BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041A12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 192,396,673 - 192,554,040
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039394
Upstream geneCenpf, Ptpn14, LOC100042438, Smyd2, Prox1
Downstream geneEG666975, Rps6kc1, Angel2, Vash2, LOC100039445, LOC666987, 9630055N22Rik, 1700022P22Rik, Tatdn3, Nsl1, 9130211I03Rik, 4933417M04Rik, Atf3, Nenf, 2310028N02Rik, Ppp2r5a, LOC100039501, LOC667044, Dtl, Ints7, Lpgat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041A12.bB6Ng01-041A12.g
ACCDH867814DH867815
length724989
definitionDH867814|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041A12, 5' end.DH867815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041A12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(192,396,673 - 192,397,362)(192,553,048 - 192,554,040)
sequence
cacttattaaggggtgaagagggtaaccgccggaattctgtggcatcaca
aagtaggtatccatttgtttctgttctaaatggctgccaaggttaggtgt
tagatgaaggcacaaccatccacaaccgattttgctcttaaaagatggtg
aagactcaaggatgtggtgcccagctgaggggatgggtccacgggacaag
gtctgatgagcatttggagaccctaacccttgccgttgtcctgtgctctc
cctaacagcttcacagtgagaagttctccaatatgcagtcaccaggatgt
acggtgctgccacaaaccacaaaccagtgagcaagatgaaacaggcagcc
aagacaaagcttttgggttggtcccaggtacccggcacagtaaaggaaag
gtaaggaactatcaaaatgtctctaagctcatatcacccagccccaccac
ccgatccattaggaggccgaaggaactgtgtgctgagggaaggcctcgag
gtagcagagggattatcaaacaagtgcagagggcatcagcaagtcaaatt
cgagatgcagaagcaagatagcaggtaaatagccatcaccatatctgtca
aaaaggagcagatggccaaaagcctgcctcaggtagaagcgtatgactcc
acctttggccttggcagtatcaccctggctctctgcatagttgccctagg
tgaggtcctgggtagttgagtgtc
gaattcagggaggagggacacccatgcacacacacacagagaatggactc
acagcattcaagttctctttggctccaggtttagggatgcatgaccatgt
agggtgctgatttggaagggaaaggctgggcaggccaggggctctgacag
cacctgtgttctgcactggggcctcattattgctctccaaggaccttgag
ctcatccaggccatctctggccccctgctaccccccagcacccagcacac
attgcaggcctgtgctctcatgaatatggatcccaccatccctccccgca
gggatagatgttgggggcagagctgttgattacatttccagccaatcatc
gcccattaagaggaagagcgtgggcattatgcctcttcagcaaggagcca
tttgcattctggtgggctgggcctgctttctgggcatgcatgggcccttg
gctctcaattacgctcgcatccgctcctcctctgtggtactcttctcctc
tctaagggtcctgattggattcaccaatgagctttgtgttccttacagct
gcgtagcatgttccaggctggaaggtgggaggacatcaggatcaggagtg
gctggaacaggaaataaacacctttctgctctctccttcccttccccctt
ccttgagaaggaagaatcctatcttttggagggcacagacccagcagaca
gtggggtaatgcttccctatgcgtatgctttcagagttctttgtctctac
ctcactctctagagatgctgattttctgatatgttgcttagggatgtgtg
aggcccggtctttccctcctttatagaaagaggggctgagtagctataag
gccacttctgggggagacagactccctgtctacctggatttccagcaaga
ctagaggcctggtcccagccacagggcatgttggtacctatattcacaga
acatcccctttccataataaagagtgagatgaaattaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_192396673_192397362
seq2: B6Ng01-041A12.b_33_724

seq1  GAATTCTGTGGCATCACAAAGTAGGTAT--GATGGTTTCTGTTCTAAATG  48
      ||||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGCATCACAAAGTAGGTATCCATTTGTTTCTGTTCTAAATG  50

