BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039N24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 161,597,462 - 161,721,896
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnr
Upstream geneAstn1, Pappa2, 4930562F17Rik, EG240853, LOC664972, Rfwd2, EG620484
Downstream gene4930523C07Rik, 4930562F07Rik, Tnn, Mrps14, Cacybp, Rabgap1l, Gpr52
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039N24.bB6Ng01-039N24.g
ACCDH867014DH867015
length1,196736
definitionDH867014|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039N24, 5' end.DH867015|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,720,699 - 161,721,896)(161,597,462 - 161,598,196)
sequence
gaattctatctttaaatgccaaaaatgatggcactgataagaaaggatat
atgttagactcggctgtgtgggtgagctgtgctcacaatcacaggccagg
tgatgaacaagaagaggggcccagatgttacatgttgaatggaagaatta
gccgagatgcgacattggaaccccggctctactgttgaataatcactggc
ttctctgggtttagggtttttgctgttcagtggtaggagatgcagtactt
actccatcgacaagtacaaagattaaattagttatgcttctaagtgaaca
gagcaacaagatcttcctagtaactctgaaagagaattgagagtccctgt
cttgttagggttttattgctgtgaagggacagtatgaccacaacaactct
tataaaggaaaagcattgaactgaggctggcttatattttcagaggtttg
ctccattgtcattgtgggtaatacggttatatgcagataaacatggggtt
ggagaaggcgctaagagttctatgtcttgatcccaaggaagcaagaagtt
agctaaatcacttcctccaacaagaccacatctactccaacaaaactgca
ccttttaatattgccataggcctatgagggccattttatttaaactacct
cagtcccccaaaatgttcccattctacctatgatcagaaaatgaaacatg
tttctacccaactcagtcttcactggtcagtaaactttggagaacctaag
acataatgaggacattgaattcatctaaagattaaactagcaattcctcc
agggtagctaggcgcccctaaacctctagagtcccttaacaaaaatgaca
ttttaaggaacaagctatctcttttagaaagggggcattaaagtcaatgg
tgtaaagatgtctgtcaaggtaaaagtcagtcaggaggatcagagcagct
caaagaaagaatcctgcaaatgccacattacttcccaatggcctgaaatt
caacacactatgtctgctgacctgctatattgctctcacttgacccttca
tgagcaatgcaacagcaatcaatattccctgatgaccatataactgttct
tctaagtctgaagcagcataggatgtgcatgaccactggtaggctgatac
tcaagaaagcagtcagtttaccatcttcagagaattggtctctcta
gaattcacaccaggaattggaagtcttgcaagagatataaagtagaatcc
ccgagggttatctgagaagaggatggcccctctcttgctgtccctcctga
gatctcccaggtggctgtatagatgaatggttactacagaattaaagtgt
cgtaaaaggagatcagcccactgccattcccgggctctgaaccatcagtg
agaaatattctgcccatgcctcatctgtctgggaggacatgggcgctgtg
gatgggagctaagaatggtttcctagcatagagaaaacaaatgatccagg
gccctacttgtcatgcacaagacacccatgtgcgtctcctctgctcagac
aaacagtggaggacacaagctgacgagtactctgagctggccacagacag
ggtctgtgagggacgggctctttgagttgtaatttcattgatttttaaga
gaggcttatgggatgagaggactgaaaacctatcaaattgtgtgagtccc
taaattctgtcagctaaaacagattgacagaggtgctgtgcttctgccct
tagactggtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtttgtgtgtgtgtctgtgtctg
tgtgtgtgctactattatagtagtgtatattatatacatgtttgtatgtt
atatacatgtttgtgtgtgtgtgtttgttcattgcatatatgtacatgtg
cactatatgtatgtgtatttaaaggtagaggtcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_161720699_161721896
seq2: B6Ng01-039N24.b_47_1242 (reverse)

seq1  TAGA-AGACCA---TTCTGTAGATGGTAAACTGACTGCTTTCCTGAG-AT  45
      |||| ||||||    |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  TAGAGAGACCAATTCTCTGAAGATGGTAAACTGACTGCTTTCTTGAGTAT  50

seq1  CAGCCTACCCAGTGGTCATGCACATCCTATGCTGCTTCAGACTCTAG-AG  94
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  CAGCCTA-CCAGTGGTCATGCACATCCTATGCTGCTTCAGACT-TAGAAG  98

