BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042C15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 21,199,123 - 21,350,405
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem14a, Gsta3, EG632802, EG241041, LOC100040309, Ndg1
Upstream genePkhd1, Il17a, Il17f, Mcm3, Paqr8, Efhc1, Tram2, LOC100040291
Downstream geneBC099381, LOC100040319, AU024076, Kcnq5, D1Mgi28, LOC435612, LOC100040338, Rims1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042C15.bB6Ng01-042C15.g
ACCDH868617DH868618
length1,1051,186
definitionDH868617|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042C15, 5' end.DH868618|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042C15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,199,123 - 21,200,243)(21,349,204 - 21,350,405)
sequence
gaattcaaatgggataaataaccaaatccacttatcctgccccatccgag
tctttcttggaggccctgagaaaagccttgctctgtgtccttgctcagga
gcagacttggcaagggcagtctggagctgagccctgtgggccttgaagga
attaactcggcttgcccctgaagagactgaagctatcaggccaaggctgc
tgagtgctgggacagctcttgagataccctgggttccttttgtggaacat
tgcttgcttggcctcccacttccaactttgtcccattgtatgatggagtc
tgctgactgtcccacttgtgccctgaaaacagtcatatggtgcggtactc
attaataagtgttctaggcataagataatgcttcagcaagaccttccccc
acccccatcttttatcctttcttcctttctcatcctctggcacctctacc
tcaggatcccatcactgaggaaggacctgctattgctatgccaggtcagt
cccccagctgctggagaacaaatgacaagggctgagaaaggagacacagc
ctgtcttgtagatgcattgctcccagtctcctcacacaaccagaatcttt
gcattatctgagtctgcacagtaacaagggcaagcacacaagatggaggc
ctcaattgtatggattggtttggagattttggtggtggcagatggatatt
ttgcttgcttgtttgttgtttgtttgtttgttattttgggtgtcatggtc
acaatatttagctctgactgtgttggtacttgctacacagcccaagccga
ccttggattcccagagatttgcctgcctctgcctaccctaaccctgtgtt
aaaggcatataaccccataccaggcatctgccttgttcagaattcagctc
catgtattagtagctgcttgacgcttgcagggatgttctgttagaatcca
gttactgtttcagaatcatgcttgctacaagtttccctttcatgggcaca
gcaagctttccacctgagacactgctgtgatccctatctaaagtttccag
tgcccaagggaacttgcaagacaaagaatgttgccacacaccctgtccta
ccacc
gaattcagcatagtggcacactattggcttattcaaacattaacagaaag
ggcatcaggactttgttcctgtgggctgggggcttatctttgttcacata
gcaaccaggtgatgtatgactttacccggcatcaagaggcaatagacaga
gaggagtttctggccagatggtgttgacttagataatatagccctgctgg
tccttgcatacctttttatctttacagtcaagatgttcttaggaaggcct
taacaacagccctgccctggcatgcctgggggctgttctgctttgttctc
agtctcaggccagggcagtgggctcctcaacaactcataagttacaatat
ttcatcttccttcactgtcaggcagctgtacatgttttatttatttattt
atttggttttctgagacaggatttctctgtgtagccctggctgtcctgga
attcactttgtagcccaggctggccttgaagtcagaaatctgcctgcctc
tgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgtgccaccactgcctggcaga
gaccatttatctttattgaagccctggctgtcctgagactcacagggatc
ctcctgaatgctaggattaaaggtgtgcttccttcaacattcagcctttc
aagcaaggtctgtgtgtttatgataaagcataagtaagccacctgtcctg
tgagttttgcttaagcactacaagccctttggggattatgttccccttgt
tcatcttcatttgctgctcccttttttatcctgctaaggcttttttggac
cagagacataagaggtcagcattcagtgtatgaaaacagacgctgtcccc
gaggagggagcagtcacacttacagattatcaaaaatttcccaaatttgt
agcatgtaacattcccaaggtagagtgggacaatagaattatttcttaaa
ttattgactggtggctgatctagtgccttcactgatcaactgaactctga
ggcccttcccttctcttatcagagggtctattctcatggggcagttacct
ggaaagctataaataaaaataatgtcttcttcatgtgggccggtgaattt
ccaccagaattcactacctgagagggaccctcgattcaaagactcaatct
tgtcatcagtcagctgcgagtggtgtcgtttaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_21199123_21200243
seq2: B6Ng01-042C15.b_43_1147

seq1  GAATTCAAATGGGATAAATAACCAAATCCACTTATCCTGCCCCATCCGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGGGATAAATAACCAAATCCACTTATCCTGCCCCATCCGAG  50

seq1  TCTTTCTTGGAGGCCCTGAGAAAAGCCTTGCTCTGTGTCCTTGCTCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTGGAGGCCCTGAGAAAAGCCTTGCTCTGTGTCCTTGCTCAGGA  100

seq1  GCAGACTTGGCAAGGGCAGTCTGGAGCTGAGCCCTGTGGGCCTTGAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTTGGCAAGGGCAGTCTGGAGCTGAGCCCTGTGGGCCTTGAAGGA  150