seq1  GCTGCCAAGGTTAGGTGTTAGATGAAGGCACAACCATCCACAACCGATTT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCAAGGTTAGGTGTTAGATGAAGGCACAACCATCCACAACCGATTT  100

seq1  TGCTCTTAAAAGATGGTGAAGACTCAAGGATGTGGTGCCCAGCTGAGGGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTAAAAGATGGTGAAGACTCAAGGATGTGGTGCCCAGCTGAGGGG  150

seq1  ATGGGTCCACGGGACAAGGTCTGATGAGCATTTGGAGACCCTAACCCTTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCCACGGGACAAGGTCTGATGAGCATTTGGAGACCCTAACCCTTG  200

seq1  CCGTTGTCCTGTGCTCTCCCTAACAGCTTCACAGTGAGAAGTTCTCCAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGTCCTGTGCTCTCCCTAACAGCTTCACAGTGAGAAGTTCTCCAAT  250

seq1  ATGCAGTCACCAGGATGTACGGTGCTGCCACAAACCACAAACCAGTGAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCACCAGGATGTACGGTGCTGCCACAAACCACAAACCAGTGAGC  300

seq1  AAGATGAAACAGGCAGCCAAGACAAAGCTTTTGGGTTGGTCCCAGGTACC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAACAGGCAGCCAAGACAAAGCTTTTGGGTTGGTCCCAGGTACC  350

seq1  CGGCACAGTAAAGGAAAGGTAAGGAACTATCAAAATGTCTCTAAGCTCAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCACAGTAAAGGAAAGGTAAGGAACTATCAAAATGTCTCTAAGCTCAT  400

seq1  ATCACCCAGCCCCACCACCCGATCCATTAGGAGGCCGAAGGAACTGTGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCAGCCCCACCACCCGATCCATTAGGAGGCCGAAGGAACTGTGTG  450

seq1  CTGAGGGAAGGCCTCGAGGTAGCAGAGGGATTATCAAACAAGTGCAGAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGAAGGCCTCGAGGTAGCAGAGGGATTATCAAACAAGTGCAGAGG  500

seq1  GCATCAGCAAGTCAAATTCGAGATGCAGAAGCAAGATAGCAGGTAAATAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGCAAGTCAAATTCGAGATGCAGAAGCAAGATAGCAGGTAAATAG  550

seq1  CCATCACCATATCTGTCAAAAAGGAGCAGATGGCCAAAAGCCTGCCTCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACCATATCTGTCAAAAAGGAGCAGATGGCCAAAAGCCTGCCTCAG  600

seq1  GTAGAAGCGTATGACTCCACCTTTGGCCTTGGCAGTATCACCCTGGCTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGCGTATGACTCCACCTTTGGCCTTGGCAGTATCACCCTGGCTCT  650

seq1  CTGCATAGTTGCCCTAGGTGAGGTCCTGGGTAGTTGAGTGTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAGTTGCCCTAGGTGAGGTCCTGGGTAGTTGAGTGTC  692

seq1: chr1_192553048_192554040
seq2: B6Ng01-041A12.g_68_1056 (reverse)

seq1  GTTTATTTCATCTTCACACTTTATTATGGAAGGGGGATGTATCTGTGAAC  50
      ||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| 
seq2  GTTAATTTCATC-TCACTCTTTATTATGGAAAGGGGATGT-TCTGTGAAT  48

seq1  TAGGGTACC-ACATG-CCTGTGGCTGGGGCCAGGCCTCCTAGTCTCTGCT  98
         |||||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
seq2  ATAGGTACCAACATGCCCTGTGGCTGGGACCAGGCCT-CTAGTCT-TGCT  96

seq1  GGAAATCCAGGTAGACAGGGAGTCTGTCTCCCCCAGAGCTGGCCTTATAG  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  GGAAATCCAGGTAGACAGGGAGTCTGTCTCCCCCAGAAGTGGCCTTATAG  146