seq1  GACAGTTATATGGTCATCAGGGATTATTGATTGCTGTTTGCATTGCCTCA  144
       |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||
seq2  AACAGTTATATGGTCATCAGGGAATATTGATTGCTG-TTGCATTG-CTCA  146

seq1  TGGAGGGGTCAAGTGAGAGCAATATAGCAGGTCAGCAGACATAGGTGTGT  194
      | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  T-GAAGGGTCAAGTGAGAGCAATATAGCAGGTCAGCAGACATA-GTGTGT  194

seq1  TGAATTTCAGGCCATTGGGGAAGTTAATGTGGCATTTGCAGGATTCTTTC  244
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTCAGGCCATT-GGGAAG-TAATGTGGCATTTGCAGGATTCTTTC  242

seq1  TTTGGGCTGCTCTGGTCCTCCTGACTGACTCTTACCTTGACAGACATCTT  294
      |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCTGCTCTGATCCTCCTGACTGACTTTTACCTTGACAGACATCTT  292

seq1  TACACCATTGACTTTAATGCCCCCTTTCTAAAAGAGATAGCTTGTTCCTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCATTGACTTTAATGCCCCCTTTCTAAAAGAGATAGCTTGTTCCTT  342

seq1  AAAATGTCATTTTTGTTAAGGGACTCTAGAGGTTTAGGGGCGCCTAGCTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTCATTTTTGTTAAGGGACTCTAGAGGTTTAGGGGCGCCTAGCTA  392

seq1  CCCTGGAGGAATTGCTAGTTTAATCTTTAGATGAATTCAATGTCCTCATT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGGAATTGCTAGTTTAATCTTTAGATGAATTCAATGTCCTCATT  442

seq1  ATGTCTTAGGTTCTCCAAAGTTTACTGACCAGTGAAGACTGAGTTGGGTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTAGGTTCTCCAAAGTTTACTGACCAGTGAAGACTGAGTTGGGTA  492

seq1  GAAACATGTTTCATTTTCTGATCATAGGTAGAATGGGAACATTTTGGGGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATGTTTCATTTTCTGATCATAGGTAGAATGGGAACATTTTGGGGG  542

seq1  ACTGAGGTAGTTTAAATAAAATGGCCCTCATAGGCCTATGGCAATATTAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGTAGTTTAAATAAAATGGCCCTCATAGGCCTATGGCAATATTAA  592

seq1  AAGGTGCAGTTTTGTTGGAGTAGATGTGGTCTTGTTGGAGGAAGTGATTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGCAGTTTTGTTGGAGTAGATGTGGTCTTGTTGGAGGAAGTGATTT  642

seq1  AGCTAACTTCTTGCTTCCTTGGGATCAAGACATAGAACTCTTAGCGCCTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACTTCTTGCTTCCTTGGGATCAAGACATAGAACTCTTAGCGCCTT  692

seq1  CTCCAACCCCATGTTTATCTGCATATAACCGTATTACCCACAATGACAAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACCCCATGTTTATCTGCATATAACCGTATTACCCACAATGACAAT  742

seq1  GGAGCAAACCTCTGAAAATATAAGCCAGCCTCAGTTCAATGCTTTTCCTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAACCTCTGAAAATATAAGCCAGCCTCAGTTCAATGCTTTTCCTT  792

seq1  TATAAGAGTTGTTGTGGTCATACTGTCCCTTCACAGCAATAAAACCCTAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAGTTGTTGTGGTCATACTGTCCCTTCACAGCAATAAAACCCTAA  842

seq1  CAAGACAGGGACTCTCAATTCTCTTTCAGAGTTACTAGGAAGATCTTGTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAGGGACTCTCAATTCTCTTTCAGAGTTACTAGGAAGATCTTGTT  892

seq1  GCTCTGTTCACTTAGAAGCATAACTAATTTAATCTTTGTACTTGTCGATG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTTCACTTAGAAGCATAACTAATTTAATCTTTGTACTTGTCGATG  942

seq1  GAGTAAGTACTGCATCTCCTACCACTGAACAGCAAAAACCCTAAACCCAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGTACTGCATCTCCTACCACTGAACAGCAAAAACCCTAAACCCAG  992

