCTCCTTCCTATGCCTCTCC  479

seq1  TTTGGATACATAACCTACTTATTCCAGCCCAAGAGCTTTCCACATCCACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATACATAACCTACTTATTCCAGCCCAAGAGCTTTCCACATCCACC  529

seq1  GGGTAAACCCAGTGTGCTCTCTGCACCCTCAACACAGCAGACACGGCAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAACCCAGTGTGCTCTCTGCACCCTCAACACAGCAGACACGGCAGC  579

seq1  TTCTCCCAATGCCTTCAGTGCTTGCTGCCTCAACAAGCCTTGCCAGCTAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCAATGCCTTCAGTGCTTGCTGCCTCAACAAGCCTTGCCAGCTAC  629

seq1  CAAGGCCACTGGCTGCTGGTAGGGAACTGACCGTTAGTGCCCTTTTCCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCACTGGCTGCTGGTAGGGAACTGACCGTTAGTGCCCTTTTCCTC  679

seq1  TCCTGGGGGTTTCCTGATTCTATAAGCATTGTCCAGGCACTGTCAGGGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGGTTTCCTGATTCTATAAGCATTGTCCAGGCACTGTCAGGGCA  729

seq1  CCTGGCAATAACCAGGGCCCTGCTCCCAAAGACACCAGGTTGCCTTGGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAATAACCAGGGCCCTGCTCCCAAAGACACCAGGTTGCCTTGGTT  779

seq1  TCCTGTTATTAACACAGAAACCCTGGCACAAGCATCCTACCCCTCAGAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTATTAACACAGAAACCCTGGCACAAGCATCCTACCCCTCAGAGA  829

seq1  CCCAGCAAGGCTGATGAATACTATGCAAGCAGCATCGCTATTCTGAGGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAAGGCTGATGAATACTATGCAAGCAGCATCGCTATTCTGAGGTG  879

seq1  TCTTTACATCTCTCACTGTAGAACTCCTTCCCATGAGGTGGCACTCCTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACATCTCTCACTGTAGAACTCCTTCCCATGAGGTGGCACTCCTCA  929

seq1  CGGCTGGGTGTCAGAAATAGAGAGAGATCTGACACAAGTTCATGACCTAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGGGTGTCAGAAATAGAGAGAGATCTGACACAAGTTCATGACCTAA  979

seq1  GTATAAAACTGAGCTACTCCTCCAGTGATGATGATGACTGCGATGATGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAACTGAGCTACTCCTCCAGTGATGATGATGACTGCGATGATGGA  1029

seq1  TAATGTGGCAATCAGTGTTAAAAACCCACGACCGTTACAAAACCACATTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGGCAATCAGTGTTAAAAACCCACGACCGTTACAAAACCACATTT  1079

seq1  ATTTAATACAAACTGCCTACCTACAAAGATCCACATAAATTCTGTGAGAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATACAAACTGCCTACCTACAAAGATCCACATAAATTCTGTGAGAA  1129

seq1  TTC  1152
      |||
seq2  TTC  1132

seq1: chr1_64802074_64803274
seq2: B6Ng01-038C17.g_67_1230

seq1  GAATTCACTATGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAATTTGAATTTGCAATTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAATTTGAATTTGCAATTCTT  50

seq1  CTGCCTCAGCCTCTGGAGTACTAGGATTACAGGGCTGTGACACCATCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCAGCCTCTGGAGTACTAGGATTACAGGGCTGTGACACCATCTCT  100

seq1  GTGTTAAATCCCCCAATTCTAACGTGCGTCTAAAACTGAGAGCCATTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAATCCCCCAATTCTAACGTGCGTCTAAAACTGAGAGCCATTGTT  150

seq1  ATATGCTGGCTCAAGGTAAGGCTATGTAGGATGAACCCAGCCAAATGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTGGCTCAAGGTAAGGCTATGTAGGATGAACCCAGCCAAATGTAC  200

seq1  AAACAGAAGTCAACCAAAACAAAATGACTAAGGAGAAACCCAAGCTATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAGTCAACCAAAACAAAATGACTAAGGAGAAACCCAAGCTATAC  250

seq1  TTAAACCCCAACCCAGGGTGCTATTTCTCCTCTTACAGGCAGAAATCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACCCCAACCCAGGGTGCTATTTCTCCTCTTACAGGCAGAAATCTTA  300

