BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038N13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 40,322,718 - 40,531,231
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl1r1, Il1rl2, Il1rl1, Il18r1
Upstream geneNpas2, LOC100041999, Rpl31, Tbc1d8, D1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2, 4933400N17Rik, LOC100042065, Map4k4, Il1r2
Downstream geneIl18rap, Slc9a4, Slc9a2, Mfsd9, Tmem182, Ppia-ps1_352.1, LOC100041441
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038N13.bB6Ng01-038N13.g
ACCDH866289DH866290
length887911
definitionDH866289|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038N13, 5' end.DH866290|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038N13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,530,325 - 40,531,231)(40,322,718 - 40,323,636)
sequence
gaattcatagggtcatcatattccctcgaaatgtcagcaccatggaatct
ccatggggaagacaagaaacctgggtacacatgttcatctcagtcaaagc
aggtctcatgtccctttgtccaaccagtctgtctcctcgatctggggagg
ttcgggagagttaaaggagttcttgggtagctaaatcctcacggtggcat
gtttccacataactgaccaagaactgatgaatacagaccatcctttccct
tcccatctccccgtctcttcgctcggattctttagctttagaagagtggc
cctctgttctaaattacagttgttgaacagttctcaaagccactccactg
gatctagaatgcccttcatccttatttagaaaatcggtctgttaagtaca
tacagtattttcttaagaccatacacaaaatgttgtctccgttgctaggg
tctattgttcagagcaacctttgggagggcgttaacttagatgttaacca
cagcaaaagaaggaagtggctcaaatgttagatctacttcaaagttcaag
agtgacgctgagtgtcagtctcttgctggtgcttgtaacacaatccctat
tctccatctccatctcccaacagacttgttccttgacactcaaaacaaga
gtctttagcacttcaataactttccccagtgccttagagacttaggttac
agctcatatagtatatctgctttcttgtgtgtgatccctccacacatcat
caagcctacaatgtccactctttttctacatgcatgtgagctctgactgt
actatgcaggctcagcatacatgatagagatcactgtatatttattgaga
cttagattattgtaaagatctactgaagttgagtatc
gaattctcctttgcagagcaaatcctacaattaattgggatatgataagg
ggacctgtttttcagcctggtggacagcagtaaagcaaccaagtaaaaag
cctatgaactatcaactcttcaccagagctctttaactcctcctacctat
aaaggctgcgggcctttataccaaaagaggaaatcaaggtattgcaaact
taatgactcggctaagtgctcaaagccagttcgaggcacacagtactggg
ctccagttgtgctgagcacagaactgtgttttcctcaggatctgataccc
catgggtcaccagctcggttcttgttaggtggcacaatctggttgcgatg
tagacgtgagttgacccatctaattttggtttgggtgggaacacagaggc
tgctcagaggagccaagccatctgggaatcagagccattcttcctggaat
ctgggacatctggcaaggatgcagggattttggaatgcccccaaggagat
gcagtgaccctccaaatgcccccaaggagatgcagagaccctccattgcc
tccacccccggagggatacagagaccctggaatgttctgcgtggatgtag
atattctgggatgtggggcagaaactccacaacccaacctatccggctcc
cagggcggggcattggcactgggccagctagctccgagcccgagctgaga
cgctggcctgcagtctccgcccgctgcacgcccccgcgggcggctcagag
tgggagcagcgtgctgctcagatggtcttagcttgttgcggggttccagg
agccgcctgggagcgcggcgcccacttagaaggcgggagcccagctggtg
ctcgcctgctccagagcgaagattgtgactcgagcgagcgcggagcagcc
ttgagcgctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_40530325_40531231
seq2: B6Ng01-038N13.b_47_933 (reverse)

seq1  GATACCTTCAACTGTCCAGTAGATTCTTTTACAATAATCTAAGTCCTCAA  50
      |||||  |||||  | ||||||||   ||||||||||||||||| |||||
seq2  GATAC--TCAAC--TTCAGTAGAT--CTTTACAATAATCTAAGT-CTCAA  43

seq1  TACATATACAGTGAATCCTCTAATCATGGTATGGCTGAGCCCTGCATAGT  100
      || |||||||||||   |||| ||||| |||| |||||| ||||||||||
seq2  TAAATATACAGTGA--TCTCT-ATCAT-GTAT-GCTGAG-CCTGCATAGT  87