seq1  ATTAACTCGGCTTGCCCCTGAAGAGACTGAAGCTATCAGGCCAAGGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTCGGCTTGCCCCTGAAGAGACTGAAGCTATCAGGCCAAGGCTGC  200

seq1  TGAGTGCTGGGACAGCTCTTGAGATACCCTGGGTTCCTTTTGTGGAACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCTGGGACAGCTCTTGAGATACCCTGGGTTCCTTTTGTGGAACAT  250

seq1  TGCTTGCTTGGCCTCCCACTTCCAACTTTGTCCCATTGTATGATGGAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCTTGGCCTCCCACTTCCAACTTTGTCCCATTGTATGATGGAGTC  300

seq1  TGCTGACTGTCCCACTTGTGCCCTGAAAACAGTCATATGGTGCGGTACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACTGTCCCACTTGTGCCCTGAAAACAGTCATATGGTGCGGTACTC  350

seq1  ATTAATAAGTGTTCTAGGCATAAGATAATGCTTCAGCAAGACCTTCCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAAGTGTTCTAGGCATAAGATAATGCTTCAGCAAGACCTTCCCCC  400

seq1  ACCCCCATCTTTTATCCTTTCTTCCTTTCTCATCCTCTGGCACCTCTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCATCTTTTATCCTTTCTTCCTTTCTCATCCTCTGGCACCTCTACC  450

seq1  TCAGGATCCCATCACTGAGGAAGGACCTGCTATTGCTATGCCAGGTCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATCCCATCACTGAGGAAGGACCTGCTATTGCTATGCCAGGTCAGT  500

seq1  CCCCCAGCTGCTGGAGAACAAATGACAAGGGCTGAGAAAGGAGACACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGCTGCTGGAGAACAAATGACAAGGGCTGAGAAAGGAGACACAGC  550

seq1  CTGTCTTGTAGATGCATTGCTCCCAGTCTCCTCACACAACCAGAATCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTGTAGATGCATTGCTCCCAGTCTCCTCACACAACCAGAATCTTT  600

seq1  GCATTATCTGAGTCTGCACAGTAACAAGGGCAAGCACACAAGATGGAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATCTGAGTCTGCACAGTAACAAGGGCAAGCACACAAGATGGAGGC  650

seq1  CTCAATTGTATGGATTGGTTTGGAGATTTTGGTGGTGGCAGATGGATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTGTATGGATTGGTTTGGAGATTTTGGTGGTGGCAGATGGATATT  700

seq1  TTGCTTGCTTGTTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTATTTTGGGTGTCATGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGCTTGTTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTATTTTGGGTGTCATGGTC  750

seq1  ACAATATTTAGCTCTGACTGTGTTGGTACTTGCTACACAGCCCAAGCCGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTTAGCTCTGACTGTGTTGGTACTTGCTACACAGCCCAAGCCGA  800

seq1  CCTTGGATTCCCAGAGATTTGCCTGCCTCTGCCTACCCTAACCCTGTGAT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCTTGGATTCCCAGAGATTTGCCTGCCTCTGCCTACCCTAACCCTGTG-T  849

seq1  TAAAGGCATATAACCCCATACCAGGCATCTGCCTTGTTCAGAATTCCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAAAGGCATATAACCCCATACCAGGCATCTGCCTTGTTCAGAATT-CAGC  898

seq1  TCCATGTATTAGTAGCTGCTTGACGCTTGCAGGGATGTTCTGTTAGAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTATTAGTAGCTGCTTGACGCTTGCAGGGATGTTCTGTTAGAATC  948

seq1  CAGTTACTG-TTCAGACATCAATGCTTGCTACAGGTTTTCCCTTTCATGG  999
      ||||||||| |||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  CAGTTACTGTTTCAGA-ATC-ATGCTTGCTACAAG-TTTCCCTTTCATGG  995

seq1  GCACAGGCAGGCTTTCCA-CTGAGACACTGTCTGTGAGTCCCTAGCTAAA  1048
      ||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||
seq2  GCACA-GCAAGCTTTCCACCTGAGACACTG-CTGTGA-TCCCTATCTAAA  1042

seq1  AATGTTCCAGGTGCCAAAGGGACTTTGCAAGGACAAGAGTAGTGGTGGCC  1098
         ||| |  ||||| ||||||  |||||||   |||| |    || |||
seq2  ---GTTTCCAGTGCCCAAGGGAACTTGCAAGACAAAGAAT----GTTGCC  1085

seq1  ACACACCCTGTTCCCTTACCACC  1121
      |||||||||||   | |||||||
seq2  ACACACCCTGT---CCTACCACC  1105

seq1: chr1_21349204_21350405
seq2: B6Ng01-042C15.g_65_1250 (reverse)

seq1  GGGTTAAAAACGAACACACT-GCAGCTGTACTGAATGACAAAGATTGAGG  49
      |||||  ||||||   |||| ||||||| |||| ||||| |||||||| |
seq2  GGGTT--AAACGACACCACTCGCAGCTG-ACTG-ATGAC-AAGATTGA-G  44

