BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039C01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 187,351,856 - 187,473,861
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik
Downstream geneLOC677785, Lyplal1, Tgfb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039C01.bB6Ng01-039C01.g
ACCDH866483DH866484
length4801,064
definitionDH866483|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039C01, 5' end.DH866484|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039C01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(187,473,382 - 187,473,861)(187,351,856 - 187,352,922)
sequence
gaattctttcctctttattcttttactattgacattatcctttgaaaatg
ctttaaaattgtagctgtccactgggatttattggatcatccacaaagcc
agatcttgtttctagtactttgcgctcttctagaaaaccatcactaaggt
tgggctccatttggcgatacactgaaaacagattcctaaatgaacacatg
aaatgtgtaatgagatcctgctgccaagtcctagggtctgctggagggaa
gacagctatgcgtttcttcttttccttcccctgactcttccatccttgtg
catgctgtttgttgctggacatggaacccaggacctggtacattatagga
acgtgcacatgtctgtgagggattgtcttgattattagctaatgtagggg
gtcccagtccatagtgagtagcatcattccggaagcaggtcctagaatgt
ttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattcatgattttataaattttaggaacttcctaagacttgtgagtttc
atttgaccgtgaacatgccactatttctacctttactgctgtagttttga
gaaattctgtttgtttcatgctttctaaaattcacctgctgaaattaata
actctttgagggcaggactgcatcttatttatgtttattccaatgatttt
taaaattcaacatgcttgataacttttgataggcggttgaagacaagtca
gaacttatcctcaagtggttccatggcccaagcaaggtaaaggctagaga
aaaggtaatatcgacaagacatggctcaacaaagatagtatagagtcaca
aaaatgtgtgcctagtaggactccactcagtagagctggcatctaccttc
atacatgaagtcatctgctagtaagaatttttaaaatcccatgtgtatgt
gatataagtgtgtatgtatgtgtgtgcatatttgtgtgcatgaattctgg
aacccatgtgtaatggtcggtaagtggaagtcagagattgtcctcaactt
gtcttgctgctgtgacaaaacatcagataaaaagaacttagacaaggacg
gctttatttcagctcctggttctagggaagtctctcctggtgggaaggtg
tggccataggcagtgcttcagctgatcttctgccctcaggaagcagagaa
ccatgaatgagaacactcagcttgcttgcttccttaattcctaaggaagt
ttctatcaggtgtgaggaaacacacatgcatcaagcacacagagaaagac
gttccacaaagcagaggggacactcaagaaactaaatctctgctcacttt
ctttttactcggtctgagactccagcctatgggatagtgccgacaatata
ggggtagatattcccacgccatctaaccaggtttagcaactacatcccag
acatgtgcagaattctgttcctaggtggattctataccctacagctgatg
atcaaattatccatcacaggtattaaatgagacttatttaattcactctg
tctgctggtccctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_187473382_187473861
seq2: B6Ng01-039C01.b_41_520 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACAAACATTCTAGGACCTGCTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACAAACATTCTAGGACCTGCTTCC  50

seq1  GGAATGATGCTACTCACTATGGACTGGGACCCCCTACATTAGCTAATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGATGCTACTCACTATGGACTGGGACCCCCTACATTAGCTAATAAT  100

seq1  CAAGACAATCCCTCACAGACATGTGCACGTTCCTATAATGTACCAGGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAATCCCTCACAGACATGTGCACGTTCCTATAATGTACCAGGTCC  150

seq1  TGGGTTCCATGTCCAGCAACAAACAGCATGCACAAGGATGGAAGAGTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCCATGTCCAGCAACAAACAGCATGCACAAGGATGGAAGAGTCAG  200

seq1  GGGAAGGAAAAGAAGAAACGCATAGCTGTCTTCCCTCCAGCAGACCCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGAAAAGAAGAAACGCATAGCTGTCTTCCCTCCAGCAGACCCTAG  250

seq1  GACTTGGCAGCAGGATCTCATTACACATTTCATGTGTTCATTTAGGAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGCAGCAGGATCTCATTACACATTTCATGTGTTCATTTAGGAATC  300

seq1  TGTTTTCAGTGTATCGCCAAATGGAGCCCAACCTTAGTGATGGTTTTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCAGTGTATCGCCAAATGGAGCCCAACCTTAGTGATGGTTTTCTA  350

seq1  GAAGAGCGCAAAGTACTAGAAACAAGATCTGGCTTTGTGGATGATCCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCGCAAAGTACTAGAAACAAGATCTGGCTTTGTGGATGATCCAAT  400

seq1  AAATCCCAGTGGACAGCTACAATTTTAAAGCATTTTCAAAGGATAATGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCAGTGGACAGCTACAATTTTAAAGCATTTTCAAAGGATAATGTC  450

seq1  AATAGTAAAAGAATAAAGAGGAAAGAATTC  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTAAAAGAATAAAGAGGAAAGAATTC  480