seq1  AACAAGTCAGGAGCTCACATTGCATGTAGGAAAAAGAGTGGACATTTGTA  150
      |   ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  A--CAGTCA-GAGCTCACA-TGCATGTA-GAAAAAGAGTGGACA-TTGTA  131

seq1  GGCTTGATGATGTGTGGAGGGATCACACACAAGAAAGCAGATATACTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGATGATGTGTGGAGGGATCACACACAAGAAAGCAGATATACTATA  181

seq1  TGAGCTGTAACCCTAAGTCTCTAAGGCACTGGGGAAAGTTATTGAAGTGC  250
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTAA-CCTAAGTCTCTAAGGCACTGGGGAAAGTTATTGAAGTGC  230

seq1  TAAAGACTCTTGTTTTGAGTGTCAAGGAACAAGTCTGTTGGGAGATGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACTCTTGTTTTGAGTGTCAAGGAACAAGTCTGTTGGGAGATGGAG  280

seq1  ATGGAGAATAGGGATTGTGTTACAAGCACCAGCAAGAGACTGACACTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAATAGGGATTGTGTTACAAGCACCAGCAAGAGACTGACACTCAG  330

seq1  CGTCACTCTTGAACTTTGAAGTAGATCTAACATTTGAGCCACTTCCTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCACTCTTGAACTTTGAAGTAGATCTAACATTTGAGCCACTTCCTTCT  380

seq1  TTTGCTGTGGTTAACATCTAAGTTAACGCCCTCCCAAAGGTTGCTCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGTGGTTAACATCTAAGTTAACGCCCTCCCAAAGGTTGCTCTGAA  430

seq1  CAATAGACCCTAGCAACGGAGACAACATTTTGTGTATGGTCTTAAGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGACCCTAGCAACGGAGACAACATTTTGTGTATGGTCTTAAGAAAA  480

seq1  TACTGTATGTACTTAACAGACCGATTTTCTAAATAAGGATGAAGGGCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTATGTACTTAACAGACCGATTTTCTAAATAAGGATGAAGGGCATT  530

seq1  CTAGATCCAGTGGAGTGGCTTTGAGAACTGTTCAACAACTGTAATTTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATCCAGTGGAGTGGCTTTGAGAACTGTTCAACAACTGTAATTTAGA  580

seq1  ACAGAGGGCCACTCTTCTAAAGCTAAAGAATCCGAGCGAAGAGACGGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGGCCACTCTTCTAAAGCTAAAGAATCCGAGCGAAGAGACGGGGA  630

seq1  GATGGGAAGGGAAAGGATGGTCTGTATTCATCAGTTCTTGGTCAGTTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGAAGGGAAAGGATGGTCTGTATTCATCAGTTCTTGGTCAGTTATG  680

seq1  TGGAAACATGCCACCGTGAGGATTTAGCTACCCAAGAACTCCTTTAACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACATGCCACCGTGAGGATTTAGCTACCCAAGAACTCCTTTAACTC  730

seq1  TCCCGAACCTCCCCAGATCGAGGAGACAGACTGGTTGGACAAAGGGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGAACCTCCCCAGATCGAGGAGACAGACTGGTTGGACAAAGGGACAT  780

seq1  GAGACCTGCTTTGACTGAGATGAACATGTGTACCCAGGTTTCTTGTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTGCTTTGACTGAGATGAACATGTGTACCCAGGTTTCTTGTCTTC  830

seq1  CCCATGGAGATTCCATGGTGCTGACATTTCGAGGGAATATGATGACCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGAGATTCCATGGTGCTGACATTTCGAGGGAATATGATGACCCTA  880

seq1  TGAATTC  907
      |||||||
seq2  TGAATTC  887

seq1: chr1_40322718_40323636
seq2: B6Ng01-038N13.g_69_979

seq1  GAATTCTCCTTTGCAGAGCAAATCCTACAATTAATTGGGATATGATAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTTTGCAGAGCAAATCCTACAATTAATTGGGATATGATAAGG  50