seq1  TCTTTTGATACTGAGGGTCACTCTCAGCTAGTGAA-TCTGGTTGGGAAAT  98
      |||||  ||   ||||||| ||||||| ||||||| ||||||  ||||||
seq2  TCTTTGAAT--CGAGGGTCCCTCTCAGGTAGTGAATTCTGGT--GGAAAT  90

seq1  CCAACCGGCACACATGAAAAGAAGGACATTATTTTTATTTATAGCTTTTT  148
       | |||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||  |||
seq2  TC-ACCGGCCCACATG--AAGAA-GACATTATTTTTATTTATAGC--TTT  134

seq1  CCAGGTTACCTGCCCATGAGATTAGATCCTCTGCATAGAGAGGGGAAGGG  198
      |||||| ||   ||||||||| |||| ||||||   ||||| ||||||||
seq2  CCAGGTAACTGCCCCATGAGAATAGACCCTCTGATAAGAGAAGGGAAGGG  184

seq1  CCTCAGAGTTCAGTTGATCAGTGAAGGCACTAGATCAGCCACCAGTCAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAGTTCAGTTGATCAGTGAAGGCACTAGATCAGCCACCAGTCAAT  234

seq1  AATTTAAGAAATTAATTCTATTGTCCCACTCTACCTTGGGAATGTTACAT  298
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAGAAA-TAATTCTATTGTCCCACTCTACCTTGGGAATGTTACAT  283

seq1  GCTACAAATTTGGGAAATTTTTTGATAATCTGTAAGTGTGACTGCTCCCT  348
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAAATTTGGGAAA-TTTTTGATAATCTGTAAGTGTGACTGCTCCCT  332

seq1  CCTCGGGGACAGCGTCTGTTTTCATACACTGAATGCTGACCTCTTATGTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGGGGACAGCGTCTGTTTTCATACACTGAATGCTGACCTCTTATGTC  382

seq1  TCTGGTCCAAAAAAGCCTTAGCAGGATAAAAAAGGGAGCAGCAAATGAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCCAAAAAAGCCTTAGCAGGATAAAAAAGGGAGCAGCAAATGAAG  432

seq1  ATGAACAAGGGGAACATAATCCCCAAAGGGCTTGTAGTGCTTAAGCAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAGGGGAACATAATCCCCAAAGGGCTTGTAGTGCTTAAGCAAAA  482

seq1  CTCACAGGACAGGTGGCTTACTTATGCTTTATCATAAACACACAGACCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGGACAGGTGGCTTACTTATGCTTTATCATAAACACACAGACCTT  532

seq1  GCTTGAAAGGCTGAATGTTGAAGGAAGCACACCTTTAATCCTAGCATTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAAAGGCTGAATGTTGAAGGAAGCACACCTTTAATCCTAGCATTCA  582

seq1  GGAGGATCCCTGTGAGTCTCAGGACAGCCAGGGCTTCAATAAAGATAAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATCCCTGTGAGTCTCAGGACAGCCAGGGCTTCAATAAAGATAAAT  632

seq1  GGTCTCTGCCAGGCAGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTGCCAGGCAGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGA  682

seq1  GGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGACTTCAAGGCCAGCCTGGGCTACAAAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGACTTCAAGGCCAGCCTGGGCTACAAAGT  732

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAATCCTGTCTCAGAAAACC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAATCCTGTCTCAGAAAACC  782

seq1  AAATAAATAAATAAATAAAACATGTACAGCTGCCTGACAGTGAAGGAAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAATAAATAAAACATGTACAGCTGCCTGACAGTGAAGGAAGA  832

seq1  TGAAATATTGTAACTTATGAGTTGTTGAGGAGCCCACTGCCCTGGCCTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATATTGTAACTTATGAGTTGTTGAGGAGCCCACTGCCCTGGCCTGA  882

seq1  GACTGAGAACAAAGCAGAACAGCCCCCAGGCATGCCAGGGCAGGGCTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGAACAAAGCAGAACAGCCCCCAGGCATGCCAGGGCAGGGCTGTT  932

seq1  GTTAAGGCCTTCCTAAGAACATCTTGACTGTAAAGATAAAAAGGTATGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGGCCTTCCTAAGAACATCTTGACTGTAAAGATAAAAAGGTATGCA  982

seq1  AGGACCAGCAGGGCTATATTATCTAAGTCAACACCATCTGGCCAGAAACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAGCAGGGCTATATTATCTAAGTCAACACCATCTGGCCAGAAACT  1032

seq1  CCTCTCTGTCTATTGCCTCTTGATGCCGGGTAAAGTCATACATCACCTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTGTCTATTGCCTCTTGATGCCGGGTAAAGTCATACATCACCTGG  1082

seq1  TTGCTATGTGAACAAAGATAAGCCCCCAGCCCACAGGAACAAAGTCCTGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATGTGAACAAAGATAAGCCCCCAGCCCACAGGAACAAAGTCCTGA  1132

seq1  TGCCCTTTCTGTTAATGTTTGAATAAGCCAATAGTGTGCCACTATGCTGA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTCTGTTAATGTTTGAATAAGCCAATAGTGTGCCACTATGCTGA  1182

seq1  ATTC  1202
      ||||
seq2  ATTC  1186