seq1  CTACTCAGCCCCTCTTTCTATAAAGGAGGGAAAGCACCGGGCCTCACACA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTACTCAGCCCCTCTTTCTATAAAGGAGGGAAAG-ACCGGGCCTCACACA  195

seq1  TCCCTAAGCAACATGATCAGAAAATCAGCATCTCTAGAGAGTGAGGTAGA  248
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAGCAACAT-ATCAGAAAATCAGCATCTCTAGAGAGTGAGGTAGA  244

seq1  GACAAAGAACTCTGAAAGCATACGCATAGGGAAGCATTACCCCACTGTCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGAACTCTGAAAGCATACGCATAGGGAAGCATTACCCCACTGTCT  294

seq1  GCTGGGTCTGTGCCCTCCAAAAGATAGGATTCTTCCTTCTCAAGGAAGGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTCTGTGCCCTCCAAAAGATAGGATTCTTCCTTCTCAAGGAAGGG  344

seq1  GGAAGGGAAGGAGAGAGCAGAAAGGTGTTTATTTCCTGTTCCAGCCACTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGAAGGAGAGAGCAGAAAGGTGTTTATTTCCTGTTCCAGCCACTC  394

seq1  CTGATCCTGATGTCCTCCCACCTTCCAGCCTGGAACATGCTACGCAGCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCTGATGTCCTCCCACCTTCCAGCCTGGAACATGCTACGCAGCTG  444

seq1  TAAGGAACACAAAGCTCATTGGTGAATCCAATCAGGACCCTTAGAGAGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAACACAAAGCTCATTGGTGAATCCAATCAGGACCCTTAGAGAGGA  494

seq1  GAAGAGTACCACAGAGGAGGAGCGGATGCGAGCGTAATTGAGAGCCAAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTACCACAGAGGAGGAGCGGATGCGAGCGTAATTGAGAGCCAAGG  544

seq1  GCCCATGCATGCCCAGAAAGCAGGCCCAGCCCACCAGAATGCAAATGGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGCATGCCCAGAAAGCAGGCCCAGCCCACCAGAATGCAAATGGCT  594

seq1  CCTTGCTGAAGAGGCATAATGCCCACGCTCTTCCTCTTAATGGGCGATGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTGAAGAGGCATAATGCCCACGCTCTTCCTCTTAATGGGCGATGA  644

seq1  TTGGCTGGAAATGTAATCAACAGCTCTGCCCCCAACATCTATCCCTGCGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGGAAATGTAATCAACAGCTCTGCCCCCAACATCTATCCCTGCGG  694

seq1  GGAGGGATGGTGGGATCCATATTCATGAGAGCACAGGCCTGCAATGTGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGATGGTGGGATCCATATTCATGAGAGCACAGGCCTGCAATGTGTG  744

seq1  CTGGGTGCTGGGGGGTAGCAGGGGGCCAGAGATGGCCTGGATGAGCTCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGCTGGGGGGTAGCAGGGGGCCAGAGATGGCCTGGATGAGCTCAA  794

seq1  GGTCCTTGGAGAGCAATAATGAGGCCCCAGTGCAGAACACAGGTGCTGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTGGAGAGCAATAATGAGGCCCCAGTGCAGAACACAGGTGCTGTC  844

seq1  AGAGCCCCTGGCCTGCCCAGCCTTTCCCTTCCAAATCAGCACCCTACATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCCTGGCCTGCCCAGCCTTTCCCTTCCAAATCAGCACCCTACATG  894

seq1  GTCATGCATCCCTAAACCTGGAGCCAAAGAGAACTTGAATGCTGTGAGTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGCATCCCTAAACCTGGAGCCAAAGAGAACTTGAATGCTGTGAGTC  944

seq1  CATTCTCTGTGTGTGTGTGCATGGGTGTCCCTCCTCCCTGAATTC  993
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCTGTGTGTGTGTGCATGGGTGTCCCTCCTCCCTGAATTC  989