seq1  AGAAGCCAGTGATTATTCAACAGTAGAGCCGGGGTTCCAATGTCGCATCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCAGTGATTATTCAACAGTAGAGCCGGGGTTCCAATGTCGCATCT  1042

seq1  CGGCTAATTCTTCCATTCAACATGTAACATCTGGGCCCCTCTTCTTGTTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTAATTCTTCCATTCAACATGTAACATCTGGGCCCCTCTTCTTGTTC  1092

seq1  ATCACCTGGCCTGTGATTGTGAGCACAGCTCACCCACACAGCCGAGTCTA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTGGCCTGTGATTGTGAGCACAGCTCACCCACACAGCCGAGTCTA  1142

seq1  ACATATATCCTTTCTTATCAGTGCCATCATTTTTGGCATTTAAAGATAGA  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATCCTTTCTTATCAGTGCCATCATTTTTGGCATTTAAAGATAGA  1192

seq1  ATTC  1198
      ||||
seq2  ATTC  1196

seq1: chr1_161597462_161598196
seq2: B6Ng01-039N24.g_68_803

seq1  GAATTCACACCAGGAATTGGAAGTCTTGCAAGAGATATAAAGTAGAATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACCAGGAATTGGAAGTCTTGCAAGAGATATAAAGTAGAATCC  50

seq1  CCGAGGGTTATCTGAGAAGAGGATGGCCCCTCTCTTGCTGTCCCTCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGGTTATCTGAGAAGAGGATGGCCCCTCTCTTGCTGTCCCTCCTGA  100

seq1  GATCTCCCAGGTGGCTGTATAGATGAATGGTTACTACAGAATTAAAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCCCAGGTGGCTGTATAGATGAATGGTTACTACAGAATTAAAGTGT  150

seq1  CGTAAAAGGAGATCAGCCCACTGCCATTCCCGGGCTCTGAACCATCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAAAGGAGATCAGCCCACTGCCATTCCCGGGCTCTGAACCATCAGTG  200

seq1  AGAAATATTCTGCCCATGCCTCATCTGTCTGGGAGGACATGGGCGCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATTCTGCCCATGCCTCATCTGTCTGGGAGGACATGGGCGCTGTG  250

seq1  GATGGGAGCTAAGAATGGTTTCCTAGCATAGAGAAAACAAATGATCCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGAGCTAAGAATGGTTTCCTAGCATAGAGAAAACAAATGATCCAGG  300

seq1  GCCCTACTTGTCATGCACAAGACACCCATGTGCGTCTCCTCTGCTCAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTACTTGTCATGCACAAGACACCCATGTGCGTCTCCTCTGCTCAGAC  350

seq1  AAACAGTGGAGGACACAAGCTGACGAGTACTCTGAGCTGGCCACAGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTGGAGGACACAAGCTGACGAGTACTCTGAGCTGGCCACAGACAG  400

seq1  GGTCTGTGAGGGACGGGCTCTTTGAGTTGTAATTTCATTGATTTTTAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTGAGGGACGGGCTCTTTGAGTTGTAATTTCATTGATTTTTAAGA  450

seq1  GAGGCTTATGGGATGAGAGGACTGAAAACCTATCAAATTGTGTGAGTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTATGGGATGAGAGGACTGAAAACCTATCAAATTGTGTGAGTCCC  500

seq1  TAAATTCTGTCAGCTAAAACAGATTGACAGAGGTGCTGTGCTTCTGCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCTGTCAGCTAAAACAGATTGACAGAGGTGCTGTGCTTCTGCCCT  550

seq1  TAGACTGGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTTTGTGTGTGTGTCTGTGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTTTGTGTGTGTGTCTGTGTCTG  600

seq1  TGTGTGTGCTACTATTATAGTAGTGTATATTATATACATGTTTGTATGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCTACTATTATAGTAGTGTATATTATATACATGTTTGTATGTT  650

seq1  ATATACATGTTTGTGTGTGTGTGTTTGTTCATTGCATATATGTACATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATGTTTGTGTGTGTGTGTTTGTTCATTGCATATATGTACATGTG  700

seq1  CACTATATGTATGTGTATTT-AAGGTAGAGGTCAGC  735
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACTATATGTATGTGTATTTAAAGGTAGAGGTCAGC  736