seq1  GGACCTGTTTTTCAGCCTGGTGGACAGCAGTAAAGCAACCAAGTAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGTTTTTCAGCCTGGTGGACAGCAGTAAAGCAACCAAGTAAAAAG  100

seq1  CCTATGAACTATCAACTCTTCACCAGAGCTCTTTAACTCCTCCTACCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAACTATCAACTCTTCACCAGAGCTCTTTAACTCCTCCTACCTAT  150

seq1  AAAGGCTGCGGGCCTTTATACCAAAAGAGGAAATCAAGGTATTGCAAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTGCGGGCCTTTATACCAAAAGAGGAAATCAAGGTATTGCAAACT  200

seq1  TAATGACTCGGCTAAGTGCTCAAAGCCAGTTCGAGGCACACAGTACTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACTCGGCTAAGTGCTCAAAGCCAGTTCGAGGCACACAGTACTGGG  250

seq1  CTCCAGTTGTGCTGAGCACAGAACTGTGTTTTCCTCAGGATCTGATACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTTGTGCTGAGCACAGAACTGTGTTTTCCTCAGGATCTGATACCC  300

seq1  CATGGGTCACCAGCTCGGTTCTTGTTAGGTGGCACAATCTGGTTGCGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTCACCAGCTCGGTTCTTGTTAGGTGGCACAATCTGGTTGCGATG  350

seq1  TAGACGTGAGTTGACCCATCTAATTTTGGTTTGGGTGGGAACACAGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACGTGAGTTGACCCATCTAATTTTGGTTTGGGTGGGAACACAGAGGC  400

seq1  TGCTCAGAGGAGCCAAGCCATCTGGGAATCAGAGCCATTCTTCCTGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGAGGAGCCAAGCCATCTGGGAATCAGAGCCATTCTTCCTGGAAT  450

seq1  CTGGGACATCTGGCAAGGATGCAGGGATTTTGGAATGCCCCCAAGGAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACATCTGGCAAGGATGCAGGGATTTTGGAATGCCCCCAAGGAGAT  500

seq1  GCAGTGACCCTCCAAATGCCCCCAAGGAGATGCAGAGACCCTCCATTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGACCCTCCAAATGCCCCCAAGGAGATGCAGAGACCCTCCATTGCC  550

seq1  TCCACCCCCGGAGGGATACAGAGACCCTGGAATGTTCTGCGTGGATGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCCCGGAGGGATACAGAGACCCTGGAATGTTCTGCGTGGATGTAG  600

seq1  ATATTCTGGGATGTGGGGCAGAAACTCCACAACCCAACCTATCCGGCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTGGGATGTGGGGCAGAAACTCCACAACCCAACCTATCCGGCTCC  650

seq1  CAGGGCGGGGCATTGGCACTGGGCCAGCTAGCTCCGAGCCCGAGGCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CAGGGCGGGGCATTGGCACTGGGCCAGCTAGCTCCGAGCCCGA-GCTGA-  698

seq1  GACGCTGGCCTGCAGTCTCCGCCCGCTGCACGCCCCCGCGGGCGGCTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGCTGGCCTGCAGTCTCCGCCCGCTGCACGCCCCCGCGGGCGGCTCAG  748

seq1  AGTGGGAGCAGCGTGCTGCTCAGAAGGTCTTAGC-TGGTGCGGGGTTCCA  799
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
seq2  AGTGGGAGCAGCGTGCTGCTCAGATGGTCTTAGCTTGTTGCGGGGTTCCA  798

seq1  GGAGCCGCCTGGGAGCGCGGCGCCCACCTAGAAGGGCGGGAGCCCAGCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  GGAGCCGCCTGGGAGCGCGGCGCCCACTTAGAA-GGCGGGAGCCCAGCTG  847

seq1  GTGCCCGCCTGCCCCAGAGCGGAAGGAATGTGACCCCCGAGCGAGCGCGG  899
      |||| ||||||| ||||||||  | || |||||  | |||||||||||||
seq2  GTGCTCGCCTGCTCCAGAGCG--AAGATTGTGA--CTCGAGCGAGCGCGG  893

seq1  AGCAGCCCTTGAGCGGCTCC  919
      ||||| |||||||| |||||
seq2  AGCAG-CCTTGAGC-GCTCC  911