seq1  CTTCCTATCAGCAAGTCAACAGGATGGAAAAGGTGGTTGTTTTAAGCACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTATCAGCAAGTCAACAGGATGGAAAAGGTGGTTGTTTTAAGCACG  350

seq1  ATCCTTCCTTTATAAACAGCTTTTCTTCTTCTCACCTCTTAAAGAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCTTTATAAACAGCTTTTCTTCTTCTCACCTCTTAAAGAAAAAA  400

seq1  CAAAAAACAAAATACAAAAAAAAACACCCAAACCTGCCGTGTGCTGCCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAACAAAATACAAAAAAAAACACCCAAACCTGCCGTGTGCTGCCGA  450

seq1  AGTGACGTTTGCAGACTGCAGCAGAGCTCTGAGACCCTTTTATGCACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACGTTTGCAGACTGCAGCAGAGCTCTGAGACCCTTTTATGCACCAA  500

seq1  GCCCCCCACTAAATCCTCAGTGCATTATCTCCCTCATCCCCACAACCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCACTAAATCCTCAGTGCATTATCTCCCTCATCCCCACAACCCCC  550

seq1  AGTAATAACAGCCTCTCCCATTTTCCCCACGTGACAGATGAGGAAACCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATAACAGCCTCTCCCATTTTCCCCACGTGACAGATGAGGAAACCCC  600

seq1  TGTATGAAGAGATTAAGTAACCTGCTGGAGGGCAAGTCGTGAGTAGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGAAGAGATTAAGTAACCTGCTGGAGGGCAAGTCGTGAGTAGCTGG  650

seq1  CAGTGCTTAACTTGCAAGGATCCGGCCTGCTCTAACTCCATTGTGGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTTAACTTGCAAGGATCCGGCCTGCTCTAACTCCATTGTGGTTTT  700

seq1  ATGTGCCGGTGCCAACTTGCCTCTGCTGTTACATAGTTGGACAAAGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCGGTGCCAACTTGCCTCTGCTGTTACATAGTTGGACAAAGATAA  750

seq1  TGCCACGTGGATTTCATTCCTTCAGAGTCCAGGGCAATGGGCTGGGATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACGTGGATTTCATTCCTTCAGAGTCCAGGGCAATGGGCTGGGATAC  800

seq1  TGTGTCCAGAAAAAAAAAAAAAAAACACAGGATTACCTCTGGATACTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCAGAAAAAAAAAAAAAAAACACAGGATTACCTCTGGATACTGGA  850

seq1  ATGGACTTAGGGTCTTATCCCATTATTTTACTGAAAGGAAATGGGACCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTTAGGGTCTTATCCCATTATTTTACTGAAAGGAAATGGGACCAA  900

seq1  GAAGACAGCAAGAAGAACTGGGCGAGAGGAGCTCCTCAACACCCCCTCTT  950
      | ||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  G-AGACAGC-AGAAG-ACT-GGCGAGA-GAGCT-CTCAACACCCCCTCTT  944

seq1  TCCAGTGGGGTTAGTCATCACTGGGCAGCTAGGGCTCTCCTGTCTTCCTT  1000
      | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  T-CAGT-GGGTTAGTCATCACTGGGCAGCTA-GGCTCT-CTGTCTTCCTT  990

seq1  TCACACTAATGTGGGCTTGTGGCCTTCATTAGTTTGCTTTGGTGGCCAGT  1050
      |||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||  ||||
seq2  TCACACTAAT-TGGGCTTGTG--CTTCA-TAGTTTGCTTT-GTG--CAGT  1033

seq1  TGTCATTA-TCTAACAATTTG-CAGCATTTCAAGAAGGACACATTACTGT  1098
        |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||   ||||||||||
seq2  GTTCATTATTCTAACAATTTGCCAGCATTTC-AGAAG--AACATTACTGT  1080

seq1  TTGTATCACCATAAAAGCAGCCTTCTTCCCTCAGCTCGCAAGCCAGCTCA  1148
      |||| |||||  |||||||||| |||| |||||   | | || ||||| |
seq2  TTGT-TCACCTAAAAAGCAGCC-TCTT-CCTCA---CTCCAG-CAGCTAA  1123

seq1  GGTAGAAAGCTGAGAGTCACAGAGGTGCATTAGAGACGCTTCTCTTCTCT  1198
      |     |||||||   ||| ||    |||| ||||      |||||||||
seq2  G---TGAAGCTGAAGTTCAAAG----GCATAAGAG-----CCTCTTCTCT  1161

seq1  CTG  1201
      |||
seq2  CTG  1164