seq1: chr1_187351856_187352922
seq2: B6Ng01-039C01.g_67_1130

seq1  GAATTCATGATTTTATAAATTTTAGGAACTTCCTAAGACTTGTGAGTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGATTTTATAAATTTTAGGAACTTCCTAAGACTTGTGAGTTTC  50

seq1  ATTTGACCGTGAACATGCCACTATTTCTACCTTTACTGCTGTAGTTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGACCGTGAACATGCCACTATTTCTACCTTTACTGCTGTAGTTTTGA  100

seq1  GAAATTCTGTTTGTTTCATGCTTTCTAAAATTCACCTGCTGAAATTAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCTGTTTGTTTCATGCTTTCTAAAATTCACCTGCTGAAATTAATA  150

seq1  ACTCTTTGAGGGCAGGACTGCATCTTATTTATGTTTATTCCAATGATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGAGGGCAGGACTGCATCTTATTTATGTTTATTCCAATGATTTT  200

seq1  TAAAATTCAACATGCTTGATAACTTTTGATAGGCGGTTGAAGACAAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCAACATGCTTGATAACTTTTGATAGGCGGTTGAAGACAAGTCA  250

seq1  GAACTTATCCTCAAGTGGTTCCATGGCCCAAGCAAGGTAAAGGCTAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTATCCTCAAGTGGTTCCATGGCCCAAGCAAGGTAAAGGCTAGAGA  300

seq1  AAAGGTAATATCGACAAGACATGGCTCAACAAAGATAGTATAGAGTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAATATCGACAAGACATGGCTCAACAAAGATAGTATAGAGTCACA  350

seq1  AAAATGTGTGCCTAGTAGGACTCCACTCAGTAGAGCTGGCATCTACCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGTGCCTAGTAGGACTCCACTCAGTAGAGCTGGCATCTACCTTC  400

seq1  ATACATGAAGTCATCTGCTAGTAAGAATTTTTAAAATCCCATGTGTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGAAGTCATCTGCTAGTAAGAATTTTTAAAATCCCATGTGTATGT  450

seq1  GATATAAGTGTGTATGTATGTGTGTGCATATTTGTGTGCATGAATTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAAGTGTGTATGTATGTGTGTGCATATTTGTGTGCATGAATTCTGG  500

seq1  AACCCATGTGTAATGGTCGGTAAGTGGAAGTCAGAGATTGTCCTCAACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATGTGTAATGGTCGGTAAGTGGAAGTCAGAGATTGTCCTCAACTT  550

seq1  GTCTTGCTGCTGTGACAAAACATCAGATAAAAAGAACTTAGACAAGGACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCTGCTGTGACAAAACATCAGATAAAAAGAACTTAGACAAGGACG  600

seq1  GCTTTATTTCAGCTCCTGGTTCTAGGGAAGTCTCTCCTGGTGGGAAGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATTTCAGCTCCTGGTTCTAGGGAAGTCTCTCCTGGTGGGAAGGTG  650

seq1  TGGCCATAGGCAGTGCTTCAGCTGATCTTCTGCCCTCAGGAAGCAGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATAGGCAGTGCTTCAGCTGATCTTCTGCCCTCAGGAAGCAGAGAA  700

seq1  CCATGAATGAGAACACTCAGCTTGCTTGCTTCCTTAATTCCTAAGGAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAATGAGAACACTCAGCTTGCTTGCTTCCTTAATTCCTAAGGAAGT  750

seq1  TTCTATCAGGTGTGAGGAAACACACATGCATCAAGCACACAGAGAAAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCAGGTGTGAGGAAACACACATGCATCAAGCACACAGAGAAAGAC  800

seq1  GTTCCACAAAGCAGAGGGGACACTCAAGAAACTAAATCTCTGCTCACTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACAAAGCAGAGGGGACACTCAAGAAACTAAATCTCTGCTCACTTT  850

seq1  CTTTTTACTCGGTCTGAGACTCCAGCCTATGGGATAGTGCCGACAATATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTACTCGGTCTGAGACTCCAGCCTATGGGATAGTGCCGACAATATA  900

seq1  -GGGTAGATATTCCCACGCCATCTAACCAGGTTAAGCAACTACATCCCAG  949
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGATATTCCCACGCCATCTAACCAGGTTTAGCAACTACATCCCAG  950

seq1  ACATGTGCAGAATTCTGTTTCCTAGGT-GATTCTATACCCTAACAAGCTG  998
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||   |||||
seq2  ACATGTGCAGAATTCTG-TTCCTAGGTGGATTCTATACCCTA--CAGCTG  997

seq1  ATGATCAAAATTATCCATCACA-GTATTAAAATGAGACTTATTTTAAATT  1047
      |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||
seq2  ATGATC-AAATTATCCATCACAGGTATT-AAATGAGACTTATTT--AATT  1043

seq1  CACTCTGTCTGCT-GTCCCTG  1067
      ||||||||||||| |||||||
seq2  CACTCTGTCTGCTGGTCCCTG  1064